稲垣 祐司(イナガキ ユウジ)

所属
計算科学研究センター
職名
教授
ORCID
0000-0003-0101-8483
URL
研究分野
進化生物学
生物多様性・分類
研究キーワード
真核生物
オルガネラ進化
分子系統
ゲノム進化
翻訳関連因子
遺伝子重複
遺伝子水平移動
研究課題
真核生物ゲノムデータに混入している原核共生体ゲノムの体系的探索2023 -- 2026稲垣 祐司日本学術振興会/基盤研究(B)18,330,000円
真核生物ゲノムデータに混入している原核共生体ゲノムの体系的探索2023-04 -- 2027-03稲垣祐司日本学術振興会/基盤研究(B)
３次葉緑体をもつ渦鞭毛藻類における葉緑体進化2023-04 -- 2025-03稲垣祐司日本学術振興会/二国間交流事業 共同研究
ミトコンドリアDNAポリメラーゼの多様性と進化の全容解明2019 -- 2022稲垣 祐司日本学術振興会/基盤研究(B)17,030,000円
海洋原生生物に共生する細菌多様性の実態解明2018 -- 2022稲垣祐司日本学術振興会/国際共同研究加速基金（国際共同研究強化(B)）
海洋バクテリアの長期炭素隔離機能に対する海洋酸性化の影響評価2016 -- 2019濱健夫日本学術振興会/科学研究費補助金　基盤研究(B)
非光合成生物の光適応進化の全容解明2017 -- 2020谷藤吾朗日本学術振興会/科学研究費補助金　基盤研究（B)
渦鞭毛藻細胞内に発見された新たな共生体痕跡核ゲノムの解読2016 -- 2018稲垣 祐司日本学術振興会/基盤研究(B)17,420,000円
新型分割イントロン切り出し因子同定に基づく真核生物mRNA成熟機構進化の解明2011 -- 2015日本学術振興会/基盤研究(A)2,000,000円
ミトコンドリア・色素体以外の共生オルガネラ成立過程の解明2011 -- 2015文部科学省/新学術領域研究50,960,000円
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職歴
1996-01 -- 1996-03日本学術振興会名古屋大学特別研究員
1996-04 -- 1998-03㈱JT生命誌研究館奨励研究員
1998-04 -- 2000-03日本学術振興会派遣先：カナダ・ダルハウジー大学海外特別研究員
2000-04 -- 2004-03ダルハウジー大学（カナダ）博士研究員
2004-04 -- 2005-07長浜バイオ大学バイオサイエンス学部バイオサイエンス学科講師
2005-08 -- 2007-03筑波大学大学院生命環境科学研究科助教授
2007-04 -- 2011-09筑波大学大学院生命環境科学研究科准教授
2011-10 -- 2016-03筑波大学生命環境系准教授
2016-04 -- (現在)筑波大学計算科学研究センター教授
学歴
1987-04 -- 1991-03名古屋大学 理学部
1991-04 -- 1993-03名古屋大学 大学院理学研究科 生物学専攻博士課程（前期）
1993-04 -- 1995-12名古屋大学 大学院理学研究科 生物学専攻博士課程（後期）
取得学位
1995-12博士(理学)名古屋大学
所属学協会
2004 -- (現在)日本進化学会
2005 -- (現在)日本藻類学会
2004 -- (現在)日本分子生物学会
-- (現在)International Society for Evolutionary Protistology
2008 -- (現在)International Society of Protistologists
2004 -- (現在)Society for Molecular Biology and Evolution
受賞
1993-04-01公益信託森安大学院生奨学基金
2007-04-17科学技術分野の文部科学大臣表彰若手科学者賞
2008-08-23日本進化学会研究奨励賞
論文
著書
  • Protein Folding and Evolution
    Harada Ryuhei; Inagaki Yuji; Shigeta Yasuteru
    Reference modules in Materials Science and Engineering 2016, 2016-06
  • 第17章 現在も続く細胞内共生細菌のオルガネラ化．
    稲垣 祐司; 中山卓郎
    共生微生物/化学同人/pp.203-212, 2016-10
  • アピコンプレクサ類の退化葉緑体は緑藻起源か？
    稲垣祐司
    藻類, 2004-01
  • ロングブランチの誘惑--分子系統解析のダークサイド
    稲垣祐司
    藻類, 2007-07
会議発表等
  • 光合成関連遺伝子に着目した緑色渦鞭毛藻TGD株のヌクレオモルフゲノムの解析．
    藤代彩花; 磯貝龍邑; 高橋和也; 岩滝光儀; 稲垣 祐司; 中山卓郎
    日本藻類学会第48回大会/2024/03/22--2024/03/23
  • ディプロモナス類の寄生虫化に伴う遺伝子レパートリーの変化：近縁自由生活種とのオルソログ比較解析
    久米 慶太郎; 若島 朋幸; 厳 翼; 岩本 亮介; 井上 貴史; 谷藤 吾朗; 神川 龍馬; 稲垣...
    第93回日本寄生虫学会大会/2024-03-09--2024-03-10
  • 細胞サイズ別環境 DNA を用いた共生性シアノバクテリアの探索．
    宮本知世; 矢吹彬憲; 野村真未; 柴小菊; 稲葉一男; 稲垣 祐司; 中山卓郎
    日本共生生物学会第7回大会/2023-11-18--2023-11-19
  • 一次植物内部系統関係におけるタクソンサンプリングの影響：紅藻類と灰色藻類のどちらが初期分岐系統なのか？
    磯貝龍邑; 原田亮; 中山卓郎; 稲垣 祐司
    日本共生生物学会第7回大会/2023-11-18--2023-11-19
  • クレン古細菌におけるPCNA複合体の進化．
    上西慧莉紗; 原田亮; 吉永真理; 稲垣 祐司
    日本共生生物学会第7回大会/2023-11-18--2023-11-19
  • I″型ルビスコの発見：I/I′型ルビスコに対する祖先的タンパク質群．
    番場浩平; 稲垣 祐司
    日本共生生物学会第7回大会/2023-11-18--2023-11-19
  • 寄生性ユーグレナ類Euglenaformis parasiticaにおける非光合成性葉緑体の存在とその機能
    加藤孝一朗; 南波紀昭; 稲垣 祐司; 中山剛; 中山卓郎
    日本植物学会第87回大会/2023/09/07--2023/09/09
  • 最尤系統樹中の2分岐の信頼性に対する新たな評価手法．
    番場浩平; 稲垣 祐司; 原田亮; 中山卓郎; 磯貝龍邑
    第74回バイオ情報学(SIGBIO)研究会/2023-06-29--2023-07-01
  • AtLASS: A Scheme for end-to-end prediction of splice sites using attention-based bi-LSTM.
    原田亮; 久米慶太郎; 堀江和正; 中山卓郎; 稲垣 祐司; 天笠俊之
    第74回バイオ情報学(SIGBIO)研究会/2023-06-29--2023-07-01
  • Evolution and switching of mitochondrion-localized DNA polymerases in Euglenozoa.
    Ryo Harada; Hirakawa Yoshihisa; Yabuki Akinori; Kim Enso...
    3ʳᵈ Annual International Congress on Euglenoids 2023/2023/07/17--2023/07/18
  • A non-kareniacean dinoflagellate with a haptophyte-derived plastid indicates multiple tertiary endosymbioses.
    Takahashi Kazuya; Nakayama Takuro; Inagaki Yuji; Hehenber...
    IX ECOP-ISOP joint meeting 2023/2023/07/09--2023/07/14
  • Impact of taxon sampling on the relationship among Rhodophyta, Glaucophyta, and Chloroplastida inferred from nuclear gene-based phylogenomic analyses.
    Isogai Ryu; Ryo Harada; Nakayama Takuro; Inagaki Yuji
    IX ECOP-ISOP joint meeting 2023/2023/07/09--2023/07/14
  • Repeated haptophyte endosymbioses in the dinoflagellate family Kareniaceae.
    Inagaki Yuji; Benico Garry; Takahashi Kazuya; Ryo Harada...
    IX ECOP-ISOP joint meeting 2023/2023/07/09--2023/07/14
  • Has the DNA polymerase of the proto-mitochondrion been retained in Discoba, Malawimonadidae, and Ancyromonadida?: a novel mitochondrion-localized DNA polymerase with the phylogenetic affinity to the alpha-proteobacterial PolI.
    Ryo Harada; Inagaki Yuji
    IX ECOP-ISOP joint meeting 2023/2023/07/09--2023/07/14
  • Serial secondary and serial tertiary endosymbioses in dinoflagellates.
    Inagaki Yuji
    ICG seminor/2023/03/21--2023/03/21
  • 寄生性の祖先から自由生活性に転じたディプロモナス類における自由生活関連タンパク質の探
    厳翼; 久米慶太郎; 阿部一貴; 矢﨑裕規; 小松崎洋志; 谷藤吾朗; 神川龍馬; 稲垣 祐司; 橋本哲男
    第92回寄生虫学会大会/2023/03/30--2023/03/31
  • 真核生物の大系統：最近の研究成果から見る多様性の広がり、まとまり、今後の展望
    稲垣 祐司
    第92回寄生虫学会大会サテライトシンポジウム 原生生物学・共生生物学談話会/2023/03/29--2023/03/29
  • Recent progress in resolving the diversity and evolution of deep eukaryotic phylogeny
    Inagaki Yuji
    ISEP23/2023/01/20--2023/01/20
  • A factor that hinders the accurate phylogenetic inferences: The monophyly of Archaeplastida as a case study.
    Inagaki Yuji
    EPCC-CCS Workshop 2022/2022-12-14--2022-12-15
  • Endosymbiotic origin of the DNA polymerase localized in euglenid plastids.
    Harada Ryo; Eliáš Marek; Inagaki Yuji
    2nd Annual International Congress of Euglenids/2022-11-07--2022-11-10
  • 新奇ミトコンドリア局在DNAポリメラーゼが示唆するマラウィモナス類、アンキロモナス類、ディスコバ類の近縁性と真核生物のルート
    原田亮; Eliáš Marek; 中野健太郎; 白鳥峻志; 矢吹彬憲; Ensoo Kim; 石田健一郎; 稲垣 祐司
    第81回日本寄生虫学会東日本支部大会・日本共生生物学会第6回大会/2022-10-01--2022-10-02
  • ユーグレナ類はピラミモナス緑藻由来の色素体局在DNAポリメラーゼをもつ
    原田亮; Eliáš Marek; 稲垣 祐司
    第81回日本寄生虫学会東日本支部大会・日本共生生物学会第6回大会/2022-10-01--2022-10-02
  • Draft nucleomorph genomes of green-colored dinoflagellates
    Inagaki Yuji; Nakayama Takuro; Kawakubo Takashi; Matsuo ...
    21st Symposium of the International Society of Endocytobiology/2022-7-19--2022-7-22
  • 緑色渦鞭毛藻Lepidodinium chlorophorumにおけるヌクレオモルフゲノムの存在検証
    中山卓郎; 稲垣 祐司
    日本藻類学会第46回大会/2022-03-29--2022-03-30
  • 緑色渦鞭毛藻3種のペディノ藻由来色素体ゲノム間での共通性と特異性
    松尾恵梨子; 森田幸之介; 中山卓郎; 皿井千裕; 高橋和也; 岩滝光儀; 稲垣 祐司
    日本共生生物学会 第5回大会/2021-11-27--2021-11-28
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担当授業科目
2023-10 -- 2024-02ゲノム情報学セミナーEII筑波大学
2023-04 -- 2023-08ゲノム情報学セミナーEI筑波大学
2023-05 -- 2023-06大規模分子系統解析概論筑波大学
2023-04 -- 2023-08ゲノム情報学研究法IS筑波大学
2023-04 -- 2023-08ゲノム情報学セミナーIIIS筑波大学
2023-04 -- 2023-08ゲノム情報学セミナーVS筑波大学
2023-04 -- 2023-08ゲノム情報学セミナーIS筑波大学
2023-10 -- 2024-02ゲノム情報学セミナーIVF筑波大学
2023-04 -- 2023-07分子進化学I筑波大学
2023-10 -- 2024-02ゲノム情報学講究F筑波大学
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授業以外の教育活動
2017-03 -- 2017-03さくらサイエンスプラン実習筑波大学およびマレーシア工科大学

(最終更新日: 2024-03-25)