YING BEIWEN

Affiliation
Faculty of Life and Environmental Sciences
Official title
Associate Professor
Sex
Female
URL
Phone
029-853-6633
Fax
029-853-6633
Research fields
System genome science
Evolutionary biology
Ecology/Environment
Computational science
Life / Health / Medical informatics
Research keywords
Bacterial growth
Genome reduction
Experimental evolution
Gene expression
Cell culture
Machine learning
Bioinformatics
Research projects
細胞培養のデータ駆動型最適化の基盤技術の開発2021 -- 2023YING BEIWENJapan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)6,370,000Yen
ラクトバチルス菌検査キットの培養速度の向上2021 -- 2022BEIWEN YING民間企業/共同研究5,280,000Yen
細胞培養（培地）の最適化プラットフォームの開発2020 -- 2021YING BEIWEN文部科学省 (つくばグローバル・イノベーション推進機構)/地域イノベーション・エコシステム形成プログラム3,520,000Yen
ゲノム縮小と増殖速度の相関の機構解明2019 -- 2022YING　BEIWENJapan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research(B)13,650,000Yen
人工的遺伝子回路の発現レベルの予測モデルの構築2014 -- 2015YING　BEIWENJapan Society for the Promotion of Science/新学術領域研究（研究領域提案型）4,420,000Yen
極限貧栄養環境下で増殖する細胞の創出2014 -- 2016YING　BEIWENJapan Society for the Promotion of Science/基盤研究(C)5,070,000Yen
大腸菌の確率的環境適応応答の解析2014-04 -- 2015-03イン　ベイウェン科学技術振興機構(JST)/共同研究
細胞増殖に伴う集団秩序の維持2013-04 -- 2015-03YING BEIWENJapan Society of for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas
大腸菌ゲノム高温適応進化機構の解明2011-04 -- 2014-03YOMO TetsuyaJapan Society of for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
単細胞を用いた細胞分化の恒常性モデルの構築2010-04 -- 2012-03YING BEIWENJapan Society of for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Exploratory Research
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Career history
2013 -- (current)University of TsukubaAssociate Professor
2007 -- 2013Osaka UniversityAssistant Professor, Associate Professor
2006 -- 2007Centre national de la recherche scientifique (CNRS)Postdoc
2005 -- 2006The University of TokyoResearch Fellow
Academic background
2000 -- 2005The University of Tokyo Graduate School of Integrative Sciences
Degree
2005-03PhD. (Biosciences)The University of Tokyo
Academic societies
2018 -- (current)JAPAN SOCIETY FOR BIOSCIENCE, BIOTECHNOLOGY, AND AGROCHEMISTRY
2017 -- (current)American Society for Microbiolgy
2015 -- (current)JAPANESE SOCIETY OF MICROBICAL ECOLOGY
2007 -- (current)Society of Genome Microbiolgy, Japan
Articles
Books
  • Comparative analyses of bacterial transcriptome reorganisation in response to temperature increase.
    YING BEIWEN; YOMO Tetsuya
    Stress and Environmental Regulation of Gene Expression and Adaptation in Bacteria, 2016-05
  • Built-in synthetic gene circuits in Escherichia coli – methodology and applications.
    YING BEIWEN; YOMO Tetsuya
    Advances in Applied Biotechnology, 2012-01
  • Protein generation using a reconstituted system.
    YING BEIWEN; UEDA Takuya
    Protein Engineering Handbook, 2009-01
  • The PURE system: a minimal cell-free translation system.
    YING BEIWEN; SHIMIZU Yoshihiro; UEDA Takuya
    Cell-Free Expression, 2007-12
Conference, etc.
  • 機械学習による微⽣物増殖の予測
    橋詰　崇雅; 會田　穂乃香; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第16回大会/2022-03-02--2022-03-04
  • 大腸菌コロニー形成の空間分布の法則
    人見　健矢; 翁 杰瑞翌; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第16回大会/2022-03-02--2022-03-04
  • 大腸菌増殖を決定する環境因子の網羅的探索
    會田　穂乃香; 橋詰　崇雅; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第16回大会/2022-03-02--2022-03-04
  • 微生物集団増殖に優位的に影響する環境因子の探索
    會田　穂乃香; 橋詰　崇雅; YING BEIWEN
    日本微生物生態学会第34回大会/2021-10-30--2021-11-2
  • 大腸菌コロニー形成の空間分布の解析
    人見　健矢; YING BEIWEN
    日本微生物生態学会第34回大会/2021-10-30--2021-11-2
  • 大腸菌ゲノム縮小に伴う変異率と増殖速度の協調的変化
    黒川　真臣; 西村　一成; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第15回大会/2021-03-04--2021-03-06
  • 大腸菌遺伝子発現のゲノム周期性と増殖速度の相関
    永井　元基; 黒川　真臣; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第15回大会/2021-03-04--2021-03-06
  • 大腸菌コロニー形成パターンの解析
    XUE Heng; YING BEIWEN
    日本微生物生態学会第33回大会/2019-09-10--2019-09-13
  • 遺伝子発現のゲノム周期性に関する検証
    永井　元基; 黒川　真臣; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第14回大会/2020-03-06--2020-03-08
  • 大腸菌ゲノム縮小株ライブラリーの網羅的実験進化
    黒川　真臣; 永井　元基; 瀬尾　茂人; 小椋　義俊; 林　哲也; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第14回大会/2020-03-06--2020-03-08
  • 微生物培養のデータ駆動型最適化
    YING BEIWEN; 會田　穂乃香; 内田　圭祐; 芦野　一葉; 天笠　俊之
    日本ゲノム微生物学会第14回大会/2020-03-06--2020-03-08
  • 機械学習を用いた集団増殖における環境因子の貢献度分析
    YING BEIWEN
    Future Trend in Polymer Science 2018 (FTiPS2018)/2019-03-20--2019-03-20
  • 大腸菌増殖における培地成分の寄与度の学習分析
    YING BEIWEN; 芦野一葉; 菅野健太; 天笠俊之
    日本農芸化学会2019年東京大会/2019-03-24--2019-03-24
  • 微生物の物質生産に適した化学環境条件の網羅的探索
    内田圭裕; 桝尾俊介; 高谷直樹; YING BEIWEN
    超異分野学会2019/2019-03-08--2019-03-08
  • 大腸菌の増殖を決定する環境要因の判定と予測
    芦野一葉; 菅野健太; 天笠　俊之; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第13回大会/2019-03-07--2019-03-07
  • 変異による適応度貢献のゲノム縮小に伴う増加
    黒川真臣; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第13回大会/2019-03-06--2019-03-06
  • A challenge of predicting the contribution of chemicals to bacterial growth by machine learning
    YING BEIWEN; 芦野一葉; 菅野健太; 天笠俊之
    日本分子生物学会第41回大会/2018-11-28--2018-11-30
  • 大腸菌における非必須遺伝子と増殖速度の関係
    劉柳; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第12回大会/2018-03-05--2018-03-07
  • ゲノム縮小と大腸菌増殖の相関
    黒川真臣; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第12回大会/2018-03-05--2018-03-07
  • ヒスチジン枯渇環境に適応した大腸菌に対する解析
    日原奨希; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第12回大会/2018-03-05--2018-03-07
  • 大腸菌広域欠失株の増殖に対する数理的評価
    黒川真臣; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第10回大会/2016-03-04
  • ヒスチジン枯渇を長期間経験したヒスチジン要求性大腸菌株に対する解析
    日原奨希; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第11回大会/2017-03-02--2017-03-04
  • 大腸菌ゲノム縮小株の増殖に対する研究
    黒川真臣; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第11回大会/2017-03-02--2017-03-04
  • 大腸菌ゲノム縮小における増殖速度と変異率の相関
    YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第11回大会/2017-03-02--2017-03-04
  • Connecting bacterial growth with genome and transcriptome.
    YING BEIWEN
    International workshop on "Integration of Synthetic Biology and Systems Biology of Microbes"/2016-03-17
  • more...
Intellectural property rights
  • 培養環境判定システム、培養装置、要求取得装置及びプログラム
    YING BEIWEN; AIDA Honoka; HASHIZUME Takamasa
  • 微生物培養用合成培地及び微生物の培養方法
    YING BEIWEN; AIDA Honoka
  • 培養環境判定装置、培養システム、培養環境判定方法、培養方法、及びプログラム
    YING BEIWEN; AMAGASA Toshiyuki
  • 培養環境判定装置、培養環境判定方法、及びプログラム
    YING BEIWEN; Amagasa Toshiyuki
  • リボソームディスプレイ
    UEDA Takuya; OHASHI Hiroyuki; SHIMIZU Yoshihiro; YING BEIWEN...
Teaching
2021-10 -- 2022-02Internship on Integrative Environment and Biomass SciencesUniversity of Tsukuba.
2021-04 -- 2021-08Internship on Integrative Environment and Biomass SciencesUniversity of Tsukuba.
2021-10 -- 2022-02Seminar on Integrative Environment and Biomass Sciences DUniversity of Tsukuba.
2021-04 -- 2021-08Seminar on Integrative Environment and Biomass Sciences DUniversity of Tsukuba.
2021-10 -- 2022-02Methodology on Environmental Molecular MicrobiologyUniversity of Tsukuba.
2021-04 -- 2021-08Methodology on Environmental Molecular MicrobiologyUniversity of Tsukuba.
2021-07 -- 2021-08Introduction to Environmental Plant and Microbe Molecular BiologyUniversity of Tsukuba.
2021-04 -- 2021-08Seminar on Integrative Environment and Biomass Sciences AUniversity of Tsukuba.
2021-10 -- 2022-02Seminar on Integrative Environment and Biomass Sciences AUniversity of Tsukuba.
2021-10 -- 2022-02Dissertation in Ecological Molecular Microbiology IIUniversity of Tsukuba.
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Other educational activities
2017-04 -- 2017-04キャリアデザインワークショップ東京大学
Talks
  • Experimental evolution with laboratory E. coli strains
    YING BEIWEN
    華東理工大学　セミナー/2017-03-20
  • Stochastic Adaptation and Thermal Adaptive Evolution
    YING BEIWEN
    中国農業大学　セミナー/2011-11-01
  • 実験室内進化からみた大腸菌の高温適応進化
    YING BEIWEN
    「酵母リソース工学」開設式・記念講演会/2011-11-29
Professional activities
2020 -- (current)BMC MicrobiologyEditorial Board Member
2019 -- (current)Scientific Reports (Nature Publishing Group)Editorial Board Member
2018 -- (current)Frontiers in MicrobiologyReview Editor
2015 -- (current)Society of Genome Microbiolgy, JapanCouncilor
University Management
2022-04 -- (current)入試委員会（学位プログラム）委員
2019-04 -- (current)教務委員会（学位プログラム）委員
2017-04 -- (current)ダイバーシティ・アクセシビリティ（専攻）
2015-04 -- (current)学生支援（専攻）委員

(Last updated: 2022-06-03)