Shigeta Yasuteru

Affiliation
University of Tsukuba
Official title
Executive Director
ORCID
0000-0002-3219-6007
Sex
Male
Birth date
1972-12
KAKEN ID
80376483
URL
Email
+H=><:I6Xgc88HaIHJ@J76a68a?E
Office
Computational Biophysics Group
Phone
029-853-6496
Research fields
Basic chemistry
Biological physics/Chemical physics/Soft matter physics
Research keywords
第一原理計算
分子動力学
Research projects
メゾヒエラルキー理論2023 -- 2027重田 育照Japan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Transformative Research Areas(A)130,520,000Yen
加齢ミトコンドリアDNA説における金属タンパク質動態に関する理論的研究2022-04 -- 2024-03重田育照JSPS/文部科学省/新学術領域研究（研究領域提案型）5,720,000Yen
Novel drug development for the treatment of mitochondrial diseases by activation of cytochrome c oxidase2021-04 -- 2024-03Yasunori Shintani日本医療研究開発機構 (AMED)/難治性疾患実用化研究事業1,300,000Yen
量子生命技術の創製と医学・生命科学の革新2020-09 -- 2030-03馬場嘉信文部科学省/光・量子飛躍フラッグシッププログラム（Q-LEAP）6,500,000Yen
3D ドメインスワッピングを利用したタンパク質の自在配列と機能化2020-12 -- 2026-03廣田俊国立研究開発法人 科学技術振興機構/戦略的創造研究推進事業65,000,000Yen
生命金属動体解明のための量子生体エネルギー論2020-04 -- 2022-03重田育照独立行政法人日本学術振興会/新学術領域研究(研究領域提案型)5,720,000Yen
生体ハイドロジェノミクスの理論解析2019-04 -- 2021-03重田育照日本学術振興会/新学術領域研究(研究領域提案型)3,770,000Yen
Structure-based design of middle molecules for drug discovery2018-06 -- 2021-03Katsumi MaenakaThe Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)/次世代治療・診断実現のための創薬基盤技術開発事業：革新的中分子創薬技術の開発56,000,000Yen
ポスト「京」重点課題 (7)「次世代の産業を支える新機能デバイス・高性能材料 の創成」サブ課題A 「高機能半導体デバイス」2016-04 -- 2019-03Atsushi OshiyamaMinistry of Education, Culture, Sports, Science and Technology, Japan/15,340,000Yen
高次複合光応答分子システムの開拓と学理の構築2014-06 -- 2019-03宮坂博Japan Society of for the Promotion of Science/科研費新学術領域研究(研究領域提案型)1,300,000Yen
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Career history
2016-04 -- (current)Center for Computational Sciences, University of TsukubaDivision of Life ScienceProfessor
2019-04 -- (current)National Institutes for Quantum and Radiological Science and TechnologyTakasaki Advanced Radiation Research InstituteVisiting Researcher
2014-05 -- (current)Osaka UniversityGraduate School of Engineering SciencesVisiting Professor
2018-04 -- 2020-03宇宙航空研究開発機構宇宙科学研究所 学際科学研究系客員教授
2016-04 -- 2018-03Institute of Molecular SciencesVisiting professor
2014-03 -- 2016-03筑波大学大学院数理物質科学研究科物理学系教授
2011-08 -- 2013-07文部科学省研究振興局学術助成課学術調査官（兼任）
2010-08 -- 2014-03大阪大学大学院基礎工学研究科物質創成専攻准教授
2008-05 -- 2010-07兵庫県立大学大学院生命理学研究科ピコバイオロジー研究所特任准教授
2007-02 -- 2008-05筑波大学大学院数理物質科学研究科物理学専攻講師
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Academic background
1997-04 -- 2000-03大阪大学 大学院理学研究科 化学専攻
1995-04 -- 1997-03金沢大学 大学院理学研究科 化学専攻
1991-04 -- 1995-03金沢大学 理学部 化学科
Degree
2000-03博士（理学）大阪大学
Academic societies
2021-12 -- (current)Society of Computer Chemistry, Japan
-- (current)Quantum Life Science Society
-- (current)PROTEIN SCIENCE SOCIETY OF JAPAN
-- (current)理論化学会
-- (current)THE BIOPHYSICAL SOCIETY OF JAPAN
-- (current)分子科学会
-- (current)Chemical Society of Japan
Honors & Awards
2006-03第86回日本化学会年会優秀講演賞研究業績
2007-03PCCP Prize for the Outstanding Achievement of Young Scientists in Physical Chemistry and Chemical PhysicsResearch Award
2009-03第58回日本化学会進歩賞研究業績
2010-04平成23年文部科学大臣表彰若手科学者賞研究業績
2012-09第5回分子科学会奨励賞研究業績
2013-05第2回大阪大学総長奨励賞・研究部門研究業績
2017-03Outstanding Reviewers for Physical Chemistry Chemical Physics in 2016論文査読
2017-1022nd QSCP Promising Scientist Award of CMOAResearch Award
2019-02Best Faculty Awards 2018業績による評価
Refereed academic journal/Refereed international conference paper
Books
  • Biological Enzymes and Hydrogenases
    Hori Yuta; Nishikawa Koji; Shigeta Yasuteru; Higuchi Yos...
    Hydrogenomics: The Science of Fully Utilizing Hydrogen/共立出版, 2023-04
  • Liner Combination of Molecular Orbitals of Fragments (FMO-LCMO) Method: Its Application to Charge Transfer Studies
    Shigeta Yasuteru
    Recent advances of the fragment molecular orbital method Subtitle: Enhanced performance and applicability/Springer/pp.391-405, 2021-01
  • AnalysisFMO toolkit: PyMOL plugin module to 3D-visualize interaction energies in protein (3D-VIEP) generated by fragment molecular orbital calculation
    Shigeta Yasuteru
    Recent advances of the fragment molecular orbital method Subtitle: Enhanced performance and applicability/Springer/pp.357-370, 2021-01
  • Open-Architecture Program of Fragment Molecular Orbital Method for Massive Parallel Computing (OpenFMO) with GPU Acceleration
    Shigeta Yasuteru
    Recent advances of the fragment molecular orbital method Subtitle: Enhanced performance and applicability/Springer/pp.77-90, 2021-01
  • Open-Architecture Program of Fragment Molecular Orbital Method for Massive Parallel Computing (OpenFMO) with GPU Acceleration
    Shigeta Yasuteru
    Recent advances of the fragment molecular orbital method Subtitle: Enhanced performance and applicability/Springer/pp.77-90, 2021-01
  • Protein Folding and Evolution
    Harada Ryuhei; Inagaki Yuji; Shigeta Yasuteru
    Reference modules in Materials Science and Engineering 2016, 2016-06
  • Integrated Computational Studies on Mutational Effects of A Nylon-degrading Enzyme
    Baba Takeshi; Kamiya Katsumasa; Shigeta Yasuteru
    Quantum Systems in Physics, Chemistry, and Biology: Advances in Concepts and Applications/pp.317-330, 2017-06
  • Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Simulations for Transition Pathway Sampling of Biomolecules
    Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
    Advances in Quantum Chemistry/pp.129-147, 2019-01
  • Quantal cumulant dynamics for dissipative systems
    Shigeta Yasuteru
    COMPUTATION IN MODERN SCIENCE AND ENGINEERING VOL 2, PTS A AND B/AMER INST PHYSICS/pp.1371-1374, 2007-01
  • Quantal Cumulant Dynamics for Dissipative Systems
    Shigeta Yasuteru
    SELECTED PAPERS FROM ICNAAM 2007 AND ICCMSE 2007/AMER INST PHYSICS/pp.48-51, 2008-01
  • 第4-1章 錯体の伝導性
    重田 育照; 北河康隆
    金属錯体の量子・計算化学, 2014-10
  • 第１３、１４章
    重田 育照
    物性量子化学入門/講談社, 2004-09
  • Single-Reference Methods for Excited States in Molecules and Polymers
    Shigeta Yasuteru
    Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics, Chap. 2/Springer/pp.15-64, 2008-10
  • Quantum Theory in Terms of Cumulant Variables
    Shigeta Yasuteru
    Advances in the Theory of Atomic and Molecular Systems, Conceptual and Computational Advances in Quantum Chemistry, Chap. 21/Springer/pp.3-34, 2009-10
  • Theoretical Studies on Metal-Containing Artificial DNA Bases”, Advances in the Theory of Atomic and Molecular Systems
    Shigeta Yasuteru
    Conceptual and Computational Advances in Quantum Chemistry, Chap. 25/Springer/pp.433-460, 2012-10
  • Quantal Cumulant Mechanics as Extended Ehrenfest Theorem
    Shigeta Yasuteru
    Quantum mechanics Chap. 17/InTech open, 2013-04
  • Quantum Theory in Terms of Cumulant Variables
    Shigeta Yasuteru; Miyachi Hideaki; Matsui Toru; Yokoyama ...
    ADVANCES IN THE THEORY OF ATOMIC AND MOLECULAR SYSTEMS: DYNAMICS, SPECTROSCOPY, CLUSTERS, AND NANOSTRUCTURES/SPRINGER/pp.3-34, 2009-01
Conference, etc.
  • SOD1のCYS酸化に伴う構造変化の理論的研究
    佐藤 綾香; 藤木 涼; 堀 優太; Hengphasatporn Kowit; 重田 育照
    日本コンピュータ化学会2023年/2023-11-24--2023-11-26
  • Theoretical investigation into the electronic and geometrical structures for the oxidation tolerance of [NiFe]-hydrogenases
    堀 優太; 佐藤 綾香; 重田 育照
    第61回日本生物物理学会年会/2023-11-14--2023-11-16
  • 天然変性タンパク質が滑膜肉腫発生の原因となる仕組み
    韓 叡佳; 堀越直樹; 高橋花南; 谷一寿; 宮ノ入洋平; 中本佳歩; 古寺哲幸; Kowit Hengpha...
    第96回日本生化学会大会/2023-10-31--2023-11-2
  • 星間空間におけるホモキラリティー発生の理論的研究
    堀 優太; 渡辺 七都稀; 庄司 光男; 重田 育照
    第17回分子科学討論会/2023-09-12--2023-09-15
  • 蛋白質構造情報に基づく化合物結合サイト予測の高精度化
    広川 貴次; 工藤玄己; 吉野龍ノ介; 重田育照
    第 22 回日本蛋白質科学会年会/2022-06-07
  • Hevin/Sparcl1の変異によるASD病態形成への新たな洞察
    武富巧; 保田拓範; 森田陸離; 原田隆平; 重田育照; 水野聖哉; 高橋智; 鶴田文憲
    第46回日本神経科学大会/2023-08-01--2023-08-04
  • Cancer-Specific Sialylation Of Glycoprotein Nonmetastatic Melanoma Protein B Interact With Tumor-Associated Macrophage in Triple-Negative Breast Carcinoma via Siglec-9 
    Dang Cao Thuy Linh Linda; Kunio Kawanishi; Yukari Okit...
    the 26th International Glycoconjugate Symposium (IGS)/2023-08-27--2023-9-1
  • Characterization of the electronic and geometrical structures and the formation pathway in oxidized [NiFe]-hydrogenase
    Hori Yuta; Shigeta Yasuteru
    17th International Congress of Quantum Chemistry/2023-06-26--2023-07-01
  • ヘモグロビンM IwateとM BostonのFe-O伸縮振動の理論計算の改良およびヘモグロビンAとの構造の比較
    長友重紀; 寺田拓人; 庄司光男; 重田育照; 中谷清治; 廣田俊; 柳澤幸子; 久保稔; 北川禎三; 長井雅子; 大木規央; 朴三用; ...
    第49回生体分子科学討論会/2023-06-01--2023-06-02
  • 還元型高電位鉄硫黄タンパク質の鉄硫黄クラスターの電子状態と周囲のアミノ酸が与える影響
    堀 優太; 佐藤 綾香; 重田 育照
    第25回理論化学討論会/2023-05-16--2023-05-19
  • 酸化型[NiFe]ヒドロゲナーゼの生成過程と活性中心の構造についての理論解析
    堀 優太; 佐藤 綾香; 重田 育照
    量子生命科学会第5回大会/2023-05-18--2023-05-19
  • 高電位鉄硫黄タンパク質の活性中心の電子状態及び構造と周囲のアミノ酸からの影響の理論解析
    佐藤 綾香; 堀 優太; 重田 育照
    量子生命科学会第5回大会/2023-05-18--2023-05-19
  • Structural Validation by the G-factor Properly Regulates Boost Potentials Imposed in Conformational Sampling of Proteins
    Yasuda Takunori; Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada ...
    The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan/2022-09-30
  • LogP-corrected Membrane Docking Score Screens Protein-Ligand-Membrane Complexes
    Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
    The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan/2022-09-28
  • A Computational Study on the Half-Site Activity Mechanism of Homodimeric Tyrosyl tRNA Synthetase
    Okamoto Yoshino; Yasuda Takunori; Morita Rikuri; Shigeta ...
    The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan/2022-09-28
  • Enhanced Samplingにおける構造妥当性の評価は外部バイアスを適切に制御する
    保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
    第36回 分子シミュレーション討論会/2022-12-05
  • 中分子の膜透過性に対する計算手法の検討
    高橋 輝行; HENGPHASATPORN KOWIT; 原田 隆平; 重田 育照
    日本コンピューター化学会 2022年 秋季年会/2022-11-27
  • 分子動力学計算に基づくシロイヌナズナおよび エンバクHPPD-メソトリオン複合体の結合挙動解析
    宗井 陽平; 堀 優太; HENGPHASATPORN KOWIT; 原田 隆平; 重田 育照
    日本コンピューター化学会 2022年 秋季年会/2022-11-26
  • 化合物の膜透過プロセスを紐解く自由エネルギー計算手法の開発
    森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
    第50回 構造活性相関シンポジウム/2022-11-11
  • Molecular Dynamics Simulation Reveals Structural Variations of Metallothionein with or without Zinc Ions
    Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
    The 8th International Symposium on Metallomics/2022-07-12
  • 化合物の膜透過プロセスを紐解く自由エネルギー計算手法の開発
    原田 隆平; 森田 陸離; 重田 育照
    第50回 構造活性相関シンポジウム/2022-11-11
  • ASD-associated SPARCL1 mutant accumulates in the endoplasmic reticulum: implication for a novel mechanism underlying ASD pathogenesis
    Taketomi Takumi; Yasuda Takunori; Morita Rikuri; Shigeta ...
    36th International mammalian Genome society/2023-03-28--2023-03-31
  • The mechanism of ASD-associated Sparcl1/Hevin mutant underlying pathogenesis
    武富 巧; 保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平; 鶴田 文憲
    第16回神経発生討論会/2023-03-10--2023-03-11
  • 新規分子シミュレーションに基づく膜透過性評価法の開発”
    重田 育照
    第143回 日本薬学会/2023-03-25--2023-03-28
  • Materials informatics study on dopant effect on stabilizing a tetragonal phase of zirconia
    Shigeta Yasuteru
    4th International Congress on Advanced Materials Sciences and Engineering (AMSE-2023)/2023-03-17--2023-03-21
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Intellectural property rights
  • Information Processing Apparatus and Simulation Method
    重田 育照
  • Information Processing Apparatus and Simulation Method
    重田 育照
  • 情報処理装置、指標次元抽出方法、および指標次元抽出プログラム
    重田 育照
  • 情報処理装置、シミュレーション方法、およびシミュレーションプログ 2. ラム
    重田 育照
  • 情報処理、シミュレーションプログラムおよびシミュレーション方法
    重田 育照
Teaching
2023-04 -- 2023-08Collaborative Research in Physics IVUniversity of Tsukuba.
2023-10 -- 2024-02Collaborative Research in Physics IVUniversity of Tsukuba.
2023-04 -- 2023-08Collaborative Research in Physics VUniversity of Tsukuba.
2023-10 -- 2024-02Collaborative Research in Physics VUniversity of Tsukuba.
2023-04 -- 2023-08Special seminar for condensed matter theory VAUniversity of Tsukuba.
2023-10 -- 2024-02Seminar on Theoretical Condensed Matter Physics DUniversity of Tsukuba.
2023-04 -- 2023-08Special seminar for condensed matter theory IIIBUniversity of Tsukuba.
2023-04 -- 2023-08Special seminar for condensed matter theory VBUniversity of Tsukuba.
2023-10 -- 2024-02Practical Training in Physics IUniversity of Tsukuba.
2023-04 -- 2023-08Practical Training in Physics IUniversity of Tsukuba.
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Other educational activities
2021-01 -- 2021-01集中講義東京大学大学院総合文化研究科
2020-10 -- 2022-03LectureWaseda University, Department of Chemistry and Biochemistry
2018-12 -- 2018-12集中講義首都大学東京大学院理学研究科
2018-11 -- 2018-11集中講義日本女子大学大学院理学研究科
2017-06 -- 2017-06集中講義千葉大学理学研究科物理学専攻
2017-08 -- 2017-08集中講義広島市立大学大学院情報科学研究科
2017-09 -- 2022-09集中講義秋田大学大学院工学研究科
2017-11 -- 2017-11集中講義大阪市立大学大学院工学研究科
2017-12 -- 2017-12集中講義立教大学大学院理学研究科化学専攻
2016-11 -- 2016-11集中講義愛媛大学大学院医学研究科
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Talks
  • Covid-19関連タンパク質に対する統合的インシリコリポジショニング
    重田 育照
    新学術領域「高速分子動画」Web セミナー 「構造生物学・化学・計算科学を融合させたウイルス・パンデミックに対する取り組み」
  • 第一原理QM/MM計算による電子・プロトン移動解析
    重田 育照
    第10回高速分子動画オンラインセミナー
  • タンパク質の構造機能-相関に対する計算科学的研究〜応用篇〜
    重田 育照
    新学術領域研究「生命金属科学」夏の合宿
  • 計算化学を用いた生体機能解析と創薬への展開
    重田 育照
    CAMMフォーラム
Professional activities
2021-12 -- (current)Society of Computer Chemistry, Japan役員
2021-06 -- (current)日本量子生命学会評議員会委員
2021-04 -- (current)分子科学会９期運営委員会委員
2019-04 -- (current)Division of Theoretical, Information and Computational Chemistry,The Chemical Society of Japan幹事（プログラム担当）
2019-06 -- (current)Japan Society for Theoretical Chemistry幹事（副会長：企画産学連携担当）
2021-06 -- 2021-11Society of Computer Chemistry, Japan実行委員長
2019-04 -- 2021-03THE BIOPHYSICAL SOCIETY OF JAPAN代議員
2018-04 -- 2020-03理化学研究所ポスト京 プロジェクト 課題７コデザインWG主査
2016-04 -- 2018-03分子科学会第６期運営委員会委員
2019-03 -- 2019-06第４６回生体分子科学討論会実行委員会委員長
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University Management
2022-04 -- 2024-03学長補佐室会議学長補佐
2022-04 -- (current)大学経営改革局アソシエイト
2021-04 -- (current)教育戦略室会議構成員
2021-04 -- (current)学群教育会議構成員
2021-04 -- (current)全学教育課程委員会委員
2021-04 -- (current)総合智教育推進委員会委員長
2021-04 -- (current)学群共通科目部会副部会長
2020-04 -- (current)教学デザイン室室員
2020-04 -- (current)チュートリアル教育タスクフォース構成員
2018-04 -- (current)筑波大学計算科学科研究センター広報戦略室室長
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(Last updated: 2023-04-25)