YING Beiwen

Affiliation
Institute of Life and Environmental Sciences
Official title
Associate Professor
Sex
Female
URL
Email
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Phone
029-853-6633
Fax
029-853-6633
Research fields
System genome science
Evolutionary biology
Ecology/Environment
Computational science
Life / Health / Medical informatics
Research keywords
Bacterial growth
Genome reduction
Experimental evolution
Gene expression
Cell culture
Machine learning
Bioinformatics
Research projects
人工知能による細胞増殖の予測2022 -- (current)Beiwen YING民間企業/寄附金1,000,000Yen
細胞培養のデータ駆動型最適化の基盤技術の開発2021-07 -- 2024-03YING BeiwenJapan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)6,370,000Yen
ラクトバチルス菌検査キットの培養速度の向上2021 -- 2022BEIWEN YING民間企業/共同研究5,280,000Yen
細胞培養（培地）の最適化に特化した技術推進と事業化2021 -- 2022BEIWEN YINGJST/社会還元加速プログラム（SCORE）　大学推進型7,500,000Yen
細胞培養（培地）の最適化プラットフォームの開発2020 -- 2021YING BEIWEN文部科学省 (つくばグローバル・イノベーション推進機構)/地域イノベーション・エコシステム形成プログラム3,520,000Yen
Mechanisms of the correlation between genome reduction and growth rate2019-04 -- 2023-03YING BeiwenJapan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research(B)13,650,000Yen
E. coli cells growing under starvation2014 -- 2016YING BeiwenJapan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research(B)5,070,000Yen
人工的遺伝子回路の発現レベルの予測モデルの構築2014-04 -- 2016-03YING BeiwenJapan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a Proposed Research Area)4,420,000Yen
大腸菌の確率的環境適応応答の解析2014-04 -- 2015-03イン　ベイウェン科学技術振興機構(JST)/共同研究
細胞増殖に伴う集団秩序の維持2013-04 -- 2015-03YING BeiwenJapan Society of for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas4,550,000Yen
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Career history
2013 -- (current)University of TsukubaAssociate Professor
2007 -- 2013Osaka UniversityAssistant Professor, Associate Professor
2006 -- 2007Centre national de la recherche scientifique (CNRS)Postdoc
2005 -- 2006The University of TokyoResearch Fellow
Academic background
2000 -- 2005The University of Tokyo Graduate School of Integrative Sciences
Degree
2005-03PhD. (Biosciences)The University of Tokyo
Academic societies
-- (current)Society of Genome Microbiolgy, Japan
-- (current)JAPANESE ASSOCIATION FOR ANIMAL CELL TECHNOLOGY
-- (current)JAPAN SOCIETY FOR BIOSCIENCE, BIOTECHNOLOGY, AND AGROCHEMISTRY
-- (current)THE JAPANESE TISSUE CULTURE ASSOCIATION
-- (current)JAPANESE SOCIETY OF MICROBICAL ECOLOGY
Articles
Books
  • Comparative analyses of bacterial transcriptome reorganisation in response to temperature increase.
    YING BEIWEN; YOMO Tetsuya
    Stress and Environmental Regulation of Gene Expression and Adaptation in Bacteria, 2016-05
  • Built-in synthetic gene circuits in Escherichia coli – methodology and applications.
    YING BEIWEN; YOMO Tetsuya
    Advances in Applied Biotechnology, 2012-01
  • Protein generation using a reconstituted system.
    YING BEIWEN; UEDA Takuya
    Protein Engineering Handbook, 2009-01
  • The PURE system: a minimal cell-free translation system.
    YING BEIWEN; SHIMIZU Yoshihiro; UEDA Takuya
    Cell-Free Expression, 2007-12
Conference, etc.
  • Employing Machine Learning for Cell Culture Optimisation.
    YING BEIWEN
    PEGS Europe: Protein and Antibody Engineering Summit/2024-11-05--2024-11-07
  • Evolutionary strategies for the recovery of growth loss due to genome reduction
    YING BEIWEN
    第97回日本細菌学会総会/2024-08-07--2024-08-09
  • 機械学習を活用した哺乳動物細胞用無血清培地の最適化
    橋詰　崇雅; YING BEIWEN
    日本動物細胞工学会2024年度大会/2024-07-23--2024-07-24
  • 細胞培養培地最適化のためのデータ駆動型アプローチ
    小澤　勇希; 橋詰　崇雅; YING BEIWEN
    日本動物細胞工学会2024年度大会/2024-07-23--2024-07-24
  • 機械学習による微生物の選択的増殖の培地開発
    張　抒楊; 會田　穂乃香; YING BEIWEN
    日本農芸化学会2024年度東京大会/2024-03-25--2024-03-27
  • 細菌の多剤耐性に影響を与える化学成分の網羅的探索
    荒木　駿平; 會田　穂乃香; YING BEIWEN
    日本農芸化学会2024年度東京大会/2024-03-25--2024-03-27
  • 細菌の増殖を特徴づける化学成分の機械学習支援型探索
    會田　穂乃香; YING BEIWEN
    日本農芸化学会2024年度東京大会/2024-03-25--2024-03-27
  • A preliminary analysis of the growth curves of bacterial strains knocked out by a single gene
    LAO Zehui; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第18回大会/2024-03-12--2024-03-14
  • Compensation of medium composition to genome reduction
    LU Zipeng; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第18回大会/2024-03-12--2024-03-14
  • 大腸菌増殖を特徴づける遺伝的要件と化学環境の横断的探索
    會田　穂乃香; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第18回大会/2024-03-12--2024-03-14
  • Medium optimization for mammalian cells using machine learning
    HASHIZUME Takamasa; OZAWA Yuki; YING BEIWEN
    JAACT2023/2023-11-19--2023-12-01
  • Time-saving medium development for improved cell culture
    OZAWA Yuki; HASHIZUME Takamasa; YING BEIWEN
    JAACT2023/2023-11-19--2023-12-01
  • トイレ環境微生物の検出と解析
    翁 杰瑞翌; YING BEIWEN
    日本微生物生態学会第36回大会/2023-11-28--2023-11-30
  • Active learning optimization of culture medium for mammalian cells
    HASHIZUME Takamasa; YING BEIWEN
    Tsukuba Conference 2023/2023-09-26--2023-09-27
  • Machine learning-assisted discovery of the bacterial growth strategy of risk diversification
    AIDA Honoka; YING BEIWEN
    Tsukuba Conference 2023/2023-09-26--2023-09-27
  • Genomic, environmental and evolutionary influences on growth and gene expression in Escherichia coli
    MATSUI Yuichiro; YING BEIWEN
    Tsukuba Conference 2023/2023-09-26--2023-09-27
  • ゲノム進化によるゲノム縮小への補完： すべての道はローマに通ず
    YING BEIWEN
    日本遺伝学会第95回大会/2023-09-06--2023-09-08
  • 機械学習による微生物選択培地の最適化
    張　抒楊; 會田　穂乃香; YING BEIWEN
    日本農芸化学会2023年度広島大会/2023-03-14--2023-03-17
  • 細菌の増殖動態を決定する環境因子の機械学習支援型探索
    會田　穂乃香; YING BEIWEN
    日本農芸化学会2023年度広島大会/2023-03-14--2023-03-17
  • Connecting gene function to bacterial population dynamics
    LAO Zehui; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第17回大会/2023-03-08--2023-03-10
  • ゲノム進化とゲノム縮小の協調的補完
    YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第17回大会/2023-03-08--2023-03-10
  • ゲノム・進化・環境が大腸菌の増殖と遺伝子発現に及ぼす影響
    松井　悠一郎; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第17回大会/2023-03-08--2023-03-10
  • 遺伝情報と化学環境が大腸菌増殖に与える影響の横断的探索
    會田　穂乃香; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第17回大会/2023-03-08--2023-03-10
  • 細胞培養のデータ駆動式培地開発
    橋詰　崇雅; YING BEIWEN
    日本動物細胞工学会　JAACT2022/2022-07-26--2022-07-27
  • 機械学習による微⽣物増殖の予測
    橋詰　崇雅; 會田　穂乃香; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第16回大会/2022-03-02--2022-03-04
  • more...
Intellectural property rights
  • 培養環境判定システム、培養装置、要求取得装置及びプログラム
    YING BEIWEN; AIDA Honoka; HASHIZUME Takamasa
  • 微生物培養用合成培地及び微生物の培養方法
    YING BEIWEN; AIDA Honoka
  • 培養環境判定装置、培養システム、培養環境判定方法、培養方法、及びプログラム
    YING BEIWEN; AMAGASA Toshiyuki
  • 培養環境判定装置、培養環境判定方法、及びプログラム
    YING BEIWEN; Amagasa Toshiyuki
  • リボソームディスプレイ
    UEDA Takuya; OHASHI Hiroyuki; SHIMIZU Yoshihiro; YING BEIWEN...
Teaching
2024-04 -- 2024-08Seminar in Applied Biochemistry IIF（Spring）University of Tsukuba.
2024-04 -- 2024-08Research in Applied Biochemistry IIF（Spring）University of Tsukuba.
2024-04 -- 2024-08Seminar in Life and Agricultural SciencesUniversity of Tsukuba.
2024-10 -- 2025-02Seminar in Life and Agricultural SciencesUniversity of Tsukuba.
2024-10 -- 2024-11Invitation to Arts and SciencesUniversity of Tsukuba.
2024-10 -- 2025-02Research in Applied Biochemistry IFUniversity of Tsukuba.
2024-04 -- 2024-08Research in Applied Biochemistry IISUniversity of Tsukuba.
2024-04 -- 2024-07English for Specialized Subjects IIUniversity of Tsukuba.
2024-04 -- 2024-08Advanced Ecological Molecular MicrobiologyUniversity of Tsukuba.
2024-10 -- 2025-02Advanced Ecological Molecular MicrobiologyUniversity of Tsukuba.
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Other educational activities
2017-04 -- 2017-04キャリアデザインワークショップ東京大学
Talks
  • バイオマス生産最適化に向けたデータ駆動型システム微生物
    YING BEIWEN
    MiCSワークショップ/2022-03-04
  • 機械学習による細胞増殖の予測とその制御
    YING BEIWEN
    技術情報協会　セミナー/2022-07-29
  • Experimental evolution with laboratory E. coli strains
    YING BEIWEN
    華東理工大学　セミナー/2017-03-20
  • Stochastic Adaptation and Thermal Adaptive Evolution
    YING BEIWEN
    中国農業大学　セミナー/2011-11-01
  • 実験室内進化からみた大腸菌の高温適応進化
    YING BEIWEN
    「酵母リソース工学」開設式・記念講演会/2011-11-29
Professional activities
2023 -- (current)BiologyEditorial Board Member
2020 -- (current)BMC MicrobiologyEditorial Board Member
2019 -- (current)Scientific Reports (Nature Publishing Group)Editorial Board Member
2018 -- (current)Frontiers in MicrobiologyAssociate Editor
2015 -- (current)Society of Genome Microbiolgy, JapanCouncilor
University Management
2022-04 -- (current)入試委員会（学位プログラム）委員
2019-04 -- (current)教務委員会（学位プログラム）委員
2017-04 -- (current)ダイバーシティ・アクセシビリティ（専攻）委員
2015-04 -- (current)学生支援（専攻）委員

(Last updated: 2024-11-26)