原田 隆平(ハラダ リュウヘイ)
- 所属
- 計算科学研究センター
- 職名
- 准教授
- 研究分野
生物物理・化学物理・ソフトマターの物理 生物物理学 物理化学 - 研究キーワード
分子動力学シミュレーション - 研究課題
タンパク質の基質特異性発現メカニズムを解明する分子シミュレーション手法の開発:新規基質の合理的デザイン実現にむけて 2023-04 -- 2024-03 原田隆平 公益財団法人 豊田理化学研究所/豊田理研スカラー 1,000,000円 先端インシリコ創薬技術で実現する化合物のフレキシブルドッキングと結合ポケットのテーラーメイドデザイン 2023-03 -- 2024-04 原田隆平 公益財団法人 日立財団/倉田奨励金 1,000,000円 中分子環状ペプチドの生体膜透過プロセスを抽出・評価する計算技術の開発 2022-11 -- 2023-10 原田隆平 公益財団法人 住友財団/基礎科学研究助成 1,300,000円 感染爆発の原因となる標的分子の阻害剤発見を加速する革新的インシリコ技術の創出 2022-11 -- 2023-03 原田隆平 筑波大学/令和4年度 幸多き人生100年時代を創る「知」活用プログラム 500,000円 生物学的相分離を予測・体系化する分子シミュレーション技術の開発と応用 2022-09 -- 2024-08 原田隆平 公益財団法人 日揮・実吉奨学会/研究助成制度 2,000,000円 分子シミュレーションに基づくヒト由来味覚受容体の味物質認識メカニズムの解明 2022-07 -- 2023-06 原田隆平 公益財団法人 三島海雲記念財団/学術研究奨励金(自然科学部門/個人研究奨励金) 1,000,000円 分子動力学計算と機械学習を援用してタンパク質の構造変化を予測する 2021-04 -- 2024-03 原田隆平 日本学術振興会/日本学術振興会/科学研究費補助金 基盤研究(C) 4,160,000円 中分子環状ペプチドの膜透過性を評価する分子シミュレーション技術の創出 2019-08 -- 2020-03 原田隆平 筑波大学/平成30年度筑波大学研究基盤支援プログラム(Aタイプ) 1,000,000円 Gタンパク質共役受容体におけるシグナル伝達機構の解明 2016-04 -- 2019-03 原田隆平 日本学術振興会/科学研究費補助金 若手研究(A) 20,540,000円 分子動力学シミュレーションで探る細胞環境におけるタンパク質フォールディング機構 2015-04 -- 2018-03 原田隆平 /日本学術振興会/科学研究費補助金 特別研究員奨励費 4,420,000円 さらに表示... - 職歴
2019-02 -- (現在) 筑波大学計算科学研究センター准教授 2018-04 -- 2019-01 筑波大学計算科学研究センター助教 2015-04 -- 2018-03 日本学術振興会特別研究員PD 2014-04 -- 2015-03 筑波大学計算科学研究センター研究員 2013-04 -- 2014-03 理化学研究所計算科学研究機構 プログラミング環境研究チーム特別研究員 2011-04 -- 2013-03 理化学研究所計算科学研究機構 粒子系生物物理研究チーム特別研究員 - 取得学位
2011-3 博士(理学) 東京大学 2008-3 修士(理学) 東京大学 2006-3 学士(理学) 慶應義塾大学 - 所属学協会
2015-09 -- (現在) 日本化学会 2011-04 -- (現在) 分子シミュレーション学会 2009-01 -- (現在) 日本物理学会 2008-06 -- (現在) 日本生物物理学会 2008-06 -- (現在) 日本蛋白質科学会 - 受賞
2022-11 日本薬学会 構造活性相関部会 SAR Presentation Award 2021-06-09 令和三年度 筑波大学 若手研究者特別奨励賞 2021-04-14 令和三年度 科学技術分野の文部科学大臣表彰 若手科学者賞 2021-03 令和二年度 筑波大学 学長表彰 (指導学生) 2021-03 令和二年度 筑波大学 茗渓会賞 (指導学生) 2020-10-26 令和2年度 筑波大学 若手研究者奨励賞 2020-03 令和元年度 筑波大学 学長表彰 (指導学生) 2020-01 筑波大学 先導的研究体験プログラム 研究発表会 優秀賞 (指導学生) 2019-12-10 2019年度 分子シミュレーション学会 学術賞 2019-09 第57回日本生物物理学会年会・学生発表賞 (指導学生) 2019-06 第46回生体分子科学討論会・優秀ポスター賞 (指導学生) 2019-03-14 日本物理学会 第13回 若手奨励賞 (領域12) 2019-02-06 Royal Society of Chemistry 2018 PCCP Hot Article Collection 2018-03-21 日本化学会 第67回 進歩賞 2017-09-20 第4回 Biophysics and Physicobiology Editors' Choice Award 2016-11-26 第54回 日本生物物理学会年会 若手招待講演賞 2016-11-01 BCSJ Selected Paper (日本化学会・優秀論文) 2012-09-20 第50回 日本生物物理学会年会 若手招待講演証 2010-11-25 第24回 分子シミュレーション討論会 学生優秀発表賞 - 論文
- A Structural Refinement Technique for Protein-RNA Complexes Based on a Combination of AI-based Modeling and Flexible Docking: A Study of Musashi-1 Protein
Hengphasatporn Kowit; Darai Nitchakan; Wolschann Peter...
Bulletin of The Chemical Society of Japan, 2023-6-23 - 中分子の膜透過性に対する計算手法の検討
高橋 輝行; Hengphasatporn Kowit; 原田 隆平; 重田 育照
JCPE Journal/21(4)/pp.118-122, 2022 - Determination of the Association between Mesotrione Sensitivity and Conformational Change of 4-Hydroxyphenylpyruvate Dioxygenase via Free-Energy Analyses
Munei Yohei; Hengphasatporn Kowit; Hori Yuta; Harada ...
JOURNAL OF AGRICULTURAL AND FOOD CHEMISTRY/71(24)/pp.9528-9537, 2023-06-21 - Protein Structure Validation Derives a Smart Conformational Search in a Physically Relevant Configurational Subspace
Yasuda Takunori; Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada ...
Journal of chemical information and modeling/62(23)/pp.6217-6227, 2022-12-12 - Promising SARS-CoV-2 main protease inhibitor ligand-binding modes evaluated using LB-PaCS-MD/FMO
Hengphasatporn Kowit; Harada Ryuhei; Wilasluck Patcharin...
SCIENTIFIC REPORTS/12(1), 2022-10-26 - Identifying antibiotics based on structural differences in the conserved allostery from mitochondrial heme-copper oxidases
Nishida Yuya; Yanagisawa Sachiko; Morita Rikuri; Shige...
NATURE COMMUNICATIONS/13(1)/p.7591, 2022-12-08 - Free-energy Profiles for Membrane Permeation of Compounds Calculated Using Rare-Event Sampling Methods
Harada Ryuhei; Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING/63(1)/pp.259-269, 2023-01 - Efficient Screening of Protein-Ligand Complexes in Lipid Bilayers Using LoCoMock Score
Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
JOURNAL OF COMPUTER-AIDED MOLECULAR DESIGN/37(4)/pp.217-225, 2023-03 - 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase (HPPD)における金属活性中心の力場パラメータの構築とその評価
宗井 陽平; 堀 優太; Kowit Hengphasatporn; 原田 隆平; 重田 育照
The Journal of Computer Chemistry, Japan/21(4)/pp.82-84, 2023-03 - Autism-associated mutation in Hevin/Sparcl1 induces endoplasmic reticulum stress through structural instability
Takumi Taketomi; Yasuda Takunori; Morita Rikuri; Kim ...
bioRxiv/12(1), 2022-04-13 - Structural Validation by the G-Factor Properly Regulates Boost Potentials Imposed in Conformational Sampling of Proteins
Yasuda Takunori; Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada ...
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING/62(14)/pp.3442-3452, 2022-07 - The role of ATP in solubilizing RNA-binding protein fused in sarcoma
Aida Hayato; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS/90(8)/pp.1606-1612, 2022-08 - Ligand Binding Path Sampling Based on Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics: LB-PaCS-MD
Aida Hayato; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
Materials/15(4), 2022-02 - Histone H3 Inhibits Ubiquitin-Ubiquitin Intermolecular Interactions to Enhance Binding to DNA Methyl Transferase 1
Yasuda Takunori; Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada ...
JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY/434(2), 2022-01-30 - Residue Folding Degree-Relationship to Secondary Structure Categories and Use as Collective Variable
Sladek Vladimir; Harada Ryuhei; Shigeta Yasuteru
International Journal of Molecular Sciences/22(23)/p.13042, 2021-12 - Structural Variations of Metallothionein with or without Zinc Ions Elucidated by All-Atom Molecular Dynamics Simulations
Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
The journal of physical chemistry. B/125(46)/pp.12712-12717, 2021-11-25 - A post-process to estimate an approximated minimal free energy path based on local centroids
Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
CHEMICAL PHYSICS LETTERS/782, 2021-11 - Integrate in silico studies on the role of nicotinamide adenine dinucleotide (NADH) binding in activating C-terminal binding protein 2 (CtBP2)
Tsukasa Aoyagi; Yoshino Ryunosuke; Yuki Mitsuta; Rikuri ...
Chemistry Letters/51(1)/pp.1-4, 2021-10 - Solubility and Membrane Permeability of Cyclic Dipeptides Approximately Estimated by Quantum Chemistry and Molecular Dynamics Calculations
Yanagi Koki; Mitsuta Yuki; Takaoka Kenta; Takahashi Teru...
Chemistry Letters/50(12)/pp.1964-1967, 2021-09 - Independent Nontargeted Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (Ino-PaCS-MD) to Enhance the Conformational Sampling of Proteins
Yasuda Takunori; Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada ...
JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION/17(9)/pp.5933-5943, 2021-09 - In silico mutational analyses reveal different ligand-binding abilities of double pockets of medaka fish taste receptor type 1 essential for efficient taste recognition
Aida Hayato; Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS/23(36)/pp.20398-20405, 2021-09 - Phosphorylation in the accessory domain of yeast histone chaperone protein 1 exposes the nuclear export signal sequence
Ashida Sho; Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS/Epub, 2021-09 - pyProGA-A PyMOL plugin for protein residue network analysis
Sladek Vladimir; Yamamoto Yuta; Harada Ryuhei; Shoji ...
PLOS ONE/16(7), 2021-07 - Split conformation of Chaetomium thermophilum Hsp104 disaggregase
Inoue Yosuke; Hanazono Yuya; Noi Kentaro; Kawamoto Ak...
Structure (London, England : 1993)/29(7)/pp.1-10, 2021-07 - Comprehensive predictions of secondary structures for comparative analysis in different species
Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
Journal of structural biology/213(2), 2021-06-01 - さらに表示...
- A Structural Refinement Technique for Protein-RNA Complexes Based on a Combination of AI-based Modeling and Flexible Docking: A Study of Musashi-1 Protein
- 著書
- Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Simulations for Transition Pathway Sampling of Biomolecules
Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
Advances in Quantum Chemistry/pp.129-147, 2019-01 - Protein Folding and Evolution
Harada Ryuhei; Inagaki Yuji; Shigeta Yasuteru
Reference modules in Materials Science and Engineering 2016, 2016-06
- Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Simulations for Transition Pathway Sampling of Biomolecules
- 会議発表等
- Hevin/Sparcl1の変異によるASD病態形成への新たな洞察
武富巧; 保田拓範; 森田陸離; 原田隆平; 重田育照; 水野聖哉; 高橋智; 鶴田文憲
第46回日本神経科学大会/2023-08-01--2023-08-04 - Structural Validation by the G-factor Properly Regulates Boost Potentials Imposed in Conformational Sampling of Proteins
Yasuda Takunori; Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada ...
The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan/2022-09-30 - LogP-corrected Membrane Docking Score Screens Protein-Ligand-Membrane Complexes
Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan/2022-09-28 - A Computational Study on the Half-Site Activity Mechanism of Homodimeric Tyrosyl tRNA Synthetase
Okamoto Yoshino; Yasuda Takunori; Morita Rikuri; Shigeta ...
The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan/2022-09-28 - Enhanced Samplingにおける構造妥当性の評価は外部バイアスを適切に制御する
保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
第36回 分子シミュレーション討論会/2022-12-05 - 中分子の膜透過性に対する計算手法の検討
高橋 輝行; HENGPHASATPORN KOWIT; 原田 隆平; 重田 育照
日本コンピューター化学会 2022年 秋季年会/2022-11-27 - 分子動力学計算に基づくシロイヌナズナおよび エンバクHPPD-メソトリオン複合体の結合挙動解析
宗井 陽平; 堀 優太; HENGPHASATPORN KOWIT; 原田 隆平; 重田 育照
日本コンピューター化学会 2022年 秋季年会/2022-11-26 - 化合物の膜透過プロセスを紐解く自由エネルギー計算手法の開発
森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
第50回 構造活性相関シンポジウム/2022-11-11 - Molecular Dynamics Simulation Reveals Structural Variations of Metallothionein with or without Zinc Ions
Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
The 8th International Symposium on Metallomics/2022-07-12 - 計算科学で紐解く相分離生物学
原田 隆平
公益社団法人高分子学会関東支部 主催 「相分離生物学と高分子科学の接点」/2023-02-21 - 生体機能を紐解く分子シミュレーション手法開発と応用
原田 隆平
第27回 新学術「高速分子動画」オンラインセミナー/2023-01-31 - 生体機能を解明する分子シミュレーション手法の開発と応用
原田 隆平
物性研短期研究会 「理論タンパク質物性科学の最前線:理論と実験との密な協働」/2022-07-27 - タンパク質の機能を解明する分子シミュレーション手法の開発
原田 隆平
第22回 日本蛋白質科学会年会/2022-06-08 - 化合物の膜透過プロセスを紐解く自由エネルギー計算手法の開発
原田 隆平; 森田 陸離; 重田 育照
第50回 構造活性相関シンポジウム/2022-11-11 - ASD-associated SPARCL1 mutant accumulates in the endoplasmic reticulum: implication for a novel mechanism underlying ASD pathogenesis
Taketomi Takumi; Yasuda Takunori; Morita Rikuri; Shigeta ...
36th International mammalian Genome society/2023-03-28--2023-03-31 - The mechanism of ASD-associated Sparcl1/Hevin mutant underlying pathogenesis
武富 巧; 保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平; 鶴田 文憲
第16回神経発生討論会/2023-03-10--2023-03-11 - 分子動力学計算に基づくシロイヌナズナおよびエンバクHPPD-メソトリオン複合体の結合挙動解析
宗井 陽平; 堀 優太; Hengphasatporn Kowit; 原田 隆平; 重田 育照
日本コンピュータ化学会2022年秋季年会/2022-11-25--2022-11-27 - 自閉症関連Hevin/Sparcl1変異体は構造不安定性を介して小胞体ストレスを誘導する
武富 巧; 保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平; 鶴田 文憲
第45回日本分子生物学会/2022-11-30--2022-12-02 - DNAメチル基転移酵素阻害剤のアイソフォーム選択性の解明
工藤 玄己; 重田 育照; 原田 隆平; 広川 貴次; 吉野 龍ノ介
日本コンピュータ化学会2021年 秋季年会/2021/11/02--2021/11/03 - Structural Diversity of Metallothionein Revealed by Using Molecular Dynamics Simulations
Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
第44回 日本分子生物学会 年会/2021-12 - Elucidation of Dnmt1 Activation Mechanism by Ubiquitinated Histones Using Molecular Dynamics Simulations
Yasuda Takunori; Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada ...
第44回 日本分子生物学会 年会/2021-12 - Classification of Intrinsically Disordered Regions involved in Liquid-Liquid Phase Separation Using the Novel Score
Aida Hayato; Harada Ryuhei; Shigeta Yasuteru; Tomii Kentaro
第59回 日本生物物理学会 年会/2021-11 - ペプチドの膜透過性を評価する分子シミュレーション技術の創出
原田 隆平
CBI学会(情報計算化学生物学会)2021年度大会 フォーカストセッション「ペプチド創薬を指向した計算科学の最前線」/2021-10 - タンパク質二次構造の網羅的予測
森田 陸離; 原田 隆平; 重田 育照
第21回日本蛋白質科学会年会/2021-06 - 統計モデルを用いた天然変性領域の特徴抽出のための新たなスコア
會田 勇斗; 原田 隆平; 重田 育照; 富井 健太郎
第21回日本蛋白質科学会年会/2021-06 - さらに表示...
- Hevin/Sparcl1の変異によるASD病態形成への新たな洞察
- 知的財産権
- Information Processing Apparatus and Index Dimension Extracting Method
Harada Ryuhei - 情報処理装置, 指標次元抽出方法, および指標次元抽出プログラム
原田 隆平
- Information Processing Apparatus and Index Dimension Extracting Method
- 担当授業科目
2023-10 -- 2024-02 ゲノム情報学セミナーEII 筑波大学 2023-04 -- 2023-08 ゲノム情報学セミナーEI 筑波大学 2023-10 -- 2023-11 Invitation to Arts and Sciences 筑波大学 2023-04 -- 2023-06 理論生物学の基礎I 筑波大学 2023-10 -- 2023-12 理論生物学の基礎I 筑波大学 2023-04 -- 2023-08 ゲノム情報学研究法IS 筑波大学 2023-04 -- 2023-08 ゲノム情報学セミナーIIIS 筑波大学 2023-04 -- 2023-08 ゲノム情報学セミナーVS 筑波大学 2023-04 -- 2023-05 学問への誘い 筑波大学 2023-04 -- 2023-08 ゲノム情報学セミナーIS 筑波大学 さらに表示... - 学内管理運営業績
2019-04 -- (現在) 筑波大学 生物学学位プログラム 早期修了委員 2020-04 -- (現在) 筑波大学先導的研究者体験プログラム(ARE)令和3年度 実施委員会 2020-04 -- (現在) 筑波大学計算科学研究センター 一般利用委員会
(最終更新日: 2023-07-29)