Inagaki Yuji
- Affiliation
- Center for Computational Sciences
- Official title
- Professor
- URL
- Research fields
Evolutionary biology Biodiversity/Systematics - Research keywords
eukaryotes orgenelle evolution molecular evolution genome evolution protein facotrs involved in translation gene duplication lataral gene transfer - Research projects
3次葉緑体をもつ渦鞭毛藻類における葉緑体進化 2023-04 -- 2025-03 稲垣祐司 日本学術振興会/二国間交流事業 共同研究 ミトコンドリアDNAポリメラーゼの多様性と進化の全容解明 2019 -- 2022 稲垣 祐司 Japan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research(B) 17,030,000Yen 海洋原生生物に共生する細菌多様性の実態解明 2018 -- 2022 Yuji Inagaki 日本学術振興会/国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B)) 海洋バクテリアの長期炭素隔離機能に対する海洋酸性化の影響評価 2016 -- 2019 濱健夫 日本学術振興会/科学研究費補助金 基盤研究(B) 非光合成生物の光適応進化の全容解明 2017 -- 2020 谷藤吾朗 日本学術振興会/科学研究費補助金 基盤研究(B) 渦鞭毛藻細胞内に発見された新たな共生体痕跡核ゲノムの解読 2016 -- 2018 稲垣 祐司 Japan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research(B) 17,420,000Yen 新型分割イントロン切り出し因子同定に基づく真核生物mRNA成熟機構進化の解明 2011 -- 2015 Japan Society of for the Promotion of Science/基盤研究(A) 2,000,000Yen ミトコンドリア・色素体以外の共生オルガネラ成立過程の解明 2011 -- 2015 Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology, Japan/新学術領域研究 50,960,000Yen ミトコンドリアを持たない真核微生物群フォルニカータの多様性の解明 2011 -- 2013 Japan Society of for the Promotion of Science/基盤研究(B) 1,500,000Yen 藻類・プロティスト複合系の多様性研究の基盤構築 2009 -- 2012 Japan Society of for the Promotion of Science/基盤研究(A) 3,700,000Yen more... - Career history
1996-01 -- 1996-03 日本学術振興会名古屋大学特別研究員 1996-04 -- 1998-03 ㈱JT生命誌研究館奨励研究員 1998-04 -- 2000-03 日本学術振興会派遣先:カナダ・ダルハウジー大学海外特別研究員 2000-04 -- 2004-03 ダルハウジー大学(カナダ)博士研究員 2004-04 -- 2005-07 長浜バイオ大学バイオサイエンス学部バイオサイエンス学科講師 2005-08 -- 2007-03 筑波大学大学院生命環境科学研究科助教授 2007-04 -- 2011-09 筑波大学大学院生命環境科学研究科准教授 2011-10 -- 2016-03 筑波大学生命環境系准教授 2016-04 -- (current) 筑波大学計算科学研究センター教授 - Academic background
1987-04 -- 1991-03 Nagoya University Faculty of Science 1991-04 -- 1993-03 Nagoya University Graduate School, Division of Natural Science 生物学専攻博士課程(前期) 1993-04 -- 1995-12 Nagoya University Graduate School, Division of Natural Science 生物学専攻博士課程(後期) - Degree
1995-12 博士(理学) Nagoya University - Academic societies
2004 -- (current) SOCIETY OF EVOLUTIONARY STUDIES, JAPAN 2005 -- (current) THE JAPANESE SOCIETY OF PHYCOLOGY 2004 -- (current) The Molecular Biology Society of Japan -- (current) International Society for Evolutionary Protistology 2008 -- (current) International Society of Protistologists 2004 -- (current) Society for Molecular Biology and Evolution - Honors & Awards
1993-04-01 公益信託森安大学院生奨学基金 2007-04-17 科学技術分野の文部科学大臣表彰若手科学者賞 2008-08-23 日本進化学会研究奨励賞 - Articles
- Fascinating strategies of marine organisms to cope with coming pollutant, titanium dioxide nanoparticle.
Ishitani Yoshiyuki; Ciacci Caterina; Ujiié Yurika; Tame ...
Environmental Pollution, 2023-04 - Phylogenomics invokes the clade housing Cryptista, Archaeplastida, and Microheliella maris.
矢﨑裕規; 矢吹彬憲; 稲垣 祐司
Sôrui/70/pp.199-204, 2022-11 - Microheliella maris possesses the most gene-rich mitochondrial genomes in Diaphoretickes.
Yazaki Euki; Yabuki Akinori; Nishimura Yuki; Shiratori T...
Frontiers in Ecology and Evolution/10/p.1030570, 2022-11 - Draft genome sequence of Aduncisulcus paluster, a free-living microaerophilic eukaryote belonging to Fornicata.
Ikuko Yuyama; Kume Keitaro; Tamura Takumi; Inagaki Yuji; ...
Microbiology Resource Announcements/12(2)/p.e0053922, 2023-02 - A novel structural maintenance of chromosomes (SMC)-related protein family specific to Archaea
Yoshinaga Mari; Nakayama Takuro; Inagaki Yuji
FRONTIERS IN MICROBIOLOGY/13/p.913088, 2022-08 - Comparative Plastid Genomics of Green-Colored Dinoflagellates Unveils Parallel Genome Compaction and RNA Editing
Eriko Matsuo; Kounosuke Morita; Takuro Nakayama; Yazaki ...
FRONTIERS IN PLANT SCIENCE/13/p.918543, 2022-07 - The closest relative of Archaeplastida is revealed by phylogenomic analyses that include Microheliella maris.
Yazaki Euki; Yabuki Akinori; Imaizumi Ayaka; Kume Keitar...
OPEN BIOLOGY/12(4)/p.210376, 2022-04 - Ubiquity and origins of structural maintenance of chromosomes (SMC) proteins in eukaryotes
Yoshinaga Mari; Inagaki Yuji
Genome Biology and Evolution/13(12)/p.evab256, 2021-12 - Phylogenomics invokes the clade housing Cryptista, Archaeplastida, and Microheliella maris.
Yazaki Euki; Yabuki Akinori; Imaizumi Ayaka; Kume Keitar...
bioRχiv, 2021-08 - Phage origin of mitochondrion-localized family A DNA polymerases in kinetoplastids and diplonemids.
Ryo Harada; Inagaki Yuji
Genome Biology and Evolution/13(2)/p.evab003, 2021-02 - Signs of the plastid: Enzymes involved in plastid-localized metabolic pathways in a eugregarine species
Yazaki Euki; Miyata Ryosuke; Chikami Yasuhiko; Harada Ry...
Parasitology International/83/p.102364, 2021-08 - Phage origin of mitochondrion-localized family A DNA polymerases in kinetoplastids and diplonemids.
Ryo Harada; Inagaki Yuji
bioRχiv, 2020-09 - Experimental analysis of diurnal variations in humic-like fluorescent dissolved organic matters in surface seawater.
Omori Yuko; Saeki AKira; Wada Shigeki; Inagaki Yuji; Hama...
Frontiers in Marine Science/7/p.589064, 2020-10 - Barthelonids represent a deep-branching metamonad clade with mitochondrion-related organelles predicted to generate no ATP
Euki Yazaki; Kume Keitaro; Takashi Shiratori; Yana Eglit...
Proceedings of the Royal Society B/287(1934)/p.20201538, 2020-09 - Putative genome features of the relic green alga-derived nuclei in the dinoflagellates and the future perspectives as model organisms.
Nakayama Takuro; Takahashi Kazuya; Kamikawa Ryoma; Iwatak...
Communicative & Integrative Biology/13(1)/pp.84-88, 2020-06 - Large DNA virus promoted the endosymbiotic evolution to make a photosynthetic eukaryote
Matsuo Mitsuhiro; Katahata Atsushi; Tchikawa Makoto; Mina...
bioRχiv, 2019-10 - Barthelonids represent a deep-branching Matamonada clade with mitochondrion-related organelles generating no ATP.
Euki Yazaki; Kume Keitaro; Takashi Shiratori; Yana Edlit...
bioRχiv, 2019-10 - Inventory and evolution of mitochondrion-localized family A DNA polymerases in Euglenoza.
Ryo Harada; Yoshihisa Hirakawa; Akinori Yabuki; Yuichiro ...
Pathogens/9(4), 2020-04 - Mitochondrial genomes of Hemiarma marina and Leucocryptos marina revised the evolution of cytochrome c maturation in Cryptista.
Yuki Nishimura; Keitaro Kume; Keito Sonehara; Goro Tanif...
Frontiers in Ecology and Evolution/8/p.140, 2020-05 - Dinoflagellates with relic endosymbiont nuclei as models for elucidating organellogenesis
Sarai Chihiro; Tanifuji Goro; Nakayama Takuro; Kamikawa ...
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America/117(10)/pp.5364-5375, 2020-02 - Comparative plastid genomics of Cryptomonas species reveals fine-scale genomic responses to loss of photosynthesis.
Tanifuji Goro; Kamikawa Ryoma; Moore Christa E; Mills Ty...
Genome Biology and Evolution/12(2)/pp.3926-3937, 2020-02 - Single-cell genomics unveiled a cryptic cyanobacterial lineage with a worldwide distribution hidden by a dinoflagellate host
Nakayama Takuro; Mami Nomura; Yoshihito Takano; Tanifuji ...
Proceedings of the National Academy of Sciences/116(32)/pp.15973-15978, 2019-06 - Horizontally-acquired genetic elements in the mitochondrial genome of a centrohelid Marophrys sp. SRT127.
Yuki Nishimura; Takashi Shiratori; Kenichro Ishida; Tetsu...
Scientific Reports/9/p.4850, 2019-03 - In silico strcutral modelling and analysis of elongation factor 1alpha and elongation factor-like proteins.
Kotaro Sakamoto; Megumi Kayanuma; Inagaki Yuji; Tetsuo H...
ACS Omega/4(4)/pp.7308-7316, 2019-04 - Characterization of spliced leader trans-splicing in a photosynthetic rhizarian amoeba, Paulinella micropora, and its possible role in functional gene transfer.
Matsuo Mitsuhiro; Katahata Atsushi; Satoh Soichirou; Mats...
PLOS ONE/13(7)/p.e0200961, 2018-07 - more...
- Fascinating strategies of marine organisms to cope with coming pollutant, titanium dioxide nanoparticle.
- Books
- Protein Folding and Evolution
Harada Ryuhei; Inagaki Yuji; Shigeta Yasuteru
Reference modules in Materials Science and Engineering 2016, 2016-06 - 第17章 現在も続く細胞内共生細菌のオルガネラ化.
稲垣 祐司; 中山卓郎
共生微生物/化学同人/pp.203-212, 2016-10 - アピコンプレクサ類の退化葉緑体は緑藻起源か?
稲垣祐司
The Japanese Journal of Phycology, 2004-01 - ロングブランチの誘惑--分子系統解析のダークサイド
稲垣祐司
The Japanese Journal of Phycology, 2007-07
- Protein Folding and Evolution
- Conference, etc.
- Serial secondary and serial tertiary endosymbioses in dinoflagellates.
Inagaki Yuji
ICG seminor/2023/03/21--2023/03/21 - 真核生物の大系統:最近の研究成果から見る多様性の広がり、まとまり、今後の展望
稲垣 祐司
第92回寄生虫学会大会サテライトシンポジウム 原生生物学・共生生物学談話会/2023/03/29--2023/03/29 - Recent progress in resolving the diversity and evolution of deep eukaryotic phylogeny
Inagaki Yuji
ISEP23/2023/01/20--2023/01/20 - A factor that hinders the accurate phylogenetic inferences: The monophyly of Archaeplastida as a case study.
Inagaki Yuji
EPCC-CCS Workshop 2022/2022-12-14--2022-12-15 - Endosymbiotic origin of the DNA polymerase localized in euglenid plastids.
Harada Ryo; Eliáš Marek; Inagaki Yuji
2nd Annual International Congress of Euglenids/2022-11-07--2022-11-10 - A novel type of mitochondrion-localized DNA polymerase hints the phylognetic affinity among Malawimonadida, Ancyromonadida, and Discoba, and the possible root of the eukaryotic phylogeny
原田亮; Eliáš Marek; 中野健太郎; 白鳥峻志; 矢吹彬憲; Ensoo Kim; 石田健一郎; 稲垣 祐司
第81回日本寄生虫学会東日本支部大会・日本共生生物学会第6回大会/2022-10-01--2022-10-02 - Euglenids have a plastid-localized DNA polymerase from a green alga related to Pyramimonas
原田亮; Eliáš Marek; 稲垣 祐司
第81回日本寄生虫学会東日本支部大会・日本共生生物学会第6回大会/2022-10-01--2022-10-02 - Draft nucleomorph genomes of green-colored dinoflagellates
Inagaki Yuji; Nakayama Takuro; Kawakubo Takashi; Matsuo ...
21st Symposium of the International Society of Endocytobiology/2022-7-19--2022-7-22 - 緑色渦鞭毛藻Lepidodinium chlorophorumにおけるヌクレオモルフゲノムの存在検証
中山卓郎; 稲垣 祐司
日本藻類学会第46回大会/2022-03-29--2022-03-30 - 緑色渦鞭毛藻3種のペディノ藻由来色素体ゲノム間での共通性と特異性
松尾恵梨子; 森田幸之介; 中山卓郎; 皿井千裕; 高橋和也; 岩滝光儀; 稲垣 祐司
日本共生生物学会 第5回大会/2021-11-27--2021-11-28 - Microheriella maris units Archaeplastida and Cryptista in phylogenomics.
Euki Yazaki; Akinori Yabuki; Ayaka Imaizumi; Keitaro Kum...
Asian Congress of Protistology IV/2021-11-19--2021-11-21 - Single-cell transcriptome data from diverse euglenids revised the evolution of mitochondrion-localized DNA polymerase in Euglenozoa.
Harada Ryo; Inagaki Yuji
1st Annual International Cogress on Euglenoids 2021/2021-11-08--2021-11-11 - 古細菌SMC関連タンパク質ClsNとSphは同一の新規SMCタンパクサブファミリーから派生した
吉永真理; 稲垣 祐司
日本微生物生態学会第34回大会/2021-10-30--2021-11-02 - Draft nucleomorph genome of a green-colored dinoflagellate
Inagaki Yuji
ISEP seminor/2021-05-20--2021-05-20 - 真核生物におけるSMCタンパク質ファミリーの多様化と二次的喪失
吉永真理; 稲垣 祐司
日本共生生物学会第4回大会/2020-10-30--2020-11-01 - キネトプラスチダ類及びディプロネマ類に特異的なミトコンドリア局在DNAポリメラーゼはファージ起源である.
原田亮; 稲垣 祐司
日本共生生物学会第4回大会/2020-10-30--2020-11-01 - 新奇ミトコンドリア局在DNAポリメラーゼは新たな真核生物高次系統群を示唆するか?
原田亮; 中野賢太郎; 矢吹彬憲; 白鳥峻志; Kim Ensoo; 稲垣 祐司
第17回原生生物・寄生虫・進化セミナー/2020-05-29--2020-5-29 - Time-course analysis of gene expression of the benthic protist during exposure to titanium dioxide nanoscale particles.
石谷佳之; 氏家由利香; Caterina Ciacci; Frontalini Fabrizio; 稲垣 祐司
日本地球惑星科学連合2020年大会/2020-07-12--2020-07-16 - 有孔虫の大規模分岐年代推定.
石谷佳之; 矢崎裕規; 氏家由利香; 稲垣 祐司
日本古生物学会2020大会/2020-02-07--2020-02-09 - エンドヘレア太陽虫Microheliella marisの系統的位置とミトコンドリアゲノム.
矢吹彬憲; 矢﨑裕規; 今泉彩香; 白鳥峻志; 久米慶太郎; 橋本哲男; 稲垣 祐司
日本藻類学会第44回大会/2020-03-26--2020-03-28 - ディスコバ生物群,マラウィモナス類,アンキロモナス類が保持する新奇ミトコンドリア局在DNAポリメラーゼ.
原田亮; 中野賢太郎; 矢吹彬憲; 白鳥峻志; Kim Ensoo; 稲垣 祐司
日本藻類学会第44回大会/2020-03-26--2020-03-28 - Phylogenomic analyses unveiled multiple endosymbioses of pedinophycean green algae in distantly related dinoflagellates.
Inagaki Yuji
CCS-EPCC Workshop/2019-12-3--2019-12-04 - 有孔虫Ammonia beccariiのミトコンドリアに局在するDNA分子群.
石谷佳之; 久米慶太郎; 稲垣 祐司
第3回日本共生生物学会/2019-11-19--2019-11-20 - フィロジェノミック解析により推測されたMicroheliella marisの系統的位置.
矢﨑裕規; 今泉彩香; 久米慶太郎; 白鳥峻志; 橋本哲男; 矢吹彬憲; 石田健一郎; 稲垣 祐司
第3回日本共生学会大会/2019-11-19--2019-11-20 - Dinoflagellates as the model for the evolution of eukaryotic cells and genomes.
Inagaki Yuji
National Taiwan University-University of Tsukuba Bilateral Symposium on Life Science/2019-09-30--2019-09-30 - more...
- Serial secondary and serial tertiary endosymbioses in dinoflagellates.
- Teaching
2022-05 -- 2022-05 Introduction to Phylogenomics University of Tsukuba. 2022-10 -- 2023-02 General Biology II University of Tsukuba. 2022-10 -- 2023-02 Seminar on Genomics and Bioinformatics EII University of Tsukuba. 2022-04 -- 2022-08 Seminar on Genomics and Bioinformatics EI University of Tsukuba. 2023-01 -- 2023-02 Introduction to Genetics University of Tsukuba. 2022-04 -- 2022-08 Seminar on Genomics and Bioinformatics IIIS University of Tsukuba. 2022-04 -- 2022-08 Seminar on Genomics and Bioinformatics IS University of Tsukuba. 2022-10 -- 2022-12 Molecular Evolution II University of Tsukuba. 2022-11 -- 2022-12 Computational Biology University of Tsukuba. 2022-04 -- 2022-08 Seminar on Genomics and Bioinformatics IVS University of Tsukuba. more... - Other educational activities
2017-03 -- 2017-03 さくらサイエンスプラン実習 筑波大学およびマレーシア工科大学 - Talks
- 渦鞭毛藻類における緑色葉緑体の起源と多様性
稲垣祐司; 皿井千裕; 神川龍馬; 高橋和也; 岩滝光儀
第15回植物オルガネラワークショップ/2013-03-20--2013-03-20 - Searching for missing pieces in natural environments: With the emphasis on the importance of culture strains of enigmatic eukaryotes for global eukaryotic phylogeny.
Ryoma Kamikawa; Akinori Yabuki; Tetsuo Hashimoto; Yuki Nishi...
第28回日本微生物生態学会/2012-09-19--2012-09-22 - New aspects of the evolution of endosymbiotic bacterium-derived organelles.
Yuji Inagaki; Ryoma Kamikawa; Takuro Nakayama; Goro Tanifuji...
第28回日本微生物生態学会/2012-09-19--2012-09-22 - A model for endosymbiotic genome reduction: epithemiacecan diatoms and their nitrogen-fixing organelle, spheroid body.
Yuji Inagaki; Takuro Nakayama; Ryoma Kamikawa.
Protist2012/2012-07-29--2012-08-03 - Genome evolution of the nitrogen-fixing cyanobacterial endosymbiont in the diatom Epithemia turgida.
Yuji Inagaki
Integrated Microbial Biodiversity Program Meeting, Canadian Institute for Advanced Research/2012-05-09--2012-05-11 - 新奇真核微生物からの大規模配列データで変貌し続ける、我々の真核生物大系統像
稲垣祐司; 矢吹彬憲; 神川龍馬
第31回微生物系統分類研究会/2011-11-25 - 複数遺伝子に基づく有中心粒太陽虫とクリプト藻の分子系統解析
坂口美亜子; 稲垣祐司; 橋本哲男
第30回日本藻類学会年会/2006-03-27 - 微細構造と分子系統解析に基づく新規エクスカベート類Dysnectes brevisの研究
雪吹直史; 中山剛; 稲垣祐司; 井上勲
第30回日本藻類学会年会/2006-03-27 - Nitrogen-fixing organelles, spheroid bodies, in rhopalodiacean diatom cells as an evolutoinary model for understanding organelle acquisition.
稲垣祐司; 中山卓郎; 笠井文絵; 大河内直彦
第34回日本分子生物学会年会/2011-12-13 - 複数遺伝子解析により明らかとなった放散虫と有孔虫の姉妹関係
石谷佳之; 石川奏太; 稲垣祐司; 土屋正史; 瀧下清貴
第11回放散虫研究集会/2011-10-29 - Recent progress in placing newly-discovered lineages of protists in the deep tree of eukaryotes.
Yuji Inagaki
CGEB meeting/2011-08-06 - Molecular phylogeny of the amitochondriate lineage, Fornicata, based on multi-gene analysis.
Hiroshi Komatsuzaki; Kiyotaka Takishita; Martin Kolisko; ...
SMBE2011/2011-07-26 - Effective bootstrapping: A new method for estimating accurate credibilities of splits on a phylogenetic tree
Akifumi S Tanabe; Yuji Inagaki; Tetsuo Hashimoto; Miwako ...
SMBE2011/2011-07-26 - Intragenomic gene conversion in the evolution of bacterial peptide-chain release factors.
Sohta A Ishikawa; Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki.
SMBE2011/2011-07-26 - Difference in transcriptional regulation between two genes encoding plastid-targeted GAPDH in the dinoflagellate Karenia mikimotoi.
Yuki Yazaki; Ryoma Kamikawa; Takuya Matsumoto; Tetsuo Ha...
SMBE2011/2011-07-26 - The phylogenetic position of the katablepharid Leucocryptos marina based on seven mitochondrial gene sequences.
Yuki Nishimura; Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki; Tetsuo Has...
SMBE2011/2011-07-26 - Molecular evidence for the residual nuclear genome of the green algal endosymbiont in the dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum.
Takuya Matsumoto; Ryoma Kamikawa; Tetsuo Hashimoto; Yuji ...
SMBE2011/2011-07-26 - Spliceosomal introns in a split form: Another aspect of intron evolution in eukaryotes.
Ryoma Kamikawa; Yuji Inagaki; Andrew J. Roger; Tetsuo Ha...
SMBE2011/2011-07-26 - 真核生物における翻訳伸長因子遺伝子の多様性
神川龍馬; 橋本哲男; 稲垣祐司
平成23年度日本水産学会春季大会/2011-03-27 - 赤潮原因ラフィド藻類におけるミトコンドリアゲノムの全塩基配列
神川龍馬; 増田功; 上田学; 大山憲一; 吉松定昭; 稲垣祐司; 左子芳彦
平成23年度日本水産学会春季大会/2011-03-27 - ミトコンドリアをもたないプロティスト分類群‘Fornicata’の分子系統:複数遺伝子に基づく解析
小松崎洋志; 瀧下清貴; Marin Kolisko; 矢吹彬憲; 雪吹直史; 稲垣祐司; 橋本哲男; Andrew J R...
第5回日本進化原生生物学研究会/2011-06-11 - 最尤系統樹の信頼性指標に対するバイアスの定量化
田辺晶史; 稲垣祐司; 橋本哲男; 辻美和子; 佐藤三久
日本生態学会第58回札幌大会/2011-03-08 - 複数遺伝子解析により得られた放散虫と有孔虫の姉妹関係
石谷佳之; 石川奏太; 稲垣祐司; 土屋正史; 瀧下清貴
第5回日本進化原生生物学研究会/2011-06-11 - Tsukubamonas globosaのPhylogenomic解析と部分的ミトコンドリアゲノム
神川龍馬; 矢吹彬憲; Martin Kolisko; 西村祐貴; 石川奏太; 石田健一郎; 橋本哲男; Andrew J ...
第5回日本進化原生生物学研究会/2011-06-11 - 159遺伝子データに基づく従属栄養性真核微生物Palpitomonas bilixの系統的位置
矢吹彬憲; 神川龍馬; Martin Kolisko; 石田健一郎; 田辺晶史; 橋本哲男; 稲垣祐司
第5回日本進化原生生物学研究会/2011-06-11 - more...
- 渦鞭毛藻類における緑色葉緑体の起源と多様性
(Last updated: 2023-03-30)