SHOJI Mitsuo

Affiliation
Center for Computational Sciences
Official title
Professor
ORCID
0000-0001-7465-6326
URL
Email
I$*}&! :IExx*C+*,",wvCvxC!'P
Office
Biophysics
Phone
029-853-6259
Research fields
Biological physics/Chemical physics/Soft matter physics
Basic chemistry
Research keywords
Quantum Chemistry
QM/MM
酵素反応
反応機構の理論解明
生物無機化学
多核金属錯体
Molecular Dynamics
分子磁性
Research projects
生体内量子多体系における特異的化学反応の機構解明2019-10 -- 2023-03SHOJI MitsuoJST/JST-PRESTO40,000,000Yen
Elucidation of the various water splitting mechanism used for natural, semiconductors and molecular catalyses2020-04 -- 2022-03SHOJI MitsuoJapan Society for the Promotion of Science (JSPS)/Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)3,900,000Yen
Theoretical elucidation of the reactivation mechanism of the oxygen-evolving complex in photosystem II2018-04 -- 2020-03SHOJI MitsuoJapan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)5,200,000Yen
Elucidation of the complete reaction pathways of the water decomposition reactions in the oxygen-evolving complex of photosystem II2017-04 -- 2020-03SHOJI MitsuoJapan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Young Scientists (A)25,870,000Yen
Theoretical elucidation on the full reaction mechanisms of threonine synthase2014-04 -- 2017-03SHOJI MitsuoJapan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research (C)5,070,000Yen
Theoretical elucidations of the reactions and the reaction-control mechanisms in enzymes2012-04 -- 2014-03SHOJI MitsuoJapan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Young Scientists (B)4,680,000Yen
新規分子動力学法による金属酵素反応システムの機能発現機構の解明2008 -- 2011-03SHOJI MitsuoJapan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for JSPS Fellows2,400,000Yen
Career history
2023-10 -- (current)筑波大学計算科学研究センター教授
2019-10 -- 2023-03JSTPRESTO研究員（兼任）
2016-04 -- 2023-09筑波大学計算科学研究センター助教
2011-10 -- 2016-03筑波大学数理物質系助教
2010-07 -- 2011-09筑波大学数理物質科学研究科助教
2008-04 -- 2010-06日本学術振興会特別研究員(PD)
2007-04 -- 2008-03日本学術振興会特別研究員(PD)
2006-04 -- 2007-03日本学術振興会特別研究員(DC2)
Academic background
-- 2007-03大阪大学 理学研究科 博士課程
Degree
2007-03博士(理学)大阪大学
Academic societies
2021 -- (current)量子生命科学会
2018 -- (current)The Molecular Simulation Society of Japan
2014 -- (current)理論化学研究会
2012 -- 2021-03PROTEIN SCIENCE SOCIETY OF JAPAN
2011 -- (current)THE BIOPHYSICAL SOCIETY OF JAPAN
2011 -- 2021-03The Japanese Biochemical Society
2005 -- 2021-03Society of Computer Chemistry, Japan
2002 -- (current)Chemical Society of Japan
Honors & Awards
2023-05量子生命科学会　研究奨励賞量子生命科学に関連する研究において顕著な業績を挙げた
2022-05Best Presentation優れた研究内容について講演を行なったため
2021-09Best Presentationfor a presentation of eminent research
2020-12量子生命科学会　第二回大会　優秀発表賞優れた学術研究発表を行ったため
Articles
Books
Conference, etc.
  • 分子クラスターを学習データに用いた機械学習ポテンシャルの凝縮系への適用
    渡辺 七都稀; 堀 優太; 杉澤 宏樹; 井田 朋智; 庄司 光男; 重田 育照
    第47回ケモインフォマティクス討論会/2024-12-17--2024-12-18
  • 機械学習ポテンシャルのための動径分布関数を用いた効率的データサンプリング法
    渡辺 七都稀; 堀 優太; 杉澤 宏樹; 井田 朋智; 庄司 光男; 重田 育照
    第26回理論化学討論会/2024-05-21--2024-05-23
  • アミノ酸のホモキラリティはアミノニトリル前駆体の異性体過剰に起因する
    Shoji Mitsuo
    量子生命科学会第5回大会/2023-05-18--2023-05-18
  • QM/MM Free energy simulation for the catalytic reaction of bacterial copper amine oxidase
    Shoji Mitsuo
    The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan/2023-11-14--2023-11-14
  • Overview of our research collaborations performed in the research area of “molecular movies”
    庄司 光男
    高速分子動画国際シンポジウム２０２３/2023-11-30--2023-12-01
  • ”高速分子動画”領域で研究連携中の酵素反応の量子化学解析についての最近の進捗
    Shoji Mitsuo
    令和5年度シンポジウム・領域会議/2023-05-10--2023-05-11
  • 量子化学計算を活用した複雑酵素反応および生体分子ホモキラリティ機構の解明
    Shoji Mitsuo
    量子生命科学会第5回大会/2023-05-19--2023-05-19
  • Quantum chemistry study of the origin of homochirality of amino acids
    Shoji Mitsuo
    CJK-WTCC/2023-06-20--2023-06-23
  • The reaction mechanism of bacterial copper amine oxidase: interplay of theoretical QM/MM calculations and experimental methods
    Shoji Mitsuo
    CJK-WTCC/2023-06-20--2023-06-23
  • Origin of homochirality of amino acids
    Shoji Mitsuo
    ICPAC Bali 2023/2023-09-12--2023-09-17
  • QM/MM study of the reaction mechanism of sesamin biosynthesis by cytochrome P450
    Shoji Mitsuo
    ICCP450-JSSS/2023-09-25--2023-09-29
  • 星間空間におけるホモキラリティー発生の理論的研究
    堀 優太; 渡辺 七都稀; 庄司 光男; 重田 育照
    第17回分子科学討論会/2023-09-12--2023-09-15
  • ヘモグロビンM IwateとM BostonのFe-O伸縮振動の理論計算の改良およびヘモグロビンAとの構造の比較
    長友重紀; 寺田拓人; 庄司光男; 重田育照; 中谷清治; 廣田俊; 柳澤幸子; 久保稔; 北川禎三; 長井雅子; 大木規央; 朴三用; ...
    第49回生体分子科学討論会/2023-06-01--2023-06-02
  • 酵素反応のQM/MM解析
    Shoji Mitsuo
    スーパーコンピュータワークショップ2022「複雑電子状態の理論・計算科学」/2023-01-17--2023-01-17
  • Unique reaction mechanism of copper amine oxidase revealed by theoretical QM/MM and experimental approaches
    Shoji Mitsuo
    CCS-KISTI workshop/2023-02-22--2023-02-22
  • A Large Conformational Change of the Quinone Cofactor in Bacterial Copper Amine Oxidase
    Shoji Mitsuo
    ICPAC Kota Kinabalu 2022/2022-11-25--2022-11-25
  • 酵素反応における構造変化の重要性
    Shoji Mitsuo
    令和４年度新学術領域研究「高速分子動画」シンポジウム/2022-11-21--2022-11-21
  • アミノ酸ホモキラリティ起源についての電子状態探査
    Shoji Mitsuo
    計算アストロバイオロジー2022/2022-11-10--2022-11-10
  • QM/MM-MD study of the role of valine 185 in the oxygen-evolving complex of photosystem II
    Shoji Mitsuo
    60th Annual Meeting of BSJ/2022-09-30--2022-09-30
  • Natural selection of the Mn cluster in the photosynthetic water oxidation
    Shoji Mitsuo
    Satellite Meeting to 18th International Congress on Photosynthesis Research (WOX-ICPR2022)/2022-08-07--2022-08-07
  • GLASアルゴリズムによる酵素反応機構の理論解明：新規反応経路探索手法の開発と適用
    Shoji Mitsuo
    物性研短期研究会「理論タンパク質物性科学の最前線：理論と実験との密な協働」/2022-07-27--2022-07-27
  • 銅含有アミン酸化酵素におけるトパキノン補酵素の構造変化機構
    Shoji Mitsuo
    第22回日本蛋白質科学会年会/2022-06-08--2022-06-08
  • 銅含有アミン酸化酵素におけるトパキノン補酵素の構造変化機構
    Shoji Mitsuo
    第22回日本蛋白質科学会年会/2022-06-08--2022-06-08
  • 光合成水分解酸素発生におけるMnの自然選択の理由
    Shoji Mitsuo
    量子生命科学会第４回大会/2022-05-26--2022-05-26
  • Theoretical insights into the molecular mechanisms of dynamical biochemical reactions
    Shoji Mitsuo
    Molecular Movies International Symposium 2022/2022-05-13--2022-05-13
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Teaching
2024-04 -- 2024-08Seminar on Theoretical Condensed Matter Physics CUniversity of Tsukuba.
2024-04 -- 2024-08Special Seminar for Condensed Matter Theory VBUniversity of Tsukuba.
2024-04 -- 2024-08Special seminar for condensed matter theory IIIBUniversity of Tsukuba.
2024-04 -- 2024-08Special Seminar for Condensed Matter Theory IBUniversity of Tsukuba.
2024-10 -- 2025-02Seminar on Theoretical Condensed Matter Physics DUniversity of Tsukuba.
2024-04 -- 2024-08Special seminar for condensed matter theory IVAUniversity of Tsukuba.
2024-04 -- 2024-08Collaborative Research in Physics IVUniversity of Tsukuba.
2024-10 -- 2025-02Collaborative Research in Physics IVUniversity of Tsukuba.
2024-10 -- 2025-02Collaborative Research in Physics IIIUniversity of Tsukuba.
2024-04 -- 2024-08Collaborative Research in Physics IIIUniversity of Tsukuba.
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Talks
  • 構造探索手法(GLAS)による酵素反応機構の解明
    庄司 光男
    SRPS2020/2020-9-13--2020-9-13
  • サルコシンオキシダーゼにおけるシクロプロピルグリシンの反応機構についての理論的解明
    庄司 光男
    第９３回日本生化学学会年会/2020-9-14--2020-9-14
  • Recent Progress in the Reaction Mechanism of Water-Splitting in Photosystem II
    Shoji Mitsuo
    70th JSCC/2020-9-28--2020-9-28
  • QM/MMで見えてきた酵素反応の特徴
    庄司 光男
    高速分子動画領域会議/2020-10-20--2020-10-20
  • 銅含有アミン酸化酵素のプロトン化状態についてのQM/MM解析
    庄司 光男
    量子生命科学会第２回大会/2020-12-23--2020-12-23
Professional activities
2024-04 -- 2026-03Japan Society for Theoretical Chemistryフロンティア編集委員
2023-10 -- 2025-10Japan Society for Theoretical Chemistry幹事
2020-04 -- 2021-03Japan Society for Theoretical Chemistry将来構想委員
2019-04 -- 2022-03The Molecular Simulation Society of Japanアンサンブル編集委員

(Last updated: 2024-12-12)