| 陽子線治療の有用性の検証に関する多施設共同研究 | 2015-09 -- 2016-03 | 櫻井英幸 | 国立研究開発法人日本医療研究開発機構/革新的がん医療実用化研究事業 | 29,000,000円 |
| 次世代型マルチ粒子線治療の臨床応用のための基盤研究 | 2015 -- 2018 | 櫻井英幸 | 日本学術振興会/基盤研究(B) | 15,090,000円 |
| 筑波大学・ドイツ学術交流会（ＤＡAD)パートナーシップ・プログラム | 2014-04 -- 2016-03 | 櫻井英幸 | 筑波大学/筑波大学・ドイツ学術交流会（ＤＡAD)パートナーシップ・プログラム | 1,808,000円 |
| 小型陽子線加速器ベースの中性子発生プラントの構築による医療用中性子ビームの実証評価 | 2011-09 -- 2013-03 | 櫻井英幸 | 経済産業省 「イノベーション拠点立地支援事業 企業等の実証・評価設備等の整備事業」/国内共同研究 | 449,790,000円 |
| 中性子捕捉療法用病院併設型小型直線加速器の研究開発 | 2011-03 -- 2013-03 | 櫻井英幸 | （独）新エネルギー・産業技術総合開発機構/国内共同研究 | 450,000,000円 |
| 高エネルギー陽子ビームを用いた次世代型粒子線治療のための研究 | 2012 -- 2014 | 櫻井英幸 | 日本学術振興会/基盤研究(B) | 17,940,000円 |
| 極小量子ビームを用いた細胞内元素分布解析による疾患機序の解明 | 2012 -- 2013 | 櫻井英幸 | 日本学術振興会/挑戦的萌芽研究 | 3,770,000円 |
| 陽子線治療を組み込んだ集学的治療の推進のためのトランスレーショナルリサーチ | 2009 -- 2010 | 櫻井英幸 | 日本学術振興会/基盤研究(B) | 15,340,000円 |
| 重金属病に対する微小プロトンビームを用いた革新的画像診断の開発 | 2009 -- 2010 | 櫻井英幸 | 日本学術振興会/挑戦的萌芽研究 | 3,100,000円 |