HIROKAWA Takatsugu
- Affiliation
- Institute of Medicine
- Official title
- Professor
- ORCID
- 0000-0002-3180-5050
- Sex
- Male
- KAKEN ID
- 20357867
- I+B} )&"v.v:IE$yC+*,",wvCvxC!'
- Office
- Transborder Medical Research Center, Chemical Biology and in silico Drug Design
- Research fields
Computational science Chemical biology Life / Health / Medical informatics Drug development chemistry - Research keywords
バイオインフォマティクス、計算創薬、分子設計 - Research projects
プレシジョンメディスンを加速する創薬ビッグデータ統合システムの推進 2020-04 -- 2023-03 奥野恭史 文部科学省/「富岳」成果創出加速プログラム 19,478,571Yen 自然免疫制御による全身性エリテマトーデス治療薬の創製 2020-08 -- 2022-03 長井良憲 国立研究開発法人日本医療研究開発機構/産学連携医療イノベーション創出プログラム 5,460,000Yen プロスタグランジン受容体の立体構造を基盤とした創薬開発を目指す革新的技術の創出 2016-10 -- 2021-03 小林拓也 国立研究開発法人日本医療研究開発機構/革新的先端研究開発支援事業 64,714,285Yen 分子モデリングおよびシミュレーションを活用したインシリコ創薬支援 2017-04 -- 2021-03 広川貴次 国立研究開発法人日本医療研究開発機構/創薬等ライフサイエンス研究支援基盤事業 101,376,000Yen - Degree
2000-03 Ph.D. Tokyo University of Agriculture and Technology - Academic societies
2017-04 -- 2023-03 THE JAPANESE SOCIETY FOR BIOINFORMATICS 2017-04 -- 2023-04 THE BIOPHYSICAL SOCIETY OF JAPAN 2017-04 -- 2025-03 CHEM-BIO INFORMATICS SOCIETY - Articles
- Prediction of the binding mechanism of a selective DNA methyltransferase 3A inhibitor by molecular simulation
Kudo Genki; Hirao Takumi; Harada Ryuhei; Hirokawa Tak...
Scientific reports/14(1), 2024-06-12 - Interaction modes of human orexin 2 receptor with selective and nonselective antagonists studied by NMR spectroscopy
Imamura Kayo; Akagi Ken-Ichi; Miyanoiri Yohei; Tsujimo...
STRUCTURE/32(3), 2024-03-07 - Biological Evaluation of Isosteric Applicability of 1,3-Substituted Cuneanes as m-Substituted Benzenes Enabled by Selective Isomerization of 1,4-Substituted Cubanes
Fujiwara Kan; Nagasawa Shota; Maeyama Ryusei; Segawa ...
CHEMISTRY-A EUROPEAN JOURNAL/30(11), 2024-02-21 - Site Identification and Next Choice Protocol for Hit-to-Lead Optimization
Kudo Genki; Hirao Takumi; Yoshino Ryunosuke; Shigeta ...
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING/64(11)/pp.4475-4484, 2024-05-20 - AAp-MSMD: Amino Acid Preference Mapping on Protein-Protein Interaction Surfaces Using Mixed-Solvent Molecular Dynamics
Kudo Genki; Yanagisawa Keisuke; Yoshino Ryunosuke; Hir...
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING/63(24)/pp.7768-7777, 2023-12-25 - Modeling the structure of the transmembrane domain of T1R3, a subunit of the sweet taste receptor, with neohesperidin dihydrochalcone using molecular dynamics simulation
Nakagita Tomoya; Matsuya Takumi; Narukawa Masataka; Ko...
BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY/87(12)/pp.1470-1477, 2023-11-21 - Identification of Chemicals That Abrogate Folate-Dependent Inhibition of Starch Accumulation in Non-Photosynthetic Plastids of Arabidopsis
Kawada Yoshihiro; Hayashi Eriko; Katsuragi Yuya; Imamu...
PLANT AND CELL PHYSIOLOGY/Epub, 2023-10-06 - Identification of a novel CDK9 inhibitor targeting the intramolecular hidden cavity of CDK9 induced by Tat binding
Asamitsu Kaori; Hirokawa Takatsugu; Okamoto Takashi
PLOS ONE/17(11), 2022-04-01 - A multipoint guidance mechanism for β-barrel folding on the SAM complex
Takeda Hironori; Busto Jon V; Lindau Caroline; Tsutsum...
NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY/30(2)/pp.176-187, 2023-02-01 - Inhibition of cellular RNA methyltransferase abrogates influenza virus capping and replication
Tsukamoto Yuta; Hiono Takahiro; Yamada Shintaro; Matsu...
SCIENCE/379(6632)/pp.586-591, 2023-02-10 - Quantitative comparison of protein-protein interaction interface using physicochemical feature-based descriptors of surface patches
Shin Woong-Hee; Kumazawa Keiko; Imai Kenichiro; Hiroka...
Frontiers in molecular biosciences/10, 2023-04-01 - Pocket to concavity: a tool for the refinement of protein-ligand binding site shape from alpha spheres
Kudo Genki; Hirao Takumi; Yoshino Ryunosuke; Shigeta ...
BIOINFORMATICS/39(4), 2023-04-03 - Structural and energetic basis for differential binding of Ebola and Marburg virus glycoproteins to a bat-derived Niemann-Pick C1 protein
Igarashi Manabu; Hirokawa Takatsugu; Takada Ayato
JOURNAL OF INFECTIOUS DISEASES/228(7:SI)/pp.S479-S487, 2023-04-29 - Distinct Profiles of Desensitization of µ-Opioid Receptors Caused by Remifentanil or Fentanyl: In Vitro Assay with Cells and Three-Dimensional Structural Analyses
Uezono Eiko; Mizobuchi Yusuke; Miyano Kanako; Ohbuchi ...
INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES/24(9), 2023-05-06 - Regulation of thrombin activity by ligand-induced topological alteration in a thrombin-binding aptamer
Sasaki Shogo; Ma Yue; Hirokawa Takatsugu; Ikebukuro K...
CHEMICAL COMMUNICATIONS/59(57)/pp.8862-8865, 2023-07-13 - Differential Metabolic Stability of 4α,25- and 4β,25-Dihydroxyvitamin D3 and Identification of Their Metabolites
Mizumoto Yuka; Sakamoto Ryota; Iijima Kazuto; Nakaya ...
BIOMOLECULES/13(7), 2023-06-24 - AlphaFold version 2.0 elucidates the binding mechanism between VIPR2 and KS-133, and reveals an S-S bond (Cys(25)-Cys(192)) formation of functional significance for VIPR2
Sakamoto Kotaro; Asano Satoshi; Ago Yukio; Hirokawa T...
BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS/636(1)/pp.10-16, 2022-12 - Attenuation of SARS-CoV-2 replication and associated inflammation by concomitant targeting of viral and host cap 2'-O-ribose methyltransferases
Bergant Valter; Yamada Shintaro; Grass Vincent; Tsukam...
EMBO JOURNAL/41(17), 2022-09 - Unfolding is the driving force for mitochondrial import and degradation of the Parkinson's disease-related protein DJ-1
Hirokawa Takatsugu; BB Queliconi; W Kojima; M Kimura; K ...
J Cell Sci./134(22)/p.jcs258653, 2021-11 - [In-Silico Drug Discovery Support-Current Situation and Challenges]
Hirokawa Takatsugu
Gan to kagaku ryoho. Cancer & chemotherapy/49(4)/pp.359-364, 2022-04-01 - Inverse Mixed-Solvent Molecular Dynamics for Visualization of the Residue Interaction Profile of Molecular Probes
Yanagisawa Keisuke; Yoshino Ryunosuke; Kudo Genki; Hiroka...
INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES/23(9), 2022-04-26 - Chemosynthetic ethanolamine plasmalogen stimulates gonadotropin secretion from bovine gonadotrophs by acting as a potential GPR61 agonist
Kadokawa Hiroya; Yoshino Ryunosuke; Saito Risa; Hiroka...
ANIMAL REPRODUCTION SCIENCE/241, 2022-05-13 - Molecular action of larvicidal flavonoids on ecdysteroidogenic glutathione S-transferase Noppera-bo in Aedes aegypti
Inaba Kazue; Ebihara Kana; Senda Miki; Yoshino Ryunosuke...
BMC Biology/20(1)/p.43, 2022-02 - MDContactCom: a tool to identify differences of protein molecular dynamics from two MD simulation trajectories in terms of interresidue contacts
Motono Chie; Yanagida Shunsuke; Sato Miwa; Hirokawa Taka...
BIOINFORMATICS/38(1)/pp.273-274, 2022-01 - Evaluating cepharanthine analogues as natural drugs against SARS-CoV-2
Hijikata Atsushi; Shionyu-Mitsuyama Clara; Nakae Setsu...
FEBS OPEN BIO/12(1)/pp.285-294, 2022-01 - more...
- Prediction of the binding mechanism of a selective DNA methyltransferase 3A inhibitor by molecular simulation
- Books
- スーパーコンピューターを用いた分子シミュレーションとインシリコ創薬
広川 貴次
月刊 細胞 The CELL/pp.16-19, 2019-06 - 創薬インフォマティクス「はじめに」
広川 貴次
医学のあゆみ/医歯薬出版/pp.965-965, 2019-03 - 構造データと分子シミュレーション技術によるインシリコ創薬支援研究
広川 貴次
Ensemble/The Molecular Simulation Society of Japan/pp.225-229, 2017-10
- スーパーコンピューターを用いた分子シミュレーションとインシリコ創薬
- Conference, etc.
- Hit-to-Lead最適化を目的とした立体構造に基づくリガンド伸長サイト予測
工藤玄己; 平尾巧; 吉野龍ノ介; 重田育照; 広川 貴次
第23回日本蛋白質科学会年会/2023-7-5 - Application of Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics for Generating Virtual Screening Models
平尾巧; 工藤玄己; 吉野龍ノ介; 広川 貴次
CBI学会2023年大会/2023-10-24 - Comprehensive Structural Analysis of PROTAC Mediated Ternary Complexes using Enhanced Conformational Sampling Methods
工藤玄己; 平尾巧; 広川 貴次; 吉野龍ノ介
CBI学会2023年大会/2023-10-24 - Conformation Search of Ternary Complexes for Rational PROTAC Linker Design Using Enhanced Sampling Method
吉野龍ノ介; 工藤玄己; 平尾巧; 広川 貴次
CBI学会2023年大会/2023-10-25 - インシリコ技術による構造情報と創薬研究の橋渡し
広川 貴次
2023年度日本結晶学会シンポジウム/2023-10-27 - SARS-CoV-2メインプロテアーゼ阻害薬のインシリコスクリーニング
広川 貴次
BINDSシンポジウム/2023-11-16 - Hit-to-Leadを指向した官能基修飾始点と伸長サイトの予測手法開発
工藤玄己; 平尾巧; 吉野龍ノ介; 重田育照; 広川 貴次
第 51 回構造活性相関シンポジウム/2023-11-20 - 拡張アンサンブル法を用いたPROTACリンカー設計のための三元複合体構造探索
吉野龍ノ介; 工藤玄己; 平尾巧; 広川 貴次
第51回構造活性相関シンポジウム/2023-11-20 - バーチャルスクリーニングモデル作成のためのParallel Cascade Selection Molecular Dynamicsの応用
平尾巧; 工藤玄己; 吉野龍ノ介; 広川 貴次
第51回構造活性相関シンポジウム/2023-11-20 - A search method for novel protein functional site based on the spatial distribution of disease-associated missense variants
本野千恵; 土方敦; 広川 貴次; 今井賢一郎
CBI学会2023年大会/2023-10-24 - Search for novel protein functional sites based on the spatial distribution of disease-associated missense variants
本野千恵; 土方敦; 広川 貴次; 今井賢一郎
第51回構造活性相関シンポジウム/2023-11-20 - A search method for novel protein functional site based on the spatial distribution of disease-associated missense variants
本野千恵; 土方敦; 広川 貴次; 今井賢一郎
8th Autumn School of Chemoinformatics in Nara/2023-11-29 - 新規モルヒナン型オレキシン1 受容体特異的拮抗薬の創製
関谷 有希; 坂本 奈津美; 石川 有紀子; 徳田 明久; 南雲 康行; 沓村 憲樹; 金澤 奨勝; ...
第18回GPCR研究会/2024-05-25--2024-05-26 - フルオロアルキル基を有する新規モルヒナン型OX1R拮抗薬の合成と薬理評価
関谷 有希; 坂本 奈津美; 石川 有紀子; 徳田 明久; 南雲 康行; 沓村 憲樹; 金澤 奨勝; ...
第40回メディシナルケミストリーシンポジウム/2023-11-14 - 新規モルヒナン型OX1R拮抗薬の設計と合成
関谷 有希; 坂本 奈津美; 石川 有紀子; 徳田 明久; 南雲 康行; 沓村 憲樹; 金澤 奨勝; ...
第42回鎮痛薬・オピオイドペプチドシンポジウム/2023-09-02--2023-09-03 - Molecular Dynamics for Visualization of Amino Acid Residue Interaction Profile of Molecular Probes
Hirokawa Takatsugu; K Yanagisawa; R Yoshino; G Kudo
日本生物物理学会第60回年会/2022-09-29 - Search for undiscovered protein functional sites based on the spatial distribution of disease-associated missense variants
Hirokawa Takatsugu
日本生物物理学会第60回年会/2022-09-29 - Amino acid preference mapping on protein-protein interaction surface using mixed-solvent molecular dynamics
Hirokawa Takatsugu; G Kudo; K Yanagisawa; R Yoshino
CBI学会2022年大会/2022-10-25 - Synthesis and evaluation of the photo-reactive macrocyclic hexaoxazole probe for selective crosslinking with telomeric G-quadruplex
Hirokawa Takatsugu; K Yanagita; S Sasaki; Y Ma; K Ik...
The 49th International Symposium on Nucleic Acid Chemistry/2022-11-02--2022-11-04 - 疾患関連変異のタンパク質構造上の三次元分布に基づく新規機能部位の探索
広川 貴次; 本野千恵; 土方 敦司; 今井賢一郎
第45回日本分子生物学会年会/2022-12-02 - 滑膜肉腫治療を目指したHDAC2特異的阻害剤の研究
広川 貴次; 権藤花奈; 吉田将人; 平尾 巧; 木越英夫; 竹中聡; 岩崎憲治
第94回日本薬理学会年会/2022-11-30--2022-12-03 - 光架橋基を有する二点認識型テロメアG4リガンドの開発
広川 貴次; 柳田和輝; 佐々木捷悟; 馬 悦; 池袋一典; 寺 正行; 長澤和夫
日本化学会第103春季年会/2023-03-22--2023-03-25 - サキシトキシンC11位第三級アルコール型誘導体の合成と電位依存性Naチャネル阻害活性評価
広川 貴次; 前野華子; 濡木絢斗; 高栁優夏; 石塚颯; 千葉 修; 吉尾 柊太郎; 小林 巧; 此木敬一; 山下まり; 長澤和夫
日本化学会第103春季年会/2023-03-22--2023-03-25 - 蛋白質構造情報に基づく化合物結合サイト予測の高精度化
広川 貴次; 工藤玄己; 吉野龍ノ介; 重田育照
第 22 回日本蛋白質科学会年会/2022-06-07 - インバース共溶媒分子動力学法による分子プローブ周辺残基環境の可視化
広川 貴次; 柳澤渓甫; 吉野龍ノ介; 工藤玄己
第 22 回日本蛋白質科学会年会/2022-06-08 - more...
- Hit-to-Lead最適化を目的とした立体構造に基づくリガンド伸長サイト予測
- Intellectural property rights
- 立体化学構造類似度による香気成分とヒト嗅覚受容体活性の構造活性相関解析
広川 貴次; 伊地知千織; 井原 悠介; 河戸 弥生; 染川 康子 - 自然免疫受容体トール様受容体7の活性化阻害剤
広川 貴次; 藤下繁人; 岡本直樹; 長井良憲 - 抗がん剤
広川 貴次; 野口 雅之; 柴 綾
- 立体化学構造類似度による香気成分とヒト嗅覚受容体活性の構造活性相関解析
- Teaching
2024-04 -- 2024-08 Special Research in Humanics IIIa University of Tsukuba. 2024-10 -- 2025-02 Special Seminars in Humanics IIIb University of Tsukuba. 2024-10 -- 2025-02 Basic Experiments in Human Biology University of Tsukuba. 2024-04 -- 2024-08 Special Seminars in Human Biology I University of Tsukuba. 2024-10 -- 2025-02 Special Lectures in Humanics IIIb University of Tsukuba. 2024-04 -- 2024-08 Special Lectures in Humanics IIIa University of Tsukuba. 2024-04 -- 2024-08 Special Seminars in Humanics IIIa University of Tsukuba. 2024-10 -- 2025-02 Special Seminars in Human Biology II University of Tsukuba. 2024-10 -- 2025-02 Special Lectures in Human Biology II University of Tsukuba. 2024-10 -- 2025-02 Special Research in Human Biology II University of Tsukuba. more... - Other educational activities
2022-02 -- 2022-02 「医療・創薬データサイセンスコンソーシアム」人材育成 2023-02 -- 2023-02 「医療・創薬データサイセンスコンソーシアム」人材育成 文部科学省 2022-11 -- 2022-11 遠隔インタラクティブ講義「計算生命科学の基礎9 神戸大学 2021-12 -- 2021-12 遠隔インタラクティブ講義「計算生命科学の基礎VIII 神戸大学 2021-02 -- 2021-02 「医療・創薬データサイセンスコンソーシアム」人材育成研究 文部科学省 2020-11 -- 2020-11 遠隔インタラクティブ講義「計算生命科学の基礎VII」 神戸大学 2019-10 -- 2020-01 遠隔インタラクティブ講義「計算生命科学の基礎VI」 神戸大学 2019-04 -- 2020-03 「医療・創薬データサイセンスコンソーシアム」人材育成研究 文部科学省 2018-10 -- 2019-01 遠隔インタラクティブ講義「計算生命科学の基礎V」 神戸大学 2018-04 -- 2019-03 「医療・創薬データサイセンスコンソーシアム」人材育成研究 文部科学省 more... - Talks
- 私のキャリアパスと研究内容
Hirokawa Takatsugu
三田国際学園中学・高等学校 キャリア教育講演会/2016-12-14--2016-12-14
- 私のキャリアパスと研究内容
- Professional activities
2020-04 -- 2024-03 日本薬学会 構造活性相関部会 常任幹事 2020-04 -- 2023-03 情報計算化学生物学会 評議委員 2020-04 -- 2023-03 情報計算化学生物学会 執行部会 2021-10 -- 2022-10 情報計算化学生物学会 CBI学会2022年大会プログラム委員 2020-10 -- 2021-10 情報計算化学生物学会 CBI学会2021年大会プログラム委員 2019-10 -- 2020-10 情報計算化学生物学会 CBI学会2020年大会プログラム委員 2018-10 -- 2019-10 The Chem-Bio Informatics Society CBI学会2019年大会プログラム委員 2017-10 -- 2018-10 CHEM-BIO INFORMATICS SOCIETY CBI学会2018年大会プログラム委員長 2015-04 -- 2023-03 CHEM-BIO INFORMATICS SOCIETY CBIジャーナル編集委員 2016-10 -- 2017-10 CHEM-BIO INFORMATICS SOCIETY CBI学会2017年大会実行委員長 more... - University Management
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(Last updated: 2024-08-20)