YING BEIWEN

Affiliation
Institute of Life and Environmental Sciences
Official title
Associate Professor
Sex
Female
URL
Email
I0 %|Cwz .z%C|{:IE,C+*,",wvCvxC!'
Phone
029-853-6633
Fax
029-853-6633
Research fields
System genome science
Evolutionary biology
Ecology/Environment
Computational science
Life / Health / Medical informatics
Research keywords
Bacterial growth
Genome reduction
Experimental evolution
Gene expression
Cell culture
Machine learning
Bioinformatics
Research projects
人工知能による細胞増殖の予測2022 -- (current)BEIWEN YING民間企業/寄附金1,000,000Yen
細胞培養のデータ駆動型最適化の基盤技術の開発2021 -- 2023YING BEIWENJapan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)6,370,000Yen
ラクトバチルス菌検査キットの培養速度の向上2021 -- 2022BEIWEN YING民間企業/共同研究5,280,000Yen
細胞培養（培地）の最適化に特化した技術推進と事業化2021 -- 2022BEIWEN YINGJST/社会還元加速プログラム（SCORE）　大学推進型7,500,000Yen
細胞培養（培地）の最適化プラットフォームの開発2020 -- 2021YING BEIWEN文部科学省 (つくばグローバル・イノベーション推進機構)/地域イノベーション・エコシステム形成プログラム3,520,000Yen
ゲノム縮小と増殖速度の相関の機構解明2019 -- 2022YING　BEIWENJapan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research(B)13,650,000Yen
極限貧栄養環境下で増殖する細胞の創出2014 -- 2016YING　BEIWENJapan Society for the Promotion of Science/基盤研究(C)5,070,000Yen
人工的遺伝子回路の発現レベルの予測モデルの構築2014 -- 2015YING　BEIWENJapan Society for the Promotion of Science/新学術領域研究（研究領域提案型）4,420,000Yen
大腸菌の確率的環境適応応答の解析2014-04 -- 2015-03イン　ベイウェン科学技術振興機構(JST)/共同研究
細胞増殖に伴う集団秩序の維持2013-04 -- 2015-03YING BEIWENJapan Society of for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas
more...
Career history
2013 -- (current)University of TsukubaAssociate Professor
2007 -- 2013Osaka UniversityAssistant Professor, Associate Professor
2006 -- 2007Centre national de la recherche scientifique (CNRS)Postdoc
2005 -- 2006The University of TokyoResearch Fellow
Academic background
2000 -- 2005The University of Tokyo Graduate School of Integrative Sciences
Degree
2005-03PhD. (Biosciences)The University of Tokyo
Academic societies
-- (current)Society of Genome Microbiolgy, Japan
-- (current)JAPANESE ASSOCIATION FOR ANIMAL CELL TECHNOLOGY
-- (current)JAPAN SOCIETY FOR BIOSCIENCE, BIOTECHNOLOGY, AND AGROCHEMISTRY
-- (current)THE JAPANESE TISSUE CULTURE ASSOCIATION
-- (current)JAPANESE SOCIETY OF MICROBICAL ECOLOGY
Articles
Books
  • Comparative analyses of bacterial transcriptome reorganisation in response to temperature increase.
    YING BEIWEN; YOMO Tetsuya
    Stress and Environmental Regulation of Gene Expression and Adaptation in Bacteria, 2016-05
  • Built-in synthetic gene circuits in Escherichia coli – methodology and applications.
    YING BEIWEN; YOMO Tetsuya
    Advances in Applied Biotechnology, 2012-01
  • Protein generation using a reconstituted system.
    YING BEIWEN; UEDA Takuya
    Protein Engineering Handbook, 2009-01
  • The PURE system: a minimal cell-free translation system.
    YING BEIWEN; SHIMIZU Yoshihiro; UEDA Takuya
    Cell-Free Expression, 2007-12
Conference, etc.
  • Active learning optimization of culture medium for mammalian cells
    HASHIZUME Takamasa; YING BEIWEN
    Tsukuba Conference 2023/2023-09-26--2023-09-27
  • Machine learning-assisted discovery of the bacterial growth strategy of risk diversification
    AIDA Honoka; YING BEIWEN
    Tsukuba Conference 2023/2023-09-26--2023-09-27
  • Genomic, environmental and evolutionary influences on growth and gene expression in Escherichia coli
    MATSUI Yuichiro; YING BEIWEN
    Tsukuba Conference 2023/2023-09-26--2023-09-27
  • ゲノム進化によるゲノム縮小への補完： すべての道はローマに通ず
    YING BEIWEN
    日本遺伝学会第95回大会/2023-09-06--2023-09-08
  • 機械学習による微生物選択培地の最適化
    張　抒楊; 會田　穂乃香; YING BEIWEN
    日本農芸化学会2023年度広島大会/2023-03-14--2023-03-17
  • 細菌の増殖動態を決定する環境因子の機械学習支援型探索
    會田　穂乃香; YING BEIWEN
    日本農芸化学会2023年度広島大会/2023-03-14--2023-03-17
  • Connecting gene function to bacterial population dynamics
    LAO Zehui; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第17回大会/2023-03-08--2023-03-10
  • ゲノム進化とゲノム縮小の協調的補完
    YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第17回大会/2023-03-08--2023-03-10
  • ゲノム・進化・環境が大腸菌の増殖と遺伝子発現に及ぼす影響
    松井　悠一郎; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第17回大会/2023-03-08--2023-03-10
  • 遺伝情報と化学環境が大腸菌増殖に与える影響の横断的探索
    會田　穂乃香; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第17回大会/2023-03-08--2023-03-10
  • 細胞培養のデータ駆動式培地開発
    橋詰　崇雅; YING BEIWEN
    日本動物細胞工学会　JAACT2022/2022-07-26--2022-07-27
  • 機械学習による微⽣物増殖の予測
    橋詰　崇雅; 會田　穂乃香; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第16回大会/2022-03-02--2022-03-04
  • 大腸菌コロニー形成の空間分布の法則
    人見　健矢; 翁 杰瑞翌; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第16回大会/2022-03-02--2022-03-04
  • 大腸菌増殖を決定する環境因子の網羅的探索
    會田　穂乃香; 橋詰　崇雅; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第16回大会/2022-03-02--2022-03-04
  • 微生物集団増殖に優位的に影響する環境因子の探索
    會田　穂乃香; 橋詰　崇雅; YING BEIWEN
    日本微生物生態学会第34回大会/2021-10-30--2021-11-2
  • 大腸菌コロニー形成の空間分布の解析
    人見　健矢; YING BEIWEN
    日本微生物生態学会第34回大会/2021-10-30--2021-11-2
  • 大腸菌ゲノム縮小に伴う変異率と増殖速度の協調的変化
    黒川　真臣; 西村　一成; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第15回大会/2021-03-04--2021-03-06
  • 大腸菌遺伝子発現のゲノム周期性と増殖速度の相関
    永井　元基; 黒川　真臣; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第15回大会/2021-03-04--2021-03-06
  • 大腸菌コロニー形成パターンの解析
    XUE Heng; YING BEIWEN
    日本微生物生態学会第33回大会/2019-09-10--2019-09-13
  • 遺伝子発現のゲノム周期性に関する検証
    永井　元基; 黒川　真臣; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第14回大会/2020-03-06--2020-03-08
  • 大腸菌ゲノム縮小株ライブラリーの網羅的実験進化
    黒川　真臣; 永井　元基; 瀬尾　茂人; 小椋　義俊; 林　哲也; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第14回大会/2020-03-06--2020-03-08
  • 微生物培養のデータ駆動型最適化
    YING BEIWEN; 會田　穂乃香; 内田　圭祐; 芦野　一葉; 天笠　俊之
    日本ゲノム微生物学会第14回大会/2020-03-06--2020-03-08
  • 機械学習を用いた集団増殖における環境因子の貢献度分析
    YING BEIWEN
    Future Trend in Polymer Science 2018 (FTiPS2018)/2019-03-20--2019-03-20
  • 大腸菌増殖における培地成分の寄与度の学習分析
    YING BEIWEN; 芦野一葉; 菅野健太; 天笠俊之
    日本農芸化学会2019年東京大会/2019-03-24--2019-03-24
  • 微生物の物質生産に適した化学環境条件の網羅的探索
    内田圭裕; 桝尾俊介; 高谷直樹; YING BEIWEN
    超異分野学会2019/2019-03-08--2019-03-08
  • more...
Intellectural property rights
  • 培養環境判定システム、培養装置、要求取得装置及びプログラム
    YING BEIWEN; AIDA Honoka; HASHIZUME Takamasa
  • 微生物培養用合成培地及び微生物の培養方法
    YING BEIWEN; AIDA Honoka
  • 培養環境判定装置、培養システム、培養環境判定方法、培養方法、及びプログラム
    YING BEIWEN; AMAGASA Toshiyuki
  • 培養環境判定装置、培養環境判定方法、及びプログラム
    YING BEIWEN; Amagasa Toshiyuki
  • リボソームディスプレイ
    UEDA Takuya; OHASHI Hiroyuki; SHIMIZU Yoshihiro; YING BEIWEN...
Teaching
2023-07 -- 2023-08Introduction to Environmental Plant and Microbe Molecular BiologyUniversity of Tsukuba.
2023-04 -- 2023-06Lecture on Environmental Molecular MicrobiologyUniversity of Tsukuba.
2023-10 -- 2024-02Methodology on Environmental Molecular MicrobiologyUniversity of Tsukuba.
2023-04 -- 2023-08Methodology on Environmental Molecular MicrobiologyUniversity of Tsukuba.
2023-10 -- 2024-02Science Mediation InternshipUniversity of Tsukuba.
2023-04 -- 2023-08Science Mediation InternshipUniversity of Tsukuba.
2023-10 -- 2024-02Seminar on Integrative Environment and Biomass Sciences BUniversity of Tsukuba.
2023-04 -- 2023-08Seminar on Integrative Environment and Biomass Sciences BUniversity of Tsukuba.
2023-04 -- 2023-08Seminar on Integrative Environment and Biomass Sciences DUniversity of Tsukuba.
2023-10 -- 2024-02Seminar on Integrative Environment and Biomass Sciences DUniversity of Tsukuba.
more...
Other educational activities
2017-04 -- 2017-04キャリアデザインワークショップ東京大学
Talks
  • バイオマス生産最適化に向けたデータ駆動型システム微生物
    YING BEIWEN
    MiCSワークショップ/2022-03-04
  • 機械学習による細胞増殖の予測とその制御
    YING BEIWEN
    技術情報協会　セミナー/2022-07-29
  • Experimental evolution with laboratory E. coli strains
    YING BEIWEN
    華東理工大学　セミナー/2017-03-20
  • Stochastic Adaptation and Thermal Adaptive Evolution
    YING BEIWEN
    中国農業大学　セミナー/2011-11-01
  • 実験室内進化からみた大腸菌の高温適応進化
    YING BEIWEN
    「酵母リソース工学」開設式・記念講演会/2011-11-29
Professional activities
2023 -- (current)BiologyEditorial Board Member
2020 -- (current)BMC MicrobiologyEditorial Board Member
2019 -- (current)Scientific Reports (Nature Publishing Group)Editorial Board Member
2018 -- (current)Frontiers in MicrobiologyAssociate Editor
2015 -- (current)Society of Genome Microbiolgy, JapanCouncilor
University Management
2022-04 -- (current)入試委員会（学位プログラム）委員
2019-04 -- (current)教務委員会（学位プログラム）委員
2017-04 -- (current)ダイバーシティ・アクセシビリティ（専攻）委員
2015-04 -- (current)学生支援（専攻）委員

(Last updated: 2023-09-25)