Inagaki Yuji

Affiliation
Center for Computational Sciences
Official title
Professor
URL
Research fields
Evolutionary biology
Biodiversity/Systematics
Research keywords
eukaryotes
orgenelle evolution
molecular evolution
genome evolution
protein facotrs involved in translation
gene duplication
lataral gene transfer
Research projects
３次葉緑体をもつ渦鞭毛藻類における葉緑体進化2023-04 -- 2025-03稲垣祐司日本学術振興会/二国間交流事業 共同研究
ミトコンドリアDNAポリメラーゼの多様性と進化の全容解明2019 -- 2022稲垣 祐司Japan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research(B)17,030,000Yen
海洋原生生物に共生する細菌多様性の実態解明2018 -- 2022Yuji Inagaki日本学術振興会/国際共同研究加速基金（国際共同研究強化(B)）
海洋バクテリアの長期炭素隔離機能に対する海洋酸性化の影響評価2016 -- 2019濱健夫日本学術振興会/科学研究費補助金　基盤研究(B)
非光合成生物の光適応進化の全容解明2017 -- 2020谷藤吾朗日本学術振興会/科学研究費補助金　基盤研究（B)
渦鞭毛藻細胞内に発見された新たな共生体痕跡核ゲノムの解読2016 -- 2018稲垣 祐司Japan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research(B)17,420,000Yen
新型分割イントロン切り出し因子同定に基づく真核生物mRNA成熟機構進化の解明2011 -- 2015Japan Society of for the Promotion of Science/基盤研究(A)2,000,000Yen
ミトコンドリア・色素体以外の共生オルガネラ成立過程の解明2011 -- 2015Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology, Japan/新学術領域研究50,960,000Yen
ミトコンドリアを持たない真核微生物群フォルニカータの多様性の解明2011 -- 2013Japan Society of for the Promotion of Science/基盤研究(B)1,500,000Yen
藻類・プロティスト複合系の多様性研究の基盤構築2009 -- 2012Japan Society of for the Promotion of Science/基盤研究(A)3,700,000Yen
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Career history
1996-01 -- 1996-03日本学術振興会名古屋大学特別研究員
1996-04 -- 1998-03㈱JT生命誌研究館奨励研究員
1998-04 -- 2000-03日本学術振興会派遣先：カナダ・ダルハウジー大学海外特別研究員
2000-04 -- 2004-03ダルハウジー大学（カナダ）博士研究員
2004-04 -- 2005-07長浜バイオ大学バイオサイエンス学部バイオサイエンス学科講師
2005-08 -- 2007-03筑波大学大学院生命環境科学研究科助教授
2007-04 -- 2011-09筑波大学大学院生命環境科学研究科准教授
2011-10 -- 2016-03筑波大学生命環境系准教授
2016-04 -- (current)筑波大学計算科学研究センター教授
Academic background
1987-04 -- 1991-03Nagoya University Faculty of Science
1991-04 -- 1993-03Nagoya University Graduate School, Division of Natural Science 生物学専攻博士課程（前期）
1993-04 -- 1995-12Nagoya University Graduate School, Division of Natural Science 生物学専攻博士課程（後期）
Degree
1995-12博士(理学)Nagoya University
Academic societies
2004 -- (current)SOCIETY OF EVOLUTIONARY STUDIES, JAPAN
2005 -- (current)THE JAPANESE SOCIETY OF PHYCOLOGY
2004 -- (current)The Molecular Biology Society of Japan
-- (current)International Society for Evolutionary Protistology
2008 -- (current)International Society of Protistologists
2004 -- (current)Society for Molecular Biology and Evolution
Honors & Awards
1993-04-01公益信託森安大学院生奨学基金
2007-04-17科学技術分野の文部科学大臣表彰若手科学者賞
2008-08-23日本進化学会研究奨励賞
Articles
Books
  • Protein Folding and Evolution
    Harada Ryuhei; Inagaki Yuji; Shigeta Yasuteru
    Reference modules in Materials Science and Engineering 2016, 2016-06
  • 第17章 現在も続く細胞内共生細菌のオルガネラ化．
    稲垣 祐司; 中山卓郎
    共生微生物/化学同人/pp.203-212, 2016-10
  • アピコンプレクサ類の退化葉緑体は緑藻起源か？
    稲垣祐司
    The Japanese Journal of Phycology, 2004-01
  • ロングブランチの誘惑--分子系統解析のダークサイド
    稲垣祐司
    The Japanese Journal of Phycology, 2007-07
Conference, etc.
  • Serial secondary and serial tertiary endosymbioses in dinoflagellates.
    Inagaki Yuji
    ICG seminor/2023/03/21--2023/03/21
  • Recent progress in resolving the diversity and evolution of deep eukaryotic phylogeny
    Inagaki Yuji
    ISEP23/2023/01/20--2023/01/20
  • A factor that hinders the accurate phylogenetic inferences: The monophyly of Archaeplastida as a case study.
    Inagaki Yuji
    EPCC-CCS Workshop 2022/2022-12-14--2022-12-15
  • Endosymbiotic origin of the DNA polymerase localized in euglenid plastids.
    Harada Ryo; Eliáš Marek; Inagaki Yuji
    2nd Annual International Congress of Euglenids/2022-11-07--2022-11-10
  • A novel type of mitochondrion-localized DNA polymerase hints the phylognetic affinity among Malawimonadida, Ancyromonadida, and Discoba, and the possible root of the eukaryotic phylogeny
    原田亮; Eliáš Marek; 中野健太郎; 白鳥峻志; 矢吹彬憲; Ensoo Kim; 石田健一郎; 稲垣 祐司
    第81回日本寄生虫学会東日本支部大会・日本共生生物学会第6回大会/2022-10-01--2022-10-02
  • Euglenids have a plastid-localized DNA polymerase from a green alga related to Pyramimonas
    原田亮; Eliáš Marek; 稲垣 祐司
    第81回日本寄生虫学会東日本支部大会・日本共生生物学会第6回大会/2022-10-01--2022-10-02
  • Draft nucleomorph genomes of green-colored dinoflagellates
    Inagaki Yuji; Nakayama Takuro; Kawakubo Takashi; Matsuo ...
    21st Symposium of the International Society of Endocytobiology/2022-7-19--2022-7-22
  • 緑色渦鞭毛藻Lepidodinium chlorophorumにおけるヌクレオモルフゲノムの存在検証
    中山卓郎; 稲垣 祐司
    日本藻類学会第46回大会/2022-03-29--2022-03-30
  • 緑色渦鞭毛藻3種のペディノ藻由来色素体ゲノム間での共通性と特異性
    松尾恵梨子; 森田幸之介; 中山卓郎; 皿井千裕; 高橋和也; 岩滝光儀; 稲垣 祐司
    日本共生生物学会 第5回大会/2021-11-27--2021-11-28
  • Microheriella maris units Archaeplastida and Cryptista in phylogenomics.
    Euki Yazaki; Akinori Yabuki; Ayaka Imaizumi; Keitaro Kum...
    Asian Congress of Protistology IV/2021-11-19--2021-11-21
  • Single-cell transcriptome data from diverse euglenids revised the evolution of mitochondrion-localized DNA polymerase in Euglenozoa.
    Harada Ryo; Inagaki Yuji
    1st Annual International Cogress on Euglenoids 2021/2021-11-08--2021-11-11
  • 古細菌SMC関連タンパク質ClsNとSphは同一の新規SMCタンパクサブファミリーから派生した
    吉永真理; 稲垣 祐司
    日本微生物生態学会第34回大会/2021-10-30--2021-11-02
  • Draft nucleomorph genome of a green-colored dinoflagellate
    Inagaki Yuji
    ISEP seminor/2021-05-20--2021-05-20
  • 真核生物におけるSMCタンパク質ファミリーの多様化と二次的喪失
    吉永真理; 稲垣 祐司
    日本共生生物学会第4回大会/2020-10-30--2020-11-01
  • キネトプラスチダ類及びディプロネマ類に特異的なミトコンドリア局在DNAポリメラーゼはファージ起源である.
    原田亮; 稲垣 祐司
    日本共生生物学会第4回大会/2020-10-30--2020-11-01
  • 新奇ミトコンドリア局在DNAポリメラーゼは新たな真核生物高次系統群を示唆するか？
    原田亮; 中野賢太郎; 矢吹彬憲; 白鳥峻志; Kim Ensoo; 稲垣 祐司
    第17回原生生物・寄生虫・進化セミナー/2020-05-29--2020-5-29
  • Time-course analysis of gene expression of the benthic protist during exposure to titanium dioxide nanoscale particles．
    石谷佳之; 氏家由利香; Caterina Ciacci; Frontalini Fabrizio; 稲垣 祐司
    日本地球惑星科学連合2020年大会/2020-07-12--2020-07-16
  • 有孔虫の大規模分岐年代推定．
    石谷佳之; 矢崎裕規; 氏家由利香; 稲垣 祐司
    日本古生物学会2020大会/2020-02-07--2020-02-09
  • エンドヘレア太陽虫Microheliella marisの系統的位置とミトコンドリアゲノム．
    矢吹彬憲; 矢﨑裕規; 今泉彩香; 白鳥峻志; 久米慶太郎; 橋本哲男; 稲垣 祐司
    日本藻類学会第44回大会/2020-03-26--2020-03-28
  • ディスコバ生物群，マラウィモナス類，アンキロモナス類が保持する新奇ミトコンドリア局在DNAポリメラーゼ．
    原田亮; 中野賢太郎; 矢吹彬憲; 白鳥峻志; Kim Ensoo; 稲垣 祐司
    日本藻類学会第44回大会/2020-03-26--2020-03-28
  • Phylogenomic analyses unveiled multiple endosymbioses of pedinophycean green algae in distantly related dinoflagellates.
    Inagaki Yuji
    CCS-EPCC Workshop/2019-12-3--2019-12-04
  • 有孔虫Ammonia beccariiのミトコンドリアに局在するDNA分子群．
    石谷佳之; 久米慶太郎; 稲垣 祐司
    第3回日本共生生物学会/2019-11-19--2019-11-20
  • フィロジェノミック解析により推測されたMicroheliella marisの系統的位置．
    矢﨑裕規; 今泉彩香; 久米慶太郎; 白鳥峻志; 橋本哲男; 矢吹彬憲; 石田健一郎; 稲垣 祐司
    第3回日本共生学会大会/2019-11-19--2019-11-20
  • Dinoflagellates as the model for the evolution of eukaryotic cells and genomes.
    Inagaki Yuji
    National Taiwan University-University of Tsukuba Bilateral Symposium on Life Science/2019-09-30--2019-09-30
  • 翻訳終結因子Cドメインにみられる部分的欠失の進化とタンパク質機能・構造に与える影響．
    上原忠晃; 栢沼愛; 重田育照; 稲垣 祐司
    第52回日本原生生物学会大会/2019-10-26--2019-10-27
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Teaching
2022-05 -- 2022-05Introduction to PhylogenomicsUniversity of Tsukuba.
2022-10 -- 2023-02General Biology IIUniversity of Tsukuba.
2022-10 -- 2023-02Seminar on Genomics and Bioinformatics EIIUniversity of Tsukuba.
2022-04 -- 2022-08Seminar on Genomics and Bioinformatics EIUniversity of Tsukuba.
2023-01 -- 2023-02Introduction to GeneticsUniversity of Tsukuba.
2022-04 -- 2022-08Seminar on Genomics and Bioinformatics IIISUniversity of Tsukuba.
2022-04 -- 2022-08Seminar on Genomics and Bioinformatics ISUniversity of Tsukuba.
2022-10 -- 2022-12Molecular Evolution IIUniversity of Tsukuba.
2022-11 -- 2022-12Computational BiologyUniversity of Tsukuba.
2022-04 -- 2022-08Seminar on Genomics and Bioinformatics IVSUniversity of Tsukuba.
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Other educational activities
2017-03 -- 2017-03さくらサイエンスプラン実習筑波大学およびマレーシア工科大学
Talks
  • 渦鞭毛藻類における緑色葉緑体の起源と多様性
    稲垣祐司; 皿井千裕; 神川龍馬; 高橋和也; 岩滝光儀
    第15回植物オルガネラワークショップ/2013-03-20--2013-03-20
  • Searching for missing pieces in natural environments: With the emphasis on the importance of culture strains of enigmatic eukaryotes for global eukaryotic phylogeny.
    Ryoma Kamikawa; Akinori Yabuki; Tetsuo Hashimoto; Yuki Nishi...
    第28回日本微生物生態学会/2012-09-19--2012-09-22
  • New aspects of the evolution of endosymbiotic bacterium-derived organelles.
    Yuji Inagaki; Ryoma Kamikawa; Takuro Nakayama; Goro Tanifuji...
    第28回日本微生物生態学会/2012-09-19--2012-09-22
  • A model for endosymbiotic genome reduction: epithemiacecan diatoms and their nitrogen-fixing organelle, spheroid body.
    Yuji Inagaki; Takuro Nakayama; Ryoma Kamikawa.
    Protist2012/2012-07-29--2012-08-03
  • Genome evolution of the nitrogen-fixing cyanobacterial endosymbiont in the diatom Epithemia turgida.
    Yuji Inagaki
    Integrated Microbial Biodiversity Program Meeting, Canadian Institute for Advanced Research/2012-05-09--2012-05-11
  • 新奇真核微生物からの大規模配列データで変貌し続ける、我々の真核生物大系統像
    稲垣祐司; 矢吹彬憲; 神川龍馬
    第31回微生物系統分類研究会/2011-11-25
  • 複数遺伝子に基づく有中心粒太陽虫とクリプト藻の分子系統解析
    坂口美亜子; 稲垣祐司; 橋本哲男
    第30回日本藻類学会年会/2006-03-27
  • 微細構造と分子系統解析に基づく新規エクスカベート類Dysnectes brevisの研究
    雪吹直史; 中山剛; 稲垣祐司; 井上勲
    第30回日本藻類学会年会/2006-03-27
  • Nitrogen-fixing organelles, spheroid bodies, in rhopalodiacean diatom cells as an evolutoinary model for understanding organelle acquisition.
    稲垣祐司; 中山卓郎; 笠井文絵; 大河内直彦
    第34回日本分子生物学会年会/2011-12-13
  • 複数遺伝子解析により明らかとなった放散虫と有孔虫の姉妹関係
    石谷佳之; 石川奏太; 稲垣祐司; 土屋正史; 瀧下清貴
    第11回放散虫研究集会/2011-10-29
  • Recent progress in placing newly-discovered lineages of protists in the deep tree of eukaryotes.
    Yuji Inagaki
    CGEB meeting/2011-08-06
  • Molecular phylogeny of the amitochondriate lineage, Fornicata, based on multi-gene analysis.
    Hiroshi Komatsuzaki; Kiyotaka Takishita; Martin Kolisko; ...
    SMBE2011/2011-07-26
  • Effective bootstrapping: A new method for estimating accurate credibilities of splits on a phylogenetic tree
    Akifumi S Tanabe; Yuji Inagaki; Tetsuo Hashimoto; Miwako ...
    SMBE2011/2011-07-26
  • Intragenomic gene conversion in the evolution of bacterial peptide-chain release factors.
    Sohta A Ishikawa; Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki.
    SMBE2011/2011-07-26
  • Difference in transcriptional regulation between two genes encoding plastid-targeted GAPDH in the dinoflagellate Karenia mikimotoi.
    Yuki Yazaki; Ryoma Kamikawa; Takuya Matsumoto; Tetsuo Ha...
    SMBE2011/2011-07-26
  • The phylogenetic position of the katablepharid Leucocryptos marina based on seven mitochondrial gene sequences.
    Yuki Nishimura; Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki; Tetsuo Has...
    SMBE2011/2011-07-26
  • Molecular evidence for the residual nuclear genome of the green algal endosymbiont in the dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum.
    Takuya Matsumoto; Ryoma Kamikawa; Tetsuo Hashimoto; Yuji ...
    SMBE2011/2011-07-26
  • Spliceosomal introns in a split form: Another aspect of intron evolution in eukaryotes.
    Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki; Andrew J. Roger; Tetsuo Ha...
    SMBE2011/2011-07-26
  • 真核生物における翻訳伸長因子遺伝子の多様性
    神川龍馬; 橋本哲男; 稲垣祐司
    平成23年度日本水産学会春季大会/2011-03-27
  • 赤潮原因ラフィド藻類におけるミトコンドリアゲノムの全塩基配列
    神川龍馬; 増田功; 上田学; 大山憲一; 吉松定昭; 稲垣祐司; 左子芳彦
    平成23年度日本水産学会春季大会/2011-03-27
  • ミトコンドリアをもたないプロティスト分類群‘Fornicata’の分子系統：複数遺伝子に基づく解析
    小松崎洋志; 瀧下清貴; Marin Kolisko; 矢吹彬憲; 雪吹直史; 稲垣祐司; 橋本哲男; Andrew J R...
    第5回日本進化原生生物学研究会/2011-06-11
  • 最尤系統樹の信頼性指標に対するバイアスの定量化
    田辺晶史; 稲垣祐司; 橋本哲男; 辻美和子; 佐藤三久
    日本生態学会第58回札幌大会/2011-03-08
  • 複数遺伝子解析により得られた放散虫と有孔虫の姉妹関係
    石谷佳之; 石川奏太; 稲垣祐司; 土屋正史; 瀧下清貴
    第5回日本進化原生生物学研究会/2011-06-11
  • Tsukubamonas globosaのPhylogenomic解析と部分的ミトコンドリアゲノム
    神川龍馬; 矢吹彬憲; Martin Kolisko; 西村祐貴; 石川奏太; 石田健一郎; 橋本哲男; Andrew J ...
    第5回日本進化原生生物学研究会/2011-06-11
  • 159遺伝子データに基づく従属栄養性真核微生物Palpitomonas bilixの系統的位置
    矢吹彬憲; 神川龍馬; Martin Kolisko; 石田健一郎; 田辺晶史; 橋本哲男; 稲垣祐司
    第5回日本進化原生生物学研究会/2011-06-11
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(Last updated: 2023-03-22)