Nakayama Takuro
- Affiliation
- Center for Computational Sciences
- Official title
- Assistant Professor
- KAKEN ID
- 70583508
- URL
- Research projects
Fundamental studies on "mitochondrial glycolytic pathway" in cercozoan organisims 2014-04 -- 2017-03 中山卓郎 Japan Society for the Promotion of Science/Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Young Scientists (B) 3,900,000Yen 海洋微生物多様性の盲点―真核微生物に潜在する原核微生物叢の実態を探る 2020-04 -- 2024-03 中山卓郎 Japan Society of for the Promotion of Science/科学研究費助成事業 基盤研究(B) 17,680,000Yen 光合成補助色素フコキサンチンの未知なる生合成系の解明とその誕生の謎を紐解く 2019-04 -- 2024-03 Japan Society of for the Promotion of Science/科学研究費助成事業 基盤研究(B) 17,290,000Yen 海洋原生生物に共生する細菌多様性の実態解明 2018-10 -- 2023-03 Japan Society of for the Promotion of Science/科学研究費助成事業 国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B)) 17,810,000Yen 渦鞭毛藻細胞に見られるシアノバクテリア共生体の機能および進化の解明 2017-04 -- 2020-03 中山卓郎 Japan Society of for the Promotion of Science/科学研究費助成事業 若手研究(B) 4,290,000Yen 細胞内共生を通じた新奇オルガネラ獲得:珪藻細胞に見られる窒素固定構造の進化解明 2010-01 -- 2011-01 中山卓郎 Japan Society of for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research, Research Activity Start-up 2,470,000Yen Paulinella chromatophoraのシアネレに関する研究 2007-01 -- 2009-01 中山卓郎 Japan Society of for the Promotion of Science/科学研究費助成事業 特別研究員奨励費 2,700,000Yen - Career history
2021-04 -- (current) University of TsukubaCenter for Computational Sciences助教 2016-11 -- 2021-03 Tohoku Universityデータ科学国際共同大学院助教 2016-11 -- 2021-03 Tohoku University生命科学研究科助教 2013-06 -- 2016-10 University of TsukubaCenter for Computational Sciences研究員 2011-06 -- 2013-06 ダルハウジー大学日本学術振興会 海外特別研究員 2010-04 -- 2011-06 国立環境研究所NIESポスドクフェロー 2007-04 -- 2010-03 日本学術振興会 特別研究員 DC1 - Degree
2010-03 Doctor of Philosophy in Science University of Tsukuba 2007-03 修士(理学) 金沢大学 2005-03 学士(理学) 金沢大学 - Academic societies
2012-03 -- (current) International Society of Protistologists 2017-04 -- (current) 日本共生生物学会 2005-03 -- (current) THE JAPANESE SOCIETY OF PHYCOLOGY 2011-09 -- (current) THE BOTANICAL SOCIETY OF JAPAN -- (current) THE JAPANESE SOCIETY OF PHYCOLOGY -- (current) THE BOTANICAL SOCIETY OF JAPAN - Honors & Awards
2022-04-20 筑波大学若手教員特別奨励賞 2022-04-20 科学技術分野の文部科学大臣表彰 若手科学者賞 2021-09-19 日本植物学会賞奨励賞 2015-03 日本藻類学会研究奨励賞 - Articles
- AtLASS: A scheme for end-to-end prediction of splice sites using attention-based bi-LSTM.
Harada Ryo; Kume Keitaro; Horie Kazumasa; Nakayama Takur...
IPSJ Transactions on Bioinformatics/16/pp.20-27, 2023-07 - A novel structural maintenance of chromosomes (SMC)-related protein family specific to Archaea
Yoshinaga Mari; Nakayama Takuro; Inagaki Yuji
FRONTIERS IN MICROBIOLOGY/13/p.913088, 2022-08 - Genome evolution of a nonparasitic secondary heterotroph, the diatom Nitzschia putrida
Kamikawa Ryoma; Mochizuki Takako; Sakamoto Mika; Tanizawa...
SCIENCE ADVANCES/8(17), 2022-04-29 - Comparative Plastid Genomics of Green-Colored Dinoflagellates Unveils Parallel Genome Compaction and RNA Editing
Eriko Matsuo; Kounosuke Morita; Takuro Nakayama; Yazaki ...
FRONTIERS IN PLANT SCIENCE/13/p.918543, 2022-07 - 霞ケ浦のプロティスト相2007
中山剛 佐藤夏紀 大田修平 甲斐厚 平川泰久 千國友子 中山卓郎 野水美奈 矢吹彬憲 山口晴代 ...
藻類/56(1)/p.95, 2008-03 - 霞ケ浦,磯ノ浦における真核微生物の分子多様性解析
稲垣祐司 佐藤夏紀 古我友樹 中山剛 大田修平 甲斐厚 平川泰久 千國友子 中山卓郎 野水美奈 ...
藻類/56(1)/p.85, 2008-03 - Mayorella viridis(アメーボゾア)共生クロレラの系統と共生様式
西村貴皓; 山口晴代; 児玉有紀; 中山卓郎; 中山剛; 井上勲
藻類/57(1)/p.68, 2009-03 - 外洋性渦鞭毛藻Ornithocercus magnificusに見られる共生シアノバクテリアのゲノム解析
中山卓郎 高野義人 野村真未 柴小菊 稲葉一男 谷藤吾朗 河田雅圭 稲垣祐司
藻類/66(1)/p.73, 2018-03 - Succession of genetic diversity of Botryococcus braunii (Trebouxiophyceae) in two Japanese reservoirs
Mikihide Demura Masanobu Kawachi Hiroshi Koshikawa Tak...
INNOVATIVE RESEARCHES ON ALGAL BIOMASS/15/pp.3-11, 2012-01 - Evolving a photosynthetic organelle
Takuro Nakayama John M. Archibald
BMC BIOLOGY/10/p.35, 2012-04 - Genetic structure of Japanese Chattonella marina (Raphidophyceae) populations revealed using microsatellite markers
Mikihide Demura Takuro Nakayama Fumie Kasai Masanobu K...
PHYCOLOGICAL RESEARCH/62(2)/pp.102-108, 2014-04 - Detection of genes positively selected in Cuban Anolis lizards that naturally inhabit hot and open areas and currently thrive in urban areas
Shunsuke Kanamori Antonio Cádiz Luis M. Díaz Yuu Ishii...
Ecology and Evolution/11(4)/pp.1719-1728, 2021-02 - Rappemonads are haptophyte phytoplankton.
Masanobu Kawachi Takuro Nakayama Motoki Kayama Mami No...
Current biology : CB/31(11)/p.2395, 2021-06 - Signs of the plastid: Enzymes involved in plastid-localized metabolic pathways in a eugregarine species
Yazaki Euki; Miyata Ryosuke; Chikami Yasuhiko; Harada Ry...
Parasitology International/83/p.102364, 2021-08 - Putative genome features of the relic green alga-derived nuclei in the dinoflagellates and the future perspectives as model organisms.
Nakayama Takuro; Takahashi Kazuya; Kamikawa Ryoma; Iwatak...
Communicative & Integrative Biology/13(1)/pp.84-88, 2020-06 - Large DNA virus promoted the endosymbiotic evolution to make a photosynthetic eukaryote
Matsuo Mitsuhiro; Katahata Atsushi; Tchikawa Makoto; Mina...
bioRχiv, 2019-10 - Dinoflagellates with relic endosymbiont nuclei as models for elucidating organellogenesis
Sarai Chihiro; Tanifuji Goro; Nakayama Takuro; Kamikawa ...
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America/117(10)/pp.5364-5375, 2020-02 - Single-cell genomics unveiled a cryptic cyanobacterial lineage with a worldwide distribution hidden by a dinoflagellate host
Nakayama Takuro; Mami Nomura; Yoshihito Takano; Tanifuji ...
Proceedings of the National Academy of Sciences/116(32)/pp.15973-15978, 2019-06 - Genomic divergence within non-photosynthetic cyanobacterial endosymbionts in rhopalodiacean diatoms.
Nakayama Takuro; Inagaki Yuji
Scientific Reports/7/p.13075, 2017-10 - Evolution of UhpC-type hexose-phosphate transporters in dinoflagellates
Hirakawa Yoshihisa; Nakayama Takuro; Keilert Nadine; Ishi...
PHYCOLOGICAL RESEARCH/65(2)/pp.166-170, 2017-04 - Diversity of the Photosynthetic Paulinella Species, with the Description of Paulinella micropora sp. nov. and the Chromatophore Genome Sequence for strain KR01
Lhee Duckhyun; Yang Eun Chan; Kim Jong Im; Nakayama Taku...
Protist/168(2)/pp.155-170, 2017-04 - The draft genome of Kipferlia bialata reveals reductive genome evolution in fornicate parasites.
Tanifuji Goro; Takabayashi Shun; Kume Keitaro; Takagi Mi...
PLOS ONE/13(3)/p.e0194487, 2018-03 - Genome sequencing reveals metabolic and cellular interdependence in an amoeba-kinetoplastid symbiosis.
Tanifuji Goro; Cenci Ugo; Mood Daniel; Dean Samuel; Nakay...
Scientific Reports/7/p.111688, 2017-10 - シアノバクテリアと真核藻類の細胞統合―「窒素固定オルガネラ」へ続く道?
中山卓郎; 稲垣 祐司
生物の科学 遺伝/70(2)/pp.176-1809, 2016-03 - Metabolic capacity of mitochondrion-related organelle in the free-living anaerobic stramenopile Cantina marsuplialis.
Noguchi Fumiya; Shimamura Shigeru; Nakayama Takuro; Yazak...
Protist/166(5)/pp.534-550, 2015-11 - more...
- AtLASS: A scheme for end-to-end prediction of splice sites using attention-based bi-LSTM.
- Conference, etc.
- Exploring symbiotic cyanobacteria using size-fractionated environmental DNA samples.
宮本知世; 矢吹彬憲; 野村真未; 柴小菊; 稲葉一男; 稲垣 祐司; 中山卓郎
日本共生生物学会第7回大会/2023-11-18--2023-11-19 - Taxon sampling affects the internal relationship of Archaeplastida: Is either Rhodophyta or Glaucophyta the earliest branch in Archaeplastida?
磯貝龍邑; 原田亮; 中山卓郎; 稲垣 祐司
日本共生生物学会第7回大会/2023-11-18--2023-11-19 - 現在進行中の細胞内共生進化を観察する:配列データから得た進化のスナップショット
中山 卓郎
第25回デジタル進化生物セミナー/2022-09-01 - 最尤系統樹中の2分岐の信頼性に対する新たな評価手法.
番場浩平; 稲垣 祐司; 原田亮; 中山卓郎; 磯貝龍邑
第74回バイオ情報学(SIGBIO)研究会/2023-06-29--2023-07-01 - AtLASS: A Scheme for end-to-end prediction of splice sites using attention-based bi-LSTM.
原田亮; 久米慶太郎; 堀江和正; 中山卓郎; 稲垣 祐司; 天笠俊之
第74回バイオ情報学(SIGBIO)研究会/2023-06-29--2023-07-01 - A non-kareniacean dinoflagellate with a haptophyte-derived plastid indicates multiple tertiary endosymbioses.
Takahashi Kazuya; Nakayama Takuro; Inagaki Yuji; Hehenber...
IX ECOP-ISOP joint meeting 2023/2023/07/09--2023/07/14 - Impact of taxon sampling on the relationship among Rhodophyta, Glaucophyta, and Chloroplastida inferred from nuclear gene-based phylogenomic analyses.
Isogai Ryu; Ryo Harada; Nakayama Takuro; Inagaki Yuji
IX ECOP-ISOP joint meeting 2023/2023/07/09--2023/07/14 - Repeated haptophyte endosymbioses in the dinoflagellate family Kareniaceae.
Inagaki Yuji; Benico Garry; Takahashi Kazuya; Ryo Harada...
IX ECOP-ISOP joint meeting 2023/2023/07/09--2023/07/14 - Paulinella microporaにおけるマイクロボディの局在とその機能推定
野村 真未; 中山 卓郎; 中村 桂一郎; 太田 啓介
日本植物学会 第86回大会/2022-09-17--2022-09-19 - 栽培される共生体:海洋渦鞭毛藻とシアノバクテリアの共生関係
中山 卓郎
日本植物学会 第86回大会/2022-09-17--2022-09-19 - 原生生物に共生するシアノバクテリアの進化と多様性に関する研究
中山 卓郎
日本植物学会 第85回大会/2021-09-18--2021-09-19 - 有殻アメーバ直伝,卵型シェルターの作り方
野村真未; 西上幸範; 中山 卓郎; 市川正敏; 太田啓介; 中村桂一郎
日本植物生理学会年会/2021-03-16 - 様々なヘテロ接合度の生物を用いたハプロイドセット構築のためのゲノムアセンブリ手法の評価
望月 孝子; 坂本 美佳; 谷澤 靖洋; 中山 卓郎; 谷藤 吾朗; 神川 龍馬; 中村 保一
日本分子生物学会年会/2021-12-01--2021-12-03 - Draft nucleomorph genomes of green-colored dinoflagellates
Inagaki Yuji; Nakayama Takuro; Kawakubo Takashi; Matsuo ...
21st Symposium of the International Society of Endocytobiology/2022-7-19--2022-7-22 - Diversity of symbiotic cyanobacteria seen in pelagic dinoflagellates
Nakayama Takuro
The 4th Asian Congress of Protistology/2021-11-18--2021-11-21 - 緑色渦鞭毛藻Lepidodinium chlorophorumにおけるヌクレオモルフゲノムの存在検証
中山卓郎; 稲垣 祐司
日本藻類学会第46回大会/2022-03-29--2022-03-30 - 緑色渦鞭毛藻Lepidodinium chlorophorumにおけるヌクレオモルフゲノムの存在検証
中山卓郎; 稲垣 祐司
日本藻類学会第46回大会/2022-03-29--2022-03-30 - 緑色渦鞭毛藻3種のペディノ藻由来色素体ゲノム間での共通性と特異性
松尾恵梨子; 森田幸之介; 中山卓郎; 皿井千裕; 高橋和也; 岩滝光儀; 稲垣 祐司
日本共生生物学会 第5回大会/2021-11-27--2021-11-28 - 新奇緑色渦鞭毛藻類における緑藻遺伝子の網羅的探索 ― 新たなヌクレオモルフゲノムへの示唆
中山卓郎; 谷藤吾朗; 神川龍馬; 皿井千裕; 松尾恵梨子; 高橋和也; 岩滝光儀; 稲垣祐司
日本藻類学会第39回大会 - 大規模配列データで解明される新奇真核微生物系統とそのオルガネラゲノム.
稲垣祐司; 西村祐貴; 神川龍馬; 谷藤吾朗; 中山卓郎; 橋本哲男
日本植物学会第78回大会 - 有殻アメーバPaulinella chromatophoraのゲノム解析
松尾充啓; 潟端篤; 水口洋平; 野口英樹; 豊田敦; 藤山秋佐夫; 鈴木穣; 佐藤壮一郎; 松崎素道; 中山卓郎; 神川龍馬; 野村真...
第37回日本分子生物学会年会 - 窒素固定オルガネラ? - 珪藻細胞内共生シアノバクテリアに見るゲノム縮小進化
中山卓郎; 神川龍馬; 谷藤吾朗; John; Archibald M.; 稲垣祐司
第15回進化学会シンポジウム - 有殻アメーバPaulinella chromatophoraのトランスクリプトーム解析
潟端篤; 松尾充啓; 鈴木穣; 水口洋平; 野口英樹; 豊田敦; 藤山秋佐夫; 佐藤壮一郎; 松崎素道; 中山卓郎; 神川龍馬; 野村真...
第37回日本分子生物学会年会 - 緑藻由来葉緑体をもつ渦鞭毛藻における葉緑体型gapdh遺伝子の進化
松尾恵梨子; 中山卓郎; 神川龍馬; 谷藤吾朗; 皿井千裕; 高橋和也; 岩滝光儀; 稲垣祐司
第38回日本藻類学会 - Rhopalodia科珪藻における細胞内共生シアノバクテリアのゲノム縮小進化
中山卓郎; 神川龍馬; 谷藤吾朗; M Archibald John; 稲垣祐司
第38回日本藻類学会 - more...
- Exploring symbiotic cyanobacteria using size-fractionated environmental DNA samples.
- Teaching
2023-04 -- 2023-08 Methodology on Genomics and Bioinformatics IS University of Tsukuba. 2023-04 -- 2023-08 Seminar on Genomics and Bioinformatics IIIS University of Tsukuba. 2023-04 -- 2023-08 Seminar on Genomics and Bioinformatics VS University of Tsukuba. 2023-04 -- 2023-08 Seminar on Genomics and Bioinformatics IS University of Tsukuba. 2023-10 -- 2024-02 Seminar on Genomics and Bioinformatics IVF University of Tsukuba. 2023-10 -- 2024-02 Thesis Research in Genomics and Bioinformatics F University of Tsukuba. 2023-10 -- 2024-02 Seminar on Genomics and Bioinformatics IIIF University of Tsukuba. 2023-10 -- 2024-02 Seminar on Genomics and Bioinformatics IF University of Tsukuba. 2023-04 -- 2023-08 Seminar on Genomics and Bioinformatics IVS University of Tsukuba. 2023-10 -- 2024-02 Methodology on Genomics and Bioinformatics IF University of Tsukuba. more... - Talks
- ミクロで起きている大進化!シアノバクテリアと微生物の細胞内共生
中山 卓郎
日本植物学会一般向け講演会/2022-12-11
- ミクロで起きている大進化!シアノバクテリアと微生物の細胞内共生
(Last updated: 2023-10-19)