稲垣 祐司(イナガキ ユウジ)

所属
計算科学研究センター
職名
教授
ORCID
0000-0003-0101-8483
URL
研究分野
進化生物学
生物多様性・分類
研究キーワード
真核生物
オルガネラ進化
分子系統
ゲノム進化
翻訳関連因子
遺伝子重複
遺伝子水平移動
研究課題
真核生物ゲノムデータに混入している原核共生体ゲノムの体系的探索2023-04 -- 2027-03稲垣祐司日本学術振興会/基盤研究(B)18,330,000円
３次葉緑体をもつ渦鞭毛藻類における葉緑体進化2023-04 -- 2025-03稲垣祐司日本学術振興会/二国間交流事業 共同研究
ミトコンドリアDNAポリメラーゼの多様性と進化の全容解明2019 -- 2022稲垣 祐司日本学術振興会/基盤研究(B)17,030,000円
海洋原生生物に共生する細菌多様性の実態解明2018-10 -- 2024-03稲垣祐司日本学術振興会/国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))17,810,000円
海洋バクテリアの長期炭素隔離機能に対する海洋酸性化の影響評価2016 -- 2019濱健夫日本学術振興会/科学研究費補助金　基盤研究(B)
非光合成生物の光適応進化の全容解明2017 -- 2020谷藤吾朗日本学術振興会/科学研究費補助金　基盤研究（B)
渦鞭毛藻細胞内に発見された新たな共生体痕跡核ゲノムの解読2016 -- 2018稲垣 祐司日本学術振興会/基盤研究(B)17,420,000円
ミトコンドリア・色素体以外の共生オルガネラ成立過程の解明2011-04 -- 2016-03稲垣 祐司日本学術振興会/新学術領域研究(研究領域提案型)112,580,000円
新型分割イントロン切り出し因子同定に基づく真核生物mRNA成熟機構進化の解明2011 -- 2015日本学術振興会/基盤研究(A)2,000,000円
ミトコンドリアを持たない真核微生物群フォルニカータの多様性の解明2011 -- 2013日本学術振興会/基盤研究(B)1,500,000円
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職歴
1996-01 -- 1996-03日本学術振興会名古屋大学特別研究員
1996-04 -- 1998-03㈱JT生命誌研究館奨励研究員
1998-04 -- 2000-03日本学術振興会派遣先：カナダ・ダルハウジー大学海外特別研究員
2000-04 -- 2004-03ダルハウジー大学（カナダ）博士研究員
2004-04 -- 2005-07長浜バイオ大学バイオサイエンス学部バイオサイエンス学科講師
2005-08 -- 2007-03筑波大学大学院生命環境科学研究科助教授
2007-04 -- 2011-09筑波大学大学院生命環境科学研究科准教授
2011-10 -- 2016-03筑波大学生命環境系准教授
2016-04 -- (現在)筑波大学計算科学研究センター教授
学歴
1987-04 -- 1991-03名古屋大学 理学部
1991-04 -- 1993-03名古屋大学 大学院理学研究科 生物学専攻博士課程（前期）
1993-04 -- 1995-12名古屋大学 大学院理学研究科 生物学専攻博士課程（後期）
取得学位
1995-12博士(理学)名古屋大学
所属学協会
2004 -- (現在)日本進化学会
2005 -- (現在)日本藻類学会
2004 -- (現在)日本分子生物学会
-- (現在)International Society for Evolutionary Protistology
2008 -- (現在)International Society of Protistologists
2004 -- (現在)Society for Molecular Biology and Evolution
受賞
1993-04-01公益信託森安大学院生奨学基金
2007-04-17科学技術分野の文部科学大臣表彰若手科学者賞
2008-08-23日本進化学会研究奨励賞
論文
著書
  • Protein Folding and Evolution
    Harada Ryuhei; Inagaki Yuji; Shigeta Yasuteru
    Reference modules in Materials Science and Engineering 2016, 2016-06
  • 第17章 現在も続く細胞内共生細菌のオルガネラ化．
    稲垣 祐司; 中山卓郎
    共生微生物/化学同人/pp.203-212, 2016-10
  • アピコンプレクサ類の退化葉緑体は緑藻起源か？
    稲垣祐司
    藻類, 2004-01
  • ロングブランチの誘惑--分子系統解析のダークサイド
    稲垣祐司
    藻類, 2007-07
会議発表等
  • 緑色渦鞭毛藻TGD株のヌクレオモルフゲノムが示す二次共生ゲノム進化の新たなスナップショット
    藤代彩花; 磯貝龍邑; 鈴木重勝; 高橋和也; 岩滝光儀; 稲垣 祐司; 中山卓郎
    日本植物学会第89回大会/2025-09-18--2025-09-20
  • tARP is an actin-related protein required for ciliary function that is conserved in ciliates and related eukaryotic groups.
    Kagawa Miku; Takuro Nakayama; Shiba Kogiku; Takako Ka...
    第77回日本細胞生物学会・第58回日本発生生物学会合同大会/2025/07/16--2025/07/18
  • Thermoproteota門古細菌におけるPCNA進化．
    上西慧莉紗; 原田亮; 中山卓郎; 稲垣 祐司
    第37回Archaea研究会/2025/07/18--2025/07/19
  • Recent plastid replacement in Karlodinium ballantinum (Kareniaceae, Dinoflagellata) challenges the paradigms of endosymbiotic gene transfer.
    Maciszewski Kacper; Takahashi Kazuya; Harada Ryo; Mart...
    ICOP/ISOP2025/2025/06/22--2025/06/27
  • A deeply branching lineage in Heterolobosea (Discoba) with multiflagellated and multigrooved life stages.
    Prokina Kristina; Yubuki Naoji; Galindo Luis; Torruell...
    ICOP/ISOP2025/2025/06/22--2025/06/27
  • Nucleomorph genome of the dinoflagellate TGD reveals an early stage of genome reduction following secondary endosymbiosis.
    Fujishiro Ayaka; Isogai Ryu; Suzuki Shigekatsu; Takaha...
    ICOP/ISEP2025/2025/06/22--2025/06/27
  • Morphology, ultrastructure, and molecular phylogeny of a novel CRuMs amoeboflagellate.
    Shiratori. Takashi; Harada Ryo; Yazaki Euki; INAGAKI ...
    ICOP/ISEP2025/2025/06/22--2025/06/27
  • Glissandra oviformis, a previously overlooked CRuMs member, provides the first insight into the character evolution of this “supergroup-compatible” clade in eukaryotes.
    Yazaki Euki; Harada Ryo; Isogai Ryu; Bamba Kohei; Ish...
    ICOP/ISEP2025/2025/06/22--2025/06/27
  • On the tree of Archaeplastida: The impact of rapidly evolving and heterotachious positions on nuclear and plastid phylogenomic inferences.
    Isogai Ryu; Harada Ryo; Nakayama Takuro; INAGAKI Yuji
    ICOP/ISEP2025/2025/06/22--2025/06/27
  • Origins of family A DNA polymerases in Euglenozoa.
    INAGAKI Yuji
    1ˢᵗ International Diplonemids Conference/2025-04-02--2025-04-03
  • ディプロモナス類の寄生虫化に伴い失われた遺伝子と獲得された遺伝子の分子系統解析．
    久米 慶太郎; 若島 朋幸; 厳 翼; 岩本 亮介; 井上 貴史; 谷藤 吾朗; 神川 龍馬; 稲垣...
    第94回日本寄生虫学会大会/2025-03-18--2025-03-19
  • 寄生虫化に伴うディプロモナス類の遺伝子レパートリーの変化．
    久米 慶太郎; 若島 朋幸; 厳 翼; 岩本 亮介; 井上 貴史; 谷藤 吾朗; 神川 龍馬; 稲垣...
    日本共生生物学会第8回大会/2024-10-19--2024-10-20
  • Two evolutionarily distinct autophagy-related ubiquitin-like conjugation systems in dinotoms.
    Euki Yazaki; Tadaaki Ueraha; Hirokazu Sakamoto; Inagak...
    APCOP-V 2024/2024/11/04--2024/11/06
  • 系統的所属不明真核生物Glissandra oviformisが拡張するCRuMsクレードの多様性．
    矢﨑裕規; 原田亮; 磯貝龍邑; 石田健一郎; 稲垣 祐司; 白鳥峻志
    第57回日本原生生物学会大会/2024-11-22--2024-11-24
  • 大規模系統解析におけるブートストラップ値100%は信頼できるのか？：AU検定を応用した系統樹中の二分岐に対する新たな評価手法．
    番場浩平; 原田亮; 稲垣 祐司
    第57回日本原生生物学会大会/2024-11-22--2024-11-24
  • 緑色渦鞭毛藻TGD株にみられるヌクレオモルフのゲノム解析 ー既知ヌクレオモルフゲノムとの共通点・相違点を探るー
    藤代彩花; 磯貝龍邑; 鈴木重勝; 高橋和也; 岩滝光儀; 稲垣 祐司; 中山卓郎
    日本共生生物学会第8回大会/2024-10-19--2024-10-20
  • Recent endosymbiosis between a haptophyte and a Kareniacean dinoflagellate and “Full-furnished apartment hypothesis.”
    INAGAKI Yuji
    5ᵗʰ Asian Marine Biology Symposium/2024/10/28--2024/10/30
  • Metamonadaとの近縁性が示唆される好気性原生生物の系統分類学的研究．
    白鳥峻志.; 原田亮; 磯貝龍邑; 中山卓郎; 稲垣 祐司
    日本共生生物学会第8回大会/2024-10-19--2024-10-20
  • 単細胞ゲノム増幅産物から発見された極小古細菌ゲノム．
    原田亮; 西村祐貴; 野村真未; 矢吹彬憲; 稲垣 祐司; 中山卓郎
    日本微生物生態学会第37回大会/2024-10-28--2024-10-31
  • 原生生物の核ゲノム転写物におけるRNA Editingの探索．
    磯貝龍邑; 原田亮; 矢﨑裕規; 中山卓郎; 稲垣 祐司; 矢吹彬憲
    日本共生生物学会第8回大会/2024-10-19--2024-10-20
  • CRuMsクレードの進化を解明する系統的所属不明真核生物Glissandra oviformis．
    矢﨑裕規; 原田亮; 磯貝龍邑; 石田健一郎; 稲垣 祐司; 白鳥峻志.
    日本共生生物学会第8回大会/2024-10-19--2024-10-20
  • AUTOEB：AU検定により系統樹の二分岐を評価するソフトウェア．
    番場浩平; 原田亮; 稲垣 祐司
    日本共生生物学会第8回大会/2024-10-19--2024-10-20
  • Myzozoaにおけるオルガネラ局在DNAポリメラーゼの多様性と進化．
    稲垣 祐司; 原田亮
    日本共生生物学会第8回大会/2024-10-19--2024-10-20
  • AUTOEB: A software for systematically evaluating bipartitions in a phylogenetic tree employing an approximately unbiased test.
    Kohei Bamba; Ryo Harada; INAGAKI Yuji
    第79回バイオ情報学研究会/2024-09-06--2024-09-06
  • アピコンプレクサおよびその近縁系統におけるオルガネラ局在DNAポリメラーゼの多様性と進化．
    稲垣 祐司; 原田亮
    奄美医科学研究シンポジウム/2024-10-02--2024-10-04
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担当授業科目
2025-10 -- 2025-12分子進化学II筑波大学
2025-04 -- 2025-06分子進化学I筑波大学
2025-04 -- 2025-08卒業研究S筑波大学
2025-10 -- 2026-02卒業研究F筑波大学
2026-01 -- 2026-02基礎生物学実験III筑波大学
2025-10 -- 2025-12基礎生物学実験II筑波大学
2025-07 -- 2025-07基礎生物学実験II筑波大学
2025-04 -- 2025-07基礎生物学実験I筑波大学
2025-10 -- 2025-12基礎計算生物学筑波大学
2026-01 -- 2026-02遺伝学概論筑波大学
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授業以外の教育活動
2017-03 -- 2017-03さくらサイエンスプラン実習筑波大学およびマレーシア工科大学

(最終更新日: 2025-10-10)