TSUCHIYA Takaho
- Affiliation
- Institute of Medicine
- Official title
- Assistant Professor
- ORCID
- 0000-0001-7540-5115
- KAKEN ID
- 70853167
- URL
- +I6@6=DaIHJ8=>N6XgcB9aIHJ@J76a68a?E
- Office
- Bioinformatics Laboratory
- Research fields
Life / Health / Medical informatics System genome science - Research keywords
情報生命科学 Systems Biology Bioinformatics - Research projects
2型糖尿病の代謝アダプテーション 2020-04 -- 2022-03 黒田真也 Japan Society of for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas 4,937,182Yen 1細胞空間トランスクリプトームによる細胞内と細胞間の統合ネットワーク推定手法開発 2020-04 -- 2023-03 Takaho Tsuchiya Japan Society of for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Young Scientists 4,160,000Yen 集団ゲノムデータに基づき変異を避けることによる遺伝子治療用gRNA設計法の確立 2019-08 -- 2021-03 Takaho Tsuchiya Japan Society of for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for Research Activity start-up 2,860,000Yen 集団ゲノムデータに基づき変異を避けることによる遺伝子治療用gRNA設計手法の確立 2019-08 -- 2020-03 Takaho Tsuchiya University of Tsukuba/Tsukuba Basic Research Support Program Type S 1,000,000Yen シグナル伝達の時間パターンから解明するリガンド選択的な遺伝子発現機構 2014-04 -- 2017-03 Takaho Tsuchiya Japan Society of for the Promotion of Science/Grant-in-Aid for JSPS Fellows 3,200,000Yen - Career history
2019-05 -- (current) University of TsukubaCenter for Artificial Intelligence Research 2019-05 -- (current) University of Tsukuba医学医療系 生命医科学域 バイオインフォマティクス研究室Assistant Professor 2017-04 -- 2019-03 Astellas Pharma Inc.Associate 2014-04 -- 2017-03 Japan Society for the Promotion of ScienceResearch Fellow (DC1) - Academic background
2014-04 -- 2017-03 University of Tokyo Faculty of Science Department of Biological Sciences 2012-04 -- 2014-03 University of Tokyo Faculty of Science Department of Biophysics & Biochemistry 2007-04 -- 2012-03 Kyoto University Faculty of Science - Degree
2018-03 Ph.D. The University of Tokyo - Licenses and qualifications
2014-08 東京大学Future Faculty Program(Faculty Development)修了 - Academic societies
-- (current) THE JAPANESE SOCIETY FOR BIOINFORMATICS - Honors & Awards
2021-09 第10回 生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)Poster Award 2020-09 第9回 生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020)Poster Award 2014-09 15th International Conference on Systems Biology Student Bursary Award - Articles
- The RNA-Binding Protein Msi2 Regulates Autophagy during Myogenic Differentiation.
Ruochong Wang; Futaba Kato; Rio Yasui Watson; Aaron B...
Life Science Alliance/7(5), 2024-02-19 - DNA hypomethylation characterizes genes encoding tissue-dominant functional proteins in liver and skeletal muscle
Maehara Hideki; Kokaji Toshiya; Hatano Atsushi; Suzuki...
Scientific Reports/13(1), 2023-11-05 - Transcription factor-binding k-mer analysis clarifies the cell type dependency of binding specificities and cis-regulatory SNPs in humans
Tahara Saeko†; Tsuchiya Takaho†; Matsumoto Hirotaka; O...
BMC Genomics/24(1), 2023-10-07 - CCPLS reveals cell-type-specific spatial dependence of transcriptomes in single cells
Tsuchiya Takaho; Hori Hiroki; Ozaki Haruka
Bioinformatics (Oxford, England)/38(21)/pp.4868-4877, 2022-09-05 - In vivo transomic analyses of glucose-responsive metabolism in skeletal muscle reveal core differences between the healthy and obese states
Kokaji Toshiya; Eto Miki; Hatano Atsushi; Yugi Katsuy...
Scientific reports/12(1), 2022-08-12 - Identifying potential regulators of JAGGED1 expression in portal mesenchymal cells
Nishino Teppei; Yoshihara Masaharu; Nakayama Takahiro; Ts...
BMC Rearch Notes/15(1), 2022-05-13 - MOCCS profile analysis clarifies the cell type dependency of transcription factor-binding sequences and cis-regulatory SNPs in humans
Tahara Saeko; Tsuchiya Takaho; Matsumoto Hirotaka; Ozaki ...
bioRxiv, 2022-04 - Gene therapy based on genome editing technology and population genomics
土屋 貴穂
BIO Clinica/Vol.36(5)/pp.448-452, 2021-04 - Trans-Omic Analysis Reveals Obesity-Associated Dysregulation of Inter-Organ Metabolic Cycles between the Liver and Skeletal Muscle
Egami Riku; Kokaji Toshiya; Hatano Atsushi; Yugi Katsuyu...
iScience/24(3), 2021-02 - Perspective of gene therapy based on genome editing technology and population genomics
土屋 貴穂
Precision Medicine/Vol.4(2)/pp.167-171, 2021-02 - Transomics analysis reveals allosteric and gene regulation axes for altered hepatic glucose-responsive metabolism in obesity
Kokaji Toshiya; Hatano Atsushi; Ito Yuki; Yugi Katsuy...
Science Signaling/13(660), 2020-12 - Genome editing technology and population genomic for gene therapy
土屋 貴穂
Medical Science Digest/Vol.46(12)/pp.766-770, 2020-10 - Perspective of gene therapy and precision medicine based on population genomics
土屋 貴穂
Precision Medicine/Vol.3(10)/pp.630-634, 2020-09 - Stability of RNA sequences derived from the coronavirus genome in human cells
Wakida Hiroyasu; Kawata Kentaro; Yamaji Yuta; Hattori Em...
Biochemical and Biophysical Research Communications/527(4)/pp.993-999, 2020-07 - Perspective of gene therapy based on population genomics
土屋 貴穂
Precision Medicine/Vol.3(6)/pp.581-585, 2020-05 - Development of Gene Therapy Using Genome Editing Technologies
内田 恵理子; 平松 直人; 犬飼 直人; 岩井 謙一; 渡辺 武志; 川崎 秀吉; 田村 幸太朗; 土屋 貴穂...
Pharmaceutical and medical device regulatory science/Vol.50(8)/pp.443-453, 2019-08 - System identification of signaling dependent gene expression with different time-scale data
Tsuchiya Takaho; Fujii Masashi; Matsuda Naoki; Kunida ...
PLoS Computational Biology/13(12), 2017-12 - Laguerre Filter Analysis with Partial Least Square Regression Reveals a Priming Effect of ERK and CREB on c-FOS Induction
Kudo Takamasa; Uda Shinsuke; Tsuchiya Takaho; Wada Ta...
PLoS ONE/11(8), 2016-08 - Robustness of MEK-ERK Dynamics and Origins of Cell-to-Cell Variability in MAPK Signaling
Filippi Sarah; Barnes Chris P; Kirk Paul D W; Kudo Ta...
Cell Reports/15(11)/pp.2524-2535, 2016-06 - Iterative Nuclear Norm Minimization for System Identification using Nonuniform Sampling Data
小西 克巳; 土屋 貴穂; 国田 勝行; 藤井 雅史; 宇田 新介; 黒田 真也
システム制御情報学会研究発表講演会講演論文集/60/p.6p, 2016-05 - Multiple Low Rank Matrices Approach to Piecewise Affine System Identification for Nonuniform Sampling Data
Konishi Katsumi; Tsuchiya Takaho; Kunida Katsuyuki; Masas...
Proceedings of the 47th ISCIE International Symposium on Stochastic Systems Theory and Its Applications ISCIE SSS '15, 2015-12 - Robustness and Compensation of Information Transmission of Signaling Pathways
Uda Shinsuke; Saito Takeshi H; Kudo Takamasa; Kokaji ...
Science/341(6145)/pp.558-561, 2013-08 - シグナル伝達の時間パターンから解く初期応答遺伝子制御機構
齋藤 健; 宇田 新介; 土屋 貴穂; 黒田 真也
実験医学/Vol.31(8)/pp.1224-1231, 2013 - Temporal Decoding of MAP kinase and CREB Phosphorylation by Selective Immediate Early Gene Expression
Saito Takeshi H; Uda Shinsuke; Tsuchiya Takaho; Ozaki ...
PLoS ONE/8(3), 2013-03
- The RNA-Binding Protein Msi2 Regulates Autophagy during Myogenic Differentiation.
- Conference, etc.
- Predicting SNPs' effects on transcriptional factor binding and cell-type specificity using a crowd of ChIP-seq data
田原 沙絵子; 土屋 貴穂; 松本 拡高; 尾崎 遼
日本人類遺伝学会第67回大会/2022-12-14--2022-12-17 - MOCCS-DB: ヒト転写因子認識配列の多様性データベース
田原沙絵子; 土屋 貴穂; 松澤 亮輔; 尾崎遼
トーゴーの日シンポジウム/2022-09-28--2022-10-05 - MOCCSプロファイルで明らかにする、転写因子認識配列の細胞型特異性とヒト一塩基多型が 転写因子結合へ与える影響
田原沙絵子; 土屋 貴穂; 松本拡高; 尾崎遼
2022年日本バイオインフォマティクス学会年会・第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022)/2022-09-13--2022-09-15 - CCPLS reveals cell-type specific spatial dependence of transcriptome in single cells
土屋 貴穂; 尾崎 遼
CREST BioDX Symposium 2021/2021-11-21--2021-11-22 - Cell-Cell PLS regression analysis reveals cell-type specific spatial dependency of transcriptome in single cells
土屋 貴穂; 尾崎 遼
日本バイオインフォマティクス学会 2021年年会 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)/2021-9-27--2021-9-29 - k-mer profile analysis clarifies cell-type specific TF binding landscape in human
田原 沙絵子; 土屋 貴穂; 尾崎 遼
日本バイオインフォマティクス学会 2021年年会 第10回生命医薬情報学連合大会(IBMP2021)/2021-09-27--2021-09-29 - ChIP-Atlasの二次解析による多彩な転写因子認識配列の解明および更なるデータベース化
田原 沙絵子; 土屋 貴穂; 尾崎 遼
トーゴーの日 シンポジウム 2020/2020-10-06--2020-10-06 - 機械学習を用いたRNA安定性予測モデルの開発
服部 恵美; 土屋 貴穂; 脇田 寛泰; 川田 健太郎; 山地 雄大; 和田 洋一郎; 秋光 信佳; 尾崎 遼
日本バイオインフォマティクス学会 2020年年会 第9回生命医薬情報学連合大会(IBMP2020)/2020-09-01--2020-09-03 - CellCellTopic: cell-cell interaction analysis by Dirichlet multinomial regression topic modeling
土屋 貴穂; 尾崎 遼
日本バイオインフォマティクス学会 2020年年会 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020)/2020-09-01--2020-09-03 - Large-scale analysis of ChIP-seq database “reveals cell type specific TF binding k-mer
田原 沙絵子; 土屋 貴穂; 尾崎 遼
日本バイオインフォマティクス学会 2020年年会 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020)/2020-09-01--2020-09-03 - System Identification of Signaling Dependent Gene Expression with Different Time-Scale Data
土屋 貴穂
Institute for Frontier Life and Medical Sciences, Kyoto University, Seminar Series of Cell Fate Dynamics & Therapeutics/2020-03-23 - シングルセル空間トランスクリプトームデータを用いた遺伝子制御ネットワークの空間分布解析
土屋 貴穂; 尾崎遼
第8回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2019)/2019-09-09--2019-09-11 - 医薬学で応用問題を解くためのバイオインフォマティクス
土屋 貴穂
筑波大学 医学医療系 生命医科学域平成30年度公開講演会/2019-02-18 - 創薬研究におけるデータサイエンス
土屋 貴穂; 和田 卓也
特定非営利活動法人 医学統計研究会 特定主題シンポジウム2018 「製薬企業におけるデータ・サイエンティストの役割」/2018-02-03 - Time-Series Data-Driven Modeling approach for Temporal Decoding of Cellular Signal Transduction in differentiation of PC12 cells
Tsuchiya Takaho; Kudo Takamasa; Uda Shinsuke; Wada Takum...
ICSB 2014 - 15th International Conference on Systems Biology/2014-09-14--2014-09-18 - Fully Automated Technique for Cellular Signaling Analysis with High Temporal Resolution
Tsuchiya Takaho; Takamasa Kudo; Yasunori Komori; Kuroda ...
International Workshop on Quantitative Biology/2012-12--2012-12 - Fully Automated Technique for Cellular Signaling Analysis with High Temporal Resolution
Tsuchiya Takaho; Kudo Takamasa; Komori Yasunori; Kuroda ...
6th AYRCOB/2012-12--2012-12
- Predicting SNPs' effects on transcriptional factor binding and cell-type specificity using a crowd of ChIP-seq data
- Teaching
2024-07 -- 2024-08 Bioinfomatics University of Tsukuba. 2023-07 -- 2023-08 Bioinfomatics University of Tsukuba. 2022-07 -- 2022-08 Bioinfomatics University of Tsukuba. 2021-07 -- 2021-08 Bioinfomatics University of Tsukuba. - Other educational activities
2019-07 -- 2019-09 2019年度 第1-2回 人工知能スキル研修(7月・9月) - Other activities
2012 -- 2016 2012年度 - 2016年度 東京大学 理学部 生物化学実験I プログラミングパート ティーチングアシスタント 2020-04 -- (current) ヒューマニクス学位プログラム 授業担当教員
(Last updated: 2024-08-16)