Shoji Mitsuo
- Affiliation
- Center for Computational Sciences
- Official title
- Assistant Professor
- URL
- 58>3:54N]Y..>W?>@6@-,W,.W5;d
- Office
- Biophysics
- Phone
- 029-853-6284
- Research keywords
Quantum Chemistry QM/MM 酵素反応 反応機構の理論解明 生物無機化学 多核金属錯体 Molecular Dynamics 分子磁性 - Research projects
生体内量子多体系における特異的化学反応の機構解明 2019-10 -- 2023-03 庄司光男 JST/JST-PRESTO 39,000,000Yen 自然・半導体・分子触媒で利用可能な多様な水分解反応機構の解明 2020-04 -- 2022-03 庄司光男 日本学術振興会/新学術領域研究(研究領域提案型) 3,900,000Yen 光化学系II酸素発生中心における再活性化機構についての理論的解明 2018-04 -- 2020-03 庄司 光男 Japan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas 5,200,000Yen 光化学系II酸素発生中心における水分解反応の全反応経路解明 2017-04 -- 2020-03 庄司 光男 Japan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Young Scientists(A) 25,870,000Yen トレオニン合成酵素の全反応機構の理論的解明 2014-04 -- 2017-03 庄司 光男 Japan Society for the Promotion of Science/基盤研究(C) 5,070,000Yen 生体酵素における反応機構と反応制御機構解明のための理論的研究 2012-04 -- 2014-03 庄司光男 Japan Society of for the Promotion of Science/若手研究(B) 3,770,000Yen - Career history
2019-10 -- (current) JSTPRESTO研究員(兼任) 2006-04 -- 2007-03 日本学術振興会特別研究員(DC2) 2007-04 -- 2008-03 日本学術振興会特別研究員(PD) 2008-04 -- 2010-06 日本学術振興会特別研究員(PD) 2010-07 -- (current) 筑波大学数理物質科学研究科助教 - Academic background
-- 2007-03 大阪大学 理学研究科 博士課程 - Degree
2007-03 博士(理学) 大阪大学 - Academic societies
2018 -- (current) The Molecular Simulation Society of Japan 2014 -- (current) 理論化学研究会 2012 -- 2021-03 PROTEIN SCIENCE SOCIETY OF JAPAN 2011 -- (current) THE BIOPHYSICAL SOCIETY OF JAPAN 2011 -- 2021-03 The Japanese Biochemical Society 2005 -- 2021-03 Society of Computer Chemistry, Japan 2002 -- (current) Chemical Society of Japan - Honors & Awards
2022-05 Best Presentation 優れた研究内容について講演を行なったため 2021-09 Best Presentation for a presentation of eminent research 2020-12 量子生命科学会 第二回大会 優秀発表賞 優れた学術研究発表を行ったため - Articles
- Theoretical Investigation into a Possibility of Formation of Propylene Oxide Homochirality in Space
Hori Yuta; Nakamura Honami; Sakawa Takahide; Natsuki Wat...
Astrobiology/22(11)/pp.1330-1336, 2022-09 - Comprehensive Search of Stable Isomers of Alanine and Alanine Precursors in Prebiotic Syntheses
Mitsuo Shoji; Natsuki Watanabe; Hori Yuta; Kenji Furuya; ...
Astrobiology/22(9)/pp.1129-1142, 2022-09 - Relative energies among proton-shifted S2 isomers in the photosystem II revealed by DLPNO coupled cluster and hybrid DFT calculations. Proton transfer coupled spin transitions of the CaMn4Ox cluster in OEC of PSII
Miyagawa Koichi; Shoji Mitsuo; Isobe Hiroshi; Kawakami T...
Chemical Physics Letters/790/p.139357, 2022-01 - Heme-bound tyrosine vibrations in hemoglobin M: Resonance Raman, crystallography, and DFT calculation
Nagatomo Shigenori; Shoji Mitsuo; Terada Takuto; Nakatani...
BIOPHYSICAL JOURNAL/121(14)/pp.2767-2780, 2022-06 - Estimation of the relative contributions to the electronic energy transfer rates based on Forster theory: The case of C-phycocyanin chromophores
Mishima Kenji; Shoji Mitsuo; Umena Yasufumi; Boero Ma...
Biophysics and physicobiology/18/pp.196-214, 2021 - pyProGA-A PyMOL plugin for protein residue network analysis
Sladek Vladimir; Yamamoto Yuta; Harada Ryuhei; Shoji ...
PLOS ONE/16(7), 2021-07 - Theory of chemical bonds in metalloenzymes XXIV electronic and spin structures of FeMoco and Fe-S clusters by classical and quantum computing
Miyagawa K.; Shoji Mitsuo; Isobe H.; Yamanaka S.; Kawakam...
Molecular Physics/118(21-22)/p.e1760388, 2020-05 - UNO(ULO) active space for multireference calculations on classical and quantum computers. Revisit to the iron-sulfur complexes
Miyagawa K.; Shoji Mitsuo; Isobe H.; Yamanaka S.; Kawakam...
Chemical Physics Letters/746/p.137252, 2020-05 - Relative stability among intermediate structures in S2 state of CaMn4O5 cluster in PSII by using hybrid-DFT and DLPNO-CC methods and evaluation of magnetic interactions between Mn ions
Shoji Mitsuo
Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry/405/p.112923, 2020-9 - Electronic and spin structures of CaMn4Ox clusters in the S0 state of the oxygen evolving complex of photosystem II. Domain-based local pair natural orbital (DLPNO) coupled-cluster (CC) calculations using optimized geometries and natural orbitals (UNO) by hybrid density functional theory (HDFT) calculations
Miyagawa K.; Yamanaka S.; Isobe H.; Shoji Mitsuo; Kawakam...
Physical Chemistry Chemical Physics/46(22)/pp.27191-27205, 2020-10 - Development of broken-symmetry (BS) methods in chemical reactions. A theoretical view of water oxidation in photosystem II and related systems
Yamaguchi Kizashi; Isobe Hiroshi; Shoji Mitsuo; Miyagawa ...
J. Photochem. Photobiol. A/402(112791)/pp.1-22, 2020-07 - Weak O2 binding and strong H2O2 binding at the non-heme diiron center of trypanosome alternative oxidase
Yamasaki Sotaro; Shoji Mitsuo; Kayanuma Megumi; Sladek V...
Biochimica et biophysica acta. Bioenergetics/1862(4), 2021-04 - Unique protonation states of aspartate and topaquinone in the active site of copper amine oxidase
Shoji Mitsuo; Murakawa Takeshi; Boero Mauro; Shigeta Yas...
RSC ADVANCES/10(63)/pp.38631-38639, 2020-10 - A three states model for hydrogen abstraction reactions with the cytochrome P450 compound I is revisited. Isolobal and isospin analogy among Fe(IV)=O, O = O and O
Miyagawa Koichi; Isobe Hiroshi; Shoji Mitsuo; Kawakami...
JOURNAL OF PHOTOCHEMISTRY AND PHOTOBIOLOGY A-CHEMISTRY/405, 2021-01 - Exploring reaction pathways for the structural rearrangements of the Mn cluster induced by water binding in the S-3 state of the oxygen evolving complex of photosystem II
Isobe Hiroshi; Shoji Mitsuo; Suzuki Takayoshi; Shen J...
JOURNAL OF PHOTOCHEMISTRY AND PHOTOBIOLOGY A-CHEMISTRY/405, 2021-01 - Role of the Propionic Acid Side-Chain of C-Phycocyanin Chromophores in the Excited States for the Photosynthesis Process
Mishima Kenji; Shoji Mitsuo; Umena Yasufumi; Boero Mauro...
Bulletin of the Chemical Society of Japan/93(12)/pp.1509-1519, 2020 - Reaction mechanism of N-cyclopropylglycine oxidation by monomeric sarcosine oxidase
Shoji Mitsuo; Abe Yukihiro; Boero Mauro; Shigeta Yasuter...
PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS/22(29)/pp.16552-16561, 2020-08 - First-Principles Study of the Reaction Mechanism of CHO + H on Graphene Surface
Kayanuma Megumi; Shoji Mitsuo; Furuya Kenji; Kamiya Kats...
The Journal of Physical Chemistry A/123(26)/pp.5633-5639, 2019-06 - Reaction Mechanism of Monomeric Sarcosine Oxidase with N-Cyclopropylglycine
Shoji Mitsuo; Abe Y.; Boero M.; Shigeta Y.; Y. Nishida
Physical Chemistry Chemical Physics, 2020-05 - Neutron crystallography of copper amine oxidase reveals keto/enolate interconversion of the quinone cofactor and unusual proton sharing
Murakawa T.; Kurihara K.; Shoji Mitsuo; Shibazaki C.; Sun...
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America/117(20)/pp.10818-10824, 2020-04 - Domain-based local pair natural orbital CCSD (T) calculations of strongly correlated electron systems: Examination of dynamic equilibrium models based on multiple intermediates in S1 state of photosystem II
庄司 光男
Molecular Physics, 2019-09 - Domain-based local pair natural orbital CCSD (T) calculations of six different S1 structures of oxygen evolving complex of photosystem II. Proposal of multi-intermediate models for the S1 state
Shoji Mitsuo
Chemical Physics Letters/732/p.136660, 2019-10 - Domain-based local pair natural orbital CCSD (T) calculations of fourteen different S2 intermediates for water oxidation in the Kok cycle of OEC of PSII. Re-visit to one LS-two HS model for the S2 state
Shoji Mitsuo
Chemical Physics Letters/734/p.136731, 2019-11 - Reaction of threonine synthase with the substrate analogue 2-amino-5-phosphonopentanoate: Implications into the proton transfer at the active site
Machida Yasuhiro; Murakawa Takeshi; Sakai Akiko; Shoji M...
Journal of biochemistry/167(4)/pp.357-364, 2019-11 - Elucidation of the entire Kok cycle for photosynthetic water oxidation by the large-scale quantum mechanics/molecular mechanics calculations: Comparison with the experimental results by the recent serial femtosecond crystallography
Shoji Mitsuo; Isobe Hiroshi; Shen Jian-Ren; Suga Mich...
CHEMICAL PHYSICS LETTERS/730/pp.416-425, 2019-09 - more...
- Theoretical Investigation into a Possibility of Formation of Propylene Oxide Homochirality in Space
- Books
- 量子化学計算ビギナーズガイド
庄司 光男
環境技術/pp.45-49, 2020-10 - フリーソフトで始める分子モデリング
庄司 光男
Amazon Kindle direct publishing, 2020-04 - A practical introduction to quantum chemical calculations with Gaussian16
庄司 光男
Amazon Kindle direct publishing, 2019-11
- 量子化学計算ビギナーズガイド
- Conference, etc.
- 有機分子触媒を用いたアミノ酸ラセミ化反応の理論的研究
渡辺 七都稀; 庄司 光男; 堀 優太; 重田 育照
日本コンピュータ化学会2022年秋季年会/2022-11-25--2022-11-27 - heoretical prediction into a possibility of the formation of propylene oxide homochirality
堀 優太; 渡辺 七都稀; 庄司光男; 重田 育照
Symposium on Next Generation Astrochemistry 2022/2022-11-29--2022-12-02 - Chiral symmetry breaking for amino acid homochirality by dimerization
渡辺 七都稀; 庄司光男; 堀 優太; 重田 育照
Symposium on Next Generation Astrochemistry 2022/2022-11-29--2022-12-02 - 銅アミン酸化酵素におけるドパキノン補酵素のコンフォメーション制御機構
Shoji Mitsuo
量子生命科学先端フォーラム2021冬の研究会/2021-12 - 銅含有アミン酸化酵素におけるセミキノンラジカル生成機構の理論解明
Shoji Mitsuo
I4LEC 第4回公開シンポジウム/2021-09 - 自然・半導体・分子触媒で利用可能な多様な水分解反応機構の解明
Shoji Mitsuo
I4LEC 第4回公開シンポジウム/2022-03 - QM/MM study of the large conformational change of quinone cofactor during the catalytic cycle of bacterial copper amine oxidases
Shoji Mitsuo
2022 LBNL/CSA - Tsukuba/CCS Collaboration Meeting/2022-03 - 結晶成長によるアミノ酸キラル増幅に関する理論的研究
渡辺 七都稀; 庄司 光男; 堀 優太; 重田 育照
日本コンピュータ化学会2021年秋季年会/2021-11-2--2021-11-3 - GLAS 法による分子構造及び化学反応経路の探索
庄司 光男
日本コンピュータ化学会2021年秋季年会/2021-11-02--2021-11-02 - 銅含有アミン酸化酵素におけるセミキノンラジカル生成機構の理論解明
庄司 光男
量子生命科学会第3回大会/2021-09-16--2021-09-16 - 銅含有アミン酸化酵素のプロトン化状態についてのQM/MM解析
庄司 光男
第47回生体分子科学討論会/2021-06-04--2021-06-04 - 銅含有アミン酸化酵素におけるセミキノンラジカル生成機構についての理論的解明
庄司 光男
第23回理論化学討論会/2021-05-14--2021-05-14 - QM/MM study of the large conformational change of quinone cofactor during the catalytic cycle of bacterial copper amine oxidases
Shoji Mitsuo
2022 LBNL/CSA - Tsukuba/CCS Collaboration Meeting/2022-03-23--2022-03-24 - アミノ酸ホモキラリティ起源を紐解く結晶形成過程についての量子化学研究
渡辺 七都稀; 庄司 光男; 堀 優太; 重田 育照
量子生命科学会第4回大会/2022-05-26--2022-05-27 - 酸化型[NiFe]ヒドロゲナーゼ活性中心の電子状態計算
堀 優太; 石川 航平; 庄司 光男; 重田 育照
量子生命科学会第3回大会/2021-09-16--2021-09-16 - Theoretical study of chiral amplification steps of meteoritic amino acids
渡辺 七都稀; 庄司 光男; 堀 優太; 重田 育照
The 15th Annual Meeting of Japan Society for Molecular Science/2021-09-18--2021-09-21 - 今日から使えるガウシャン(Gaussian)
庄司 光男
CSJ化学フェスタ/2020-10-22--2020-10-22 - QM/MM 法による銅含有アミン酸化酵素のプロトン化状態についての理論解析
庄司 光男
第34回分子シミュレーション討論会/2020-12-15--2020-12-15 - Theoretical analyses on the protonation states of copper amine oxidase
庄司 光男
高速分子動画領域会議/2020--2020-10-19 - QM/MM study for the protonation states of copper amine oxidase
Shoji Mitsuo
The 58th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan/2020-9--2020-9-16 - ヘモグロビンM IwateとM Bostonにおけるヘム-チロシン結合の振動分光,結晶構造,理論計算による解析
長友重紀; 寺田拓人; 庄司光男; 重田育照; 中谷清治; 廣田俊; 北川禎三; 長井雅子; 大木規央; 朴三用; 柴山修哉
第47回生体分子科学討論会(オンライン)/2021-06-04--2021-06-05 - 酸化型[NiFe]ヒドロゲナーゼの活性中心についての理論的研究
堀 優太; 石川 航平; 庄司 光男; 重田 育照
量子生命科学会 第二回大会/2020-12-23--2020-12-24 - 光化学系II酸素発生中心における水分解反応機構についての理論解析
庄司 光男
第46回生体分子科学討論会/2019-06-21--2019-06-22 - 光化学系II酸素発生中心における水分解反応機構の理論解明
庄司 光男
第19回日本蛋白質科学会年会/2019-06-25--2019-06-25 - 酵素の反応機構解明に適した構造探索手法(GLAS)の開発
庄司 光男
新学術領域研究「高分子動画」キックオフミーティング・膜タンパ ク質研究会/2019-10-07--2019-10-08 - more...
- 有機分子触媒を用いたアミノ酸ラセミ化反応の理論的研究
- Teaching
2022-10 -- 2023-02 Seminar on Theoretical Condensed Matter Physics D University of Tsukuba. 2022-04 -- 2022-08 Seminar on Theoretical Condensed Matter Physics A University of Tsukuba. 2022-04 -- 2022-08 Collaborative Research in Physics V University of Tsukuba. 2022-10 -- 2023-02 Collaborative Research in Physics V University of Tsukuba. 2022-10 -- 2023-02 Collaborative Research in Physics IV University of Tsukuba. 2022-04 -- 2022-08 Collaborative Research in Physics IV University of Tsukuba. 2022-04 -- 2022-08 Seminar on Theoretical Condensed Matter Physics C University of Tsukuba. 2022-04 -- 2022-08 Special Seminar for Condensed Matter Theory IIB University of Tsukuba. 2022-04 -- 2022-08 Special seminar for condensed matter theory IA University of Tsukuba. 2022-10 -- 2023-02 Special Seminar for Condensed Matter Theory IA University of Tsukuba. more... - Talks
- 構造探索手法(GLAS)による酵素反応機構の解明
庄司 光男
SRPS2020/2020-9-13--2020-9-13 - サルコシンオキシダーゼにおけるシクロプロピルグリシンの反応機構についての理論的解明
庄司 光男
第93回日本生化学学会年会/2020-9-14--2020-9-14 - Recent Progress in the Reaction Mechanism of Water-Splitting in Photosystem II
Shoji Mitsuo
70th JSCC/2020-9-28--2020-9-28 - QM/MMで見えてきた酵素反応の特徴
庄司 光男
高速分子動画領域会議/2020-10-20--2020-10-20 - 銅含有アミン酸化酵素のプロトン化状態についてのQM/MM解析
庄司 光男
量子生命科学会第2回大会/2020-12-23--2020-12-23
- 構造探索手法(GLAS)による酵素反応機構の解明
- University Management
2019-04 -- 2022-03 分子シミュレーション アンサンブル編集委員 編集委員 2020-04 -- 2021-03 理論化学会 将来構想委員 委員
(Last updated: 2022-08-08)