SHIGETA Yasuteru

Affiliation
Center for Computational Sciences
Official title
Professor
ORCID
0000-0002-3219-6007
Sex
Male
Birth date
1972-12
KAKEN ID
80376483
URL
Email
%NCDB@O<^mi>>NgONPFP=<g<>gEK
Office
Computational Biophysics Group
Phone
029-853-6496
Research fields
Basic chemistry
Biological physics/Chemical physics/Soft matter physics
Research keywords
第一原理計算
分子動力学
Research projects
植物空腹・指令シグナル分子の機能解明と高機能性成長調整剤の開発2023-04 -- (current)Ryo TABATAToyota Physical and Chemical Research Institute/豊田理研スカラー（Phase1） (分担者)2,550,000Yen
クライオ電顕による１分子構造解析に基づいた蛋白質構造の連続的なダイナミクスの解析2023-04 -- 2026-03MORIYA ToshioThe Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)/Grant-in-Aid for Scientific Research (B)1,300,000Yen
Industry-University collaboration research with Nippon Soda Co.,Ltd.2023-04 -- (current)SHIGETA Yasuteru/
Theory of mesohierarchy2023-04 -- 2028-03SHIGETA YasuteruJapan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)130,520,000Yen
Theoretical study on dynamics of metalloproteins from mitochondrial DNA in aging hypothesis2022-04 -- 2024-03SHIGETA YasuteruJSPS/Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a Proposed Research Area)5,720,000Yen
Novel drug development for the treatment of mitochondrial diseases by activation of cytochrome c oxidase2021-04 -- 2024-03Yasunori SHINTANIJapan Agency for Medical Research and Development (AMED)/Research grant on rare and intractable diseases Program1,300,000Yen
量子生命技術の創製と医学・生命科学の革新2020-09 -- 2030-03Yoshinobu BABAMEXT/MEXT Quantum leap Flagship program (Q-LEAP)10,400,000Yen
3D ドメインスワッピングを利用したタンパク質の自在配列と機能化2020-12 -- 2026-03Shun HIROTAJapan Science and Technology Agency (JST)/JST Strategic Basic Research Programs65,000,000Yen
Quantum Bioenergetics for Exploring Dynamics of Metals in Protein2020-04 -- 2022-03SHIGETA YasuteruJapan Society for the Promotion of Science (JSPS)/Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)5,720,000Yen
Theoretical analysis of biohydrogenomics2019-04 -- 2021-03SHIGETA YasuteruJapan Society for the Promotion of Science (JSPS)/Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a Proposed Research Area)3,770,000Yen
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Career history
2025-05 -- (current)Center for Computational Sciences, University of TsukubaDirector
2023-04 -- 2025-03University of TsukubaHeadquarterVice president and Executive director for Research
2016-04 -- (current)Center for Computational Sciences, University of TsukubaDivision of Life ScienceProfessor
2019-04 -- (current)National Institutes for Quantum and Radiological Science and TechnologyTakasaki Advanced Radiation Research InstituteVisiting Researcher
2014-05 -- (current)Osaka UniversityGraduate School of Engineering SciencesVisiting Professor
2018-04 -- 2020-03宇宙航空研究開発機構宇宙科学研究所 学際科学研究系客員教授
2016-04 -- 2018-03Institute of Molecular SciencesVisiting professor
2014-03 -- 2016-03筑波大学大学院数理物質科学研究科物理学系教授
2011-08 -- 2013-07文部科学省研究振興局学術助成課学術調査官（兼任）
2010-08 -- 2014-03大阪大学大学院基礎工学研究科物質創成専攻准教授
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Academic background
1997-04 -- 2000-03大阪大学 大学院理学研究科 化学専攻
1995-04 -- 1997-03金沢大学 大学院理学研究科 化学専攻
1991-04 -- 1995-03金沢大学 理学部 化学科
Degree
2000-03博士（理学）大阪大学
Academic societies
2021-12 -- (current)Society of Computer Chemistry, Japan
-- (current)Quantum Life Science Society
-- (current)PROTEIN SCIENCE SOCIETY OF JAPAN
-- (current)理論化学会
-- (current)THE BIOPHYSICAL SOCIETY OF JAPAN
-- (current)分子科学会
-- (current)Chemical Society of Japan
Honors & Awards
2023-09International Academic Award of the Society for Molecular ScienceContribution to the theoretical analysis of triplet-triplet annihilation upconversion mechanisms in solutions and solids
2006-03第86回日本化学会年会優秀講演賞研究業績
2007-03PCCP Prize for the Outstanding Achievement of Young Scientists in Physical Chemistry and Chemical PhysicsResearch Award
2009-03第58回日本化学会進歩賞研究業績
2010-04平成23年文部科学大臣表彰若手科学者賞研究業績
2012-09第5回分子科学会奨励賞研究業績
2013-05第2回大阪大学総長奨励賞・研究部門研究業績
2017-03Outstanding Reviewers for Physical Chemistry Chemical Physics in 2016論文査読
2017-1022nd QSCP Promising Scientist Award of CMOAResearch Award
2019-02Best Faculty Awards 2018業績による評価
Refereed academic journal/Refereed international conference paper
Books
  • Biological Enzymes and Hydrogenases
    Hori Yuta; Nishikawa Koji; Shigeta Yasuteru; Higuchi Yos...
    Hydrogenomics: The Science of Fully Utilizing Hydrogen/共立出版, 2023-04
  • Liner Combination of Molecular Orbitals of Fragments (FMO-LCMO) Method: Its Application to Charge Transfer Studies
    Shigeta Yasuteru
    Recent advances of the fragment molecular orbital method Subtitle: Enhanced performance and applicability/Springer/pp.391-405, 2021-01
  • AnalysisFMO toolkit: PyMOL plugin module to 3D-visualize interaction energies in protein (3D-VIEP) generated by fragment molecular orbital calculation
    Shigeta Yasuteru
    Recent advances of the fragment molecular orbital method Subtitle: Enhanced performance and applicability/Springer/pp.357-370, 2021-01
  • Open-Architecture Program of Fragment Molecular Orbital Method for Massive Parallel Computing (OpenFMO) with GPU Acceleration
    Shigeta Yasuteru
    Recent advances of the fragment molecular orbital method Subtitle: Enhanced performance and applicability/Springer/pp.77-90, 2021-01
  • Open-Architecture Program of Fragment Molecular Orbital Method for Massive Parallel Computing (OpenFMO) with GPU Acceleration
    Shigeta Yasuteru
    Recent advances of the fragment molecular orbital method Subtitle: Enhanced performance and applicability/Springer/pp.77-90, 2021-01
  • Protein Folding and Evolution
    Harada Ryuhei; Inagaki Yuji; Shigeta Yasuteru
    Reference modules in Materials Science and Engineering 2016, 2016-06
  • Integrated Computational Studies on Mutational Effects of A Nylon-degrading Enzyme
    Baba Takeshi; Kamiya Katsumasa; Shigeta Yasuteru
    Quantum Systems in Physics, Chemistry, and Biology: Advances in Concepts and Applications/pp.317-330, 2017-06
  • Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Simulations for Transition Pathway Sampling of Biomolecules
    Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
    Advances in Quantum Chemistry/pp.129-147, 2019-01
  • Quantal cumulant dynamics for dissipative systems
    Shigeta Yasuteru
    COMPUTATION IN MODERN SCIENCE AND ENGINEERING VOL 2, PTS A AND B/AMER INST PHYSICS/pp.1371-1374, 2007-01
  • Quantal Cumulant Dynamics for Dissipative Systems
    Shigeta Yasuteru
    SELECTED PAPERS FROM ICNAAM 2007 AND ICCMSE 2007/AMER INST PHYSICS/pp.48-51, 2008-01
  • 第4-1章 錯体の伝導性
    重田 育照; 北河康隆
    金属錯体の量子・計算化学, 2014-10
  • 第１３、１４章
    重田 育照
    物性量子化学入門/講談社, 2004-09
  • Single-Reference Methods for Excited States in Molecules and Polymers
    Shigeta Yasuteru
    Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics, Chap. 2/Springer/pp.15-64, 2008-10
  • Quantum Theory in Terms of Cumulant Variables
    Shigeta Yasuteru
    Advances in the Theory of Atomic and Molecular Systems, Conceptual and Computational Advances in Quantum Chemistry, Chap. 21/Springer/pp.3-34, 2009-10
  • Theoretical Studies on Metal-Containing Artificial DNA Bases”, Advances in the Theory of Atomic and Molecular Systems
    Shigeta Yasuteru
    Conceptual and Computational Advances in Quantum Chemistry, Chap. 25/Springer/pp.433-460, 2012-10
  • Quantal Cumulant Mechanics as Extended Ehrenfest Theorem
    Shigeta Yasuteru
    Quantum mechanics Chap. 17/InTech open, 2013-04
  • Quantum Theory in Terms of Cumulant Variables
    Shigeta Yasuteru; Miyachi Hideaki; Matsui Toru; Yokoyama ...
    ADVANCES IN THE THEORY OF ATOMIC AND MOLECULAR SYSTEMS: DYNAMICS, SPECTROSCOPY, CLUSTERS, AND NANOSTRUCTURES/SPRINGER/pp.3-34, 2009-01
Conference, etc.
  • Development of Structure- and AI-driven Lead Compound Generation System
    Kudo Genki; Nakajima Shota; Ichikawa Yudai; Hirao Tak...
    ACS Spring 2025/2025-03-23--2025-03-27
  • Deciphering the functional and physiological implications of a singular amino acid divergence in PRMT1
    Yuan Yao; MOTOMURA Kaori; Hengphasatporn Kowit; KAKO ...
    The Protein Society 39th Annual Symposium/2025-06-26--2025-06-29
  • 3D-RISM理論を用いた変異型ZIP8のイオン輸送に関する理論的研究
    藤木 涼; Kowit Hengphasatporn; 重田 育照
    凝縮系の理論化学2025/2025-03-10--2025-03-11
  • 3D-RISM理論を用いた変異型human-ZIP8に関する理論的研究
    藤木 涼; Kowit Hengphasatporn; 重田 育照
    日本コンピュータ化学会2024年秋季年会/2024-10-19--2024-10-21
  • Dynamical Interaction Analysis of Protein Interaction by Machine Learning Method
    SHIGETA Yasuteru
    27th International Annual Symposium on Computational Science and Engineering/2024-07-30--2024-08-02
  • Theoretical investigations on singlet fission and triplet-triplet annihilation up-conversion
    SHIGETA Yasuteru
    2024 International Symposium on Quantum Dynamics of Complex Systems/2024-07-02--2024-07-02
  • Dynamical Interaction Analysis of Protein Interaction by Machine Learning Method
    SHIGETA Yasuteru
    International Symposium on Computational Molecular Science and Machine Learning/2024-06-29--2024-07-1
  • 分子クラスターを学習データに用いた機械学習ポテンシャルの凝縮系への適用
    渡辺 七都稀; 堀 優太; 杉澤 宏樹; 井田 朋智; 庄司 光男; 重田 育照
    第47回ケモインフォマティクス討論会/2024-12-17--2024-12-18
  • Autism-associated Sparcl1/Hevin mutant has impacts on persistent angiogenesis
    TAKETOMI Takumi; YASUDA Takunori; UEDA Kentaro; MORITA...
    Society for Neuroscience 2024/2024-10-5--2024-10-9
  • トリプルネガティブ乳癌における非転移性メラノーマタンパク質 B に よる腫瘍免疫制御機構
    川西 邦夫; Thuylinh Dangcao; 沖田 結花里; 渡邊 幸秀; 橋本 幸枝; Kowit...
    第83回日本癌学会学術総会/2024/9/19--2024/9/21
  • Hit-to-Leadを指向した官能基修飾始点と伸長サイトの予測手法開発
    工藤玄己; 平尾巧; 吉野龍ノ介; 重田育照; 広川 貴次
    第 51 回構造活性相関シンポジウム/2023-11-20
  • Hit-to-Lead最適化を目的とした立体構造に基づくリガンド伸長サイト予測
    工藤玄己; 平尾巧; 吉野龍ノ介; 重田育照; 広川 貴次
    第23回日本蛋白質科学会年会/2023-7-5
  • Theoretical analysis of proton transfer and molecular motion in proton-conducting molecular crystals using first-principle calculations
    堀 優太; 小倉 浩樹; 出倉 駿; 森 初果; 重田 育照
    日本化学会 第104春季年会(2024)/2024-03-18--2024-03-21
  • Combining AI-based Modeling and Flexible Docking for Efficient Refinement of Protein-RNA Complexes using PaCS-MD
    Hengphasatporn Kowit; Nitchakan Darai; Harada Ryuhei; ...
    The Protein Society - 37th Annual Symposium/2023-07-13--2023-07-16
  • 機械学習ポテンシャルのための動径分布関数を用いた効率的データサンプリング法
    渡辺 七都稀; 堀 優太; 杉澤 宏樹; 井田 朋智; 庄司 光男; 重田 育照
    第26回理論化学討論会/2024-05-21--2024-05-23
  • 計算構造生物物理学に基づく生命機能メカニズム解析
    重田 育照
    第40回分子病理学研究会クラークシンポジウム/2023-07-14--2023-07-15
  • 分子シミュレーションに基づく生体内分子の機能解析と創薬支援技術開発
    重田 育照
    イノベーション人材育成セミナー, 東京大学大学院薬学系研究科附属創薬機構/2023-08-30--2023-08-30
  • Computational studies on inhibition mechanism of some metalloproteins
    Shigeta Yasuteru
    The 5th Conference of Theory and Applications of Computational Chemistry (TACC)/2023-09-04--2023-09-10
  • Theoretical studies on structures and functions of metalloproteins: Towards understanding of inhibition mechanism of CcO and HPPD
    Shigeta Yasuteru
    26th International Annual Symposium on Computational Science and Engineering (ANSCSE26)/2023-07-20--2023-07-22
  • Theoretical analysis of proton transfer and molecular motion in proton-conducting molecular crystals using first-principle calculations
    堀 優太; 浩樹 小倉; 駿 出倉; 初果 森; 重田 育照
    The 104th CSJ Annual Meeting (2024)/2023-03-22--2023-03-25
  • Theoretical Analysis of Structure, Electronic State, and Function of Metalloproteins by Computational Approach
    堀 優太; 佐藤 綾香; 重田 育照
    凝縮系の理論化学/2024-03-26--2024-03-27
  • Theoretical analysis of the electronic and geometrical structures of the active center of a high-potential iron-sulfur protein and its influence from surrounding amino acids
    Sato Ayaka; Hori Yuta; Shigeta Yasuteru
    The 5th conference of Theory and Applications of Computational Chemistry (TACC2023)/2023-09-04--2023-09-09
  • Theoretical study for the active site in oxidized [NiFe]-hydrogenase
    堀 優太; 佐藤 綾香; 重田 育照
    The 5th conference of Theory and Applications of Computational Chemistry (TACC2023)/2023-09-04--2023-09-09
  • 分子動力学シミュレーションによるがん原因融合タンパク質SS18-SSXのC末端結合領域とヌクレオソームの相互作用解析
    小淵 里恵; 段 炼; Kowit Hengphasatporn; 重田 育照; 谷 一寿; 鈴木 理...
    第46回日本分子生物学会年会/2023-12-06--2023-12-08
  • SOD1のCYS酸化に伴う構造変化の理論的研究
    佐藤 綾香; 藤木 涼; 堀 優太; Hengphasatporn Kowit; 重田 育照
    日本コンピュータ化学会2023年/2023-11-24--2023-11-26
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Intellectural property rights
  • Information Processing Apparatus and Simulation Method
    重田 育照
  • Information Processing Apparatus and Simulation Method
    重田 育照
  • 情報処理装置、指標次元抽出方法、および指標次元抽出プログラム
    重田 育照
  • 情報処理装置、シミュレーション方法、およびシミュレーションプログ 2. ラム
    重田 育照
  • 情報処理、シミュレーションプログラムおよびシミュレーション方法
    重田 育照
Teaching
2025-10 -- 2025-12Physics SeminarUniversity of Tsukuba.
2025-10 -- 2026-02Internship in Physics 2University of Tsukuba.
2025-04 -- 2025-08Internship in Physics 2University of Tsukuba.
2025-10 -- 2026-02Internship in Physics 1University of Tsukuba.
2025-04 -- 2025-08Internship in Physics 1University of Tsukuba.
2025-10 -- 2026-02Special Seminar for Condensed Matter Theory VBUniversity of Tsukuba.
2025-04 -- 2025-08Special seminar for condensed matter theory VBUniversity of Tsukuba.
2025-04 -- 2025-08Special Seminar for Condensed Matter Theory VBUniversity of Tsukuba.
2025-10 -- 2026-02Special Seminar for Condensed Matter Theory VAUniversity of Tsukuba.
2025-04 -- 2025-08Special Seminar for Condensed Matter Theory VAUniversity of Tsukuba.
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Other educational activities
2023-04 -- 2026-03Lecture (part time)Waseda University
2023-08 -- 2023-08セミナーInstitute of Biomolecular Sciences, Mahidol University
2023-08 -- 2023-08セミナーDepartment of Chemistry, Faculty of Science, Chulalongkorn University
2023-08 -- 2023-08セミナーDepartment of Biochemistry, Faculty of Science, Chulalongkorn University
2021-01 -- 2021-01集中講義東京大学大学院総合文化研究科
2020-10 -- 2026-03LectureWaseda University, Department of Chemistry and Biochemistry
2018-12 -- 2018-12集中講義首都大学東京大学院理学研究科
2018-11 -- 2018-11集中講義日本女子大学大学院理学研究科
2017-06 -- 2017-06集中講義千葉大学理学研究科物理学専攻
2017-08 -- 2017-08集中講義広島市立大学大学院情報科学研究科
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Talks
  • Covid-19関連タンパク質に対する統合的インシリコリポジショニング
    重田 育照
    新学術領域「高速分子動画」Web セミナー 「構造生物学・化学・計算科学を融合させたウイルス・パンデミックに対する取り組み」
  • 第一原理QM/MM計算による電子・プロトン移動解析
    重田 育照
    第10回高速分子動画オンラインセミナー
  • タンパク質の構造機能-相関に対する計算科学的研究〜応用篇〜
    重田 育照
    新学術領域研究「生命金属科学」夏の合宿
  • 計算化学を用いた生体機能解析と創薬への展開
    重田 育照
    CAMMフォーラム
Professional activities
2021-12 -- (current)Society of Computer Chemistry, Japan役員
2021-06 -- (current)日本量子生命学会評議員会委員
2021-04 -- (current)分子科学会９期運営委員会委員
2019-04 -- (current)Division of Theoretical, Information and Computational Chemistry,The Chemical Society of Japan幹事（表彰担当）
2019-06 -- 2021-05Japan Society for Theoretical Chemistry幹事（副会長：企画産学連携担当）
2021-06 -- 2021-11Society of Computer Chemistry, Japan実行委員長
2019-04 -- 2021-03THE BIOPHYSICAL SOCIETY OF JAPAN代議員
2018-04 -- 2020-03理化学研究所ポスト京 プロジェクト 課題７コデザインWG主査
2016-04 -- 2018-03分子科学会第６期運営委員会委員
2019-03 -- 2019-06第４６回生体分子科学討論会実行委員会委員長
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University Management
2022-04 -- 2023-03学長補佐室会議学長補佐
2022-04 -- 2023-03大学経営改革局アソシエイト
2021-04 -- 2023-03教育戦略室会議構成員
2021-04 -- 2023-03学群教育会議構成員
2021-04 -- 2023-03全学教育課程委員会委員
2021-04 -- 2023-03総合智教育推進委員会委員長
2021-04 -- 2023-03学群共通科目部会副部会長
2020-04 -- 2023-03教学デザイン室室員
2020-04 -- 2023-03チュートリアル教育タスクフォース構成員
2018-04 -- 2023-03筑波大学計算科学科研究センター広報戦略室室長
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(Last updated: 2025-05-08)