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Shoji Mitsuo

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Affiliation
Center for Computational Sciences
Official title
Assistant Professor
URL
Email
 
Office
Biophysics
Phone
029-853-6284
Research keywords
Quantum Chemistry
QM/MM
酵素反応
反応機構の理論解明
生物無機化学
多核金属錯体
Molecular Dynamics
分子磁性
Research projects
生体内量子多体系における特異的化学反応の機構解明2019-10 -- 2023-03庄司光男JST/JST-PRESTO39,000,000Yen
自然・半導体・分子触媒で利用可能な多様な水分解反応機構の解明2020-04 -- 2022-03庄司光男日本学術振興会/新学術領域研究(研究領域提案型)3,900,000Yen
光化学系II酸素発生中心における再活性化機構についての理論的解明2018-04 -- 2020-03庄司 光男Japan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas5,200,000Yen
光化学系II酸素発生中心における水分解反応の全反応経路解明2017-04 -- 2020-03庄司 光男Japan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Young Scientists(A)25,870,000Yen
トレオニン合成酵素の全反応機構の理論的解明2014-04 -- 2017-03庄司 光男Japan Society for the Promotion of Science/基盤研究(C)5,070,000Yen
生体酵素における反応機構と反応制御機構解明のための理論的研究2012-04 -- 2014-03庄司光男Japan Society of for the Promotion of Science/若手研究(B)3,770,000Yen
Career history
2019-10 -- (current)JST PRESTO 研究員(兼任)
2006-04 -- 2007-03日本学術振興会 特別研究員(DC2)
2007-04 -- 2008-03日本学術振興会 特別研究員(PD)
2008-04 -- 2010-06日本学術振興会 特別研究員(PD)
2010-07 -- (current)筑波大学 数理物質科学研究科 助教
Academic background
-- 2007-03大阪大学 理学研究科 博士課程Completed
Degree
2007-03博士(理学)大阪大学
Academic societies
2018 -- (current)The Molecular Simulation Society of Japan
2014 -- (current)理論化学研究会
2012 -- 2021-03PROTEIN SCIENCE SOCIETY OF JAPAN
2011 -- (current)THE BIOPHYSICAL SOCIETY OF JAPAN
2011 -- 2021-03The Japanese Biochemical Society
2005 -- 2021-03Society of Computer Chemistry, Japan
2002 -- (current)Chemical Society of Japan
Honors & Awards
2020-12量子生命科学会 第二回大会 優秀発表賞 (口頭発表)優れた学術研究発表を行ったため
Articles
Books
  • 量子化学計算ビギナーズガイド
    庄司 光男
    環境技術, pp.45-49, 2020-10
  • フリーソフトで始める分子モデリング
    庄司 光男
    Amazon Kindle direct publishing, 2020-04
  • A practical introduction to quantum chemical calculations with Gaussian16
    庄司 光男
    Amazon Kindle direct publishing, 2019-11
Conference, etc.
  • 酸化型[NiFe]ヒドロゲナーゼ活性中心の電子状態計算
    堀 優太; 石川 航平; 庄司 光男; 重田 育照
    量子生命科学会第3回大会/2021-09-16--2021-09-16
  • Theoretical study of chiral amplification steps of meteoritic amino acids
    渡辺 七都稀; 庄司 光男; 堀 優太; 重田 育照
    The 15th Annual Meeting of Japan Society for Molecular Science/2021-09-18--2021-09-21
  • 今日から使えるガウシャン(Gaussian)
    庄司 光男
    CSJ化学フェスタ/2020-10-22--2020-10-22
  • QM/MM 法による銅含有アミン酸化酵素のプロトン化状態についての理論解析
    庄司 光男
    第34回分子シミュレーション討論会/2020-12-15--2020-12-15
  • Theoretical analyses on the protonation states of copper amine oxidase
    庄司 光男
    高速分子動画領域会議/2020--2020-10-19
  • QM/MM study for the protonation states of copper amine oxidase
    Shoji Mitsuo
    The 58th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan/2020-9--2020-9-16
  • ヘモグロビンM IwateとM Bostonにおけるヘム-チロシン結合の振動分光,結晶構造,理論計算による解析
    長友重紀; 寺田拓人; 庄司光男; 重田育照; 中谷清治; 廣田俊;...
    第47回生体分子科学討論会(オンライン)/2021-06-04--2021-06-05
  • 酸化型[NiFe]ヒドロゲナーゼの活性中心についての理論的研究
    堀 優太; 石川 航平; 庄司 光男; 重田 育照
    量子生命科学会 第二回大会/2020-12-23--2020-12-24
  • 光化学系II酸素発生中心における水分解反応機構についての理論解析
    庄司 光男
    第46回生体分子科学討論会/2019-06-21--2019-06-22
  • 光化学系II酸素発生中心における水分解反応機構の理論解明
    庄司 光男
    第19回日本蛋白質科学会年会/2019-06-25--2019-06-25
  • 酵素の反応機構解明に適した構造探索手法(GLAS)の開発
    庄司 光男
    新学術領域研究「高􏰀分子動画」キックオフミーティング・膜タンパ ク質研究会/2019-10-07--2019-10-08
  • 光合成酸素発生機構の分子メカニズム
    庄司 光男
    筑波大プレ戦略研究会「生命から学ぶ」プログラム/2019-10-10--2019-10-10
  • Catalytic Reaction Mechanisms Found by using the GLAS Algorithm
    庄司 光男
    ICPAC 2019/2019-08-07--2019-08-07
  • Reaction mechanism of water splitting in photosystem II revealed by QM/MM calculations
    庄司 光男
    11th symposium on Discovery, Fusion, Creation of New Knowledge by Multidisciplinary Computational Sciences, CCS International Symposium 2019/2019-10-15--2019-10-15
  • Role of Valine 185 in the Oxygen-Evolving Complex of Photosystem II Revealed by QM/MM Calculations
    庄司 光男
    ISF-3 Young/2019-11-19--2019-11-20
  • Elucidation of the Entire Kok Cycle of the Photosynthetic Water Oxidation Using QM/MM Calculations
    庄司 光男
    3rd International Solar Fuels Conference (ISF-3) and International Conference on Artificial Photosynthesis-2019/2019-11-20--2019-11-24
  • GLAS アルゴリズムによる酵素反応機構の新規解明
    庄司 光男
    第33回分子シミュレーション討論会/2019-12-10--2019-12-10
  • Theoretical and computational investigations of geometrical, electronic and spin structures of the CaMn4OX (X=5, 6) cluster in the Kok cycle S-i (i=0-3) of oxygen evolving complex of photosystem II
    Yamaguchi Kizashi; Yamanaka Shusuke; Isobe Hiroshi; Shoji...
    1st European Congress on Photosynthesis Research (EPS)/2018-06-25--2018-06-28
  • チロシン配位の天然の変異ヘモグロビンで観測される帰属未定の振動バンドの挙動と性質
    長友重紀; 寺田拓人; 庄司光男; 重田育照; 中谷清治; 廣田俊;...
    第46回生体分子科学討論会/2019-06-21--2019-06-22
  • 分子構造探索および反応経路探索のための新手法(GLAS 法)の提唱
    Shoji Mitsuo
    第21回理論化学討論会/2018-05-16--2018-05-16
  • A new approach for searching stable molecular structures by introducing repulsive interactions among walkers
    Shoji Mitsuo
    7thJCS/2018-05-21--2018-05-24
  • A new algorithm searching stable molecular structures and reaction pathways by introducing repulsive interactions among walkers
    Shoji Mitsuo
    ICQC 2018/2019-06-20--2019-06-20
  • 分子構造および反応機構探索アルゴリズムの新展開
    Shoji Mitsuo
    第18回日本蛋白質科学会年会/2018-06-26--2018-06-26
  • QM/MM study on the O2 formation and O2 release mechanism in the oxygen-evolving complex of photosystem II
    Shoji Mitsuo
    the 56th Annual Meeting of The BioPhysical Society of Japan/2018-09-16--2018-09-16
  • 銅含有アミン酸化酵素におけるセミキノンラジカル生成機構についての理論的解明
    Shoji Mitsuo
    第32回分子シミュレーション討論会/2018-11-30--2018-11-30
Teaching
2021-04 -- 2021-08Special Seminar for Condensed Matter Theory VBUniversity of Tsukuba.
2021-04 -- 2021-08Collaborative Research in Physics VUniversity of Tsukuba.
2021-10 -- 2022-02Collaborative Research in Physics VUniversity of Tsukuba.
2021-10 -- 2022-02Seminar on Theoretical Condensed Matter Physics DUniversity of Tsukuba.
2021-04 -- 2021-08Special seminar for condensed matter theory IVAUniversity of Tsukuba.
2021-04 -- 2021-08Practical Training in Physics IIUniversity of Tsukuba.
2021-10 -- 2022-02Practical Training in Physics IIUniversity of Tsukuba.
2021-04 -- 2021-08Seminar on Theoretical Condensed Matter Physics AUniversity of Tsukuba.
2021-04 -- 2021-08Special Seminar for Condensed Matter Theory VAUniversity of Tsukuba.
2021-04 -- 2021-08Special Seminar for Condensed Matter Theory IBUniversity of Tsukuba.
Talks
  • 構造探索手法(GLAS)による酵素反応機構の解明
    庄司 光男
    SRPS2020/2020-9-13--2020-9-13
  • サルコシンオキシダーゼにおけるシクロプロピルグリシンの反応機構についての理論的解明
    庄司 光男
    第93回日本生化学学会年会/2020-9-14--2020-9-14
  • Recent Progress in the Reaction Mechanism of Water-Splitting in Photosystem II
    Shoji Mitsuo
    70th JSCC/2020-9-28--2020-9-28
  • QM/MMで見えてきた酵素反応の特徴
    庄司 光男
    高速分子動画領域会議/2020-10-20--2020-10-20
  • 銅含有アミン酸化酵素のプロトン化状態についてのQM/MM解析
    庄司 光男
    量子生命科学会第2回大会/2020-12-23--2020-12-23
University Management
2019-04 -- 2022-03分子シミュレーション アンサンブル編集委員編集委員
2020-04 -- 2021-03理論化学会 将来構想委員委員

(Last updated: 2021-06-21)