Inagaki Yuji

Affiliation
Center for Computational Sciences
Official title
Professor
ORCID
0000-0003-0101-8483
URL
Research fields
Evolutionary biology
Biodiversity/Systematics
Research keywords
eukaryotes
orgenelle evolution
molecular evolution
genome evolution
protein facotrs involved in translation
gene duplication
lataral gene transfer
Research projects
真核生物ゲノムデータに混入している原核共生体ゲノムの体系的探索2023 -- 2026稲垣 祐司Japan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research(B)18,330,000Yen
真核生物ゲノムデータに混入している原核共生体ゲノムの体系的探索2023-04 -- 2027-03稲垣祐司日本学術振興会/基盤研究(B)
３次葉緑体をもつ渦鞭毛藻類における葉緑体進化2023-04 -- 2025-03稲垣祐司日本学術振興会/二国間交流事業 共同研究
ミトコンドリアDNAポリメラーゼの多様性と進化の全容解明2019 -- 2022稲垣 祐司Japan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research(B)17,030,000Yen
海洋原生生物に共生する細菌多様性の実態解明2018 -- 2022Yuji Inagaki日本学術振興会/国際共同研究加速基金（国際共同研究強化(B)）
海洋バクテリアの長期炭素隔離機能に対する海洋酸性化の影響評価2016 -- 2019濱健夫日本学術振興会/科学研究費補助金　基盤研究(B)
非光合成生物の光適応進化の全容解明2017 -- 2020谷藤吾朗日本学術振興会/科学研究費補助金　基盤研究（B)
渦鞭毛藻細胞内に発見された新たな共生体痕跡核ゲノムの解読2016 -- 2018稲垣 祐司Japan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research(B)17,420,000Yen
新型分割イントロン切り出し因子同定に基づく真核生物mRNA成熟機構進化の解明2011 -- 2015Japan Society of for the Promotion of Science/基盤研究(A)2,000,000Yen
ミトコンドリア・色素体以外の共生オルガネラ成立過程の解明2011 -- 2015Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology, Japan/新学術領域研究50,960,000Yen
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Career history
1996-01 -- 1996-03日本学術振興会名古屋大学特別研究員
1996-04 -- 1998-03㈱JT生命誌研究館奨励研究員
1998-04 -- 2000-03日本学術振興会派遣先：カナダ・ダルハウジー大学海外特別研究員
2000-04 -- 2004-03ダルハウジー大学（カナダ）博士研究員
2004-04 -- 2005-07長浜バイオ大学バイオサイエンス学部バイオサイエンス学科講師
2005-08 -- 2007-03筑波大学大学院生命環境科学研究科助教授
2007-04 -- 2011-09筑波大学大学院生命環境科学研究科准教授
2011-10 -- 2016-03筑波大学生命環境系准教授
2016-04 -- (current)筑波大学計算科学研究センター教授
Academic background
1987-04 -- 1991-03Nagoya University Faculty of Science
1991-04 -- 1993-03Nagoya University Graduate School, Division of Natural Science 生物学専攻博士課程（前期）
1993-04 -- 1995-12Nagoya University Graduate School, Division of Natural Science 生物学専攻博士課程（後期）
Degree
1995-12博士(理学)Nagoya University
Academic societies
2004 -- (current)SOCIETY OF EVOLUTIONARY STUDIES, JAPAN
2005 -- (current)THE JAPANESE SOCIETY OF PHYCOLOGY
2004 -- (current)The Molecular Biology Society of Japan
-- (current)International Society for Evolutionary Protistology
2008 -- (current)International Society of Protistologists
2004 -- (current)Society for Molecular Biology and Evolution
Honors & Awards
1993-04-01公益信託森安大学院生奨学基金
2007-04-17科学技術分野の文部科学大臣表彰若手科学者賞
2008-08-23日本進化学会研究奨励賞
Articles
Books
  • Protein Folding and Evolution
    Harada Ryuhei; Inagaki Yuji; Shigeta Yasuteru
    Reference modules in Materials Science and Engineering 2016, 2016-06
  • 第17章 現在も続く細胞内共生細菌のオルガネラ化．
    稲垣 祐司; 中山卓郎
    共生微生物/化学同人/pp.203-212, 2016-10
  • アピコンプレクサ類の退化葉緑体は緑藻起源か？
    稲垣祐司
    The Japanese Journal of Phycology, 2004-01
  • ロングブランチの誘惑--分子系統解析のダークサイド
    稲垣祐司
    The Japanese Journal of Phycology, 2007-07
Conference, etc.
  • 最尤系統樹中の2分岐の信頼性に対する新たな評価手法．
    番場浩平; 稲垣 祐司; 原田亮; 中山卓郎; 磯貝龍邑
    第74回バイオ情報学(SIGBIO)研究会/2023-06-29--2023-07-01
  • AtLASS: A Scheme for end-to-end prediction of splice sites using attention-based bi-LSTM.
    原田亮; 久米慶太郎; 堀江和正; 中山卓郎; 稲垣 祐司; 天笠俊之
    第74回バイオ情報学(SIGBIO)研究会/2023-06-29--2023-07-01
  • Evolution and switching of mitochondrion-localized DNA polymerases in Euglenozoa.
    Ryo Harada; Hirakawa Yoshihisa; Yabuki Akinori; Kim Enso...
    3ʳᵈ Annual International Congress on Euglenoids 2023/2023/07/17--2023/07/18
  • A non-kareniacean dinoflagellate with a haptophyte-derived plastid indicates multiple tertiary endosymbioses.
    Takahashi Kazuya; Nakayama Takuro; Inagaki Yuji; Hehenber...
    IX ECOP-ISOP joint meeting 2023/2023/07/09--2023/07/14
  • Impact of taxon sampling on the relationship among Rhodophyta, Glaucophyta, and Chloroplastida inferred from nuclear gene-based phylogenomic analyses.
    Isogai Ryu; Ryo Harada; Nakayama Takuro; Inagaki Yuji
    IX ECOP-ISOP joint meeting 2023/2023/07/09--2023/07/14
  • Repeated haptophyte endosymbioses in the dinoflagellate family Kareniaceae.
    Inagaki Yuji; Benico Garry; Takahashi Kazuya; Ryo Harada...
    IX ECOP-ISOP joint meeting 2023/2023/07/09--2023/07/14
  • Has the DNA polymerase of the proto-mitochondrion been retained in Discoba, Malawimonadidae, and Ancyromonadida?: a novel mitochondrion-localized DNA polymerase with the phylogenetic affinity to the alpha-proteobacterial PolI.
    Ryo Harada; Inagaki Yuji
    IX ECOP-ISOP joint meeting 2023/2023/07/09--2023/07/14
  • Serial secondary and serial tertiary endosymbioses in dinoflagellates.
    Inagaki Yuji
    ICG seminor/2023/03/21--2023/03/21
  • Search for free-living-related proteins in free-living diplomonads that transitioned from a parasitic ancestor
    厳翼; 久米慶太郎; 阿部一貴; 矢﨑裕規; 小松崎洋志; 谷藤吾朗; 神川龍馬; 稲垣 祐司; 橋本哲男
    第92回寄生虫学会大会/2023/03/30--2023/03/31
  • 真核生物の大系統：最近の研究成果から見る多様性の広がり、まとまり、今後の展望
    稲垣 祐司
    第92回寄生虫学会大会サテライトシンポジウム 原生生物学・共生生物学談話会/2023/03/29--2023/03/29
  • Recent progress in resolving the diversity and evolution of deep eukaryotic phylogeny
    Inagaki Yuji
    ISEP23/2023/01/20--2023/01/20
  • A factor that hinders the accurate phylogenetic inferences: The monophyly of Archaeplastida as a case study.
    Inagaki Yuji
    EPCC-CCS Workshop 2022/2022-12-14--2022-12-15
  • Endosymbiotic origin of the DNA polymerase localized in euglenid plastids.
    Harada Ryo; Eliáš Marek; Inagaki Yuji
    2nd Annual International Congress of Euglenids/2022-11-07--2022-11-10
  • A novel type of mitochondrion-localized DNA polymerase hints the phylognetic affinity among Malawimonadida, Ancyromonadida, and Discoba, and the possible root of the eukaryotic phylogeny
    原田亮; Eliáš Marek; 中野健太郎; 白鳥峻志; 矢吹彬憲; Ensoo Kim; 石田健一郎; 稲垣 祐司
    第81回日本寄生虫学会東日本支部大会・日本共生生物学会第6回大会/2022-10-01--2022-10-02
  • Euglenids have a plastid-localized DNA polymerase from a green alga related to Pyramimonas
    原田亮; Eliáš Marek; 稲垣 祐司
    第81回日本寄生虫学会東日本支部大会・日本共生生物学会第6回大会/2022-10-01--2022-10-02
  • Draft nucleomorph genomes of green-colored dinoflagellates
    Inagaki Yuji; Nakayama Takuro; Kawakubo Takashi; Matsuo ...
    21st Symposium of the International Society of Endocytobiology/2022-7-19--2022-7-22
  • 緑色渦鞭毛藻Lepidodinium chlorophorumにおけるヌクレオモルフゲノムの存在検証
    中山卓郎; 稲垣 祐司
    日本藻類学会第46回大会/2022-03-29--2022-03-30
  • 緑色渦鞭毛藻3種のペディノ藻由来色素体ゲノム間での共通性と特異性
    松尾恵梨子; 森田幸之介; 中山卓郎; 皿井千裕; 高橋和也; 岩滝光儀; 稲垣 祐司
    日本共生生物学会 第5回大会/2021-11-27--2021-11-28
  • Microheriella maris units Archaeplastida and Cryptista in phylogenomics.
    Euki Yazaki; Akinori Yabuki; Ayaka Imaizumi; Keitaro Kum...
    Asian Congress of Protistology IV/2021-11-19--2021-11-21
  • Single-cell transcriptome data from diverse euglenids revised the evolution of mitochondrion-localized DNA polymerase in Euglenozoa.
    Harada Ryo; Inagaki Yuji
    1st Annual International Cogress on Euglenoids 2021/2021-11-08--2021-11-11
  • 古細菌SMC関連タンパク質ClsNとSphは同一の新規SMCタンパクサブファミリーから派生した
    吉永真理; 稲垣 祐司
    日本微生物生態学会第34回大会/2021-10-30--2021-11-02
  • Draft nucleomorph genome of a green-colored dinoflagellate
    Inagaki Yuji
    ISEP seminor/2021-05-20--2021-05-20
  • 真核生物におけるSMCタンパク質ファミリーの多様化と二次的喪失
    吉永真理; 稲垣 祐司
    日本共生生物学会第4回大会/2020-10-30--2020-11-01
  • キネトプラスチダ類及びディプロネマ類に特異的なミトコンドリア局在DNAポリメラーゼはファージ起源である.
    原田亮; 稲垣 祐司
    日本共生生物学会第4回大会/2020-10-30--2020-11-01
  • 新奇ミトコンドリア局在DNAポリメラーゼは新たな真核生物高次系統群を示唆するか？
    原田亮; 中野賢太郎; 矢吹彬憲; 白鳥峻志; Kim Ensoo; 稲垣 祐司
    第17回原生生物・寄生虫・進化セミナー/2020-05-29--2020-5-29
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Teaching
2023-10 -- 2024-02Seminar on Genomics and Bioinformatics EIIUniversity of Tsukuba.
2023-04 -- 2023-08Seminar on Genomics and Bioinformatics EIUniversity of Tsukuba.
2023-05 -- 2023-06Introduction to PhylogenomicsUniversity of Tsukuba.
2023-04 -- 2023-08Methodology on Genomics and Bioinformatics ISUniversity of Tsukuba.
2023-04 -- 2023-08Seminar on Genomics and Bioinformatics IIISUniversity of Tsukuba.
2023-04 -- 2023-08Seminar on Genomics and Bioinformatics VSUniversity of Tsukuba.
2023-04 -- 2023-08Seminar on Genomics and Bioinformatics ISUniversity of Tsukuba.
2023-10 -- 2024-02Seminar on Genomics and Bioinformatics IVFUniversity of Tsukuba.
2023-04 -- 2023-07Molecular Evolution IUniversity of Tsukuba.
2023-10 -- 2024-02Thesis Research in Genomics and Bioinformatics FUniversity of Tsukuba.
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Other educational activities
2017-03 -- 2017-03さくらサイエンスプラン実習筑波大学およびマレーシア工科大学

(Last updated: 2023-09-27)