OZAKI Haruka

Affiliation
Institute of Medicine
Official title
Associate Professor
ORCID
0000-0002-1606-2762
URL
Email
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Research fields
Life / Health / Medical informatics
System genome science
Research keywords
Computational biology
Bioinformatics
Research automation
Research projects
グリアブラストによる機能未知グリア細胞の機能予測2023 -- 2024尾崎 遼Japan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Transformative Research Areas(A)7,800,000Yen
１細胞糖鎖-RNA解析プラットフォームの構築2021-04 -- 2022-03尾崎遼Univ. of Tsukuba/つくば産学連携強化プロジェクト1,000,000Yen
敵対的生成ネットワークによる自在な発現特異性を有するプロモータ塩基配列の設計2022 -- 2024尾崎 遼Japan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Early-Career Scientists4,550,000Yen
がんの細胞間不均一性を発見するリードカバレッジ解析2021-04 -- 2023-04尾崎遼上原記念生命科学財団/2021年度研究奨励金2,000Yen
適応回路の基本設計の構築メカニズム2021-10 -- 2026-03堀江健生日本学術振興会/科学研究費　学術変革領域研究(A)39,000,000Yen
睡眠と冬眠：2 つの「眠り」の解明と操作が拓く新世代医療の展開2021-04 -- 2026-03柳沢正史AMED/ムーンショット型研究開発事業26,000,000Yen
多階層シングルセル解析を応用した骨再生機構の解明と新規再生療法の基盤構築2022-04 -- 2025-03松下祐樹日本学術振興会/科学研究費　基盤研究(B)1,170,000Yen
敵対的生成ネットワークによる自在な発現特異性を有するプロモータ塩基配列の設計2022-04 -- 2025-03尾崎遼日本学術振興会/科学研究費　若手研究4,550,000Yen
異種類ロボット-AI連携のための情報システムの開発2021-01 -- 2023-03髙橋恒一独立行政法人科学技術振興機構/JST 未来社会創造事業44,898,000Yen
アレルゲン免疫療法のシングルセルおよびbulk遺伝子発現情報による病態解明2019-04 -- 2022-03野口 恵美子日本学術振興会/基盤研究(B)1,742,000Yen
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Career history
2018-06 -- (current)筑波大学人工知能科学センター
2018-06 -- (current)筑波大学医学医療系 生命科学域 バイオインフォマティクス分野准教授
2018-04 -- 2018-05RIKENLaboratory for Bioinformatics Research, Center for Biosystems Dynamics ResearchSpecial Postdoctoral Researcher
2016-04 -- 2018-03RIKENBioinformatics Research Unit, Advanced Center for Computing and CommunicationSpecial Postdoctoral Researcher
2015-04 -- 2016-03RIKENBioinformatics Research Unit, Advanced Center for Computing and CommunicationPostdoctoral Researcher
Academic background
2012-04 -- 2015-03The University of Tokyo Graduate School of Frontier Sciences Department of Computational Biology
2010-04 -- 2012-03The University of Tokyo Graduate School of Frontier Sciences Department of Computational Biology
2006-04 -- 2010-03The University of Tokyo School of Science Department of Biophysics and Biochemistry
Degree
2015-03Ph.D.The University of Tokyo
Academic societies
-- (current)THE JAPANESE SOCIETY FOR BIOINFORMATICS
Honors & Awards
2022-11令和４年度医学医療系における教員業績評価結果に基づく優秀教員表彰
2021-09Oxford-Journals – JSBi Prizeシーケンシングデータ解析による転写制御の多様性の解明
2021-11筑波大学若手教員奨励賞
Articles
Books
  • 自動細胞型アノテーションと細胞間相互作用解析
    尾崎 遼
    実験医学別冊 実験デザインからわかる　シングルセル研究実践テキスト/pp.199-226, 2024-03
  • 0 から始めるエピゲノム解析（ChIP-seq）ver2
    尾崎 遼
    次世代シークエンサーDRY解析教本　改訂第2版/学研メディカル秀潤社, 2019-12
Conference, etc.
  • Investigation of the molecular pathogenesis of aortic dissection in new Fibrillin 1 mutant mice by synchrotron imaging and transcriptomics analysis
    Sheikh Md Al Amin; Kimura Kenichi; Motoyama Eri; Delee...
    Tsukuba Global Science Week 2024/2024-10-03--2024-10-04
  • RNA tomographyによる空間遺伝子発現分布推定結果の評価方法の検討
    松澤 亮輔; 尾崎 遼
    第147回MPS・第77回BIO合同研究発表会/2024-03-07
  • 1細胞遺伝子発現計測データを活用した細胞表現型の種間比較
    仮屋山 博文; 尾崎 遼
    NGS EXPO 2023/2023-11-15
  • 筑波大バイオインフォマティクス研究室での取り組みの紹介
    尾崎 遼; 田口将大; 新井悠也; 橘晃生
    Laboratory Automation月例勉強会 / 2023.10/2023-10-28
  • SLAS Europe 2023視察報告
    尾崎 遼; 加藤 月; 神田 元紀
    Laboratory Automation月例勉強会 / 2023.08/2023-08-25
  • Challenges and prospects of constructing a total RNA atlas for planaria using a novel single-cell total RNA sequencing approach (新規１細胞 total RNAシーケンス法を用いたプラナリアの全RNAアトラス構築への挑戦と展望)
    Hayashi Tetsutaro; Kuse Mariko; Yoshimura Mika; OZAKI ...
    日本発生生物学会第56回大会/2023-07-22
  • Prediction of the function of functionally unknown glial cells using GLIA-BLAST
    OZAKI Haruka
    グリアデコード第6回領域会議/2023-07-17
  • トランススケール組織学に役立つかもしれない空間遺伝子発現データ解析手法の開発
    尾崎 遼
    Trans-scale組織学ワークショップ/2024-03-11
  • 生命科学の実験自動化に向けたバイオインフォマティクスの取り組み
    尾崎 遼
    AIロボット駆動科学研究会/2024-02-14
  • バイオインフォとロボットが拡張する分子生物学
    尾崎 遼
    第46回日本分子生物学会年会/2023-12-07
  • シングルセルRNA-seqデータ解析のアップデート2023
    尾崎 遼
    NGS EXPO 2023/2023-11-16
  • 神経科学におけるトランスクリプトーム解析
    尾崎 遼
    第33回日本神経回路学会全国大会サテライトシンポジウム「理論と実験の融合のための神経科学チュートリアル」/2023-09-03
  • AIロボット駆動科学のフロンティア
    尾崎 遼
    AIロボット駆動科学シンポジウム2023/2023-07-06
  • Investigation of the molecular pathogenesis of aortic dissection in Fibrillin-1 mutant mice by synchrotron imaging and transcriptomics analysis
    Sheikh Md Al Amin; Kimura Kenichi; Motoyama Eri; Delee...
    第7回日本循環器学会　基礎研究フォーラム（BCVR）/2023-12-09--2023-12-10
  • Investigation of the molecular pathogenesis of aortic dissection in Fibrillin-1 mutant mice by synchrotron imaging and transcriptomics analysis
    Sheikh Md Al Amin; Kimura Kenichi; Motoyama Eri; Delee...
    the annual Tsukuba Global Science Week (TGSW) 2023/2023-09-27--2023-09-28
  • Comparative analysis of innate immune response to viral infection among animal species
    Hirofumi Aso; Jumpei Ito; Haruka Ozaki; Yukie Kashima...
    EMBO Workshop Pathogen immunity and signalling/2022-04-05--2022-04-05
  • SAGAS~実験自動化のためのスケジューラ~
    Yuya Arai; Ko Takahashi; Takaaki Horinouchi; Koichi T...
    tayo EXPO 2022/2023-01-13--2023-01-13
  • SAGAS ~実験自動化のためのスケジューラ~
    Yuya Arai; Ko Takahashi; Takaaki Horinouchi; Koichi T...
    2022年度　CREST「データ駆動・AI駆動を中心としたデジタルトランスフォーメーションによる生命科学研究の革新」領域　キックオフシンポジウム/2022-11-20--2022-11-20
  • Analyses of the anatomical and molecular bases of REM sleep deficits that accompany Parkinson’s disease
    Ami Kaneko; Kanae Iwase; Mitsuaki Kashiwagi; Shinnosuk...
    日本生理学会 第100回記念大会/2023-03-14--2023-03-16
  • MOCCS-DB: ヒト転写因子認識配列の多様性データベース
    田原 沙絵子; 土屋 貴穂; 松澤 亮輔; 尾崎 遼
    トーゴーの日シンポジウム2022/2022-10-05--2022-10-05
  • 敵対的生成ネットワークによる自在な発現特異性を有するプロモータ配列の設計
    Yukai Takagi; Haruka Ozaki; Akihiro Kuno; Kotaro Saka...
    2022年日本バイオインフォマティクス学会年会・第11回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2022）/2022-09-13--2022-09-15
  • scAG – a method for scRNAseq analysis of axon guidance factors
    Yoshinori Hayakawa; Haruka Ozaki
    2022年日本バイオインフォマティクス学会年会・第11回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2022）/2022-09-13--2022-09-15
  • 円口類ゲノムを利用したドメインシャッフリングによって獲得された新規遺伝子の探索
    Hirofumi Kariyayama; Takeshi Kawashima; Haruka Ozaki; ...
    2022年日本バイオインフォマティクス学会年会・第11回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2022）/2022-09-13--2022-09-15
  • 複数の1次元遺伝子発現空間分布から3次元遺伝子発現空間分布を再構成するツールの開発
    Ryosuke Matsuzawa; Daichi Kawahara; Makoto Kashima; Hi...
    2022年日本バイオインフォマティクス学会年会・第11回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2022）/2022-09-13--2022-09-15
  • 自動分注機OT–2を用いたスポットアッセイ自動化および定量化手法の開発
    田口 将大; 須田 恭之; 入江 賢児; 尾崎 遼
    酵母遺伝学フォーラム第55回研究報告会/2022-09-07--2022-09-09
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Intellectural property rights
  • 実験計画プログラム、実験計画装置及び実験計画方法
    尾崎 遼
Works
  • https://github.com/rikenbit/ramdaq
    Ozaki Haruka
  • ReadCoverage.jl
    Ozaki Haruka
  • Millefy: Genome browser-like visualization of single-cell RNA-seq dataset
    Ozaki Haruka
Teaching
2024-04 -- 2024-08Special Research in Humanics IIIaUniversity of Tsukuba.
2024-10 -- 2025-03Doctoral Research in Life Science Innovation ⅠUniversity of Tsukuba.
2024-10 -- 2025-03Master's Research in Life Science Innovation ⅢUniversity of Tsukuba.
2024-10 -- 2025-03Master's Research in Life Science Innovation ⅣUniversity of Tsukuba.
2024-10 -- 2025-03Doctoral Research in Life Science Innovation ⅤUniversity of Tsukuba.
2024-10 -- 2025-02Special Seminars in Humanics IIIbUniversity of Tsukuba.
2024-10 -- 2025-02Basic Experiments in Human BiologyUniversity of Tsukuba.
2024-10 -- 2025-03Life Science Innovation Master's Special Seminar I FallUniversity of Tsukuba.
2024-04 -- 2024-08Special Seminars in Human Biology IUniversity of Tsukuba.
2024-10 -- 2025-03Doctoral Research in Life Science Innovation ⅡUniversity of Tsukuba.
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Professional activities
2021-04 -- 2022-03厚生労働省厚生労働省 令和3年度 がんの全ゲノム解析に関する人材育成推進事業/テキスト監修者
2021-04 -- 2022-03厚生労働省令和3年度 がんの全ゲノム解析に関する人材育成推進事業/検討会委員
2021-04 -- (current)THE JAPANESE SOCIETY FOR BIOINFORMATICS幹事（JSBi Bioinformatics Review）
2020-04 -- (current)THE JAPANESE SOCIETY FOR BIOINFORMATICS幹事（ニュースレター）
2019-04 -- 2023-03THE JAPANESE SOCIETY FOR BIOINFORMATICS理事
University Management
2022-04 -- 2023-03医療科学類カリキュラム委員会委員

(Last updated: 2024-09-04)