HARADA Ryuhei
- Affiliation
- Center for Computational Sciences
- Official title
- Associate Professor
- Research fields
Biological physics/Chemical physics/Soft matter physics Biophysics Basic chemistry - Research keywords
Molecular Dynamics Simulation - Research projects
研究援助金 2024-06 -- 2025-03 HARADA Ryuhei UBE Industries Foundation/ 1,000,000Yen 疾患原因につながる相互作用を特定する異常検知システムの開発 2024-04 -- 2025-03 HARADA Ryuhei G-7 scholarship foundation/令和6年度 研究開発助成事業定期公募(IT) 1,000,000Yen 分子凝集をトリガーとする酵素阻害の現象解明と新規創薬分野への展開 2024-04 -- 2025-03 HARADA Ryuhei Toyota Physical and Chemical Research Institute/豊田理研スカラー(Phase1) 1,000,000Yen タンパク質の複合体と相互作用を高精度に計測する計算技術の開発 2024-04 -- 2025-03 HARADA Ryuhei SHIMADZU science foundation/研究開発助成 1,000,000Yen 病原菌においてヘム濃度を感知・調整するタンパク質ダイナミクスの解明 2024-04 -- 2025-03 HARADA Ryuhei Koyanagi foundation/研究助成金 1,000,000Yen タンパク質と核酸の「揺らぎ」を考慮したフレキシブルドッキングに基づく複合体モデリング技術の開発 2024-01 -- 2024-12 HARADA Ryuhei CASIO Science Promotion Foundation/研究助成 1,000,000Yen タンパク質の基質特異性発現メカニズムを解明する分子シミュレーション手法の開発:新規基質の合理的デザイン実現にむけて 2023-04 -- 2024-03 HARADA Ryuhei Toyota Physical and Chemical Research Institute/豊田理研スカラー 1,000,000Yen 先端インシリコ創薬技術で実現する化合物のフレキシブルドッキングと結合ポケットのテーラーメイドデザイン 2023-03 -- 2024-04 HARADA Ryuhei The Hitachi Global Foundation/倉田奨励金 1,000,000Yen 中分子環状ペプチドの生体膜透過プロセスを抽出・評価する計算技術の開発 2022-11 -- 2023-10 HARADA Ryuhei The Sumitomo Foundation/基礎科学研究助成 1,300,000Yen 感染爆発の原因となる標的分子の阻害剤発見を加速する革新的インシリコ技術の創出 2022-11 -- 2023-03 HARADA Ryuhei University of Tsukuba/令和4年度 幸多き人生100年時代を創る「知」活用プログラム 500,000Yen more... - Career history
2019-02 -- (current) 筑波大学計算科学研究センター准教授 2018-04 -- 2019-01 筑波大学計算科学研究センター助教 2015-04 -- 2018-03 日本学術振興会特別研究員PD 2014-04 -- 2015-03 筑波大学計算科学研究センター研究員 2013-04 -- 2014-03 理化学研究所計算科学研究機構 プログラミング環境研究チーム特別研究員 2011-04 -- 2013-03 理化学研究所計算科学研究機構 粒子系生物物理研究チーム特別研究員 - Degree
2011-3 博士(理学) 東京大学 2008-3 修士(理学) 東京大学 2006-3 学士(理学) 慶應義塾大学 - Academic societies
2015-09 -- (current) Chemical Society of Japan 2011-04 -- (current) THE MOLECULAR SIMULATION SOCIETY OF JAPAN 2009-01 -- (current) THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN 2008-06 -- (current) THE BIOPHYSICAL SOCIETY OF JAPAN 2008-06 -- (current) PROTEIN SCIENCE SOCIETY OF JAPAN - Honors & Awards
2024-04-01 第64回 UBE学術振興財団 学術奨励賞 2023-07 BCSJ Selected Paper (日本化学会・優秀論文) 2022-11 日本薬学会 構造活性相関部会 SAR Presentation Award 2021-06-09 令和三年度 筑波大学 若手研究者特別奨励賞 2021-04-14 令和三年度 科学技術分野の文部科学大臣表彰 若手科学者賞 2020-10-26 令和2年度 筑波大学 若手研究者奨励賞 2019-12-10 2019年度 分子シミュレーション学会 学術賞 2019-03-14 日本物理学会 第13回 若手奨励賞 (領域12) 2019-02-06 Royal Society of Chemistry 2018 PCCP Hot Article Collection 2018-03-21 日本化学会 第67回 進歩賞 2017-09-20 第4回 Biophysics and Physicobiology Editors' Choice Award 2016-11-26 第54回 日本生物物理学会年会 若手招待講演賞 2016-11-01 BCSJ Selected Paper (日本化学会・優秀論文) 2012-09-20 第50回 日本生物物理学会年会 若手招待講演証 2010-11-25 第24回 分子シミュレーション討論会 学生優秀発表賞 - Articles
- 中分子の膜透過性に対する計算手法の検討
高橋 輝行; Kowit Hengphasatporn; 原田隆平; 重田 育照
Journal of Computer Chemistry, Japan/21(4)/pp.118-122, 2023-03 - Structural generation by inverse transformation using principal component analysis enhances conformational sampling of protein
MORITA Rikuri; SHIGETA Yasuteru; HARADA Ryuhei
Bulletein of Chemical Society of Japan/97(8)/p.uoae087, 2024-08-16 - Machine learning-based QSAR and LB-PaCS-MD guided design of SARS-CoV-2 main protease inhibitors
Toopradab Borwornlak; Xie Wanting; Duan Lian; Hengphas...
Bioorganic & medicinal chemistry letters/110, 2024-09-15 - Ribosome Tunnel Environment Drives the Formation of α-Helix during Cotranslational Folding
Yasuda Takunori; Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Hara...
Journal of chemical information and modeling/64(16)/pp.6610-6622, 2024-08-26 - Evaluating solubility, stability, and inclusion complexation of oxyresveratrol with various β-cyclodextrin derivatives using advanced computational techniques and experimental validation
Ali Saba; Aman Aamir; Hengphasatporn Kowit; Oopkaew L...
COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY/112, 2024-10 - Alpha and gamma mangostins inhibit wild-type B SARS-CoV-2 more effectively than the SARS-CoV-2 variants and the major target is unlikely the 3C-like protease
Suroengrit Aphinya; Cao Van; Wilasluck Patcharin; Deet...
HELIYON/10(11), 2024-06-15 - Prediction of the binding mechanism of a selective DNA methyltransferase 3A inhibitor by molecular simulation
Kudo Genki; Hirao Takumi; Harada Ryuhei; Hirokawa Tak...
Scientific reports/14(1), 2024-06-12 - Preferential Door for Ligand Binding and Unbinding Pathways in Inhibited Human Acetylcholinesterase
Kongkaew Nalinee; Hengphasatporn Kowit; Shigeta Yasute...
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY LETTERS/15(21)/pp.5696-5704, 2024-05-20 - Combining AI-based Modeling and Flexible Docking for Efficient Refinement of Protein-RNA Complexes using PaCS-MD
Hengphasatporn Kowit; Nitchakan Darai; Harada Ryuhei; ...
PROTEIN SCIENCE/32(12), 2023-12 - Pathological mutations promote proteolysis of mitochondrial tRNA-specific 2-thiouridylase 1 (MTU1) via mitochondrial caseinolytic peptidase (CLPP)
Ahmad Raja Norazireen Raja; Zhang Long-Teng; Morita Ri...
NUCLEIC ACIDS RESEARCH/52(3)/pp.1341-1358, 2024-02-09 - Design of electron-donating group substituted 2-PAM analogs as antidotes for organophosphate insecticide poisoning
Kongkaew Nalinee; Hengphasatporn Kowit; Injongkol Yuwa...
RSC ADVANCES/13(46)/pp.32266-32275, 2023-10-31 - Latrunculin resistance mechanism of non-conventional actin NAP1 uncovered by molecular dynamics simulations
Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
CYTOSKELETON/Epub, 2023-10-10 - A Variety of Initial Velocities in Restarting Molecular Dynamics Simulations Promotes Protein Transitions
Mune Yohei; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhe
CHEMISTRY LETTERS/52(5)/pp.385-388, 2023-05 - A Structural Refinement Technique for Protein-RNA Complexes Based on a Combination of AI-based Modeling and Flexible Docking: A Study of Musashi-1 Protein
Hengphasatporn Kowit; Darai Nitchakan; Wolschann Peter...
BULLETIN OF THE CHEMICAL SOCIETY OF JAPAN/96(7)/pp.677-685, 2023-6-23 - Investigation of Computational Methods for Membrane Permeability of Middle-Sized Molecules
高橋 輝行; Hengphasatporn Kowit; 原田 隆平; 重田 育照
Journal of Computer Chemistry, Japan/21(4)/pp.118-122, 2022 - Determination of the Association between Mesotrione Sensitivity and Conformational Change of 4-Hydroxyphenylpyruvate Dioxygenase via Free-Energy Analyses
Munei Yohei; Hengphasatporn Kowit; Hori Yuta; Harada ...
JOURNAL OF AGRICULTURAL AND FOOD CHEMISTRY/71(24)/pp.9528-9537, 2023-06-21 - Protein Structure Validation Derives a Smart Conformational Search in a Physically Relevant Configurational Subspace
Yasuda Takunori; Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada ...
Journal of chemical information and modeling/62(23)/pp.6217-6227, 2022-12-12 - Promising SARS-CoV-2 main protease inhibitor ligand-binding modes evaluated using LB-PaCS-MD/FMO
Hengphasatporn Kowit; Harada Ryuhei; Wilasluck Patcharin...
SCIENTIFIC REPORTS/12(1), 2022-10-26 - Identifying antibiotics based on structural differences in the conserved allostery from mitochondrial heme-copper oxidases
Nishida Yuya; Yanagisawa Sachiko; Morita Rikuri; Shige...
NATURE COMMUNICATIONS/13(1)/p.7591, 2022-12-08 - Free-energy Profiles for Membrane Permeation of Compounds Calculated Using Rare-Event Sampling Methods
Harada Ryuhei; Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING/63(1)/pp.259-269, 2023-01 - Efficient Screening of Protein-Ligand Complexes in Lipid Bilayers Using LoCoMock Score
Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
JOURNAL OF COMPUTER-AIDED MOLECULAR DESIGN/37(4)/pp.217-225, 2023-03 - 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase (HPPD)における金属活性中心の力場パラメータの構築とその評価
宗井 陽平; 堀 優太; Kowit Hengphasatporn; 原田 隆平; 重田 育照
Journal of Computer Chemistry, Japan/21(4)/pp.82-84, 2023-03 - Autism-associated mutation in Hevin/Sparcl1 induces endoplasmic reticulum stress through structural instability
Takumi Taketomi; Yasuda Takunori; Morita Rikuri; Kim ...
bioRxiv/12(1), 2022-04-13 - Structural Validation by the G-Factor Properly Regulates Boost Potentials Imposed in Conformational Sampling of Proteins
Yasuda Takunori; Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada ...
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING/62(14)/pp.3442-3452, 2022-07 - The role of ATP in solubilizing RNA-binding protein fused in sarcoma
Aida Hayato; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS/90(8)/pp.1606-1612, 2022-08 - more...
- 中分子の膜透過性に対する計算手法の検討
- Books
- Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Simulations for Transition Pathway Sampling of Biomolecules
Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
Advances in Quantum Chemistry/pp.129-147, 2019-01 - Protein Folding and Evolution
Harada Ryuhei; Inagaki Yuji; Shigeta Yasuteru
Reference modules in Materials Science and Engineering 2016, 2016-06
- Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Simulations for Transition Pathway Sampling of Biomolecules
- Conference, etc.
- A novel mechanism for altering microglial properties mediated by purine metabolisms
照屋林一郎; 上田健太郎; 森田陸離; 保田拓範; 原田隆平; 鶴田 文憲
TARAセミナー・生理研研究会/2024-10-29--2024-10-30 - Autism-associated Sparcl1/Hevin mutant has impacts on persistent angiogenesis
TAKETOMI Takumi; YASUDA Takunori; UEDA Kentaro; MORITA...
Society for Neuroscience 2024/2024-10-5--2024-10-9 - Combining AI-based Modeling and Flexible Docking for Efficient Refinement of Protein-RNA Complexes using PaCS-MD
Hengphasatporn Kowit; Nitchakan Darai; Harada Ryuhei; ...
The Protein Society - 37th Annual Symposium/2023-07-13--2023-07-16 - Hevin/Sparcl1の変異によるASD病態形成への新たな洞察
武富巧; 保田拓範; 森田陸離; 原田隆平; 重田育照; 水野聖哉; 高橋智; 鶴田文憲
第46回日本神経科学大会/2023-08-01--2023-08-04 - Structural Validation by the G-factor Properly Regulates Boost Potentials Imposed in Conformational Sampling of Proteins
Yasuda Takunori; Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada ...
The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan/2022-09-30 - LogP-corrected Membrane Docking Score Screens Protein-Ligand-Membrane Complexes
Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan/2022-09-28 - A Computational Study on the Half-Site Activity Mechanism of Homodimeric Tyrosyl tRNA Synthetase
Okamoto Yoshino; Yasuda Takunori; Morita Rikuri; Shigeta ...
The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan/2022-09-28 - Enhanced Samplingにおける構造妥当性の評価は外部バイアスを適切に制御する
保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
第36回 分子シミュレーション討論会/2022-12-05 - 中分子の膜透過性に対する計算手法の検討
高橋 輝行; HENGPHASATPORN KOWIT; 原田 隆平; 重田 育照
日本コンピューター化学会 2022年 秋季年会/2022-11-27 - 分子動力学計算に基づくシロイヌナズナおよび エンバクHPPD-メソトリオン複合体の結合挙動解析
宗井 陽平; 堀 優太; HENGPHASATPORN KOWIT; 原田 隆平; 重田 育照
日本コンピューター化学会 2022年 秋季年会/2022-11-26 - 化合物の膜透過プロセスを紐解く自由エネルギー計算手法の開発
森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
第50回 構造活性相関シンポジウム/2022-11-11 - Molecular Dynamics Simulation Reveals Structural Variations of Metallothionein with or without Zinc Ions
Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
The 8th International Symposium on Metallomics/2022-07-12 - 計算科学で紐解く相分離生物学
原田 隆平
公益社団法人高分子学会関東支部 主催 「相分離生物学と高分子科学の接点」/2023-02-21 - 生体機能を紐解く分子シミュレーション手法開発と応用
原田 隆平
第27回 新学術「高速分子動画」オンラインセミナー/2023-01-31 - 生体機能を解明する分子シミュレーション手法の開発と応用
原田 隆平
物性研短期研究会 「理論タンパク質物性科学の最前線:理論と実験との密な協働」/2022-07-27 - タンパク質の機能を解明する分子シミュレーション手法の開発
原田 隆平
第22回 日本蛋白質科学会年会/2022-06-08 - 化合物の膜透過プロセスを紐解く自由エネルギー計算手法の開発
原田 隆平; 森田 陸離; 重田 育照
第50回 構造活性相関シンポジウム/2022-11-11 - ASD-associated SPARCL1 mutant accumulates in the endoplasmic reticulum: implication for a novel mechanism underlying ASD pathogenesis
Taketomi Takumi; Yasuda Takunori; Morita Rikuri; Shigeta ...
36th International mammalian Genome society/2023-03-28--2023-03-31 - The mechanism of ASD-associated Sparcl1/Hevin mutant underlying pathogenesis
武富 巧; 保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平; 鶴田 文憲
第16回神経発生討論会/2023-03-10--2023-03-11 - 分子動力学計算に基づくシロイヌナズナおよびエンバクHPPD-メソトリオン複合体の結合挙動解析
宗井 陽平; 堀 優太; Hengphasatporn Kowit; 原田 隆平; 重田 育照
日本コンピュータ化学会2022年秋季年会/2022-11-25--2022-11-27 - 自閉症関連Hevin/Sparcl1変異体は構造不安定性を介して小胞体ストレスを誘導する
武富 巧; 保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平; 鶴田 文憲
第45回日本分子生物学会/2022-11-30--2022-12-02 - DNAメチル基転移酵素阻害剤のアイソフォーム選択性の解明
工藤 玄己; 重田 育照; 原田 隆平; 広川 貴次; 吉野 龍ノ介
日本コンピュータ化学会2021年 秋季年会/2021/11/02--2021/11/03 - Structural Diversity of Metallothionein Revealed by Using Molecular Dynamics Simulations
Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
第44回 日本分子生物学会 年会/2021-12 - Elucidation of Dnmt1 Activation Mechanism by Ubiquitinated Histones Using Molecular Dynamics Simulations
Yasuda Takunori; Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada ...
第44回 日本分子生物学会 年会/2021-12 - Classification of Intrinsically Disordered Regions involved in Liquid-Liquid Phase Separation Using the Novel Score
Aida Hayato; Harada Ryuhei; Shigeta Yasuteru; Tomii Kentaro
第59回 日本生物物理学会 年会/2021-11 - more...
- A novel mechanism for altering microglial properties mediated by purine metabolisms
- Intellectural property rights
- Information Processing Apparatus and Index Dimension Extracting Method
Harada Ryuhei - 情報処理装置, 指標次元抽出方法, および指標次元抽出プログラム
原田 隆平
- Information Processing Apparatus and Index Dimension Extracting Method
- Teaching
2024-04 -- 2024-08 Special Research in Humanics IIIa University of Tsukuba. 2024-10 -- 2025-02 Special Seminars in Humanics IIIb University of Tsukuba. 2024-10 -- 2025-02 Special Lectures in Humanics IIIb University of Tsukuba. 2024-04 -- 2024-08 Special Lectures in Humanics IIIa University of Tsukuba. 2024-04 -- 2024-08 Special Seminars in Humanics IIIa University of Tsukuba. 2024-10 -- 2025-02 Special Research in Humanics IIIb University of Tsukuba. 2024-10 -- 2025-02 Seminar on Genomics and Bioinformatics VF University of Tsukuba. 2024-04 -- 2024-08 Special Seminars in Humanics IIa University of Tsukuba. 2024-10 -- 2025-02 Methodology on Genomics and Bioinformatics IIF University of Tsukuba. 2024-04 -- 2024-08 Paper Preparation and Presentation University of Tsukuba. more... - University Management
2019-04 -- (current) 筑波大学 生物学学位プログラム 早期修了委員 2020-04 -- (current) 筑波大学先導的研究者体験プログラム(ARE)令和3年度 実施委員会 2020-04 -- (current) 筑波大学計算科学研究センター 一般利用委員会
(Last updated: 2024-10-23)