You are here

Harada Ryuhei

Affiliation
Center for Computational Sciences
Official title
Associate Professor
Research fields
Biological physics/Chemical physics/Soft matter physics
Biophysics
Basic chemistry
Research keywords
Molecular Dynamics Simulation
Research projects
分子動力学計算と機械学習を援用してタンパク質の構造変化を予測する2021-04 -- 2024-03原田隆平日本学術振興会/日本学術振興会/科学研究費補助金 基盤研究(C)4,160,000Yen
Gタンパク質共役受容体におけるシグナル伝達機構の解明2016-04 -- 2019-03原田隆平日本学術振興会/科学研究費補助金 若手研究(A)20,540,000Yen
分子動力学シミュレーションで探る細胞環境におけるタンパク質フォールディング機構2015-04 -- 2018-03原田隆平/日本学術振興会/科学研究費補助金 特別研究員奨励費4,420,000Yen
タンパク質構造揺らぎに基づく構造変化予測法の構築2014-04 -- 2016-03原田隆平Japan Society of for the Promotion of Science/科学研究費補助金 若手研究(B)4,160,000Yen
Career history
2019-02 -- (current)筑波大学 計算科学研究センター 准教授
2018-04 -- 2019-01筑波大学 計算科学研究センター 助教
2015-04 -- 2018-03日本学術振興会 特別研究員PD
2014-04 -- 2015-03筑波大学 計算科学研究センター 研究員
2013-04 -- 2014-03理化学研究所 計算科学研究機構 プログラミング環境研究チーム 特別研究員
2011-04 -- 2013-03理化学研究所 計算科学研究機構 粒子系生物物理研究チーム 特別研究員
Degree
2011-3博士(理学)東京大学
2008-3修士(理学)東京大学
2006-3学士(理学)慶應義塾大学
Academic societies
2015-09 -- (current)Chemical Society of Japan
2011-04 -- (current)THE MOLECULAR SIMULATION SOCIETY OF JAPAN
2009-01 -- (current)THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN
2008-06 -- (current)THE BIOPHYSICAL SOCIETY OF JAPAN
2008-06 -- (current)PROTEIN SCIENCE SOCIETY OF JAPAN
Honors & Awards
2021-06-09令和三年度 筑波大学 若手研究者特別奨励賞
2021-04-14令和三年度 科学技術分野の文部科学大臣表彰 若手科学者賞
2021-03令和二年度 筑波大学 学長表彰 (指導学生)
2021-03令和二年度 筑波大学 茗渓会賞 (指導学生)
2020-10-26令和2年度 筑波大学 若手研究者奨励賞
2020-03令和元年度 筑波大学 学長表彰 (指導学生)
2020-01筑波大学 先導的研究体験プログラム 研究発表会 優秀賞 (指導学生)
2019-12-102019年度 分子シミュレーション学会 学術賞
2019-09第57回日本生物物理学会年会・学生発表賞 (指導学生)
2019-06第46回生体分子科学討論会・優秀ポスター賞 (指導学生)
2019-03-14日本物理学会 第13回 若手奨励賞 (領域12)
2019-02-06Royal Society of Chemistry 2018 PCCP Hot Article Collection
2018-03-21日本化学会 第67回 進歩賞
2017-09-20第4回 Biophysics and Physicobiology Editors' Choice Award
2016-11-26第54回 日本生物物理学会年会 若手招待講演賞
2016-11-01BCSJ Selected Paper (日本化学会・優秀論文)
2012-09-20第50回 日本生物物理学会年会 若手招待講演証
2010-11-25第24回 分子シミュレーション討論会 学生優秀発表賞
Refereed academic journal/Refereed international conference paper
Other articles
Books
Conference, etc.
  • Comprehensive Analysis of Intrinsically Disordered Regions to Elucidate Their Physical Properties using a Modified Parameter
    Aida Hayato; Harada Ryuhei; Yasuteru Shigeta; Tomii Kentaro
    The 64th Anneal Meeting of the Biophysical Society/2021-02
  • マルチウォーカーの再配置に基づく効率的なタンパク質構造サンプリング法の開発
    保田 拓範; 重田 育照; 原田 隆平
    第34回 分子シミュレーション討論会/2020-12
  • ld-PaCS-MD : PaCS-MDに基づくタンパク質−リガンド結合経路探索
    會田 勇斗; 重田 育照; 原田 隆平
    第34回 分子シミュレーション討論会/2020-12
  • モーフィングを利用してタンパク質の構造遷移を効率よく評価する
    森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
    第34回 分子シミュレーション討論会/2020-12
  • PaCS-MDと異常検知を援用したレアイベントサンプリング法の開発
    原田 隆平; 山口 孝太; 重田 育照
    第34回 分子シミュレーション討論会/2020-12
  • A Development of Ligand Docking Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (ld-PaCS MD) and its Applications
    Aida Hayato; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
    第58回日本生物物理学会年会/2020-09
  • Theoretical Analyses on Dynamic Properties of DNA methyltransferase 1 and its Cofactors Based on All-atom Molecular Dynamics Simulations
    Yasuda Takunori; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
    第58回日本生物物理学会年会/2020-09
  • Development of de novo Method for Searching Protein-Ligands Binding Pathway: Ligand-Docking Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (ld-PaCS-MD)
    Aida Hayato; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
    2020 World Conference on Protein Science/2020-07
  • The Analyses of Dynamic Properties of Dnmt1 and Cofactors Based on All-atom Molecular Dynamics Simulations
    Yasuda Takunori; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
    2020 World Conference on Protein Science/2020-07
  • 環状ペプチドにおける、溶媒の違いによる構造変化と自由エネルギー安定性の評価
    柳 昂輝; 重田 育照; 西澤 宏晃; 原田 隆平; 吉野 龍ノ介; 満...
    日本コンピュータ化学会2019秋季年会/2019-10-24--2019-10-25
  • Systematic trends and features in the stable structure of cyclic dipeptides
    栁 昂輝; 西澤 宏晃; 吉野 龍ノ介; 原田 隆平; 重田 育照
    第57回日本生物物理学会年会/2019-09-24--2019-09-26
  • 分散型シミュレーションに基づくレアイベントサンプリング法の開発
    原田 隆平
    化学反応のポテンシャル曲面とダイナミックス/2020-03-26
  • 新しい機能分子設計を目指した分子シミュレーション手法の開発
    原田 隆平
    第100回日本化学会春季年会「特別企画」分子のレジデンスを考える−新しい機能分子設計の鍵として−/2020-03-22
  • タンパク質の機能発現に重要なレアイベ ントを抽出するサンプリング手法の開発 (2019年度 分子シミュレーション学会 学術賞 受賞講演)
    原田 隆平
    第33回分子シミュレーション討論会/2019-12-10--2019-12-10
  • 中分子環状ペプチドの膜透過性を評価する分子シミュレーション手法の開発
    原田 隆平
    筑波大学計算科学研究センター 計算メディカルサイエンス事業部発足キックオフシンポジウム/2019-12-06--2019-12-06
  • カスケード選択型分子動力学シミュレーションで実現する環状ペプチドの膜透過シミュレーション
    原田 隆平
    東京大学 情報基盤センター H31 インターン・前期「若手・女性利用者推薦」成果報告会/2019-12-03--2019-12-03
  • レアイベントサンプリング法の開発と応用研究
    原田 隆平; Sladek Vladimir; 重田育照
    日本コンピュータ化学会2019年秋季年会/2019-10-24--2019-10-24
  • 生体機能を解明する分子シミュレーション手法の開発と応用
    原田 隆平
    筑波大学 プレ戦略研究会「生命から学ぶ」/2019-10-10--2019-10-10
  • in slicoタンパク質設計を実現する分子シミュレーション手法の構築
    原田 隆平
    生物工学会シンポジウム"in silicoタンパク質設計で加速するタンパク質工学・応用構造生物学"/2019-09-18--2019-09-18
  • データ駆動型分子動力学シミュレーションに立脚した効率的タンパク質構造サンプリング手法の開発
    原田 隆平
    第408回CBI学会講演会「分子シミュレーション技術の新たなる展望〜AI活用, 高精度力場, データ駆動型シミュレーション」/2019-07-16
  • 分子混雑のシミュレーション研究とカスケード選択型分子動力学シミュレーションの開発
    原田 隆平
    日本物理学会2019年春季大会/2019-03-14
  • 生物学的レアイベントを再現予測するタンパク質構造サンプリグ法の開発
    原田 隆平
    第2回ワークショップ「レアイベントの計算科学」/2018-12-01
  • データ駆動型分子動力学法による構造細密化と遷移構造探索
    原田 隆平; 重田育照
    第41回ケモインフォマティクス討論会/2018-10-26
  • Developments of Efficient Conformational Sampling Methods for Biogogically Rare Events
    Harada Ryuhei
    Asia Hub for e-Drug Discovery (AHeDD) 2018/2018-09-28
  • カスケード型並列分子動力学シミュレーションとマルコフ状態モデルを併用したタンパク質の自由エネルギー計算
    原田 隆平; 重田育照
    日本物理学会2018年秋季大会/2018-09-09
Intellectural property rights
  • Information Processing Apparatus and Index Dimension Extracting Method
    Harada Ryuhei
  • 情報処理装置, 指標次元抽出方法, および指標次元抽出プログラム
    原田 隆平
Teaching
2021-04 -- 2021-08Seminar on Genomics and Bioinformatics CIUniversity of Tsukuba.
2021-04 -- 2021-08Seminar on Genomics and Bioinformatics DIUniversity of Tsukuba.
2021-10 -- 2022-02Seminar on Genomics and Bioinformatics CIIUniversity of Tsukuba.
2021-10 -- 2022-02Seminar on Genomics and Bioinformatics DIIUniversity of Tsukuba.
2021-04 -- 2021-08Seminar on Genomics and Bioinformatics IVSUniversity of Tsukuba.
2021-04 -- 2021-08Methodology on Genomics and Bioinformatics ISUniversity of Tsukuba.
2021-10 -- 2022-02Thesis Research in Genomics and Bioinformatics IIUniversity of Tsukuba.
2021-04 -- 2021-08Seminar on Genomics and Bioinformatics IIISUniversity of Tsukuba.
2021-10 -- 2022-02Seminar on Genomics and Bioinformatics IIIFUniversity of Tsukuba.
2021-04 -- 2021-08Methodology on Genomics and Bioinformatics IISUniversity of Tsukuba.
University Management
2019-04 -- (current)筑波大学 生物学学位プログラム 早期修了委員
2020-04 -- (current)筑波大学先導的研究者体験プログラム(ARE)令和3年度 実施委員会
2020-04 -- (current)筑波大学計算科学研究センター 一般利用委員会

(Last updated: 2021-07-19)