HARADA Ryuhei

Affiliation
Center for Computational Sciences
Official title
Associate Professor
Research fields
Biological physics/Chemical physics/Soft matter physics
Biophysics
Basic chemistry
Research keywords
Molecular Dynamics Simulation
Research projects
薬効発揮に重要な長時間ダイナミクスを抽出・解析する分子シミュレーション手法の開発2025 -- 2028原田 隆平Japan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research(B)18,720,000Yen
薬効発揮に重要な長時間ダイナミクスを抽出・解析する分子シミュレーション手法の開発2025-04 -- 2029-03原田隆平日本学術振興会/基盤研究(B)18,720,000Yen
植物ペプチドホルモンの進化多様性を解明するドライとウェットの真の融合研究2025-04 -- 2026-03原田隆平公益財団法人 豊田理化学研究所/豊田理研スカラー（Phase1）800,000Yen
分子間相互作用から疾患原因を推定する異常検知システムの構築2024-10 -- 2025-09原田隆平MOLSIS/第3回 MOLSIS-CCG GRANT500,000Yen
研究援助金2024-06 -- 2026-03HARADA RyuheiUBE Industries Foundation/1,000,000Yen
疾患原因につながる相互作用を特定する異常検知システムの開発2024-04 -- 2025-03HARADA RyuheiG-7 scholarship foundation/令和6年度 研究開発助成事業定期公募（ＩＴ）1,000,000Yen
分子凝集をトリガーとする酵素阻害の現象解明と新規創薬分野への展開2024-04 -- 2025-03HARADA RyuheiToyota Physical and Chemical Research Institute/豊田理研スカラー（Phase1）1,000,000Yen
タンパク質の複合体と相互作用を高精度に計測する計算技術の開発2024-04 -- 2025-12HARADA RyuheiSHIMADZU science foundation/研究開発助成1,000,000Yen
病原菌においてヘム濃度を感知・調整するタンパク質ダイナミクスの解明2024-04 -- 2025-03HARADA RyuheiKoyanagi foundation/研究助成金1,000,000Yen
タンパク質と核酸の「揺らぎ」を考慮したフレキシブルドッキングに基づく複合体モデリング技術の開発2024-01 -- 2025-07HARADA RyuheiCASIO Science Promotion Foundation/研究助成1,000,000Yen
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Career history
2019-02 -- (current)筑波大学計算科学研究センター准教授
2018-04 -- 2019-01筑波大学計算科学研究センター助教
2015-04 -- 2018-03日本学術振興会特別研究員PD
2014-04 -- 2015-03筑波大学計算科学研究センター研究員
2013-04 -- 2014-03理化学研究所計算科学研究機構 プログラミング環境研究チーム特別研究員
2011-04 -- 2013-03理化学研究所計算科学研究機構 粒子系生物物理研究チーム特別研究員
Degree
2011-3博士(理学)東京大学
2008-3修士(理学)東京大学
2006-3学士(理学)慶應義塾大学
Academic societies
2015-09 -- (current)Chemical Society of Japan
2011-04 -- (current)THE MOLECULAR SIMULATION SOCIETY OF JAPAN
2009-01 -- (current)THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN
2008-06 -- (current)THE BIOPHYSICAL SOCIETY OF JAPAN
2008-06 -- (current)PROTEIN SCIENCE SOCIETY OF JAPAN
Honors & Awards
2024-04-01第64回 UBE学術振興財団 学術奨励賞
2023-07BCSJ Selected Paper (日本化学会・優秀論文)
2022-11日本薬学会 構造活性相関部会 SAR Presentation Award
2021-06-09令和三年度 筑波大学 若手研究者特別奨励賞
2021-04-14令和三年度 科学技術分野の文部科学大臣表彰 若手科学者賞
2020-10-26令和２年度 筑波大学 若手研究者奨励賞
2019-12-102019年度 分子シミュレーション学会 学術賞
2019-03-14日本物理学会 第13回 若手奨励賞 (領域12)
2019-02-06Royal Society of Chemistry 2018 PCCP Hot Article Collection
2018-03-21日本化学会 第67回 進歩賞
2017-09-20第4回 Biophysics and Physicobiology Editors' Choice Award
2016-11-26第54回 日本生物物理学会年会 若手招待講演賞
2016-11-01BCSJ Selected Paper (日本化学会・優秀論文)
2012-09-20第50回 日本生物物理学会年会 若手招待講演証
2010-11-25第24回 分子シミュレーション討論会 学生優秀発表賞
Articles
Books
Conference, etc.
  • A novel mechanism for altering microglial properties mediated by purine metabolisms
    照屋林一郎; 上田健太郎; 森田陸離; 保田拓範; 原田隆平; 鶴田 文憲
    TARAセミナー・生理研研究会/2024-10-29--2024-10-30
  • Autism-associated Sparcl1/Hevin mutant has impacts on persistent angiogenesis
    TAKETOMI Takumi; YASUDA Takunori; UEDA Kentaro; MORITA...
    Society for Neuroscience 2024/2024-10-5--2024-10-9
  • Combining AI-based Modeling and Flexible Docking for Efficient Refinement of Protein-RNA Complexes using PaCS-MD
    Hengphasatporn Kowit; Nitchakan Darai; Harada Ryuhei; ...
    The Protein Society - 37th Annual Symposium/2023-07-13--2023-07-16
  • Hevin/Sparcl1の変異によるASD病態形成への新たな洞察
    武富巧; 保田拓範; 森田陸離; 原田隆平; 重田育照; 水野聖哉; 高橋智; 鶴田文憲
    第46回日本神経科学大会/2023-08-01--2023-08-04
  • Structural Validation by the G-factor Properly Regulates Boost Potentials Imposed in Conformational Sampling of Proteins
    Yasuda Takunori; Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada ...
    The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan/2022-09-30
  • LogP-corrected Membrane Docking Score Screens Protein-Ligand-Membrane Complexes
    Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
    The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan/2022-09-28
  • A Computational Study on the Half-Site Activity Mechanism of Homodimeric Tyrosyl tRNA Synthetase
    Okamoto Yoshino; Yasuda Takunori; Morita Rikuri; Shigeta ...
    The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan/2022-09-28
  • Enhanced Samplingにおける構造妥当性の評価は外部バイアスを適切に制御する
    保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
    第36回 分子シミュレーション討論会/2022-12-05
  • 中分子の膜透過性に対する計算手法の検討
    高橋 輝行; HENGPHASATPORN KOWIT; 原田 隆平; 重田 育照
    日本コンピューター化学会 2022年 秋季年会/2022-11-27
  • 分子動力学計算に基づくシロイヌナズナおよび エンバクHPPD-メソトリオン複合体の結合挙動解析
    宗井 陽平; 堀 優太; HENGPHASATPORN KOWIT; 原田 隆平; 重田 育照
    日本コンピューター化学会 2022年 秋季年会/2022-11-26
  • 化合物の膜透過プロセスを紐解く自由エネルギー計算手法の開発
    森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
    第50回 構造活性相関シンポジウム/2022-11-11
  • Molecular Dynamics Simulation Reveals Structural Variations of Metallothionein with or without Zinc Ions
    Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
    The 8th International Symposium on Metallomics/2022-07-12
  • 計算科学で紐解く相分離生物学
    原田 隆平
    公益社団法人高分子学会関東支部 主催 「相分離生物学と高分子科学の接点」/2023-02-21
  • 生体機能を紐解く分子シミュレーション手法開発と応用
    原田 隆平
    第27回 新学術「高速分子動画」オンラインセミナー/2023-01-31
  • 生体機能を解明する分子シミュレーション手法の開発と応用
    原田 隆平
    物性研短期研究会 「理論タンパク質物性科学の最前線：理論と実験との密な協働」/2022-07-27
  • タンパク質の機能を解明する分子シミュレーション手法の開発
    原田 隆平
    第22回 日本蛋白質科学会年会/2022-06-08
  • 化合物の膜透過プロセスを紐解く自由エネルギー計算手法の開発
    原田 隆平; 森田 陸離; 重田 育照
    第50回 構造活性相関シンポジウム/2022-11-11
  • ASD-associated SPARCL1 mutant accumulates in the endoplasmic reticulum: implication for a novel mechanism underlying ASD pathogenesis
    Taketomi Takumi; Yasuda Takunori; Morita Rikuri; Shigeta ...
    36th International mammalian Genome society/2023-03-28--2023-03-31
  • The mechanism of ASD-associated Sparcl1/Hevin mutant underlying pathogenesis
    武富 巧; 保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平; 鶴田 文憲
    第16回神経発生討論会/2023-03-10--2023-03-11
  • 分子動力学計算に基づくシロイヌナズナおよびエンバクHPPD-メソトリオン複合体の結合挙動解析
    宗井 陽平; 堀 優太; Hengphasatporn Kowit; 原田 隆平; 重田 育照
    日本コンピュータ化学会2022年秋季年会/2022-11-25--2022-11-27
  • 自閉症関連Hevin/Sparcl1変異体は構造不安定性を介して小胞体ストレスを誘導する
    武富 巧; 保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平; 鶴田 文憲
    第45回日本分子生物学会/2022-11-30--2022-12-02
  • DNAメチル基転移酵素阻害剤のアイソフォーム選択性の解明
    工藤 玄己; 重田 育照; 原田 隆平; 広川 貴次; 吉野 龍ノ介
    日本コンピュータ化学会2021年　秋季年会/2021/11/02--2021/11/03
  • Structural Diversity of Metallothionein Revealed by Using Molecular Dynamics Simulations
    Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
    第44回 日本分子生物学会 年会/2021-12
  • Elucidation of Dnmt1 Activation Mechanism by Ubiquitinated Histones Using Molecular Dynamics Simulations
    Yasuda Takunori; Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada ...
    第44回 日本分子生物学会 年会/2021-12
  • Classification of Intrinsically Disordered Regions involved in Liquid-Liquid Phase Separation Using the Novel Score
    Aida Hayato; Harada Ryuhei; Shigeta Yasuteru; Tomii Kentaro
    第59回 日本生物物理学会 年会/2021-11
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Intellectural property rights
  • Information Processing Apparatus and Index Dimension Extracting Method
    Harada Ryuhei
  • 情報処理装置, 指標次元抽出方法, および指標次元抽出プログラム
    原田 隆平
Teaching
2025-10 -- 2026-03Paper Preparation and PresentationUniversity of Tsukuba.
2025-04 -- 2025-08Paper Preparation and PresentationUniversity of Tsukuba.
2025-10 -- 2025-12Molecular Evolution IIUniversity of Tsukuba.
2025-10 -- 2025-12Biophysics, LaboratoryUniversity of Tsukuba.
2026-01 -- 2026-02Computational Structural Biology and Drug DiscoveryUniversity of Tsukuba.
2025-10 -- 2026-02Special Lectures in Humanics IIIbUniversity of Tsukuba.
2025-04 -- 2025-08Special Lectures in Humanics IIIaUniversity of Tsukuba.
2025-10 -- 2026-02Special Lectures in Humanics IIbUniversity of Tsukuba.
2025-04 -- 2025-08Special Lectures in Humanics IIaUniversity of Tsukuba.
2025-10 -- 2026-02Special Lectures in Humanics IbUniversity of Tsukuba.
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University Management
2019-04 -- (current)筑波大学 生物学学位プログラム 早期修了委員
2020-04 -- 2021-03筑波大学先導的研究者体験プログラム（ARE）令和3年度 実施委員会
2020-04 -- 2025-03筑波大学計算科学研究センター 一般利用委員会

(Last updated: 2025-05-18)