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Nakamura Akira

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Affiliation
Faculty of Life and Environmental Sciences
Official title
Professor
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Research fields
Applied microbiology
Molecular biology
Research projects
"""グルコース資化のホモキラリティー""への挑戦!〜L-グルコース代謝の進化的検討〜"2019 -- 2020中村 顕Japan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)6,370,000Yen
"""A Sweet and Calorie-free Bacillus!?"": Production of L-glucose in B. subtilis"2016 -- 2019中村 顕Japan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research(B)17,810,000Yen
Analysis of L-glucose metabolic pathway of Paracoccus sp. 43P and the use of the metabolic enzymes for production of novel chiral compounds2010-04 -- 2011-03中村顕/その他2,000,000Yen
Functional analysis of an unknown-essential gene common to all living things, gcp, in Bacteria2006-10 -- (current)/
Development and application of host-vector system in Thermus thermophilus -- (current)/
パラコッカス属細菌のイノシトール代謝を用いたシロイノシトール生産系の開発2012 -- 2013Japan Society of for the Promotion of Science/挑戦的萌芽研究2,470,000Yen
"糖質資化のホモキラリティー"への挑戦! 《L-グルコース代謝機構の解析》2009 -- 2012Japan Society of for the Promotion of Science/基盤研究(B)18,720,000Yen
酵母が窒素固定をする!?2004 -- (current)Japan Society of for the Promotion of Science/萌芽的研究3,700,000Yen
枯草菌内で複数のシグマ因子の活性を調節する蛋白質複合体の機能解析2001 -- (current)Japan Society of for the Promotion of Science/特定領域研究(C)6,500,000Yen
Career history
1988 -- 2000University of Tokyo 大学院農学生命科学研究科 The University of Tokyo, Research Assistant
2000 -- (current)University of Tsukuba University of Tsukuba, Associate Professor
Academic background
-- 1985The University of Tokyo Faculty of Agriculture 農芸化学Graduated
-- 1987The University of Tokyo Graduate School, Division of Agricultural Science 農芸化学Completed
Degree
博士(農学)The University of Tokyo
Academic societies
2009 -- (current)American Society for Microbiology
2001 -- (current)極限環境微生物学会
2005 -- (current)The Society for Bioscience and Bioengineering, Japan
-- (current)JAPAN SOCIETY FOR BIOSCIENCE, BIOTECHNOLOGY, AND AGROCHEMISTRY
Articles
  • The transglycosylation reaction of cyclodextrin glucanotransferase is operated by a ping-pong mechanism
    Nakamura A; Haga K; 山根 國男
    FEBS Letters/337(1)/pp.66-70, 1994
  • Structural basis of L-glucose oxidation by scyllo-inositol dehydrogenase: Implications for a novel enzyme subfamily classification
    Fukano Kazuhiro; Ozawa Kunio; Kokubu Masaya; Shimizu Tets...
    PloS one/13(5), 2018-04
  • Identification of a VapBC toxin-antitoxin system in a thermophilic bacterium Thermus thermophilus HB27.
    Fan Yuqi; Hoshino Takayuki; Nakamura Akira
    Extremophiles/21(1)/pp.153-161, 2017-01
  • Achromobacter denitrificans YD35 pyruvate dehydrogenase controls NADH production to allow tolerance to extremely high nitrite levels.
    Nakamura Akira
    Appl. Environ. Microbiol./80/pp.1910-1918, 2014-04
  • Characterization of LgnR, an IclR family transcriptional regulator involved in regulation of L-gluconate catabolic genes in Paracoccus sp. 43P.
    Shimizu Tetsu; Nakamura Akira
    Microbiology/160(3)/pp.623-634, 2014-03
  • Brevibacillus fulvus sp. nov., isolated from a compost pile.
    Hatayama Kouta; Shoun Hirofumi; Ueda Yasuichi; Nakamura A...
    INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY/64(2)/pp.506-512, 2014-02
  • Directed Evolution for Thermostabilization of a Hygromycin B Phosphotransferase from Streptomyces hygroscopicus.
    SUGIMOTO Naohisa; TAKAKURA Yasuaki; Shiraki Kentaro; HOND...
    Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry/77(11)/pp.2234-2241, 2013-11
  • Crystal structures of the ternary complex of APH(4)-Ia/Hph with hygromycin B and an ATP analog using a thermostable mutant.
    Daisuke Iino; Yasuaki Takakura; Kazuhiro Fukano; Yasuyuki...
    Journal of Structural Biology/183(1)/pp.76-85, 2013-07
  • An L-glucose catabolic pathway in Paracoccus species 43P.
    T. Shimizu; N. Takaya; +中村 顕
    J. Biol. Chem./287(48)/pp.40448-40456, 2012-11
  • Discovery of an L-glucose catabolic pathway
    中村 顕
    バイオサイエンスとインダストリー/71(2)/pp.150-152, 2013-03
  • Kinetic analysis of hydroxylation of saturated fatty acids by recombinant P450foxy produced by an Escherichia coli expression system.
    Kitazume Tatsuya; Tanaka Akinori; Naoki Takaya; Akira Nak...
    European Journal of Biochemistry/269(8)/pp.2075-2082, 2002-01
  • Cloning and sequencing of the major intracellular serine protease gene of Bacillus subtilis.
    Yoshinao Koide; Akira Nakamura; Takeshi Uozumi; Teruhiko ...
    Journal of Bacteriology/167(1)/p.110-116, 1986-01
  • Molecular cloning of a cellulase gene from Bacillus subtilis and its expression in Escherichia coli.
    Yoshinao Koide; Akira Nakamura; Takeshi Uozumi; Teruhiko ...
    Agricultural and Biological Chemistry/50/p.233-237, 1986-01
  • Nucleotide sequence of a cellulase gene of Bacillus subtilis.
    Akira Nakamura; Takeshi Uozumi; Teruhiko Beppu
    European Journal of Biochemistry/164/p.317-320, 1987-01
  • Construction and characterization of multicopy expression-vectors in Streptomyces spp.
    Sueharu Horinouchi; Makoto Nishiyama; Akira Nakamura; Ter...
    Molecular and General Genetics/210/p.468-475, 1987-01
  • Construction of a Bacillus subtilis strain deficient in three proteases.
    Akira Nakamura; Yoshinao Koide; Fujio Kawamura; Sueharu H...
    Agricultual and Biological Chemistry/54(5)/p.1307-1309, 1990-01
  • Construction and characterization of the chimeric enzymes between Bacillus subtilis cellulase and an alkalophilic Bacillus cellulase.
    Akira Nakamura; Fumiyasu Fukumori; Sueharu Horinouchi; Ha...
    Journal of Biological Chemistry/266(3)/p.1579-1583, 1991-01
  • Cloning and sequencing of a cyclodextrin glucanotransferase gene from ┣DBBacillus(/)-┫DB ┣DBohbensis(/)-┫DB and its expression in ┣DBEscherichia(/)-┫DB ┣DBcoli(/)-┫DB
    中村 顕
    Applied Microbiology and Biotechnology/35/p.600-605, 1991-01
  • Use of a triple protease-deficient mutant of ┣DBBacillus(/)-┫DB ┣DBsubtilis(/)-┫DB as a host for secretion of a B┣D5-┫D5┣D4-┫D4. ┣DBsubtilis(/)-┫DB cellulase and TEM β-lactamase
    中村 顕
    Agricultural and Biological Chemistry/55(9)/p.2367-2374, 1991-01
  • Gene cloning and characterization of a novel extracellular ribonuclease of ┣DBBacillus(/)-┫DB ┣DBsubtilis(/)-┫DB
    中村 顕
    European Journal of Biochemistry/209/p.121-127, 1992-01
  • Identification of the cellulose-binding domain of a ┣DBBacillus(/)-┫DB ┣DBsubtilis(/)-┫DB endoglucanase distinct from its catalytic domain
    中村 顕
    Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry/57(2)/p.260-264, 1993-01
  • Extracellular production of ┣DBBacillus(/)-┫DB ┣DBohbensis(/)-┫DB cyclodextrin glucanotransferase by B┣D5-┫D5. ┣DBsubtilis(/)-┫DB
    中村 顕
    Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry/57(2)/p.346-347, 1993-01
  • 枯草菌菌体外酵素の遺伝・生化学的研究-セルラーゼとリボヌクレアーゼを中心にして-
    中村 顕
    遺伝/48(1)/p.71-77, 1994-01
  • Replacement of an amino acid residue of cyclodextrin glucanotransferase of ┣DBBacillus(/)-┫DB ┣DBohbensis(/)-┫DB doubles the production of γ-cyclodextrin
    中村 顕
    Journal of Biotechnology/(32)/p.283-288, 1994-01
  • Cloning, sequencing, and expression of thermophilic ┣DBBacillus(/)-┫DB sp. strain TB-90 urease gene complex in ┣DBEscherichia(/)-┫DB ┣DBcoli(/)-┫DB
    中村 顕
    Journal of Bacteriology/176(2)/p.432-442, 1994-01
Books
  • Cyclodextrin glucanotransferase
    中村 顕
    微生物機能の多様性・学会出版センター 微生物機能の多様性・学会出版センター, 1995-01
Conference, etc.
  • L-glucoseを基質としうるscyllo-inositol dehydrogenaseの結晶構造解析
    中村 顕
    2019年度日本農芸化学会大会/2019-03-24--2019-03-27
  • Methylobacterium sp. ME121株とKaistia sp. 32K株の共培養環境でのバイオフィルム形成に与える影響
    中村 顕
    2019年度日本農芸化学会大会/2019-03-24--2019-03-27
  • 新規L-グルコース資化細菌の単離とその代謝機構の解析
    中村 顕
    2019年度日本農芸化学会大会/2019-03-24--2019-03-27
  • L-glucose資化細菌の多様性と代謝機構の保存性
    中村 顕
    微生物サステイナビリティ研究センター設立記念シンポジウム/2019-03-04--2019-03-04
  • 高度好熱菌T. thermophilusを宿主とした耐熱性TetR取得のためのスクリーニング系の開発
    中村 顕
    極限環境生物学会2018年度年会/2018-12-08--2018-12-09
  • 新規L-グルコース資化細菌の単離とその代謝機構の解析
    中村 顕
    極限環境生物学会2018年度年会/2018-12-08--2018-12-09
  • 新規L-グルコース資化細菌の単離とその代謝機構の解析
    中村 顕
    第17回微生物研究会/2018-11--2018-11
  • 高度好熱菌T. thermophilusを宿主とした耐熱性TetRスクリーニング系の開発
    中村 顕
    第17回微生物研究会/2018-11--2018-11
  • Improvement of a host-vector system in Thermus thermophilus HB27
    星野貴行; Nakamura Akira
    International workshop on 50th anniversary of Thermus thermophilus discovery/2018-09--2018-09
  • Kaistia sp. 32K株培養上清によるMethylobacterium sp. ME121株の運動性向上機構の解明
    薄井祥明; 若林佑; 清水哲; 中村 顕; 伊藤政博
    第18回極限環境生物学会年会/2017-11-11--2017-11-12
  • 高度好熱菌Thermus thermophilus HB27株のβ-glycosidase遺伝子オペロンの解析
    小林一平; 黒澤智砂; 星野貴行; 中村 顕
    第18回極限環境生物学会年会/2017-11-11--2017-11-12
  • Kaistia sp. 32K株との共培養時におけるMethylobacterium sp. ME121株の運動性向上とバイオフィルム形成への影響
    中村 顕
    2018年度 日本農芸化学会大会/2018-03-17--2018-03-17
  • "鏡の国のグルコース"を食べる微生物
    中村 顕
    すぐには役に立たない研究講座part 2/2018-05-17--2018-05-17
  • An approach to produce L-gluconate in Bacillus subtilis
    Kusumi Natsuki; Shimizu Tetsu; Yoshida Ken-ichi; Nakamura...
    19th International Conference of Bacilli & Gram-Positive Bacteria/2017-06-11--2017-06-15
  • 枯草菌を宿主としたL-gluconate生産系の開発
    久住夏紀; 清水哲; 吉田健一; Nakamura Akira
    2017年度日本農芸化学会大会/2017-03-17--2017-03-20
  • Methylobacterium sp. ME121株の運動性向上を引き起こす因子の同定
    薄井祥明; 若林佑; 清水哲; Nakamura Akira; 伊藤政博
    2017年度日本農芸化学会大会/2017-03-17--2017-03-20
  • Thermus thermophilus HB27におけるVapBC Toxin-Antitoxin Systemの機能解析
    Yuqi Fan; Hoshino Takayuki; Nakamura Akira
    2017年度日本農芸化学会大会/2017-03-17--2017-03-20
  • 枯草菌を宿主としたL-glucose 生産系構築に向けた試み
    久住 夏紀; 清水 哲; 吉田 健一; Nakamura Akira
    2016年度グラム陽性菌ゲノム機能会議/2016-08-29--2016-08-30
  • Thermus thermophilus HB27株のputative Lon proteaseの機能解析
    前原智子; 星野貴行; 中村顕
    日本農芸化学会2008年度大会/2008-03-01
  • 高度好熱菌Thermus thermophilus HB27株の機能未知プロテアーゼGcpの機能解析
    小野瀬晃由; 星野貴行; 中村顕
    2007年度グラム陽性細菌のゲノム生物学研究会/2007-09-01
  • 耐熱化した大腸菌由来Hygromycin B phosphotransferaseの結晶構造解析
    飯野大輔; 高倉康彰; 佐々木康幸; 星野貴行; 大澤貫寿; 中村...
    高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第6回連携研究会/2007-08-01
  • Production and detoxification of nitric oxide during nitrate respiration by the fungus Fusarium oxysporum
    Fujii T; Shoun H; Nakamura A; Hoshino T; Takaya N
    3rd International Conference on the Biology, Chemistry and Therapeutic Applications of Nitric Oxide/4th Annual Meeting of the Nitric-Oxide-Society-of-Japan
Teaching
2019-10 -- 2020-02Dissertation in Ecological Molecular Microbiology IIIUniversity of Tsukuba.
2019-04 -- 2019-08Dissertation in Ecological Molecular Microbiology IIIUniversity of Tsukuba.
2019-04 -- 2019-08Dissertation in Ecological Molecular Microbiology IIUniversity of Tsukuba.
2019-10 -- 2020-02Dissertation in Ecological Molecular Microbiology IIUniversity of Tsukuba.
2019-10 -- 2020-02Dissertation in Ecological Molecular Microbiology IUniversity of Tsukuba.
2019-04 -- 2019-08Dissertation in Ecological Molecular Microbiology IUniversity of Tsukuba.
2019-10 -- 2020-02Seminar on Integrative Environment and Biomass Sciences BUniversity of Tsukuba.
2019-04 -- 2019-08Seminar on Integrative Environment and Biomass Sciences BUniversity of Tsukuba.
2019-04 -- 2019-08Specialized Laboratory in Applied Biological ChemistryUniversity of Tsukuba.
2019-07 -- 2019-08Introduction to Environmental Plant and Microbe Molecular BiologyUniversity of Tsukuba.
Other educational activities
2018-02 -- (current)大人のサイエンス講座 自然界の微生物つくばエキスポセンター
2018-01 -- 2018-01分子育種学東京大学大学院農学生命科学研究科
2003-04 -- (current)分子遺伝学特論千葉大学大学院園芸学研究科
Talks
  • 高度好熱菌Thermus thermophilus HB27株の推定β-glycosidase TT_P0042の機能解析
    黒澤智砂; 星野貴行; 中村 顕
    日本農芸化学会2013年度大会/2013-3-25
  • Paracoccus sp. 43P株のL-gluconate代謝関連遺伝子の発現制御機構の解析
    清水哲; 中村 顕
    日本農芸化学会2013年度大会/2013-3-25
  • Paracoccus sp. 43P株のL-gluconate代謝関連遺伝子の発現制御機構の解析
    清水哲; 中村 顕
    日本農芸化学会関東支部2012年度大会/2012-10-27
  • Paracoccus属細菌43P株のL-グルコース代謝経路
    清水哲; 高谷直樹; 中村 顕
    第2回モデル生物丸ごと一匹学会/2012-9-29
  • Paracoccus属細菌43P株のL-グルコース代謝経路
    清水哲; 高谷直樹; 中村 顕
    2012年度グラム陽性菌ゲノム機能会議/2012-9-1
  • L-glucose catabolism of Paracoccus sp. 43P.
    Tetsu Shimizu; Naoki Takaya; Akira Nakamura
    The 112th ASM General Meeting/2012-06-19
  • An L-glucose catabolic pathway in Paracoccus sp. 43P.
    Tetsu Shimizu; Naoki Takaya; Akira Nakamura
    International Union of Microbiological Societies 2011 Congress/2011-09-01
  • Paracoccus sp. 43P由来L-グルコース代謝経路酵素の立体構造解析
    深野和紘; 清水哲; 牧遼; 佐々木康幸; 中村顕; 矢嶋俊介
    2012年度日本農芸化学会大会/2012-03-23
  • Paracoccus sp. 43P株のL-グルコース代謝経路
    清水哲; 高谷直樹; 中村顕
    2012年度日本農芸化学会大会/2012-03-23
  • 水圏から分離したBurkholderia属細菌が生産する新規フィチン酸加水分解酵素の酵素学的解析
    Eduardo Graminho; 高谷直樹; 中村顕; 星野貴行
    2012年度日本農芸化学会大会/2012-03-23
  • Paracoccus sp. 43PのL-グルコース代謝経路
    清水 哲; 高谷直樹; 中村 顕
    2011年度日本農芸化学会大会/2011-03-01
  • L−グルコース代謝の初発酵素L-GDHの結晶構造解析
    深野 和紘; 清水哲; 佐々木康幸; 中村顕; 矢嶋俊介
    2011年度日本農芸化学会大会/2011-03-01
  • 生物間で広く保存された機能未知遺伝子ygjD及びyeaZの放射線抵抗性細菌における遺伝子破壊解析
    鳴海一成; 小野寺威文; 佐藤勝也; 太田敏博; 中村顕
    2011年度日本農芸化学会大会/2011-03-01
  • 大腸菌機能未知必須遺伝子ygjD (gcp), yeaZ, yjeEのThermus属細菌を用いた遺伝学的解析
    北原一正; 鳴海一成; 星野貴行; 中村 顕
    2011年度日本農芸化学会大会/2011-03-01
  • 放射線抵抗性細菌における多種生物間に共通した機能未知遺伝子の解析
    小野寺 威文; 北原 一正; 中村 顕; 佐藤 勝也; 太田 敏博; 鳴...
    第11回極限環境生物学会年会/2010-11-01
  • 生物間で共通する機能未知必須遺伝子gcpの遺伝学的解析
    中村顕; 北原一正; 小野寺威文; 星野貴行; 鳴海一成
    2010年度グラム陽性菌ゲノム機能会議/2010-09-01
  • 生物間で共通する機能未知必須遺伝子gcpの遺伝学的解析
    北原一正; 小野寺威文; 星野貴行; 鳴海一成; 中村顕
    高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト 第9回連携研究会/2010-08-01
  • Molecular Genetics of Thermus thermophilus
    中村顕
    招待講演/2010-07-23
  • L-Glucose Dehydrogenase, the First Enzyme for L-Glucose Metabolism in Paracoccus sp. 43P.
    Tetsu Shimizu; Naoki Takaya; and Akira Nakamura; +中村 顕
    The 110th ASM general meeting/2010-05-26
  • Non-Essentiality of an Evolutionary conserved, Highly Essential Gene, gcp, in Thermus and Deinococcus.
    Akira Nakamura; Akiyoshi Onose; Kazumasa Kitahara; Haruhi...
    The 110th ASM general meeting/2010-05-25
  • 大腸菌由来hygromycin B phosphotransferase変異体のX線結晶構造解析
    深野和紘; 飯野大輔; 佐々木康幸; 星野貴行; 大澤貫寿; 中村...
    2010年度日本農芸化学会大会/2010-03-01
  • L-グルコース代謝の初発酵素L-GDHの酵素学的解析
    清水哲; 中村顕; 高谷直樹
    2010年度日本農芸化学会大会/2010-03-01
  • L-グルコース資化細菌の代謝機構の解明
    清水哲; 高谷直樹; 中村顕
    2009年度日本農芸化学会関東支部大会 日本農芸化学会関東支部若手奨励賞(ポスター賞)受賞 清水哲/2009-10-01
  • 生物間で共通する機能未知必須遺伝子gcpの遺伝学的解析
    中村顕; 北原一正; 小野瀬晃由; 星野貴行
    2009年度グラム陽性菌ゲノム機能会議/2009-09-01
  • 生物間で共通する機能未知必須遺伝子gcpのThermusを用いた解析 ~DNA修復機構との関連を中心に~
    北原一正; 星野貴行; 中村顕
    高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト 第8回連携研究会/2009-08-01
Professional activities
2015-02 -- (current)The Journal of General and Applied MicrobiologyEditor
1997 -- 1998JAPAN SOCIETY FOR BIOSCIENCE, BIOTECHNOLOGY, AND AGROCHEMISTRY関東支部幹事
2009-04 -- 2011-03JAPAN SOCIETY FOR BIOSCIENCE, BIOTECHNOLOGY, AND AGROCHEMISTRY関東支部 支部幹事
2011-04 -- 2013-03JAPAN SOCIETY FOR BIOSCIENCE, BIOTECHNOLOGY, AND AGROCHEMISTRY関東支部 支部幹事(庶務担当)
2012-04 -- (current)物質・材料研究機構遺伝子組換え実験安全委員会委員
2012-04 -- (current)物質・材料研究機構微生物実験安全委員会委員
University Management
2018-04 -- (current)生命環境系 環境バイオマス共生学専攻長専攻長

(Last updated: 2019-08-20)