八木 清(ヤギ キヨシ)
- 所属
- 数理物質系
- 職名
- 教授
- ORCID
- 0000-0003-1120-9355
- 性別
- 男性
- 生年月
- 1976-05
- URL
- 研究室
- 計算情報化学
- 電話
- 029-853-6521
- 研究分野
物理化学 - 研究キーワード
計算化学・QM/MM計算・生体分子・高分子 - 研究課題
高速QM/MM自由エネルギー計算法の開発と新規蛍光プローブの分子設計 2024-04 -- 2027-03 八木清 文部科学省/基盤研究(B) 18,590,000円 非断熱QM/MM分子動力学計算による光駆動タンパク質の反応ダイナミクス 2022-04 -- 2024-03 八木清 文部科学省/新学術領域研究(研究領域提案型) 6,630,000円 QM/MMに基づく分子動力学計算による新規蛍光プローブの分子設計 2020-04 -- 2023-03 八木清 文部科学省/基盤研究B 17,680,000円 生体分子系に対する振動状態理論の開発と応用 2016-04 -- 2018-03 八木清 文部科学省/新学術領域研究(研究領域提案型) 6,760,000円 非調和振動理論の新しい展開-水素結合クラスターへの応用 2010-04 -- 2011-03 八木清 文部科学省/特定領域研究 4,000,000円 水クラスターアニオンの生成機構に対する理論的研究 2009-04 -- 2011-03 八木清 文部科学省/若手研究(B) 4,550,000円 振動ダイナミクスの新しい理論と水素結合系への応用 2008-04 -- 2010-03 八木清 文部科学省/特定領域研究 3,200,000円 - 職歴
2005-04 -- 2009-03 東京大学工学系研究科応用化学専攻助手・助教 2009-04 -- 2011-04 山梨大学燃料電池ナノ材料研究センター特任講師 2011-04 -- 2012-11 米国イリノイ大学アーバナ・シャンペーン校化学科Visiting Research Assistant Professor, 2012-12 -- 2024-07 理化学研究所開拓研究本部 杉田理論分子科学研究室専任研究員 - 学歴
1995-04 -- 1999-03 東京大学 工学部 応用化学科 1999-04 -- 2001-03 東京大学 工学系研究科 応用化学専攻 2001-04 -- 2004-03 東京大学 工学系研究科 応用化学専攻 - 取得学位
2004-03 博士（工学） 東京大学 - 所属学協会
1997-06 -- (現在) 日本化学会 2006-10 -- (現在) 分子科学会 2014-12 -- (現在) アメリカ化学会 2017-03 -- (現在) 日本蛋白質科学会 2018-05 -- (現在) 日本分光学会 2019-07 -- (現在) 理論化学会 2019-10 -- (現在) 日本生物物理学会 - 受賞
2015-09 分子科学会奨励賞 非調和性を考慮した第1原理分子振動状態理論の開発と応用 2021-03 理研栄峰賞 「富岳」に最適化されたGENESISの開発と公開、およびSARS-Cov-2スパイクタンパク質のMDシミュレーション - 論文
- High-performance QM/MM Enhanced Sampling Molecular Dynamics Simulations with GENESIS SPDYN and QSimulate-QM
Kiyoshi Yagi; Klaas Gunst; Toru Shiozaki; Yuji Sugita
Journal of Chemical Theory and Computation, 2025-04 - Efficient Training of Neural Network Potentials for Chemical and Enzymatic Reactions by Continual Learning
Lei Yao-Kun; YAGI Kiyoshi; Sugita Yuji
Journal of Chemical Theory and Computation/21(5)/pp.2695-2711, 2025-03 - Fermi resonance in the radiative vibrational cooling dynamics of N2O+
Harayama S.; Kuma S.; Kimura N.; Chartkunchand K. C.; ...
PHYSICAL REVIEW A/111(3)/p.032803, 2025-03-05
- High-performance QM/MM Enhanced Sampling Molecular Dynamics Simulations with GENESIS SPDYN and QSimulate-QM
- 会議発表等
- Development of QM/MM Methods in GENESIS and Applications to Biomolecular Reactions and Spectroscopy
YAGI Kiyoshi
Asia Pacific Association of Theoretical and Computational Chemistry (APATCC) 11/2025-04-21--2025-04-25 - 非調和振動解析による複雑分子の 機能解明と制御
八木 清
高分子イオニクスシンポジウム/2025-03-18 - Development of High-Performance QM/MM Methods and Applications to Spectroscopy and Reactions of Biomolecules
八木 清
2025 Chemistry National Meeting/2025-03-07 - Vibrational Calculations of Complex Systems Using Localized Vibrational Modes
八木 清
2025 Spring Workshop on Physical and Computational Chemistry/2025-03-06 - Excited state QM/MM molecular dynamics simulations reveal the protein-molecule interaction of fluorogenic probes
八木 清
Chemistry Seminar/2025-03-05 - QM/MM計算に基づく自由エネルギー摂動法 の開発と創薬応用
八木 清
計算メディカルサイエンス事業部公開シンポジウム2024/2024-12-23 - QM/MM計算と非調和振動解析による 複雑分子の機能解明と制御
八木 清
武次徹也教授還暦記念シンポジウム/2024-11-30--2024-11-30 - QM/MM計算と非調和振動解析による 複雑分子の機能解明と制御
八木 清
計算・分光・情報・合成が拓く分子設計の最前線/2024-11-14--2024-11-14 - QM/MM計算に基づく生体分子の スペクトル解析
八木 清
化学系学協会東北大会/2024-09-14--2024-09-15
- Development of QM/MM Methods in GENESIS and Applications to Biomolecular Reactions and Spectroscopy
- 担当授業科目
2024-09 -- 2025-02 物理化学I 理工学群化学類 - 一般講演
- Excited state QM/MM molecular dynamics simulations reveal the protein-molecule interaction of fluorogenic probes
八木 清
Chemistry Seminar/2025-03-05
- Excited state QM/MM molecular dynamics simulations reveal the protein-molecule interaction of fluorogenic probes
- 学協会等委員
2023-09 -- (現在) 理論化学会 理論化学会幹事会/幹事
(最終更新日: 2025-05-10)