Ozaki Haruka

Affiliation
Faculty of Medicine
Official title
Associate Professor
ORCID
0000-0002-1606-2762
URL
Email
;-&7:0&Q4?&0.HWS2)Q98:0:'&Q&(Q/5
Research fields
Life / Health / Medical informatics
System genome science
Research keywords
Computational biology
Bioinformatics
Research automation
Research projects
1細胞糖鎖-RNA解析プラットフォームの構築2021-04 -- 2022-03尾崎遼Univ. of Tsukuba/つくば産学連携強化プロジェクト1,000,000Yen
敵対的生成ネットワークによる自在な発現特異性を有するプロモータ塩基配列の設計2022 -- 2024尾崎 遼Japan Society for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Early-Career Scientists4,550,000Yen
がんの細胞間不均一性を発見するリードカバレッジ解析2021-04 -- 2023-04尾崎遼上原記念生命科学財団/2021年度研究奨励金2,000Yen
適応回路の基本設計の構築メカニズム2021-10 -- 2026-03堀江健生日本学術振興会/科学研究費 学術変革領域研究(A)39,000,000Yen
睡眠と冬眠:2 つの「眠り」の解明と操作が拓く新世代医療の展開2021-04 -- 2026-03柳沢正史AMED/ムーンショット型研究開発事業26,000,000Yen
多階層シングルセル解析を応用した骨再生機構の解明と新規再生療法の基盤構築2022-04 -- 2025-03松下祐樹日本学術振興会/科学研究費 基盤研究(B)1,170,000Yen
敵対的生成ネットワークによる自在な発現特異性を有するプロモータ塩基配列の設計2022-04 -- 2025-03尾崎遼日本学術振興会/科学研究費 若手研究4,550,000Yen
異種類ロボット-AI連携のための情報システムの開発2021-01 -- 2023-03髙橋恒一独立行政法人科学技術振興機構/JST 未来社会創造事業44,898,000Yen
アレルゲン免疫療法のシングルセルおよびbulk遺伝子発現情報による病態解明2019-04 -- 2022-03野口 恵美子日本学術振興会/基盤研究(B)1,742,000Yen
iPS細胞から作成される立体網膜の出来のバラツキに関する研究2019-03 -- 2021-05高橋政代独立行政法人 理化学研究所/共同研究経費1,150,000Yen
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Career history
2018-06 -- (current)筑波大学人工知能科学センター
2018-06 -- (current)筑波大学医学医療系 生命科学域 バイオインフォマティクス分野准教授
2018-04 -- 2018-05RIKENLaboratory for Bioinformatics Research, Center for Biosystems Dynamics ResearchSpecial Postdoctoral Researcher
2016-04 -- 2018-03RIKENBioinformatics Research Unit, Advanced Center for Computing and CommunicationSpecial Postdoctoral Researcher
2015-04 -- 2016-03RIKENBioinformatics Research Unit, Advanced Center for Computing and CommunicationPostdoctoral Researcher
Academic background
2012-04 -- 2015-03The University of Tokyo Graduate School of Frontier Sciences Department of Computational Biology
2010-04 -- 2012-03The University of Tokyo Graduate School of Frontier Sciences Department of Computational Biology
2006-04 -- 2010-03The University of Tokyo School of Science Department of Biophysics and Biochemistry
Degree
2015-03Ph.D.The University of Tokyo
Academic societies
-- (current)THE JAPANESE SOCIETY FOR BIOINFORMATICS
Honors & Awards
2021-09Oxford-Journals – JSBi Prizeシーケンシングデータ解析による転写制御の多様性の解明
2021-11筑波大学若手教員奨励賞
Articles
Books
  • 0 から始めるエピゲノム解析(ChIP-seq)ver2
    尾崎 遼
    次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版/学研メディカル秀潤社, 2019-12
Conference, etc.
  • ドライとウェットの研究自動化のため研究開発
    尾崎 遼
    第9回生態進化発生コロキウム/2021-12-27--2021-12-27
  • k-mer profile analysis clarifies cell-type specific TF binding landscape in human
    Saeko Tahara; Takaho Tsuchiya; Haruka Ozaki
    2021年日本バイオインフォマティクス学会年会・第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)/2021-09-29--2021-09-29
  • 事例紹介: Nextflow
    尾崎 遼; 芳村美佳
    2021年日本バイオインフォマティクス学会年会・第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)/2021-09-27--2021-09-27
  • ドライとウェットの研究自動化のため研究開発
    尾崎 遼
    2021年日本バイオインフォマティクス学会年会・第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)/2021-09-28--2021-09-28
  • NGSデータ解析における生命現象のモデル化と自動化
    尾崎 遼
    バイオDXの最前線 - JST戦略的創造研究推進事業 CREST「データ駆動・AI駆動を中心としたデジタルトランスフォーメーションによる生命科学研究の革新[バイオDX]」キックオフシンポジウム/2021-11-22--2021-11-22
  • CCPLS reveals cell-type specific spatial dependence of transcriptome in single cells
    土屋 貴穂; 尾崎 遼
    CREST BioDX Symposium 2021/2021-11-21--2021-11-22
  • Cell-Cell PLS regression analysis reveals cell-type specific spatial dependency of transcriptome in single cells
    土屋 貴穂; 尾崎 遼
    日本バイオインフォマティクス学会 2021年年会 第10回生命医薬情報学連合大会(IBMP2021)
  • k-mer profile analysis clarifies cell-type specific TF binding landscape in human
    田原 沙絵子; 土屋 貴穂; 尾崎 遼
    日本バイオインフォマティクス学会 2021年年会 第10回生命医薬情報学連合大会(IBMP2021)/2021-09-27--2021-09-29
  • シングルセルオミクスにおけるデータサイエンス
    尾崎 遼
    日本生物工学会 バイオインフォマティクス相談部会 第四回講演会 ~細胞工学分野におけるデータサイエンス~/2021-03-17--2021-03-17
  • シングルセルRNAシーケンス解析から考える環境DNA研究
    尾崎 遼
    環境DNA・環境RNA研究の新たな挑戦/2020-12-15--2020-12-15
  • シングルセル解析の射程とウイルス研究
    尾崎 遼
    第43回日本分子生物学会年会(MBSJ2020)/2020-12-02--2020-12-04
  • Millefy: visualizing cell-to-cell heterogeneity in read coverage of single-cell RNA sequencing datasets
    尾崎 遼
    日本バイオインフォマティクス学会 2020年年会 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020)/2020-09-01--2020-09-03
  • NGSデータ解析のワークフロー記述と研究自動化への展望
    尾崎 遼
    CBI学会 2020大会/2020-10-27--2020-10-29
  • NGSデータ解析のワークフロー記述とロボット実験への応用
    尾崎 遼
    Laboratory Automation Developers Conference 2020 (LADEC2020)/2020-10-03
  • ChIP-Atlasの二次解析による多彩な転写因子認識配列の解明および更なるデータベース化
    田原 沙絵子; 土屋 貴穂; 尾崎 遼
    トーゴーの日 シンポジウム 2020/2020-10-06--2020-10-06
  • 機械学習を用いたRNA安定性予測モデルの開発
    服部 恵美; 土屋 貴穂; 脇田 寛泰; 川田 健太郎; 山地 雄大; 和田 洋一郎; 秋光 信佳; 尾崎 遼
    日本バイオインフォマティクス学会 2020年年会 第9回生命医薬情報学連合大会(IBMP2020)/2020-09-01--2020-09-03
  • CellCellTopic: cell-cell interaction analysis by Dirichlet multinomial regression topic modeling
    土屋 貴穂; 尾崎 遼
    日本バイオインフォマティクス学会 2020年年会 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020)/2020-09-01--2020-09-03
  • Large-scale analysis of ChIP-seq database “reveals cell type specific TF binding k-mer
    田原 沙絵子; 土屋 貴穂; 尾崎 遼
    日本バイオインフォマティクス学会 2020年年会 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020)/2020-09-01--2020-09-03
  • Large-scale analysis of ChIP-seq database reveals cell type specific TF binding k-mer
    田原 沙絵子; 土屋 貴穂; 尾崎 遼
    生命情報科学若手の会 第12回 研究会/2020-08-27--2020-08-28
  • Millefy によるリードカバレージの細胞間不均一性の可視化
    尾崎 遼
    シングルセルゲノミクス研究会2019/2019-08-29--2019-08-30
  • シングルセル空間トランスクリプトームデータを用いた遺伝子制御ネットワークの空間分布解析
    土屋 貴穂; 尾崎遼
    第8回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2019)/2019-09-09--2019-09-11
  • (サイトメトリー研究者のための)1細胞オミクス計測データ解析のフロンティア
    尾崎 遼
    第28回日本サイトメトリー学会学術集会/2018-05-27--2018-05-27
  • Inferring activity and targets of enhancers in single cells through single-cell enhancer RNA analyses
    Ozaki Haruka
    International Workshop for Systems Genetics 2018/2018-11-19--2018-11-19
  • シングルセルRNAシーケンス解析から考える環境DNA研究の展望
    尾崎 遼
    日本生態学会 第66回大会/2019-03-19--2019-03-19
Intellectural property rights
  • 実験計画プログラム、実験計画装置及び実験計画方法
    尾崎 遼
Works
  • https://github.com/rikenbit/ramdaq
    Ozaki Haruka
  • ReadCoverage.jl
    Ozaki Haruka
  • Millefy: Genome browser-like visualization of single-cell RNA-seq dataset
    Ozaki Haruka
Teaching
2022-10 -- 2023-02Seminar in Genome and Environmental Medicine IIUniversity of Tsukuba.
2022-10 -- 2023-02Practice in Genome and Environmental Medicine IIUniversity of Tsukuba.
2022-10 -- 2023-02Lecture and Discussion in Genome and Environmental Medicine IIUniversity of Tsukuba.
2022-04 -- 2022-08Practice in Genome and Environmental Medicine IUniversity of Tsukuba.
2022-04 -- 2022-08Seminar in Genome and Environmental Medicine IUniversity of Tsukuba.
2022-10 -- 2023-02Special Practice in Human Biology IIUniversity of Tsukuba.
2022-04 -- 2022-08Special Practice in Human Biology IIUniversity of Tsukuba.
2023-01 -- 2023-01BioinformaticsUniversity of Tsukuba.
2022-07 -- 2022-08BioinfomaticsUniversity of Tsukuba.
2022-04 -- 2022-08Lecture and Discussion in Genome and Environmental Medicine IUniversity of Tsukuba.
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Professional activities
2021-04 -- 2022-03厚生労働省厚生労働省 令和3年度 がんの全ゲノム解析に関する人材育成推進事業/テキスト監修者
2021-04 -- 2022-03厚生労働省令和3年度 がんの全ゲノム解析に関する人材育成推進事業/検討会委員
2021-04 -- (current)THE JAPANESE SOCIETY FOR BIOINFORMATICS幹事(JSBi Bioinformatics Review)
2020-04 -- (current)THE JAPANESE SOCIETY FOR BIOINFORMATICS幹事(ニュースレター)
2019-04 -- 2023-03THE JAPANESE SOCIETY FOR BIOINFORMATICS理事
University Management
2022-04 -- 2023-03医療科学類カリキュラム委員会委員

(Last updated: 2022-10-29)