Harada Ryuhei

Affiliation
Center for Computational Sciences
Official title
Associate Professor
Research fields
Biological physics/Chemical physics/Soft matter physics
Biophysics
Basic chemistry
Research keywords
Molecular Dynamics Simulation
Research projects
中分子環状ペプチドの生体膜透過プロセスを抽出・評価する計算技術の開発2022-11 -- 2023-10原田隆平公益財団法人 住友財団/基礎科学研究助成1,300,000Yen
感染爆発の原因となる標的分子の阻害剤発見を加速する革新的インシリコ技術の創出2022-11 -- 2023-03原田隆平筑波大学/令和4年度 幸多き人生100年時代を創る「知」活用プログラム500,000Yen
生物学的相分離を予測・体系化する分子シミュレーション技術の開発と応用2022-09 -- 2024-08原田隆平公益財団法人 日揮・実吉奨学会/研究助成制度2,000,000Yen
分子シミュレーションに基づくヒト由来味覚受容体の味物質認識メカニズムの解明2022-07 -- 2023-06原田隆平公益財団法人 三島海雲記念財団/学術研究奨励金（自然科学部門/個人研究奨励金）1,000,000Yen
分子動力学計算と機械学習を援用してタンパク質の構造変化を予測する2021-04 -- 2024-03原田隆平日本学術振興会/日本学術振興会/科学研究費補助金 基盤研究(C)4,160,000Yen
中分子環状ペプチドの膜透過性を評価する分子シミュレーション技術の創出2019-08 -- 2020-03原田隆平筑波大学/平成30年度筑波大学研究基盤支援プログラム（Aタイプ）1,000,000Yen
Gタンパク質共役受容体におけるシグナル伝達機構の解明2016-04 -- 2019-03原田隆平日本学術振興会/科学研究費補助金　若手研究(A)20,540,000Yen
分子動力学シミュレーションで探る細胞環境におけるタンパク質フォールディング機構2015-04 -- 2018-03原田隆平/日本学術振興会/科学研究費補助金　特別研究員奨励費4,420,000Yen
タンパク質構造揺らぎに基づく構造変化予測法の構築2014-04 -- 2016-03原田隆平Japan Society of for the Promotion of Science/科学研究費補助金　若手研究(B)4,160,000Yen
Career history
2019-02 -- (current)筑波大学計算科学研究センター准教授
2018-04 -- 2019-01筑波大学計算科学研究センター助教
2015-04 -- 2018-03日本学術振興会特別研究員PD
2014-04 -- 2015-03筑波大学計算科学研究センター研究員
2013-04 -- 2014-03理化学研究所計算科学研究機構 プログラミング環境研究チーム特別研究員
2011-04 -- 2013-03理化学研究所計算科学研究機構 粒子系生物物理研究チーム特別研究員
Degree
2011-3博士(理学)東京大学
2008-3修士(理学)東京大学
2006-3学士(理学)慶應義塾大学
Academic societies
2015-09 -- (current)Chemical Society of Japan
2011-04 -- (current)THE MOLECULAR SIMULATION SOCIETY OF JAPAN
2009-01 -- (current)THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN
2008-06 -- (current)THE BIOPHYSICAL SOCIETY OF JAPAN
2008-06 -- (current)PROTEIN SCIENCE SOCIETY OF JAPAN
Honors & Awards
2021-06-09令和三年度 筑波大学 若手研究者特別奨励賞
2021-04-14令和三年度 科学技術分野の文部科学大臣表彰 若手科学者賞
2021-03令和二年度 筑波大学 学長表彰 (指導学生)
2021-03令和二年度 筑波大学 茗渓会賞 (指導学生)
2020-10-26令和２年度 筑波大学 若手研究者奨励賞
2020-03令和元年度 筑波大学 学長表彰 (指導学生)
2020-01筑波大学 先導的研究体験プログラム 研究発表会 優秀賞 (指導学生)
2019-12-102019年度 分子シミュレーション学会 学術賞
2019-09第57回日本生物物理学会年会・学生発表賞 (指導学生)
2019-06第46回生体分子科学討論会・優秀ポスター賞 (指導学生)
2019-03-14日本物理学会 第13回 若手奨励賞 (領域12)
2019-02-06Royal Society of Chemistry 2018 PCCP Hot Article Collection
2018-03-21日本化学会 第67回 進歩賞
2017-09-20第4回 Biophysics and Physicobiology Editors' Choice Award
2016-11-26第54回 日本生物物理学会年会 若手招待講演賞
2016-11-01BCSJ Selected Paper (日本化学会・優秀論文)
2012-09-20第50回 日本生物物理学会年会 若手招待講演証
2010-11-25第24回 分子シミュレーション討論会 学生優秀発表賞
Articles
Books
Conference, etc.
  • 分子動力学計算に基づくシロイヌナズナおよびエンバクHPPD-メソトリオン複合体の結合挙動解析
    宗井 陽平; 堀 優太; Hengphasatporn Kowit; 原田 隆平; 重田 育照
    日本コンピュータ化学会2022年秋季年会/2022-11-25--2022-11-27
  • 自閉症関連Hevin/Sparcl1変異体は構造不安定性を介して小胞体ストレスを誘導する
    武富 巧; 保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平; 鶴田 文憲
    第45回日本分子生物学会/2022-11-30--2022-12-02
  • DNAメチル基転移酵素阻害剤のアイソフォーム選択性の解明
    工藤 玄己; 重田 育照; 原田 隆平; 広川 貴次; 吉野 龍ノ介
    日本コンピュータ化学会2021年　秋季年会/2021/11/02--2021/11/03
  • Structural Diversity of Metallothionein Revealed by Using Molecular Dynamics Simulations
    Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
    第44回 日本分子生物学会 年会/2021-12
  • Elucidation of Dnmt1 Activation Mechanism by Ubiquitinated Histones Using Molecular Dynamics Simulations
    Yasuda Takunori; Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada ...
    第44回 日本分子生物学会 年会/2021-12
  • Classification of Intrinsically Disordered Regions involved in Liquid-Liquid Phase Separation Using the Novel Score
    Aida Hayato; Harada Ryuhei; Shigeta Yasuteru; Tomii Kentaro
    第59回 日本生物物理学会 年会/2021-11
  • ペプチドの膜透過性を評価する分子シミュレーション技術の創出
    原田 隆平
    CBI学会（情報計算化学生物学会）2021年度大会 フォーカストセッション「ペプチド創薬を指向した計算科学の最前線」/2021-10
  • タンパク質二次構造の網羅的予測
    森田 陸離; 原田 隆平; 重田 育照
    第21回日本蛋白質科学会年会/2021-06
  • 統計モデルを用いた天然変性領域の特徴抽出のための新たなスコア
    會田 勇斗; 原田 隆平; 重田 育照; 富井 健太郎
    第21回日本蛋白質科学会年会/2021-06
  • 分子動力学計算で解明する維持メチル化酵素 DNMT1の活性化メカニズム
    保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
    第21回日本蛋白質科学会年会/2021-06
  • 分子動力学計算で解明する維持メチル化酵素 DNMT1の活性化メカニズム
    保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
    第21回 日本蛋白質科学会 年会
  • Prediction of binding mechanism for DNA methyltransferase 3A selective inhibitor using molecular simulation approach
    Kudo Genki; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei; Hirokawa Ta...
    CBI学会2021年大会/2021/10/26--2021/10/28
  • Comprehensive Analysis of Intrinsically Disordered Regions to Elucidate Their Physical Properties using a Modified Parameter
    Aida Hayato; Harada Ryuhei; Yasuteru Shigeta; Tomii Kentaro
    The 64th Anneal Meeting of the Biophysical Society/2021-02
  • マルチウォーカーの再配置に基づく効率的なタンパク質構造サンプリング法の開発
    保田 拓範; 重田 育照; 原田 隆平
    第34回 分子シミュレーション討論会/2020-12
  • ld-PaCS-MD : PaCS-MDに基づくタンパク質−リガンド結合経路探索
    會田 勇斗; 重田 育照; 原田 隆平
    第34回 分子シミュレーション討論会/2020-12
  • モーフィングを利用してタンパク質の構造遷移を効率よく評価する
    森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
    第34回 分子シミュレーション討論会/2020-12
  • PaCS-MDと異常検知を援用したレアイベントサンプリング法の開発
    原田 隆平; 山口 孝太; 重田 育照
    第34回 分子シミュレーション討論会/2020-12
  • A Development of Ligand Docking Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (ld-PaCS MD) and its Applications
    Aida Hayato; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
    第58回日本生物物理学会年会/2020-09
  • Theoretical Analyses on Dynamic Properties of DNA methyltransferase 1 and its Cofactors Based on All-atom Molecular Dynamics Simulations
    Yasuda Takunori; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
    第58回日本生物物理学会年会/2020-09
  • Development of de novo Method for Searching Protein-Ligands Binding Pathway: Ligand-Docking Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (ld-PaCS-MD)
    Aida Hayato; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
    2020 World Conference on Protein Science/2020-07
  • The Analyses of Dynamic Properties of Dnmt1 and Cofactors Based on All-atom Molecular Dynamics Simulations
    Yasuda Takunori; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
    2020 World Conference on Protein Science/2020-07
  • 環状ペプチドにおける、溶媒の違いによる構造変化と自由エネルギー安定性の評価
    柳 昂輝; 重田 育照; 西澤 宏晃; 原田 隆平; 吉野 龍ノ介; 満田 祐樹
    日本コンピュータ化学会2019秋季年会/2019-10-24--2019-10-25
  • Systematic trends and features in the stable structure of cyclic dipeptides
    栁 昂輝; 西澤 宏晃; 吉野 龍ノ介; 原田 隆平; 重田 育照
    第57回日本生物物理学会年会/2019-09-24--2019-09-26
  • 分散型シミュレーションに基づくレアイベントサンプリング法の開発
    原田 隆平
    化学反応のポテンシャル曲面とダイナミックス/2020-03-26
  • 新しい機能分子設計を目指した分子シミュレーション手法の開発
    原田 隆平
    第100回日本化学会春季年会「特別企画」分子のレジデンスを考える−新しい機能分子設計の鍵として−/2020-03-22
  • more...
Intellectural property rights
  • Information Processing Apparatus and Index Dimension Extracting Method
    Harada Ryuhei
  • 情報処理装置, 指標次元抽出方法, および指標次元抽出プログラム
    原田 隆平
Teaching
2022-10 -- 2023-02Seminar on Genomics and Bioinformatics EIIUniversity of Tsukuba.
2022-04 -- 2022-08Seminar on Genomics and Bioinformatics EIUniversity of Tsukuba.
2022-04 -- 2022-08Seminar on Genomics and Bioinformatics IIISUniversity of Tsukuba.
2022-04 -- 2022-08Seminar on Genomics and Bioinformatics ISUniversity of Tsukuba.
2022-10 -- 2022-12Molecular Evolution IIUniversity of Tsukuba.
2022-04 -- 2022-08Seminar on Genomics and Bioinformatics IVSUniversity of Tsukuba.
2023-01 -- 2023-02Computational Structural Biology and Drug DiscoveryUniversity of Tsukuba.
2022-10 -- 2023-02Seminar on Genomics and Bioinformatics IIIFUniversity of Tsukuba.
2022-04 -- 2022-08Seminar on Genomics and Bioinformatics VSUniversity of Tsukuba.
2022-10 -- 2023-02Seminar on Genomics and Bioinformatics IVFUniversity of Tsukuba.
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University Management
2019-04 -- (current)筑波大学 生物学学位プログラム 早期修了委員
2020-04 -- (current)筑波大学先導的研究者体験プログラム（ARE）令和3年度 実施委員会
2020-04 -- (current)筑波大学計算科学研究センター 一般利用委員会

(Last updated: 2022-11-20)