TSUTSUMI Masato

Affiliation

Life Science Center for Survival Dynamics, Tsukuba Advanced Research Alliance (TARA)

Official title

Assistant Professor

ORCID

Other affiliation


Nagoya University Laboratory of Data-driven Biology, Department of Integrative Cellular Informatics, Center for Neurological Diseases and Cancer, Graduate School of Medicine	Researcher

Research fields


Biological physics/Chemical physics/Soft matter physics
Life / Health / Medical informatics

Research keywords


Deep Learning
Morphology
定量生物学

Research projects


深層生成モデルを用いた発生過程における形態定量化手法の開発	2025-10 -- 2030-09	堤真人	Takeda Science Foundation/2025年度　医学系研究助成（基礎）	2,000,000Yen

Career history


2025-12 -- (current)	名古屋大学大学院医学系研究科研究員
2024-10 -- 2025-11	名古屋大学大学院医学系研究科特任助教
2023-10 -- 2024-09	広島大学大学院統合生命科学研究科特任研究員
2020-04 -- 2023-03	理化学研究所大学院生リサーチ・アソシエイト

Academic background


2018-04 -- 2023-09	東京大学理学系研究科物理学専攻
2014-04 -- 2018-03	東京大学理学部物理学科

Degree


2023-09	博士（理学）	The University of Tokyo

Academic societies


2024-12 -- (current)	THE SOCIETY FOR SCIENCE ON FORM, JAPAN

Articles

Disentanglement of batch effects and biological signals across conditions in the single-cell transcriptome
TSUTSUMI Masato
Biorxiv, 2025-04
Deciphering the origin of developmental stability: The role of intracellular expression variability in evolutionary conservation
堤真人
Evolution & Development, 2024-03
A deep learning approach for morphological feature extraction based on variational auto-encoder: an application to mandible shape
堤真人
NPJ Systems Biology and Applications, 2023-07-06

Conference, etc.

機械学習を用いた生物形態の定量化とその応用について霊長目の下顎骨を対象として
堤真人
基礎生物学研究所部門セミナー/2021-10-01
A Deep learning approach for the shape analysis of the primates mandible
堤真人
Euro Evo Devo/2022-06-01
A method for morphological feature extraction based on variational auto-encoder: an application to mandible shape
堤真人
第60回日本生物物理学会年会/2022-09-30
機械学習を用いた様々な生物形態の定量化
堤真人
広島大学数理生命科学プログラムセミナー/2022-11-10
変分オートエンコーダを用いた霊長目の下顎形態特徴量抽出
堤真人
定量生物学の会第十回年会/2022-12-15
Development of a quantitative analysis method for biological morphology using deep learning
堤真人
Statphys28 Satellite meeting Statistical Physics and Information-Processing in Living Systems/2023-08-08
自由エネルギー原理を用いた脳内反芻思考の数理モデル
堤真人
定量生物学の会第十一回年会/2024-01-06
深層学習を用いた生物形態の定量解析手法の開発
堤真人
第8回理論免疫学ワークショップ/2024-02-14
ベイズ推論を用いた脳内反芻思考の数理モデル
堤真人
理論生物学スプリングスクール2024/2024-02-20
深層学習を用いた生物形態の定量解析手法の開発
堤真人
シリーズオンラインセミナー「AIが切り開く進化生物学の未来」第1回「画像認識AIで挑む！⾏動・形態形質定量化のレベルアップ」/2024-03-09
数理モデルを用いた社会的敗北ストレス下でのマウス行動の定量化
堤真人
CPSY TOKYO 2024/2024-03-28
深層学習による形態定量解析手法の提案
堤真人
2024年度日本数理生物学会年会/2024-09-12
深層学習による生物形態定量解析手法の開発
堤真人
日本応用数理学会2024年度年会/2024-09-16
エネルギーランドスケープ解析による緊急事態宣言中/後における心理状態遷移の推定
堤真人
SSTB2025 -Spring School for Theoretical Biology/2025-02-20
DOLO(Drosophila tracking with YOLO)による 2 重変異体ハエ幼虫の行動解析
堤真人
第一回システム行動学研究会/2025-05-30
3 次元 Variational Autoencoder を用いた形態変異の可視化
堤真人
第 34 回日本バイオイメージング学会学術集会/2025-09-26
Development of a markerless multi-individual tracking system for controlling cannibalistic behavior in crickets
堤真人
日本比較生理生化学会第47回大会/2025-12-05
深層学習を用いた形態定量化手法: Morpho-VAE
堤真人
第99回形の科学シンポジウム「動きをもたらすかたち」/2025-11-30

Intellectural property rights

バッチ効果の補正システム、制御プログラム、バッチ効果の補正方法
堤真人

(Last updated: 2025-12-12)