Shigeta Yasuteru

Affiliation
Center for Computational Sciences
Official title
Professor
ORCID
0000-0002-3219-6007
Sex
Male
Birth date
1972-12
KAKEN ID
80376483
URL
Email
/D9:86E2Tc_44D]EDF<F32]24];A
Office
Computational Biophysics Group
Phone
029-853-6496
Research fields
Basic chemistry
Biological physics/Chemical physics/Soft matter physics
Research keywords
第一原理計算
分子動力学
Research projects
加齢ミトコンドリアDNA説における金属タンパク質動態に関する理論的研究2022-04 -- 2024-03重田育照JSPS/文部科学省/新学術領域研究（研究領域提案型）5,720,000Yen
Novel drug development for the treatment of mitochondrial diseases by activation of cytochrome c oxidase2021-04 -- 2024-03Yasunori Shintani日本医療研究開発機構 (AMED)/難治性疾患実用化研究事業1,300,000Yen
量子生命技術の創製と医学・生命科学の革新2020-09 -- 2030-03馬場嘉信文部科学省/光・量子飛躍フラッグシッププログラム（Q-LEAP）6,500,000Yen
3D ドメインスワッピングを利用したタンパク質の自在配列と機能化2020-12 -- 2026-03廣田俊国立研究開発法人 科学技術振興機構/戦略的創造研究推進事業65,000,000Yen
生命金属動体解明のための量子生体エネルギー論2020-04 -- 2022-03重田育照独立行政法人日本学術振興会/新学術領域研究(研究領域提案型)5,720,000Yen
生体ハイドロジェノミクスの理論解析2019-04 -- 2021-03重田育照日本学術振興会/新学術領域研究(研究領域提案型)3,770,000Yen
Structure-based design of middle molecules for drug discovery2018-06 -- 2021-03Katsumi MaenakaThe Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)/次世代治療・診断実現のための創薬基盤技術開発事業：革新的中分子創薬技術の開発56,000,000Yen
ポスト「京」重点課題 (7)「次世代の産業を支える新機能デバイス・高性能材料 の創成」サブ課題A 「高機能半導体デバイス」2016-04 -- 2019-03Atsushi OshiyamaMinistry of Education, Culture, Sports, Science and Technology, Japan/15,340,000Yen
高次複合光応答分子システムの開拓と学理の構築2014-06 -- 2019-03宮坂博Japan Society of for the Promotion of Science/科研費新学術領域研究(研究領域提案型)1,300,000Yen
メゾスケール空間内移動速度論創成のための挑戦的研究2015-04 -- 2017-03岡野 泰則Japan Society of for the Promotion of Science/科学研究費補助金 挑戦的萌芽研究780,000Yen
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Career history
2016-04 -- (current)Center for Computational Sciences, University of TsukubaDivision of Life ScienceProfessor
2019-04 -- (current)National Institutes for Quantum and Radiological Science and TechnologyTakasaki Advanced Radiation Research InstituteVisiting Researcher
2014-05 -- (current)Osaka UniversityGraduate School of Engineering SciencesVisiting Professor
2018-04 -- 2020-03宇宙航空研究開発機構宇宙科学研究所 学際科学研究系客員教授
2016-04 -- 2018-03Institute of Molecular SciencesVisiting professor
2014-03 -- 2016-03筑波大学大学院数理物質科学研究科物理学系教授
2011-08 -- 2013-07文部科学省研究振興局学術助成課学術調査官（兼任）
2010-08 -- 2014-03大阪大学大学院基礎工学研究科物質創成専攻准教授
2008-05 -- 2010-07兵庫県立大学大学院生命理学研究科ピコバイオロジー研究所特任准教授
2007-02 -- 2008-05筑波大学大学院数理物質科学研究科物理学専攻講師
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Academic background
1997-04 -- 2000-03大阪大学 大学院理学研究科 化学専攻
1995-04 -- 1997-03金沢大学 大学院理学研究科 化学専攻
1991-04 -- 1995-03金沢大学 理学部 化学科
Degree
2000-03博士（理学）大阪大学
Academic societies
2021-12 -- (current)Society of Computer Chemistry, Japan
-- (current)Quantum Life Science Society
-- (current)PROTEIN SCIENCE SOCIETY OF JAPAN
-- (current)理論化学会
-- (current)THE BIOPHYSICAL SOCIETY OF JAPAN
-- (current)分子科学会
-- (current)Chemical Society of Japan
Honors & Awards
2006-03第86回日本化学会年会優秀講演賞研究業績
2007-03PCCP Prize for the Outstanding Achievement of Young Scientists in Physical Chemistry and Chemical PhysicsResearch Award
2009-03第58回日本化学会進歩賞研究業績
2010-04平成23年文部科学大臣表彰若手科学者賞研究業績
2012-09第5回分子科学会奨励賞研究業績
2013-05第2回大阪大学総長奨励賞・研究部門研究業績
2017-03Outstanding Reviewers for Physical Chemistry Chemical Physics in 2016論文査読
2017-1022nd QSCP Promising Scientist Award of CMOAResearch Award
2019-02Best Faculty Awards 2018業績による評価
Refereed academic journal/Refereed international conference paper
Books
  • Liner Combination of Molecular Orbitals of Fragments (FMO-LCMO) Method: Its Application to Charge Transfer Studies
    Shigeta Yasuteru
    Recent advances of the fragment molecular orbital method Subtitle: Enhanced performance and applicability/Springer/pp.391-405, 2021-01
  • AnalysisFMO toolkit: PyMOL plugin module to 3D-visualize interaction energies in protein (3D-VIEP) generated by fragment molecular orbital calculation
    Shigeta Yasuteru
    Recent advances of the fragment molecular orbital method Subtitle: Enhanced performance and applicability/Springer/pp.357-370, 2021-01
  • Open-Architecture Program of Fragment Molecular Orbital Method for Massive Parallel Computing (OpenFMO) with GPU Acceleration
    Shigeta Yasuteru
    Recent advances of the fragment molecular orbital method Subtitle: Enhanced performance and applicability/Springer/pp.77-90, 2021-01
  • Open-Architecture Program of Fragment Molecular Orbital Method for Massive Parallel Computing (OpenFMO) with GPU Acceleration
    Shigeta Yasuteru
    Recent advances of the fragment molecular orbital method Subtitle: Enhanced performance and applicability/Springer/pp.77-90, 2021-01
  • Protein Folding and Evolution
    Harada Ryuhei; Inagaki Yuji; Shigeta Yasuteru
    Reference modules in Materials Science and Engineering 2016, 2016-06
  • Integrated Computational Studies on Mutational Effects of A Nylon-degrading Enzyme
    Baba Takeshi; Kamiya Katsumasa; Shigeta Yasuteru
    Quantum Systems in Physics, Chemistry, and Biology: Advances in Concepts and Applications/pp.317-330, 2017-06
  • Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Simulations for Transition Pathway Sampling of Biomolecules
    Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
    Advances in Quantum Chemistry/pp.129-147, 2019-01
  • Quantal cumulant dynamics for dissipative systems
    Shigeta Yasuteru
    COMPUTATION IN MODERN SCIENCE AND ENGINEERING VOL 2, PTS A AND B/AMER INST PHYSICS/pp.1371-1374, 2007-01
  • Quantal Cumulant Dynamics for Dissipative Systems
    Shigeta Yasuteru
    SELECTED PAPERS FROM ICNAAM 2007 AND ICCMSE 2007/AMER INST PHYSICS/pp.48-51, 2008-01
  • 第4-1章 錯体の伝導性
    重田 育照; 北河康隆
    金属錯体の量子・計算化学, 2014-10
  • 第１３、１４章
    重田 育照
    物性量子化学入門/講談社, 2004-09
  • Single-Reference Methods for Excited States in Molecules and Polymers
    Shigeta Yasuteru
    Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics, Chap. 2/Springer/pp.15-64, 2008-10
  • Quantum Theory in Terms of Cumulant Variables
    Shigeta Yasuteru
    Advances in the Theory of Atomic and Molecular Systems, Conceptual and Computational Advances in Quantum Chemistry, Chap. 21/Springer/pp.3-34, 2009-10
  • Theoretical Studies on Metal-Containing Artificial DNA Bases”, Advances in the Theory of Atomic and Molecular Systems
    Shigeta Yasuteru
    Conceptual and Computational Advances in Quantum Chemistry, Chap. 25/Springer/pp.433-460, 2012-10
  • Quantal Cumulant Mechanics as Extended Ehrenfest Theorem
    Shigeta Yasuteru
    Quantum mechanics Chap. 17/InTech open, 2013-04
  • Quantum Theory in Terms of Cumulant Variables
    Shigeta Yasuteru; Miyachi Hideaki; Matsui Toru; Yokoyama ...
    ADVANCES IN THE THEORY OF ATOMIC AND MOLECULAR SYSTEMS: DYNAMICS, SPECTROSCOPY, CLUSTERS, AND NANOSTRUCTURES/SPRINGER/pp.3-34, 2009-01
Conference, etc.
  • Theoretical Analysis for Anisotropy of Proton Conduction in Imidazolium Hydrogen Succinate by First-Principles Calculations
    堀 優太; 重田 育照
    日本化学会 第103春季年会(2023)/2023-03-22--2023-03-25
  • ヒト型アルギニンメチル化酵素PRMT1遺伝子改変マウスの作出とその解析
    姚遠; 加香孝一郎; Kowit Hengphasatporn; 重田育照; 本村香織; 金俊達; 深水 昭吉
    第95回日本生化学会会/2022-11-09
  • Elucidation of the BioHydrogen Function Mechanism by Computational Chemistry
    堀 優太; 重田 育照
    第32回日本MRS年次大会/2022-12-05--2022-12-07
  • 分子動力学計算に基づくシロイヌナズナおよびエンバクHPPD-メソトリオン複合体の結合挙動解析
    宗井 陽平; 堀 優太; Hengphasatporn Kowit; 原田 隆平; 重田 育照
    日本コンピュータ化学会2022年秋季年会/2022-11-25--2022-11-27
  • 有機分子触媒を用いたアミノ酸ラセミ化反応の理論的研究
    渡辺 七都稀; 庄司 光男; 堀 優太; 重田 育照
    日本コンピュータ化学会2022年秋季年会/2022-11-25--2022-11-27
  • 自閉症関連Hevin/Sparcl1変異体は構造不安定性を介して小胞体ストレスを誘導する
    武富 巧; 保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平; 鶴田 文憲
    第45回日本分子生物学会/2022-11-30--2022-12-02
  • heoretical prediction into a possibility of the formation of propylene oxide homochirality
    堀 優太; 渡辺 七都稀; 庄司光男; 重田 育照
    Symposium on Next Generation Astrochemistry 2022/2022-11-29--2022-12-02
  • Chiral symmetry breaking for amino acid homochirality by dimerization
    渡辺 七都稀; 庄司光男; 堀 優太; 重田 育照
    Symposium on Next Generation Astrochemistry 2022/2022-11-29--2022-12-02
  • 高電位鉄硫黄タンパク質の電子状態と周辺アミノ酸からの影響
    堀 優太; 佐藤 綾香; 重田 育照
    日本コンピュータ化学会2022年秋季年会/2022-11-25--2022-11-27
  • Hydrogen bond structures and dynamics in proton-conducting imidazolium hydrogen succinate
    Hori Yuta; Dekura Shun; Mori Hatsumi; Shigeta Yasuteru
    24th International Conference On Horizons In Hydrogen Bond Research (HBond2022)/2022-09-12--2022-09-15
  • 酸化型[Ni-Fe]ヒドロゲナーゼの活性中心についての理論的研究
    堀 優太; 重田 育照
    物性研短期研究会、理論タンパク質物性科学の最前線：理論と実験との密な協働/2022-07-26--2022-07-26
  • 高電位鉄硫黄タンパク質のクラスター周辺の構造が及ぼす影響と電子状態についての理論的解析
    佐藤 綾香; 堀 優太; 重田 育照
    物性研短期研究会、理論タンパク質物性科学の最前線：理論と実験との密な協働/2022-07-26--2022-07-27
  • 結晶成長によるアミノ酸キラル増幅に関する理論的研究
    渡辺 七都稀; 庄司 光男; 堀 優太; 重田 育照
    日本コンピュータ化学会2021年秋季年会/2021-11-2--2021-11-3
  • Integrated experimental-theoretical approaches to decipher how H179Y substitution affects the biological functions of PRMT1
    Yao Yuan; Jun-Dal Kim; Hiroaki Daitoku; Naoto Muromachi; ...
    2022年度日本生化学会関東支部例会/2022-06-18
  • 計算科学に基づく金属タンパク質動態の理論解析
    重田 育照
    第21回日本蛋白質科学会, シンポジウムNew frontier in biometal science
  • 統合的インシリコシミュレーションによる薬物-タンパク質動体解析
    重田 育照
    計算を中心としたバイオ分野の筑波大-KEK連携セミナー
  • 計算化学と実験の協働による金属タンパク質の構造・機能解析
    重田 育照
    CBI2021 第2回量子構造生命科学研究所シンポジウム
  • Theoretical Studies on Membrane Permeability
    Shigeta Yasuteru
    24th International Annual Symposium on Computational Science and Engineering (ANSCSE24)
  • Computational Studies on Structure-Function of Metalloenzymes
    Shigeta Yasuteru
    The Fourth Asian Workshop for Experiment and Theory in Quantum Beam Molecular Science Sakura Science
  • Computational Studies on Interaction between Viral Proteins and Small Molecules/Protein
    Shigeta Yasuteru
    10th International Conference on Chemical and Biological Sciences
  • Electronic structure of iron-sulfur clusters and their influence from surrounding amino acids in high-potential iron-sulfur proteins
    佐藤 綾香; 堀 優太; 重田 育照
    The 16th Annual Meeting of Japan Society for Molecular Science (2022)/2022-09-19--2022-09-22
  • Theoretical analysis of the geometrical and electronic structures of the [4Fe-4S] active center of high-potential iron-sulfur proteins
    堀 優太; 佐藤 綾香; 重田 育照
    The 22nd Annual Meeting of Protein Science Society of Japan (PSSJ2022)/2022-06-07--2022-06-09
  • Theoretical characterization of the active site and its formation pathway in oxidized [NiFe]-hydrogenase
    堀 優太; 重田 育照
    The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan/2022-09-28--2022-09-30
  • アミノ酸ホモキラリティ起源を紐解く結晶形成過程についての量子化学研究
    渡辺 七都稀; 庄司 光男; 堀 優太; 重田 育照
    量子生命科学会第4回大会/2022-05-26--2022-05-27
  • 高電位鉄硫黄タンパク質の鉄硫黄クラスター周辺の構造と電子状態についての理論的解析
    佐藤 綾香; 堀 優太; 重田 育照
    量子生命科学会第4回大会/2022-05-26--2022-05-27
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Intellectural property rights
  • Information Processing Apparatus and Simulation Method
    重田 育照
  • Information Processing Apparatus and Simulation Method
    重田 育照
  • 情報処理装置、指標次元抽出方法、および指標次元抽出プログラム
    重田 育照
  • 情報処理装置、シミュレーション方法、およびシミュレーションプログ 2. ラム
    重田 育照
  • 情報処理、シミュレーションプログラムおよびシミュレーション方法
    重田 育照
Teaching
2022-10 -- 2023-02Basic Experiments in Human BiologyUniversity of Tsukuba.
2022-10 -- 2023-02Seminar on Theoretical Condensed Matter Physics DUniversity of Tsukuba.
2022-04 -- 2022-08Seminar on Theoretical Condensed Matter Physics AUniversity of Tsukuba.
2022-04 -- 2022-08Collaborative Research in Physics VUniversity of Tsukuba.
2022-10 -- 2023-02Collaborative Research in Physics VUniversity of Tsukuba.
2022-04 -- 2022-08Special Practice in Human Biology IIIUniversity of Tsukuba.
2022-10 -- 2023-02Special Practice in Human Biology IIIUniversity of Tsukuba.
2022-10 -- 2023-02Collaborative Research in Physics IVUniversity of Tsukuba.
2022-04 -- 2022-08Collaborative Research in Physics IVUniversity of Tsukuba.
2022-04 -- 2022-08Seminar on Theoretical Condensed Matter Physics CUniversity of Tsukuba.
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Other educational activities
2021-01 -- 2021-01集中講義東京大学大学院総合文化研究科
2020-10 -- 2022-03LectureWaseda University, Department of Chemistry and Biochemistry
2018-12 -- 2018-12集中講義首都大学東京大学院理学研究科
2018-11 -- 2018-11集中講義日本女子大学大学院理学研究科
2017-06 -- 2017-06集中講義千葉大学理学研究科物理学専攻
2017-08 -- 2017-08集中講義広島市立大学大学院情報科学研究科
2017-09 -- 2022-09集中講義秋田大学大学院工学研究科
2017-11 -- 2017-11集中講義大阪市立大学大学院工学研究科
2017-12 -- 2017-12集中講義立教大学大学院理学研究科化学専攻
2016-11 -- 2016-11集中講義愛媛大学大学院医学研究科
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Talks
  • Covid-19関連タンパク質に対する統合的インシリコリポジショニング
    重田 育照
    新学術領域「高速分子動画」Web セミナー 「構造生物学・化学・計算科学を融合させたウイルス・パンデミックに対する取り組み」
  • 第一原理QM/MM計算による電子・プロトン移動解析
    重田 育照
    第10回高速分子動画オンラインセミナー
  • タンパク質の構造機能-相関に対する計算科学的研究〜応用篇〜
    重田 育照
    新学術領域研究「生命金属科学」夏の合宿
  • 計算化学を用いた生体機能解析と創薬への展開
    重田 育照
    CAMMフォーラム
Professional activities
2021-12 -- (current)Society of Computer Chemistry, Japan役員
2021-06 -- (current)日本量子生命学会評議員会委員
2021-04 -- (current)分子科学会９期運営委員会委員
2019-04 -- (current)Division of Theoretical, Information and Computational Chemistry,The Chemical Society of Japan幹事（プログラム担当）
2019-06 -- (current)Japan Society for Theoretical Chemistry幹事（副会長：企画産学連携担当）
2021-06 -- 2021-11Society of Computer Chemistry, Japan実行委員長
2019-04 -- 2021-03THE BIOPHYSICAL SOCIETY OF JAPAN代議員
2018-04 -- 2020-03理化学研究所ポスト京 プロジェクト 課題７コデザインWG主査
2016-04 -- 2018-03分子科学会第６期運営委員会委員
2019-03 -- 2019-06第４６回生体分子科学討論会実行委員会委員長
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University Management
2022-04 -- 2024-03学長補佐室会議学長補佐
2022-04 -- (current)大学経営改革局アソシエイト
2021-04 -- (current)教育戦略室会議構成員
2021-04 -- (current)学群教育会議構成員
2021-04 -- (current)全学教育課程委員会委員
2021-04 -- (current)総合智教育推進委員会委員長
2021-04 -- (current)学群共通科目部会副部会長
2020-04 -- (current)教学デザイン室室員
2020-04 -- (current)チュートリアル教育タスクフォース構成員
2018-04 -- (current)筑波大学計算科学科研究センター広報戦略室室長
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(Last updated: 2022-06-06)