Nakayama Takuro

Affiliation
Center for Computational Sciences
Official title
Assistant Professor
KAKEN ID
70583508
URL
Research projects
Fundamental studies on "mitochondrial glycolytic pathway" in cercozoan organisims2014-04 -- 2017-03中山卓郎Japan Society for the Promotion of Science/Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Young Scientists (B)3,900,000Yen
海洋微生物多様性の盲点―真核微生物に潜在する原核微生物叢の実態を探る2020-04 -- 2024-03中山卓郎Japan Society of for the Promotion of Science/科学研究費助成事業 基盤研究(B)17,680,000Yen
光合成補助色素フコキサンチンの未知なる生合成系の解明とその誕生の謎を紐解く2019-04 -- 2024-03Japan Society of for the Promotion of Science/科学研究費助成事業 基盤研究(B)17,290,000Yen
海洋原生生物に共生する細菌多様性の実態解明2018-10 -- 2023-03Japan Society of for the Promotion of Science/科学研究費助成事業 国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))17,810,000Yen
渦鞭毛藻細胞に見られるシアノバクテリア共生体の機能および進化の解明2017-04 -- 2020-03中山卓郎Japan Society of for the Promotion of Science/科学研究費助成事業 若手研究(B)4,290,000Yen
細胞内共生を通じた新奇オルガネラ獲得:珪藻細胞に見られる窒素固定構造の進化解明2010-01 -- 2011-01中山卓郎Japan Society of for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research, Research Activity Start-up2,470,000Yen
Paulinella chromatophoraのシアネレに関する研究2007-01 -- 2009-01中山卓郎Japan Society of for the Promotion of Science/科学研究費助成事業 特別研究員奨励費2,700,000Yen
Career history
2021-04 -- (current)University of TsukubaCenter for Computational Sciences助教
2016-11 -- 2021-03Tohoku Universityデータ科学国際共同大学院助教
2016-11 -- 2021-03Tohoku University生命科学研究科助教
2013-06 -- 2016-10University of TsukubaCenter for Computational Sciences研究員
2011-06 -- 2013-06ダルハウジー大学日本学術振興会 海外特別研究員
2010-04 -- 2011-06国立環境研究所NIESポスドクフェロー
2007-04 -- 2010-03日本学術振興会 特別研究員 DC1
Degree
2010-03Doctor of Philosophy in ScienceUniversity of Tsukuba
2007-03修士（理学）金沢大学
2005-03学士（理学）金沢大学
Academic societies
2012-03 -- (current)International Society of Protistologists
2017-04 -- (current)日本共生生物学会
2005-03 -- (current)THE JAPANESE SOCIETY OF PHYCOLOGY
2011-09 -- (current)THE BOTANICAL SOCIETY OF JAPAN
-- (current)THE JAPANESE SOCIETY OF PHYCOLOGY
-- (current)THE BOTANICAL SOCIETY OF JAPAN
Honors & Awards
2022-04-20筑波大学若手教員特別奨励賞
2022-04-20科学技術分野の文部科学大臣表彰　若手科学者賞
2021-09-19日本植物学会賞奨励賞
2015-03日本藻類学会研究奨励賞
Articles
Conference, etc.
  • Exploring symbiotic cyanobacteria using size-fractionated environmental DNA samples.
    宮本知世; 矢吹彬憲; 野村真未; 柴小菊; 稲葉一男; 稲垣 祐司; 中山卓郎
    日本共生生物学会第7回大会/2023-11-18--2023-11-19
  • Taxon sampling affects the internal relationship of Archaeplastida: Is either Rhodophyta or Glaucophyta the earliest branch in Archaeplastida?
    磯貝龍邑; 原田亮; 中山卓郎; 稲垣 祐司
    日本共生生物学会第7回大会/2023-11-18--2023-11-19
  • 現在進行中の細胞内共生進化を観察する：配列データから得た進化のスナップショット
    中山 卓郎
    第25回デジタル進化生物セミナー/2022-09-01
  • 最尤系統樹中の2分岐の信頼性に対する新たな評価手法．
    番場浩平; 稲垣 祐司; 原田亮; 中山卓郎; 磯貝龍邑
    第74回バイオ情報学(SIGBIO)研究会/2023-06-29--2023-07-01
  • AtLASS: A Scheme for end-to-end prediction of splice sites using attention-based bi-LSTM.
    原田亮; 久米慶太郎; 堀江和正; 中山卓郎; 稲垣 祐司; 天笠俊之
    第74回バイオ情報学(SIGBIO)研究会/2023-06-29--2023-07-01
  • A non-kareniacean dinoflagellate with a haptophyte-derived plastid indicates multiple tertiary endosymbioses.
    Takahashi Kazuya; Nakayama Takuro; Inagaki Yuji; Hehenber...
    IX ECOP-ISOP joint meeting 2023/2023/07/09--2023/07/14
  • Impact of taxon sampling on the relationship among Rhodophyta, Glaucophyta, and Chloroplastida inferred from nuclear gene-based phylogenomic analyses.
    Isogai Ryu; Ryo Harada; Nakayama Takuro; Inagaki Yuji
    IX ECOP-ISOP joint meeting 2023/2023/07/09--2023/07/14
  • Repeated haptophyte endosymbioses in the dinoflagellate family Kareniaceae.
    Inagaki Yuji; Benico Garry; Takahashi Kazuya; Ryo Harada...
    IX ECOP-ISOP joint meeting 2023/2023/07/09--2023/07/14
  • Paulinella microporaにおけるマイクロボディの局在とその機能推定
    野村 真未; 中山 卓郎; 中村 桂一郎; 太田 啓介
    日本植物学会 第86回大会/2022-09-17--2022-09-19
  • 栽培される共生体：海洋渦鞭毛藻とシアノバクテリアの共生関係
    中山 卓郎
    日本植物学会 第86回大会/2022-09-17--2022-09-19
  • 原生生物に共生するシアノバクテリアの進化と多様性に関する研究
    中山 卓郎
    日本植物学会 第85回大会/2021-09-18--2021-09-19
  • 有殻アメーバ直伝,卵型シェルターの作り方
    野村真未; 西上幸範; 中山 卓郎; 市川正敏; 太田啓介; 中村桂一郎
    日本植物生理学会年会/2021-03-16
  • 様々なヘテロ接合度の生物を用いたハプロイドセット構築のためのゲノムアセンブリ手法の評価
    望月 孝子; 坂本 美佳; 谷澤 靖洋; 中山 卓郎; 谷藤 吾朗; 神川 龍馬; 中村 保一
    日本分子生物学会年会/2021-12-01--2021-12-03
  • Draft nucleomorph genomes of green-colored dinoflagellates
    Inagaki Yuji; Nakayama Takuro; Kawakubo Takashi; Matsuo ...
    21st Symposium of the International Society of Endocytobiology/2022-7-19--2022-7-22
  • Diversity of symbiotic cyanobacteria seen in pelagic dinoflagellates
    Nakayama Takuro
    The 4th Asian Congress of Protistology/2021-11-18--2021-11-21
  • 緑色渦鞭毛藻Lepidodinium chlorophorumにおけるヌクレオモルフゲノムの存在検証
    中山卓郎; 稲垣 祐司
    日本藻類学会第46回大会/2022-03-29--2022-03-30
  • 緑色渦鞭毛藻Lepidodinium chlorophorumにおけるヌクレオモルフゲノムの存在検証
    中山卓郎; 稲垣 祐司
    日本藻類学会第46回大会/2022-03-29--2022-03-30
  • 緑色渦鞭毛藻3種のペディノ藻由来色素体ゲノム間での共通性と特異性
    松尾恵梨子; 森田幸之介; 中山卓郎; 皿井千裕; 高橋和也; 岩滝光儀; 稲垣 祐司
    日本共生生物学会 第5回大会/2021-11-27--2021-11-28
  • 新奇緑色渦鞭毛藻類における緑藻遺伝子の網羅的探索 ― 新たなヌクレオモルフゲノムへの示唆
    中山卓郎; 谷藤吾朗; 神川龍馬; 皿井千裕; 松尾恵梨子; 高橋和也; 岩滝光儀; 稲垣祐司
    日本藻類学会第39回大会
  • 大規模配列データで解明される新奇真核微生物系統とそのオルガネラゲノム.
    稲垣祐司; 西村祐貴; 神川龍馬; 谷藤吾朗; 中山卓郎; 橋本哲男
    日本植物学会第78回大会
  • 有殻アメーバPaulinella chromatophoraのゲノム解析
    松尾充啓; 潟端篤; 水口洋平; 野口英樹; 豊田敦; 藤山秋佐夫; 鈴木穣; 佐藤壮一郎; 松崎素道; 中山卓郎; 神川龍馬; 野村真...
    第37回日本分子生物学会年会
  • 窒素固定オルガネラ？ - 珪藻細胞内共生シアノバクテリアに見るゲノム縮小進化
    中山卓郎; 神川龍馬; 谷藤吾朗; John; Archibald M.; 稲垣祐司
    第15回進化学会シンポジウム
  • 有殻アメーバPaulinella chromatophoraのトランスクリプトーム解析
    潟端篤; 松尾充啓; 鈴木穣; 水口洋平; 野口英樹; 豊田敦; 藤山秋佐夫; 佐藤壮一郎; 松崎素道; 中山卓郎; 神川龍馬; 野村真...
    第37回日本分子生物学会年会
  • 緑藻由来葉緑体をもつ渦鞭毛藻における葉緑体型gapdh遺伝子の進化
    松尾恵梨子; 中山卓郎; 神川龍馬; 谷藤吾朗; 皿井千裕; 高橋和也; 岩滝光儀; 稲垣祐司
    第38回日本藻類学会
  • Rhopalodia科珪藻における細胞内共生シアノバクテリアのゲノム縮小進化
    中山卓郎; 神川龍馬; 谷藤吾朗; M Archibald John; 稲垣祐司
    第38回日本藻類学会
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Teaching
2023-04 -- 2023-08Methodology on Genomics and Bioinformatics ISUniversity of Tsukuba.
2023-04 -- 2023-08Seminar on Genomics and Bioinformatics IIISUniversity of Tsukuba.
2023-04 -- 2023-08Seminar on Genomics and Bioinformatics VSUniversity of Tsukuba.
2023-04 -- 2023-08Seminar on Genomics and Bioinformatics ISUniversity of Tsukuba.
2023-10 -- 2024-02Seminar on Genomics and Bioinformatics IVFUniversity of Tsukuba.
2023-10 -- 2024-02Thesis Research in Genomics and Bioinformatics FUniversity of Tsukuba.
2023-10 -- 2024-02Seminar on Genomics and Bioinformatics IIIFUniversity of Tsukuba.
2023-10 -- 2024-02Seminar on Genomics and Bioinformatics IFUniversity of Tsukuba.
2023-04 -- 2023-08Seminar on Genomics and Bioinformatics IVSUniversity of Tsukuba.
2023-10 -- 2024-02Methodology on Genomics and Bioinformatics IFUniversity of Tsukuba.
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Talks
  • ミクロで起きている大進化！シアノバクテリアと微生物の細胞内共生
    中山 卓郎
    日本植物学会一般向け講演会/2022-12-11

(Last updated: 2023-10-19)