庄司 光男(ショウジ ミツオ)

所属
計算科学研究センター
職名
教授
ORCID
0000-0001-7465-6326
URL
eメール
+BH=D?>Xgc88HaIHJ@J76a68a?En
研究室
生命物理
電話
029-853-6259
研究分野
生物物理・化学物理・ソフトマターの物理
物理化学
研究キーワード
量子化学
QM/MM
酵素反応
反応機構の理論解明
生物無機化学
多核金属錯体
分子動力学
分子磁性
研究課題
生体内量子多体系における特異的化学反応の機構解明2019-10 -- 2023-03庄司光男科学技術振興機構(JST)/JST-PRESTO40,000,000円
自然・半導体・分子触媒で利用可能な多様な水分解反応機構の解明2020-04 -- 2022-03庄司光男日本学術振興会/新学術領域研究(研究領域提案型)3,900,000円
光化学系II酸素発生中心における再活性化機構についての理論的解明2018-04 -- 2020-03庄司 光男日本学術振興会/新学術領域研究（研究領域提案型）5,200,000円
光化学系II酸素発生中心における水分解反応の全反応経路解明2017-04 -- 2020-03庄司 光男日本学術振興会/若手研究(A)25,870,000円
トレオニン合成酵素の全反応機構の理論的解明2014-04 -- 2017-03庄司　光男日本学術振興会/基盤研究(C)5,070,000円
生体酵素における反応機構と反応制御機構解明のための理論的研究2012-04 -- 2014-03庄司光男日本学術振興会/若手研究(B)4,680,000円
新規分子動力学法による金属酵素反応システムの機能発現機構の解明2008 -- 2011-03庄司 光男日本学術振興会/特別研究員奨励費2,400,000円
職歴
2023-10 -- (現在)筑波大学計算科学研究センター教授
2019-10 -- 2023-03JSTさきがけ研究員（兼任）
2016-04 -- 2023-09筑波大学計算科学研究センター助教
2011-10 -- 2016-03筑波大学数理物質系助教
2010-07 -- 2011-09筑波大学数理物質科学研究科助教
2008-04 -- 2010-06日本学術振興会特別研究員(PD)
2007-04 -- 2008-03日本学術振興会特別研究員(PD)
2006-04 -- 2007-03日本学術振興会特別研究員(DC2)
学歴
-- 2007-03大阪大学 理学研究科 博士課程
取得学位
2007-03博士(理学)大阪大学
所属学協会
2021 -- (現在)量子生命科学会
2018 -- (現在)分子シミュレーション学会
2014 -- (現在)理論化学研究会
2012 -- 2021-03日本蛋白質科学会
2011 -- (現在)日本生物物理学会
2011 -- 2021-03日本生化学会
2005 -- 2021-03日本コンピュータ化学会
2002 -- (現在)日本化学会
受賞
2023-05量子生命科学会　研究奨励賞量子生命科学に関連する研究において顕著な業績を挙げた
2022-05量子生命科学会　第四回大会　優秀講演賞優れた研究内容について講演を行なったため
2021-09量子生命科学会　第三回大会　優秀講演賞優れた研究内容について講演を行なったため
2020-12量子生命科学会　第二回大会　優秀発表賞優れた学術研究発表を行ったため
論文
著書
会議発表等
  • 分子クラスターを学習データに用いた機械学習ポテンシャルの凝縮系への適用
    渡辺 七都稀; 堀 優太; 杉澤 宏樹; 井田 朋智; 庄司 光男; 重田 育照
    第47回ケモインフォマティクス討論会/2024-12-17--2024-12-18
  • 機械学習ポテンシャルのための動径分布関数を用いた効率的データサンプリング法
    渡辺 七都稀; 堀 優太; 杉澤 宏樹; 井田 朋智; 庄司 光男; 重田 育照
    第26回理論化学討論会/2024-05-21--2024-05-23
  • アミノ酸のホモキラリティはアミノニトリル前駆体の異性体過剰に起因する
    Shoji Mitsuo
    量子生命科学会第5回大会/2023-05-18--2023-05-18
  • QM/MM Free energy simulation for the catalytic reaction of bacterial copper amine oxidase
    Shoji Mitsuo
    The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan/2023-11-14--2023-11-14
  • Overview of our research collaborations performed in the research area of “molecular movies”
    庄司 光男
    高速分子動画国際シンポジウム２０２３/2023-11-30--2023-12-01
  • ”高速分子動画”領域で研究連携中の酵素反応の量子化学解析についての最近の進捗
    Shoji Mitsuo
    令和5年度シンポジウム・領域会議/2023-05-10--2023-05-11
  • 量子化学計算を活用した複雑酵素反応および生体分子ホモキラリティ機構の解明
    Shoji Mitsuo
    量子生命科学会第5回大会/2023-05-19--2023-05-19
  • Quantum chemistry study of the origin of homochirality of amino acids
    Shoji Mitsuo
    CJK-WTCC/2023-06-20--2023-06-23
  • The reaction mechanism of bacterial copper amine oxidase: interplay of theoretical QM/MM calculations and experimental methods
    Shoji Mitsuo
    CJK-WTCC/2023-06-20--2023-06-23
  • Origin of homochirality of amino acids
    Shoji Mitsuo
    ICPAC Bali 2023/2023-09-12--2023-09-17
  • QM/MM study of the reaction mechanism of sesamin biosynthesis by cytochrome P450
    Shoji Mitsuo
    ICCP450-JSSS/2023-09-25--2023-09-29
  • 星間空間におけるホモキラリティー発生の理論的研究
    堀 優太; 渡辺 七都稀; 庄司 光男; 重田 育照
    第17回分子科学討論会/2023-09-12--2023-09-15
  • ヘモグロビンM IwateとM BostonのFe-O伸縮振動の理論計算の改良およびヘモグロビンAとの構造の比較
    長友重紀; 寺田拓人; 庄司光男; 重田育照; 中谷清治; 廣田俊; 柳澤幸子; 久保稔; 北川禎三; 長井雅子; 大木規央; 朴三用; ...
    第49回生体分子科学討論会/2023-06-01--2023-06-02
  • 酵素反応のQM/MM解析
    Shoji Mitsuo
    スーパーコンピュータワークショップ2022「複雑電子状態の理論・計算科学」/2023-01-17--2023-01-17
  • Unique reaction mechanism of copper amine oxidase revealed by theoretical QM/MM and experimental approaches
    Shoji Mitsuo
    CCS-KISTI workshop/2023-02-22--2023-02-22
  • A Large Conformational Change of the Quinone Cofactor in Bacterial Copper Amine Oxidase
    Shoji Mitsuo
    ICPAC Kota Kinabalu 2022/2022-11-25--2022-11-25
  • 酵素反応における構造変化の重要性
    Shoji Mitsuo
    令和４年度新学術領域研究「高速分子動画」シンポジウム/2022-11-21--2022-11-21
  • アミノ酸ホモキラリティ起源についての電子状態探査
    Shoji Mitsuo
    計算アストロバイオロジー2022/2022-11-10--2022-11-10
  • QM/MM-MD study of the role of valine 185 in the oxygen-evolving complex of photosystem II
    Shoji Mitsuo
    60th Annual Meeting of BSJ/2022-09-30--2022-09-30
  • Natural selection of the Mn cluster in the photosynthetic water oxidation
    Shoji Mitsuo
    Satellite Meeting to 18th International Congress on Photosynthesis Research (WOX-ICPR2022)/2022-08-07--2022-08-07
  • GLASアルゴリズムによる酵素反応機構の理論解明：新規反応経路探索手法の開発と適用
    Shoji Mitsuo
    物性研短期研究会「理論タンパク質物性科学の最前線：理論と実験との密な協働」/2022-07-27--2022-07-27
  • 銅含有アミン酸化酵素におけるトパキノン補酵素の構造変化機構
    Shoji Mitsuo
    第22回日本蛋白質科学会年会/2022-06-08--2022-06-08
  • 銅含有アミン酸化酵素におけるトパキノン補酵素の構造変化機構
    Shoji Mitsuo
    第22回日本蛋白質科学会年会/2022-06-08--2022-06-08
  • 光合成水分解酸素発生におけるMnの自然選択の理由
    Shoji Mitsuo
    量子生命科学会第４回大会/2022-05-26--2022-05-26
  • Theoretical insights into the molecular mechanisms of dynamical biochemical reactions
    Shoji Mitsuo
    Molecular Movies International Symposium 2022/2022-05-13--2022-05-13
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担当授業科目
2024-04 -- 2024-08物性理論セミナーC筑波大学
2024-04 -- 2024-08物性理論特別研究VB筑波大学
2024-04 -- 2024-08物性理論特別研究IIIB筑波大学
2024-04 -- 2024-08物性理論特別研究IB筑波大学
2024-10 -- 2025-02物性理論セミナーD筑波大学
2024-04 -- 2024-08物性理論特別研究IVA筑波大学
2024-04 -- 2024-08共同研究IV筑波大学
2024-10 -- 2025-02共同研究IV筑波大学
2024-10 -- 2025-02共同研究III筑波大学
2024-04 -- 2024-08共同研究III筑波大学
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一般講演
  • 構造探索手法(GLAS)による酵素反応機構の解明
    庄司 光男
    SRPS2020/2020-9-13--2020-9-13
  • サルコシンオキシダーゼにおけるシクロプロピルグリシンの反応機構についての理論的解明
    庄司 光男
    第９３回日本生化学学会年会/2020-9-14--2020-9-14
  • Recent Progress in the Reaction Mechanism of Water-Splitting in Photosystem II
    Shoji Mitsuo
    70th JSCC/2020-9-28--2020-9-28
  • QM/MMで見えてきた酵素反応の特徴
    庄司 光男
    高速分子動画領域会議/2020-10-20--2020-10-20
  • 銅含有アミン酸化酵素のプロトン化状態についてのQM/MM解析
    庄司 光男
    量子生命科学会第２回大会/2020-12-23--2020-12-23
学協会等委員
2024-04 -- 2026-03理論化学フロンティア編集委員
2023-10 -- 2025-10理論化学幹事
2020-04 -- 2021-03理論化学会将来構想委員
2019-04 -- 2022-03分子シミュレーション学会アンサンブル編集委員

(最終更新日: 2024-12-12)