Harada Ryuhei
- Affiliation
- Center for Computational Sciences
- Official title
- Associate Professor
- Research fields
Biological physics/Chemical physics/Soft matter physics Biophysics Basic chemistry - Research keywords
Molecular Dynamics Simulation - Research projects
中分子環状ペプチドの生体膜透過プロセスを抽出・評価する計算技術の開発 2022-11 -- 2023-10 原田隆平 公益財団法人 住友財団/基礎科学研究助成 1,300,000Yen 感染爆発の原因となる標的分子の阻害剤発見を加速する革新的インシリコ技術の創出 2022-11 -- 2023-03 原田隆平 筑波大学/令和4年度 幸多き人生100年時代を創る「知」活用プログラム 500,000Yen 生物学的相分離を予測・体系化する分子シミュレーション技術の開発と応用 2022-09 -- 2024-08 原田隆平 公益財団法人 日揮・実吉奨学会/研究助成制度 2,000,000Yen 分子シミュレーションに基づくヒト由来味覚受容体の味物質認識メカニズムの解明 2022-07 -- 2023-06 原田隆平 公益財団法人 三島海雲記念財団/学術研究奨励金(自然科学部門/個人研究奨励金) 1,000,000Yen 分子動力学計算と機械学習を援用してタンパク質の構造変化を予測する 2021-04 -- 2024-03 原田隆平 日本学術振興会/日本学術振興会/科学研究費補助金 基盤研究(C) 4,160,000Yen 中分子環状ペプチドの膜透過性を評価する分子シミュレーション技術の創出 2019-08 -- 2020-03 原田隆平 筑波大学/平成30年度筑波大学研究基盤支援プログラム(Aタイプ) 1,000,000Yen Gタンパク質共役受容体におけるシグナル伝達機構の解明 2016-04 -- 2019-03 原田隆平 日本学術振興会/科学研究費補助金 若手研究(A) 20,540,000Yen 分子動力学シミュレーションで探る細胞環境におけるタンパク質フォールディング機構 2015-04 -- 2018-03 原田隆平 /日本学術振興会/科学研究費補助金 特別研究員奨励費 4,420,000Yen タンパク質構造揺らぎに基づく構造変化予測法の構築 2014-04 -- 2016-03 原田隆平 Japan Society of for the Promotion of Science/科学研究費補助金 若手研究(B) 4,160,000Yen - Career history
2019-02 -- (current) 筑波大学計算科学研究センター准教授 2018-04 -- 2019-01 筑波大学計算科学研究センター助教 2015-04 -- 2018-03 日本学術振興会特別研究員PD 2014-04 -- 2015-03 筑波大学計算科学研究センター研究員 2013-04 -- 2014-03 理化学研究所計算科学研究機構 プログラミング環境研究チーム特別研究員 2011-04 -- 2013-03 理化学研究所計算科学研究機構 粒子系生物物理研究チーム特別研究員 - Degree
2011-3 博士(理学) 東京大学 2008-3 修士(理学) 東京大学 2006-3 学士(理学) 慶應義塾大学 - Academic societies
2015-09 -- (current) Chemical Society of Japan 2011-04 -- (current) THE MOLECULAR SIMULATION SOCIETY OF JAPAN 2009-01 -- (current) THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN 2008-06 -- (current) THE BIOPHYSICAL SOCIETY OF JAPAN 2008-06 -- (current) PROTEIN SCIENCE SOCIETY OF JAPAN - Honors & Awards
2021-06-09 令和三年度 筑波大学 若手研究者特別奨励賞 2021-04-14 令和三年度 科学技術分野の文部科学大臣表彰 若手科学者賞 2021-03 令和二年度 筑波大学 学長表彰 (指導学生) 2021-03 令和二年度 筑波大学 茗渓会賞 (指導学生) 2020-10-26 令和2年度 筑波大学 若手研究者奨励賞 2020-03 令和元年度 筑波大学 学長表彰 (指導学生) 2020-01 筑波大学 先導的研究体験プログラム 研究発表会 優秀賞 (指導学生) 2019-12-10 2019年度 分子シミュレーション学会 学術賞 2019-09 第57回日本生物物理学会年会・学生発表賞 (指導学生) 2019-06 第46回生体分子科学討論会・優秀ポスター賞 (指導学生) 2019-03-14 日本物理学会 第13回 若手奨励賞 (領域12) 2019-02-06 Royal Society of Chemistry 2018 PCCP Hot Article Collection 2018-03-21 日本化学会 第67回 進歩賞 2017-09-20 第4回 Biophysics and Physicobiology Editors' Choice Award 2016-11-26 第54回 日本生物物理学会年会 若手招待講演賞 2016-11-01 BCSJ Selected Paper (日本化学会・優秀論文) 2012-09-20 第50回 日本生物物理学会年会 若手招待講演証 2010-11-25 第24回 分子シミュレーション討論会 学生優秀発表賞 - Articles
- Ligand Binding Path Sampling Based on Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics: LB-PaCS-MD
Aida Hayato; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
Materials/15(4), 2022-02 - Histone H3 Inhibits Ubiquitin-Ubiquitin Intermolecular Interactions to Enhance Binding to DNA Methyl Transferase 1
Yasuda Takunori; Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada ...
JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY/434(2), 2022-01-30 - Residue Folding Degree-Relationship to Secondary Structure Categories and Use as Collective Variable
Sladek Vladimir; Harada Ryuhei; Shigeta Yasuteru
International Journal of Molecular Sciences/22(23)/p.13042, 2021-12 - Structural Variations of Metallothionein with or without Zinc Ions Elucidated by All-Atom Molecular Dynamics Simulations
Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
The journal of physical chemistry. B/125(46)/pp.12712-12717, 2021-11-25 - A post-process to estimate an approximated minimal free energy path based on local centroids
Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
CHEMICAL PHYSICS LETTERS/782, 2021-11 - Integrate in silico studies on the role of nicotinamide adenine dinucleotide (NADH) binding in activating C-terminal binding protein 2 (CtBP2)
Tsukasa Aoyagi; Yoshino Ryunosuke; Yuki Mitsuta; Rikuri ...
Chemistry Letters/51(1)/pp.1-4, 2021-10 - Solubility and Membrane Permeability of Cyclic Dipeptides Approximately Estimated by Quantum Chemistry and Molecular Dynamics Calculations
Yanagi Koki; Mitsuta Yuki; Takaoka Kenta; Takahashi Teru...
Chemistry Letters/50(12)/pp.1964-1967, 2021-09 - Independent Nontargeted Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (Ino-PaCS-MD) to Enhance the Conformational Sampling of Proteins
Yasuda Takunori; Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada ...
JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION/17(9)/pp.5933-5943, 2021-09 - In silico mutational analyses reveal different ligand-binding abilities of double pockets of medaka fish taste receptor type 1 essential for efficient taste recognition
Aida Hayato; Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS/23(36)/pp.20398-20405, 2021-09 - Phosphorylation in the accessory domain of yeast histone chaperone protein 1 exposes the nuclear export signal sequence
Ashida Sho; Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS/Epub, 2021-09 - pyProGA-A PyMOL plugin for protein residue network analysis
Sladek Vladimir; Yamamoto Yuta; Harada Ryuhei; Shoji ...
PLOS ONE/16(7), 2021-07 - Split conformation of Chaetomium thermophilum Hsp104 disaggregase
Inoue Yosuke; Hanazono Yuya; Noi Kentaro; Kawamoto Ak...
Structure (London, England : 1993)/29(7)/pp.1-10, 2021-07 - Comprehensive predictions of secondary structures for comparative analysis in different species
Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
Journal of structural biology/213(2), 2021-06-01 - 環状ペプチドの膜透過における溶媒和自由エネルギー計算
栁 昂輝; 原田 隆平; 満田 祐樹; 重田育照
Journal of Computational Chemistry Japan/19(4)/pp.125-127, 2021-03 - Comprehensive Analysis of Intrinsically Disordered Regions to Elucidate Their Physical Properties using a Modified Parameter
Aida Hayato; Harada Ryuhei; Shigeta Yasuteru; Tomii K...
BIOPHYSICAL JOURNAL/120(3::1)/pp.216A-216A, 2021-02 - Rearrangements of Water Molecules in Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Enhance Structural Explorations of Proteins
Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
Bulletin of the Chemical Society of Japan/94(1)/pp.97-105, 2021-01 - The Folding of Trp-cage is Regulated by Stochastic Flip of the Side Chain of Tryptophan
Yasuda Takunori; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
CHEMISTRY LETTERS/50(1)/pp.162-165, 2021-01 - Enhanced Conformational Sampling Method Based on Anomaly Detection Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics: ad-PaCS-MD
Harada Ryuhei; Yamaguchi Kota; Shigeta Yasuteru
Journal of chemical theory and computation/16(10)/pp.6716-6725, 2020-10 - Molecular Mechanism for the Actin-Binding Domain of alpha-Actinin Ain1 Elucidated by Molecular Dynamics Simulations and Mutagenesis Experiments
Morita Rikuri; Nakano Kentaro; Shigeta Yasuteru; Harada ...
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B/124(39)/pp.8495-8503, 2020-10 - カスケード選択型分子動力学シミュレーションで実現する環状ペプチドの膜透過シミュレーション
原田 隆平
スーパーコンピューティングニュース 特集号/22(1)/pp.13-18, 2020-08 - Efficient Conformational Sampling of Collective Motions of Proteins with Principal Component Analysis-Based Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics
Yasuda Takunori; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
Journal of chemical information and modeling/60(8)/pp.4021-4029, 2020-08 - Regenerations of Initial Velocities in Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (PaCS-MD) Enhance the Conformational Transitions of Proteins
Aida Hayato; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
Chemistry Letters/49(7)/pp.798-801, 2020-04 - The Dynamics of S-adenosyl-methionine and S-adenosyl-homocysteine in Mouse Dnmt1 is Driven by Their Structural Flexibilities
Yasuda Takunori; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
Chemistry Letters/49(7)/pp.785-788, 2020-04 - Distribution of Conter Ions in Negatively-charged Lipid/Water/Air Interface: Molecular Dynamics Study
Takahashi T.; Harada R.; Shigeta Yasuteru
Chemistry Letters/4(49)/pp.361-363, 2020-04 - Protein Dynamics and the Folding Degree
Vladimir Sladek; Harada Ryuhei; Shigeta Yasuteru
Journal of Chemical Information and Modeling/60(3)/pp.1559-1567, 2020-03 - more...
- Ligand Binding Path Sampling Based on Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics: LB-PaCS-MD
- Books
- Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Simulations for Transition Pathway Sampling of Biomolecules
Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
Advances in Quantum Chemistry/pp.129-147, 2019-01 - Protein Folding and Evolution
Harada Ryuhei; Inagaki Yuji; Shigeta Yasuteru
Reference modules in Materials Science and Engineering 2016, 2016-06
- Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Simulations for Transition Pathway Sampling of Biomolecules
- Conference, etc.
- 分子動力学計算に基づくシロイヌナズナおよびエンバクHPPD-メソトリオン複合体の結合挙動解析
宗井 陽平; 堀 優太; Hengphasatporn Kowit; 原田 隆平; 重田 育照
日本コンピュータ化学会2022年秋季年会/2022-11-25--2022-11-27 - 自閉症関連Hevin/Sparcl1変異体は構造不安定性を介して小胞体ストレスを誘導する
武富 巧; 保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平; 鶴田 文憲
第45回日本分子生物学会/2022-11-30--2022-12-02 - DNAメチル基転移酵素阻害剤のアイソフォーム選択性の解明
工藤 玄己; 重田 育照; 原田 隆平; 広川 貴次; 吉野 龍ノ介
日本コンピュータ化学会2021年 秋季年会/2021/11/02--2021/11/03 - Structural Diversity of Metallothionein Revealed by Using Molecular Dynamics Simulations
Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
第44回 日本分子生物学会 年会/2021-12 - Elucidation of Dnmt1 Activation Mechanism by Ubiquitinated Histones Using Molecular Dynamics Simulations
Yasuda Takunori; Morita Rikuri; Shigeta Yasuteru; Harada ...
第44回 日本分子生物学会 年会/2021-12 - Classification of Intrinsically Disordered Regions involved in Liquid-Liquid Phase Separation Using the Novel Score
Aida Hayato; Harada Ryuhei; Shigeta Yasuteru; Tomii Kentaro
第59回 日本生物物理学会 年会/2021-11 - ペプチドの膜透過性を評価する分子シミュレーション技術の創出
原田 隆平
CBI学会(情報計算化学生物学会)2021年度大会 フォーカストセッション「ペプチド創薬を指向した計算科学の最前線」/2021-10 - タンパク質二次構造の網羅的予測
森田 陸離; 原田 隆平; 重田 育照
第21回日本蛋白質科学会年会/2021-06 - 統計モデルを用いた天然変性領域の特徴抽出のための新たなスコア
會田 勇斗; 原田 隆平; 重田 育照; 富井 健太郎
第21回日本蛋白質科学会年会/2021-06 - 分子動力学計算で解明する維持メチル化酵素 DNMT1の活性化メカニズム
保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
第21回日本蛋白質科学会年会/2021-06 - 分子動力学計算で解明する維持メチル化酵素 DNMT1の活性化メカニズム
保田 拓範; 森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
第21回 日本蛋白質科学会 年会 - Prediction of binding mechanism for DNA methyltransferase 3A selective inhibitor using molecular simulation approach
Kudo Genki; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei; Hirokawa Ta...
CBI学会2021年大会/2021/10/26--2021/10/28 - Comprehensive Analysis of Intrinsically Disordered Regions to Elucidate Their Physical Properties using a Modified Parameter
Aida Hayato; Harada Ryuhei; Yasuteru Shigeta; Tomii Kentaro
The 64th Anneal Meeting of the Biophysical Society/2021-02 - マルチウォーカーの再配置に基づく効率的なタンパク質構造サンプリング法の開発
保田 拓範; 重田 育照; 原田 隆平
第34回 分子シミュレーション討論会/2020-12 - ld-PaCS-MD : PaCS-MDに基づくタンパク質−リガンド結合経路探索
會田 勇斗; 重田 育照; 原田 隆平
第34回 分子シミュレーション討論会/2020-12 - モーフィングを利用してタンパク質の構造遷移を効率よく評価する
森田 陸離; 重田 育照; 原田 隆平
第34回 分子シミュレーション討論会/2020-12 - PaCS-MDと異常検知を援用したレアイベントサンプリング法の開発
原田 隆平; 山口 孝太; 重田 育照
第34回 分子シミュレーション討論会/2020-12 - A Development of Ligand Docking Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (ld-PaCS MD) and its Applications
Aida Hayato; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
第58回日本生物物理学会年会/2020-09 - Theoretical Analyses on Dynamic Properties of DNA methyltransferase 1 and its Cofactors Based on All-atom Molecular Dynamics Simulations
Yasuda Takunori; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
第58回日本生物物理学会年会/2020-09 - Development of de novo Method for Searching Protein-Ligands Binding Pathway: Ligand-Docking Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (ld-PaCS-MD)
Aida Hayato; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
2020 World Conference on Protein Science/2020-07 - The Analyses of Dynamic Properties of Dnmt1 and Cofactors Based on All-atom Molecular Dynamics Simulations
Yasuda Takunori; Shigeta Yasuteru; Harada Ryuhei
2020 World Conference on Protein Science/2020-07 - 環状ペプチドにおける、溶媒の違いによる構造変化と自由エネルギー安定性の評価
柳 昂輝; 重田 育照; 西澤 宏晃; 原田 隆平; 吉野 龍ノ介; 満田 祐樹
日本コンピュータ化学会2019秋季年会/2019-10-24--2019-10-25 - Systematic trends and features in the stable structure of cyclic dipeptides
栁 昂輝; 西澤 宏晃; 吉野 龍ノ介; 原田 隆平; 重田 育照
第57回日本生物物理学会年会/2019-09-24--2019-09-26 - 分散型シミュレーションに基づくレアイベントサンプリング法の開発
原田 隆平
化学反応のポテンシャル曲面とダイナミックス/2020-03-26 - 新しい機能分子設計を目指した分子シミュレーション手法の開発
原田 隆平
第100回日本化学会春季年会「特別企画」分子のレジデンスを考える−新しい機能分子設計の鍵として−/2020-03-22 - more...
- 分子動力学計算に基づくシロイヌナズナおよびエンバクHPPD-メソトリオン複合体の結合挙動解析
- Intellectural property rights
- Information Processing Apparatus and Index Dimension Extracting Method
Harada Ryuhei - 情報処理装置, 指標次元抽出方法, および指標次元抽出プログラム
原田 隆平
- Information Processing Apparatus and Index Dimension Extracting Method
- Teaching
2022-10 -- 2023-02 Seminar on Genomics and Bioinformatics EII University of Tsukuba. 2022-04 -- 2022-08 Seminar on Genomics and Bioinformatics EI University of Tsukuba. 2022-04 -- 2022-08 Seminar on Genomics and Bioinformatics IIIS University of Tsukuba. 2022-04 -- 2022-08 Seminar on Genomics and Bioinformatics IS University of Tsukuba. 2022-10 -- 2022-12 Molecular Evolution II University of Tsukuba. 2022-04 -- 2022-08 Seminar on Genomics and Bioinformatics IVS University of Tsukuba. 2023-01 -- 2023-02 Computational Structural Biology and Drug Discovery University of Tsukuba. 2022-10 -- 2023-02 Seminar on Genomics and Bioinformatics IIIF University of Tsukuba. 2022-04 -- 2022-08 Seminar on Genomics and Bioinformatics VS University of Tsukuba. 2022-10 -- 2023-02 Seminar on Genomics and Bioinformatics IVF University of Tsukuba. more... - University Management
2019-04 -- (current) 筑波大学 生物学学位プログラム 早期修了委員 2020-04 -- (current) 筑波大学先導的研究者体験プログラム(ARE)令和3年度 実施委員会 2020-04 -- (current) 筑波大学計算科学研究センター 一般利用委員会
(Last updated: 2022-11-20)