YING Beiwen

Affiliation
Institute of Life and Environmental Sciences
Official title
Associate Professor
Sex
Female
URL
Email
5D492W-04B09W21N]Y@W?>@6@-,W,.W5;
Phone
029-853-6633
Fax
029-853-6633
Research fields
System genome science
Evolutionary biology
Ecology/Environment
Computational science
Life / Health / Medical informatics
Research keywords
Bacterial growth
Genome reduction
Experimental evolution
Gene expression
Cell culture
Machine learning
Bioinformatics
Research projects
ヒト免疫細胞培養の培地最適化方法論の開発2025-03 -- 2026-03イン　ベイウェン民間企業/共同研究/2,700,000Yen
ヒトに生息するビフィズス菌種の栄養要求性の解明2024-08 -- 2025-07イン　ベイウェン民間企業/共同研究/2,390,000Yen
培養細胞の抗体産生能を向上するための培地組成探索研究2023-12 -- 2026-03イン　ベイウェン民間企業/共同研究/1,500,000Yen
人工知能による細胞増殖の予測2022 -- (current)Beiwen YING民間企業/寄附金1,000,000Yen
細胞培養のデータ駆動型最適化の基盤技術の開発2021 -- 2024YING BeiwenJapan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)6,370,000Yen
ラクトバチルス菌検査キットの培養速度の向上2021 -- 2022BEIWEN YING民間企業/共同研究5,280,000Yen
細胞培養（培地）の最適化に特化した技術推進と事業化2021 -- 2022BEIWEN YINGJST/社会還元加速プログラム（SCORE）　大学推進型7,500,000Yen
細胞培養（培地）の最適化プラットフォームの開発2020 -- 2021YING BEIWEN文部科学省 (つくばグローバル・イノベーション推進機構)/地域イノベーション・エコシステム形成プログラム3,520,000Yen
Mechanisms of the correlation between genome reduction and growth rate2019-04 -- 2023-03YING BeiwenJapan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research(B)13,650,000Yen
E. coli cells growing under starvation2014 -- 2016YING BeiwenJapan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research(B)5,070,000Yen
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Career history
2013 -- (current)University of TsukubaAssociate Professor
2007 -- 2013Osaka UniversityAssistant Professor, Associate Professor
2006 -- 2007Centre national de la recherche scientifique (CNRS)Postdoc
2005 -- 2006The University of TokyoResearch Fellow
Academic background
2000 -- 2005The University of Tokyo Graduate School of Integrative Sciences
Degree
2005-03PhD. (Biosciences)The University of Tokyo
Academic societies
-- (current)Society of Genome Microbiolgy, Japan
-- (current)JAPANESE ASSOCIATION FOR ANIMAL CELL TECHNOLOGY
-- (current)JAPAN SOCIETY FOR BIOSCIENCE, BIOTECHNOLOGY, AND AGROCHEMISTRY
-- (current)THE JAPANESE TISSUE CULTURE ASSOCIATION
-- (current)JAPANESE SOCIETY OF MICROBICAL ECOLOGY
Articles
Books
  • Comparative analyses of bacterial transcriptome reorganisation in response to temperature increase.
    YING BEIWEN; YOMO Tetsuya
    Stress and Environmental Regulation of Gene Expression and Adaptation in Bacteria, 2016-05
  • Built-in synthetic gene circuits in Escherichia coli – methodology and applications.
    YING BEIWEN; YOMO Tetsuya
    Advances in Applied Biotechnology, 2012-01
  • Protein generation using a reconstituted system.
    YING BEIWEN; UEDA Takuya
    Protein Engineering Handbook, 2009-01
  • The PURE system: a minimal cell-free translation system.
    YING BEIWEN; SHIMIZU Yoshihiro; UEDA Takuya
    Cell-Free Expression, 2007-12
Conference, etc.
  • 網羅的な栄養条件下における細菌増殖と系統発生解析の統合的研究
    張　抒楊; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第19回大会/2025-03-17--2025-03-19
  • Using deep learning to understand how media and gene function determine bacterial growth dynamics
    LAO Zehui; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第19回大会/2025-03-17--2025-03-19
  • Exploring the Bacterial Fitness Landscape with Different Machine Learning Strategies
    LU Zipeng; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第19回大会/2025-03-17--2025-03-19
  • Employing Machine Learning for Cell Culture Optimisation.
    YING BEIWEN
    PEGS Europe: Protein and Antibody Engineering Summit/2024-11-05--2024-11-07
  • Evolutionary strategies for the recovery of growth loss due to genome reduction
    YING BEIWEN
    第97回日本細菌学会総会/2024-08-07--2024-08-09
  • 機械学習を活用した哺乳動物細胞用無血清培地の最適化
    橋詰　崇雅; YING BEIWEN
    日本動物細胞工学会2024年度大会/2024-07-23--2024-07-24
  • 細胞培養培地最適化のためのデータ駆動型アプローチ
    小澤　勇希; 橋詰　崇雅; YING BEIWEN
    日本動物細胞工学会2024年度大会/2024-07-23--2024-07-24
  • 機械学習による微生物の選択的増殖の培地開発
    張　抒楊; 會田　穂乃香; YING BEIWEN
    日本農芸化学会2024年度東京大会/2024-03-25--2024-03-27
  • 細菌の多剤耐性に影響を与える化学成分の網羅的探索
    荒木　駿平; 會田　穂乃香; YING BEIWEN
    日本農芸化学会2024年度東京大会/2024-03-25--2024-03-27
  • 細菌の増殖を特徴づける化学成分の機械学習支援型探索
    會田　穂乃香; YING BEIWEN
    日本農芸化学会2024年度東京大会/2024-03-25--2024-03-27
  • A preliminary analysis of the growth curves of bacterial strains knocked out by a single gene
    LAO Zehui; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第18回大会/2024-03-12--2024-03-14
  • Compensation of medium composition to genome reduction
    LU Zipeng; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第18回大会/2024-03-12--2024-03-14
  • 大腸菌増殖を特徴づける遺伝的要件と化学環境の横断的探索
    會田　穂乃香; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第18回大会/2024-03-12--2024-03-14
  • Medium optimization for mammalian cells using machine learning
    HASHIZUME Takamasa; OZAWA Yuki; YING BEIWEN
    JAACT2023/2023-11-19--2023-12-01
  • Time-saving medium development for improved cell culture
    OZAWA Yuki; HASHIZUME Takamasa; YING BEIWEN
    JAACT2023/2023-11-19--2023-12-01
  • トイレ環境微生物の検出と解析
    翁 杰瑞翌; YING BEIWEN
    日本微生物生態学会第36回大会/2023-11-28--2023-11-30
  • Active learning optimization of culture medium for mammalian cells
    HASHIZUME Takamasa; YING BEIWEN
    Tsukuba Conference 2023/2023-09-26--2023-09-27
  • Machine learning-assisted discovery of the bacterial growth strategy of risk diversification
    AIDA Honoka; YING BEIWEN
    Tsukuba Conference 2023/2023-09-26--2023-09-27
  • Genomic, environmental and evolutionary influences on growth and gene expression in Escherichia coli
    MATSUI Yuichiro; YING BEIWEN
    Tsukuba Conference 2023/2023-09-26--2023-09-27
  • ゲノム進化によるゲノム縮小への補完： すべての道はローマに通ず
    YING BEIWEN
    日本遺伝学会第95回大会/2023-09-06--2023-09-08
  • 機械学習による微生物選択培地の最適化
    張　抒楊; 會田　穂乃香; YING BEIWEN
    日本農芸化学会2023年度広島大会/2023-03-14--2023-03-17
  • 細菌の増殖動態を決定する環境因子の機械学習支援型探索
    會田　穂乃香; YING BEIWEN
    日本農芸化学会2023年度広島大会/2023-03-14--2023-03-17
  • Connecting gene function to bacterial population dynamics
    LAO Zehui; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第17回大会/2023-03-08--2023-03-10
  • ゲノム進化とゲノム縮小の協調的補完
    YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第17回大会/2023-03-08--2023-03-10
  • ゲノム・進化・環境が大腸菌の増殖と遺伝子発現に及ぼす影響
    松井　悠一郎; YING BEIWEN
    日本ゲノム微生物学会第17回大会/2023-03-08--2023-03-10
  • more...
Intellectural property rights
  • 培養環境判定システム、培養装置、要求取得装置及びプログラム
    YING BEIWEN; AIDA Honoka; HASHIZUME Takamasa
  • 微生物培養用合成培地及び微生物の培養方法
    YING BEIWEN; AIDA Honoka
  • 培養環境判定装置、培養システム、培養環境判定方法、培養方法、及びプログラム
    YING BEIWEN; AMAGASA Toshiyuki
  • 培養環境判定装置、培養環境判定方法、及びプログラム
    YING BEIWEN; Amagasa Toshiyuki
  • リボソームディスプレイ
    UEDA Takuya; OHASHI Hiroyuki; SHIMIZU Yoshihiro; YING BEIWEN...
Teaching
2024-04 -- 2024-08Seminar in Applied Biochemistry IIF（Spring）University of Tsukuba.
2024-04 -- 2024-08Research in Applied Biochemistry IIF（Spring）University of Tsukuba.
2024-04 -- 2024-08Seminar in Life and Agricultural SciencesUniversity of Tsukuba.
2024-10 -- 2025-02Seminar in Life and Agricultural SciencesUniversity of Tsukuba.
2024-10 -- 2024-11Invitation to Arts and SciencesUniversity of Tsukuba.
2024-10 -- 2025-02Research in Applied Biochemistry IFUniversity of Tsukuba.
2024-04 -- 2024-08Research in Applied Biochemistry IISUniversity of Tsukuba.
2024-04 -- 2024-07English for Specialized Subjects IIUniversity of Tsukuba.
2024-04 -- 2024-08Advanced Ecological Molecular MicrobiologyUniversity of Tsukuba.
2024-10 -- 2025-02Advanced Ecological Molecular MicrobiologyUniversity of Tsukuba.
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Other educational activities
2017-04 -- 2017-04キャリアデザインワークショップ東京大学
Talks
  • バイオマス生産最適化に向けたデータ駆動型システム微生物
    YING BEIWEN
    MiCSワークショップ/2022-03-04
  • 機械学習による細胞増殖の予測とその制御
    YING BEIWEN
    技術情報協会　セミナー/2022-07-29
  • Experimental evolution with laboratory E. coli strains
    YING BEIWEN
    華東理工大学　セミナー/2017-03-20
  • Stochastic Adaptation and Thermal Adaptive Evolution
    YING BEIWEN
    中国農業大学　セミナー/2011-11-01
  • 実験室内進化からみた大腸菌の高温適応進化
    YING BEIWEN
    「酵母リソース工学」開設式・記念講演会/2011-11-29
Professional activities
2023 -- (current)BiologyEditorial Board Member
2020 -- (current)BMC MicrobiologyEditorial Board Member
2019 -- (current)Scientific Reports (Nature Publishing Group)Editorial Board Member
2018 -- (current)Frontiers in MicrobiologyAssociate Editor
2015 -- (current)Society of Genome Microbiolgy, JapanCouncilor
University Management
2022-04 -- (current)入試委員会（学位プログラム）委員
2019-04 -- (current)教務委員会（学位プログラム）委員
2017-04 -- (current)ダイバーシティ・アクセシビリティ（専攻）委員
2015-04 -- (current)学生支援（専攻）委員

(Last updated: 2025-04-16)