INAGAKI Yuji

Affiliation
Center for Computational Sciences
Official title
Professor
ORCID
0000-0003-0101-8483
URL
Research fields
Evolutionary biology
Biodiversity/Systematics
Research keywords
eukaryotes
orgenelle evolution
molecular evolution
genome evolution
protein facotrs involved in translation
gene duplication
lataral gene transfer
Research projects
真核生物ゲノムデータに混入している原核共生体ゲノムの体系的探索2023-04 -- 2027-03INAGAKI YujiJSPS/Grant-in-Aid for Scientific Research(B)18,330,000Yen
３次葉緑体をもつ渦鞭毛藻類における葉緑体進化2023-04 -- 2025-03稲垣祐司日本学術振興会/二国間交流事業 共同研究
ミトコンドリアDNAポリメラーゼの多様性と進化の全容解明2019 -- 2022INAGAKI YujiJapan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research(B)17,030,000Yen
海洋原生生物に共生する細菌多様性の実態解明2018-10 -- 2024-03Yuji INAGAKIJSPS/Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research(B))17,810,000Yen
海洋バクテリアの長期炭素隔離機能に対する海洋酸性化の影響評価2016 -- 2019濱健夫日本学術振興会/科学研究費補助金　基盤研究(B)
非光合成生物の光適応進化の全容解明2017 -- 2020谷藤吾朗日本学術振興会/科学研究費補助金　基盤研究（B)
Study on the residual green alga-derived nucleomorphs in dinoflagellates2016 -- 2018INAGAKI YujiJapan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research(B)17,420,000Yen
Investigation on the evolutionary process integrating an endosymbiotic cyanobacterium into the host cellular system2011-04 -- 2016-03INAGAKI YujiJSPS/Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas(Research in a proposed research area)112,580,000Yen
新型分割イントロン切り出し因子同定に基づく真核生物mRNA成熟機構進化の解明2011 -- 2015Japan Society of for the Promotion of Science/基盤研究(A)2,000,000Yen
ミトコンドリアを持たない真核微生物群フォルニカータの多様性の解明2011 -- 2013Japan Society of for the Promotion of Science/基盤研究(B)1,500,000Yen
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Career history
1996-01 -- 1996-03日本学術振興会名古屋大学特別研究員
1996-04 -- 1998-03㈱JT生命誌研究館奨励研究員
1998-04 -- 2000-03日本学術振興会派遣先：カナダ・ダルハウジー大学海外特別研究員
2000-04 -- 2004-03ダルハウジー大学（カナダ）博士研究員
2004-04 -- 2005-07長浜バイオ大学バイオサイエンス学部バイオサイエンス学科講師
2005-08 -- 2007-03筑波大学大学院生命環境科学研究科助教授
2007-04 -- 2011-09筑波大学大学院生命環境科学研究科准教授
2011-10 -- 2016-03筑波大学生命環境系准教授
2016-04 -- (current)筑波大学計算科学研究センター教授
Academic background
1987-04 -- 1991-03Nagoya University Faculty of Science
1991-04 -- 1993-03Nagoya University Graduate School, Division of Natural Science 生物学専攻博士課程（前期）
1993-04 -- 1995-12Nagoya University Graduate School, Division of Natural Science 生物学専攻博士課程（後期）
Degree
1995-12博士(理学)Nagoya University
Academic societies
2004 -- (current)SOCIETY OF EVOLUTIONARY STUDIES, JAPAN
2005 -- (current)THE JAPANESE SOCIETY OF PHYCOLOGY
2004 -- (current)The Molecular Biology Society of Japan
-- (current)International Society for Evolutionary Protistology
2008 -- (current)International Society of Protistologists
2004 -- (current)Society for Molecular Biology and Evolution
Honors & Awards
1993-04-01公益信託森安大学院生奨学基金
2007-04-17科学技術分野の文部科学大臣表彰若手科学者賞
2008-08-23日本進化学会研究奨励賞
Articles
Books
  • Protein Folding and Evolution
    Harada Ryuhei; Inagaki Yuji; Shigeta Yasuteru
    Reference modules in Materials Science and Engineering 2016, 2016-06
  • 第17章 現在も続く細胞内共生細菌のオルガネラ化．
    稲垣 祐司; 中山卓郎
    共生微生物/化学同人/pp.203-212, 2016-10
  • アピコンプレクサ類の退化葉緑体は緑藻起源か？
    稲垣祐司
    The Japanese Journal of Phycology, 2004-01
  • ロングブランチの誘惑--分子系統解析のダークサイド
    稲垣祐司
    The Japanese Journal of Phycology, 2007-07
Conference, etc.
  • 寄生虫化に伴うディプロモナス類の遺伝子レパートリーの変化．
    久米 慶太郎; 若島 朋幸; 厳 翼; 岩本 亮介; 井上 貴史; 谷藤 吾朗; 神川 龍馬; 稲垣...
    日本共生生物学会第8回大会/2024-10-19--2024-10-20
  • Two evolutionarily distinct autophagy-related ubiquitin-like conjugation systems in dinotoms.
    Euki Yazaki; Tadaaki Ueraha; Hirokazu Sakamoto; Inagak...
    APCOP-V 2024/2024/11/04--2024/11/06
  • 緑色渦鞭毛藻TGD株にみられるヌクレオモルフのゲノム解析 ー既知ヌクレオモルフゲノムとの共通点・相違点を探るー
    藤代彩花; 磯貝龍邑; 鈴木重勝; 高橋和也; 岩滝光儀; 稲垣 祐司; 中山卓郎
    日本共生生物学会第8回大会/2024-10-19--2024-10-20
  • Recent endosymbiosis between a haptophyte and a Kareniacean dinoflagellate and “Full-furnished apartment hypothesis.”
    INAGAKI Yuji
    5ᵗʰ Asian Marine Biology Symposium/2024/10/28--2024/10/30
  • Metamonadaとの近縁性が示唆される好気性原生生物の系統分類学的研究．
    白鳥峻志.; 原田亮; 磯貝龍邑; 中山卓郎; 稲垣 祐司
    日本共生生物学会第8回大会/2024-10-19--2024-10-20
  • 単細胞ゲノム増幅産物から発見された極小古細菌ゲノム．
    原田亮; 西村祐貴; 野村真未; 矢吹彬憲; 稲垣 祐司; 中山卓郎
    日本微生物生態学会第37回大会/2024-10-28--2024-10-31
  • 原生生物の核ゲノム転写物におけるRNA Editingの探索．
    磯貝龍邑; 原田亮; 矢﨑裕規; 中山卓郎; 稲垣 祐司; 矢吹彬憲
    日本共生生物学会第8回大会/2024-10-19--2024-10-20
  • CRuMsクレードの進化を解明する系統的所属不明真核生物Glissandra oviformis．
    矢﨑裕規; 原田亮; 磯貝龍邑; 石田健一郎; 稲垣 祐司; 白鳥峻志.
    日本共生生物学会第8回大会/2024-10-19--2024-10-20
  • AUTOEB：AU検定により系統樹の二分岐を評価するソフトウェア．
    番場浩平; 原田亮; 稲垣 祐司
    日本共生生物学会第8回大会/2024-10-19--2024-10-20
  • Myzozoaにおけるオルガネラ局在DNAポリメラーゼの多様性と進化．
    稲垣 祐司; 原田亮
    日本共生生物学会第8回大会/2024-10-19--2024-10-20
  • AUTOEB: A software for systematically evaluating bipartitions in a phylogenetic tree employing an approximately unbiased test.
    Kohei Bamba; Ryo Harada; INAGAKI Yuji
    第79回バイオ情報学研究会/2024-09-06--2024-09-06
  • アピコンプレクサおよびその近縁系統におけるオルガネラ局在DNAポリメラーゼの多様性と進化．
    稲垣 祐司; 原田亮
    奄美医科学研究シンポジウム/2024-10-02--2024-10-04
  • Dinotoms possess two evolutionary distinct autophagy-related ubiquitin-like conjugation systems.
    Euki Yazaki; Tadaaki Ueraha; Hirokazu Sakamoto; Inagak...
    Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution 2024/2024/07/07--2024/07/11
  • 光合成関連遺伝子に着目した緑色渦鞭毛藻TGD株のヌクレオモルフゲノムの解析．
    藤代彩花; 磯貝龍邑; 高橋和也; 岩滝光儀; 稲垣 祐司; 中山卓郎
    日本藻類学会第48回大会/2024/03/22--2024/03/23
  • Transition of the gene repertoire with adaptation to parasitic lifestyle in Diplomonads: orthology analysis with related free-living species
    久米 慶太郎; 若島 朋幸; 厳 翼; 岩本 亮介; 井上 貴史; 谷藤 吾朗; 神川 龍馬; 稲垣...
    The 93rd Annual Meeting of the Japanese Society of Parasitology/2024-03-09--2024-03-10
  • Exploring symbiotic cyanobacteria using size-fractionated environmental DNA samples.
    宮本知世; 矢吹彬憲; 野村真未; 柴小菊; 稲葉一男; 稲垣 祐司; 中山卓郎
    日本共生生物学会第7回大会/2023-11-18--2023-11-19
  • Taxon sampling affects the internal relationship of Archaeplastida: Is either Rhodophyta or Glaucophyta the earliest branch in Archaeplastida?
    磯貝龍邑; 原田亮; 中山卓郎; 稲垣 祐司
    日本共生生物学会第7回大会/2023-11-18--2023-11-19
  • Evolution of PCNA complex in Crenarchaota.
    上西慧莉紗; 原田亮; 吉永真理; 稲垣 祐司
    日本共生生物学会第7回大会/2023-11-18--2023-11-19
  • A novel form of Rubisco that is ancestral to forms I and I’.
    番場浩平; 稲垣 祐司
    日本共生生物学会第7回大会/2023-11-18--2023-11-19
  • 寄生性ユーグレナ類Euglenaformis parasiticaにおける非光合成性葉緑体の存在とその機能
    加藤孝一朗; 南波紀昭; 稲垣 祐司; 中山剛; 中山卓郎
    日本植物学会第87回大会/2023/09/07--2023/09/09
  • 最尤系統樹中の2分岐の信頼性に対する新たな評価手法．
    番場浩平; 稲垣 祐司; 原田亮; 中山卓郎; 磯貝龍邑
    第74回バイオ情報学(SIGBIO)研究会/2023-06-29--2023-07-01
  • AtLASS: A Scheme for end-to-end prediction of splice sites using attention-based bi-LSTM.
    原田亮; 久米慶太郎; 堀江和正; 中山卓郎; 稲垣 祐司; 天笠俊之
    第74回バイオ情報学(SIGBIO)研究会/2023-06-29--2023-07-01
  • Evolution and switching of mitochondrion-localized DNA polymerases in Euglenozoa.
    Ryo Harada; Hirakawa Yoshihisa; Yabuki Akinori; Kim Enso...
    3ʳᵈ Annual International Congress on Euglenoids 2023/2023/07/17--2023/07/18
  • A non-kareniacean dinoflagellate with a haptophyte-derived plastid indicates multiple tertiary endosymbioses.
    Takahashi Kazuya; Nakayama Takuro; Inagaki Yuji; Hehenber...
    IX ECOP-ISOP joint meeting 2023/2023/07/09--2023/07/14
  • Impact of taxon sampling on the relationship among Rhodophyta, Glaucophyta, and Chloroplastida inferred from nuclear gene-based phylogenomic analyses.
    Isogai Ryu; Ryo Harada; Nakayama Takuro; Inagaki Yuji
    IX ECOP-ISOP joint meeting 2023/2023/07/09--2023/07/14
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Teaching
2024-10 -- 2025-02General Biology IIUniversity of Tsukuba.
2024-10 -- 2025-02Seminar on Genomics and Bioinformatics VFUniversity of Tsukuba.
2024-07 -- 2024-07Fundamental Biology, Laboratory IIUniversity of Tsukuba.
2024-10 -- 2025-02Methodology on Genomics and Bioinformatics IIFUniversity of Tsukuba.
2024-10 -- 2024-12Molecular Evolution IIUniversity of Tsukuba.
2024-12 -- 2025-02Fundamental Biology, Laboratory IIIUniversity of Tsukuba.
2024-04 -- 2024-08Seminar on Genomics and Bioinformatics IIISUniversity of Tsukuba.
2024-04 -- 2024-08Methodology on Genomics and Bioinformatics ISUniversity of Tsukuba.
2024-10 -- 2025-02Seminar on Genomics and Bioinformatics IIIFUniversity of Tsukuba.
2024-10 -- 2025-02Methodology on Genomics and Bioinformatics IFUniversity of Tsukuba.
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Other educational activities
2017-03 -- 2017-03さくらサイエンスプラン実習筑波大学およびマレーシア工科大学

(Last updated: 2024-11-21)